MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium var. 5- str. CFSAN001921 plasmid unnamed

Total Repeats: 67

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021815	CAAAGA	2	12	1426	1437	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525832359
2	NC_021815	GGTGAA	2	12	1645	1656	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	525832359
3	NC_021815	TGCCAA	2	12	3797	3808	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832361
4	NC_021815	GCACCA	2	12	3905	3916	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	525832361
5	NC_021815	GAGCTT	2	12	7889	7900	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525832367
6	NC_021815	ACGGCC	2	12	18310	18321	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525832344
7	NC_021815	TGCTTT	2	12	18399	18410	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	525832344
8	NC_021815	ACAAAG	2	12	22326	22337	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525832390
9	NC_021815	ATCAAG	2	12	22745	22756	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525832391
10	NC_021815	TCGAAG	2	12	22839	22850	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	525832391
11	NC_021815	AGCAGG	2	12	25322	25333	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	525832395
12	NC_021815	TCAAAG	2	12	26552	26563	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525832397
13	NC_021815	TCGCCG	2	12	26954	26965	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	525832398
14	NC_021815	CAGTGT	2	12	27781	27792	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	525832399
15	NC_021815	GTCAAA	2	12	31015	31026	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	525832405
16	NC_021815	TAAGCT	2	12	34610	34621	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021815	CTTGCC	2	12	35081	35092	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	525832410
18	NC_021815	TGACGG	2	12	38730	38741	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525832416
19	NC_021815	CCCGAA	2	12	44197	44208	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	525832422
20	NC_021815	GGGGCA	2	12	45954	45965	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021815	ACTACG	2	12	48785	48796	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832429
22	NC_021815	GGAAGC	2	12	53160	53171	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	525832436
23	NC_021815	CCGGAG	2	12	58867	58878	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	525832445
24	NC_021815	GAACTC	2	12	59394	59405	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832445
25	NC_021815	GCCTTT	2	12	61123	61134	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	525832447
26	NC_021815	GATGGC	2	12	64768	64779	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525832449
27	NC_021815	GAAAGC	2	12	69357	69368	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021815	AGCGGA	2	12	73379	73390	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	525832460
29	NC_021815	CTCTTC	2	12	73749	73760	0 %	50 %	0 %	50 %	525832461
30	NC_021815	GCATGG	2	12	80209	80220	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525832463
31	NC_021815	GGGACC	2	12	81899	81910	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	525832464
32	NC_021815	CAATCG	2	12	83102	83113	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832465
33	NC_021815	GACAAA	2	12	84985	84996	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	525832467
34	NC_021815	AGGTAG	2	12	89883	89894	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	525832471
35	NC_021815	CTTTAT	2	12	90709	90720	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021815	ATCAAT	2	12	92791	92802	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	525832473
37	NC_021815	TTGAAG	2	12	92882	92893	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	525832473
38	NC_021815	CCAGTT	2	12	101343	101354	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525832481
39	NC_021815	CATCAG	2	12	102021	102032	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832482
40	NC_021815	TGCCGG	2	12	105095	105106	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	525832485
41	NC_021815	CGCAAT	2	12	107234	107245	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021815	GGTGCT	2	12	126486	126497	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	525832513
43	NC_021815	CAGTAC	2	12	128091	128102	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832514
44	NC_021815	AGCTAC	2	12	129567	129578	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832514
45	NC_021815	TCAACA	2	12	138789	138800	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021815	GCCGGT	2	12	139599	139610	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	525832524
47	NC_021815	TTAACA	2	12	140346	140357	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	525832524
48	NC_021815	AATTAA	2	12	144108	144119	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	525832525
49	NC_021815	TATTCA	2	12	145015	145026	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	525832526
50	NC_021815	CCAGTT	2	12	146644	146655	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525832527
51	NC_021815	CATCAG	2	12	147322	147333	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832528
52	NC_021815	TCCTTT	2	12	155258	155269	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021815	ACGAGA	2	12	161267	161278	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	525832350
54	NC_021815	TTTTTC	2	12	163593	163604	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021815	TGAAAA	2	12	164833	164844	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021815	CAGCGC	2	12	174008	174019	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525832544
57	NC_021815	TTCAAT	2	12	180242	180253	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	525832544
58	NC_021815	GGTAGC	2	12	182551	182562	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	525832545
59	NC_021815	CCATCA	2	12	185146	185157	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	525832545
60	NC_021815	TTGCCT	2	12	190920	190931	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	525832548
61	NC_021815	GGCGGG	2	12	195095	195106	0 %	0 %	83.33 %	16.67 %	525832550
62	NC_021815	AAACAA	2	12	200082	200093	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	525832555
63	NC_021815	CCCCTC	2	12	203509	203520	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
64	NC_021815	CACCGG	2	12	210134	210145	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	525832565
65	NC_021815	CCTTGG	2	12	215245	215256	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	525832567
66	NC_021815	CCAGTT	2	12	217701	217712	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	525832570
67	NC_021815	CATCAG	2	12	218379	218390	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	525832571

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.