MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Bareilly str. CFSAN000189 plasmid unnamed

Total Repeats: 56

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021817	AATTT	2	10	314	323	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021817	TGTGA	2	10	998	1007	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021817	CTTCA	2	10	1199	1208	20 %	40 %	0 %	40 %	525833510
4	NC_021817	TCCTG	2	10	2087	2096	0 %	40 %	20 %	40 %	525833511
5	NC_021817	TCCAG	2	10	5172	5181	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
6	NC_021817	CAGTT	2	10	6820	6829	20 %	40 %	20 %	20 %	525833516
7	NC_021817	CCCGG	2	10	13424	13433	0 %	0 %	40 %	60 %	525833518
8	NC_021817	ATCGC	2	10	13454	13463	20 %	20 %	20 %	40 %	525833518
9	NC_021817	CTGCC	2	10	13669	13678	0 %	20 %	20 %	60 %	525833518
10	NC_021817	AGTCG	2	10	21943	21952	20 %	20 %	40 %	20 %	525833525
11	NC_021817	TGCAG	2	10	22871	22880	20 %	20 %	40 %	20 %	525833525
12	NC_021817	CGGTA	2	10	23066	23075	20 %	20 %	40 %	20 %	525833525
13	NC_021817	AGGTC	2	10	23748	23757	20 %	20 %	40 %	20 %	525833526
14	NC_021817	ACCAG	2	10	23885	23894	40 %	0 %	20 %	40 %	525833526
15	NC_021817	TGCCG	2	10	25585	25594	0 %	20 %	40 %	40 %	525833528
16	NC_021817	CCGGG	2	10	25722	25731	0 %	0 %	60 %	40 %	525833529
17	NC_021817	TGTTC	2	10	26832	26841	0 %	60 %	20 %	20 %	525833531
18	NC_021817	TGAAC	2	10	26878	26887	40 %	20 %	20 %	20 %	525833531
19	NC_021817	GACCA	2	10	27862	27871	40 %	0 %	20 %	40 %	525833531
20	NC_021817	TGGCA	2	10	30858	30867	20 %	20 %	40 %	20 %	525833534
21	NC_021817	GCACG	2	10	32415	32424	20 %	0 %	40 %	40 %	525833535
22	NC_021817	TTTCG	2	10	33218	33227	0 %	60 %	20 %	20 %	525833536
23	NC_021817	GCCAT	2	10	34017	34026	20 %	20 %	20 %	40 %	525833538
24	NC_021817	CGGAA	2	10	37443	37452	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021817	TGTTT	2	10	39823	39832	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021817	ATGCC	2	10	43669	43678	20 %	20 %	20 %	40 %	525833552
27	NC_021817	CCTTC	2	10	44517	44526	0 %	40 %	0 %	60 %	525833552
28	NC_021817	CTTTT	2	10	46475	46484	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021817	GGAGA	2	10	47139	47148	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021817	CGACA	2	10	48047	48056	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
31	NC_021817	CGCAG	2	10	48097	48106	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021817	ATTCC	2	10	49536	49545	20 %	40 %	0 %	40 %	525833559
33	NC_021817	CCAGC	2	10	50158	50167	20 %	0 %	20 %	60 %	525833561
34	NC_021817	CTGAA	2	10	50870	50879	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021817	GAAGC	2	10	52325	52334	40 %	0 %	40 %	20 %	525833506
36	NC_021817	ATTTA	2	10	57011	57020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021817	AAGCG	2	10	60387	60396	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021817	ATTAT	2	10	62062	62071	40 %	60 %	0 %	0 %	525833571
39	NC_021817	CTGCT	2	10	62605	62614	0 %	40 %	20 %	40 %	525833571
40	NC_021817	TATGT	2	10	62680	62689	20 %	60 %	20 %	0 %	525833571
41	NC_021817	ACAAA	2	10	62791	62800	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021817	AATAA	2	10	63060	63069	80 %	20 %	0 %	0 %	525833572
43	NC_021817	GCCAT	2	10	64956	64965	20 %	20 %	20 %	40 %	525833573
44	NC_021817	TTTTA	2	10	64976	64985	20 %	80 %	0 %	0 %	525833573
45	NC_021817	TTCCA	2	10	65613	65622	20 %	40 %	0 %	40 %	525833573
46	NC_021817	CTTTT	2	10	65831	65840	0 %	80 %	0 %	20 %	525833573
47	NC_021817	CTGAA	2	10	65883	65892	40 %	20 %	20 %	20 %	525833573
48	NC_021817	AGCTG	2	10	66626	66635	20 %	20 %	40 %	20 %	525833573
49	NC_021817	TCATT	2	10	66694	66703	20 %	60 %	0 %	20 %	525833573
50	NC_021817	CGATT	2	10	68241	68250	20 %	40 %	20 %	20 %	525833575
51	NC_021817	AATAA	2	10	69555	69564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021817	AAAGT	2	10	69988	69997	60 %	20 %	20 %	0 %	525833576
53	NC_021817	GTCAG	2	10	70931	70940	20 %	20 %	40 %	20 %	525833577
54	NC_021817	TTCTA	2	10	72836	72845	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021817	ATTGT	2	10	76813	76822	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021817	TTCAT	2	10	77789	77798	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.