MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium var. 5- str. CFSAN001921 plasmid unnamed

Total Repeats: 418

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021815	AAGA	2	8	947	954	75 %	0 %	25 %	0 %	525832357
2	NC_021815	GCCA	2	8	1173	1180	25 %	0 %	25 %	50 %	525832358
3	NC_021815	AAGA	2	8	1508	1515	75 %	0 %	25 %	0 %	525832359
4	NC_021815	GCCA	2	8	1657	1664	25 %	0 %	25 %	50 %	525832359
5	NC_021815	GCTC	2	8	2245	2252	0 %	25 %	25 %	50 %	525832359
6	NC_021815	GATC	2	8	3630	3637	25 %	25 %	25 %	25 %	525832361
7	NC_021815	AACG	2	8	3672	3679	50 %	0 %	25 %	25 %	525832361
8	NC_021815	ACTC	2	8	3740	3747	25 %	25 %	0 %	50 %	525832361
9	NC_021815	ACTC	2	8	3755	3762	25 %	25 %	0 %	50 %	525832361
10	NC_021815	ATCC	2	8	3879	3886	25 %	25 %	0 %	50 %	525832361
11	NC_021815	ATCA	2	8	3979	3986	50 %	25 %	0 %	25 %	525832362
12	NC_021815	ATCC	2	8	5456	5463	25 %	25 %	0 %	50 %	525832363
13	NC_021815	TTGG	2	8	6265	6272	0 %	50 %	50 %	0 %	525832364
14	NC_021815	TGGC	2	8	7730	7737	0 %	25 %	50 %	25 %	525832367
15	NC_021815	TCCA	2	8	9037	9044	25 %	25 %	0 %	50 %	525832369
16	NC_021815	TGAT	2	8	9548	9555	25 %	50 %	25 %	0 %	525832369
17	NC_021815	CAAA	2	8	10128	10135	75 %	0 %	0 %	25 %	525832370
18	NC_021815	TGGT	2	8	10763	10770	0 %	50 %	50 %	0 %	525832371
19	NC_021815	TGCC	2	8	11722	11729	0 %	25 %	25 %	50 %	525832372
20	NC_021815	TCAT	2	8	12737	12744	25 %	50 %	0 %	25 %	525832375
21	NC_021815	GTTC	2	8	12807	12814	0 %	50 %	25 %	25 %	525832375
22	NC_021815	ATGG	2	8	12910	12917	25 %	25 %	50 %	0 %	525832375
23	NC_021815	TGCT	2	8	13282	13289	0 %	50 %	25 %	25 %	525832375
24	NC_021815	GAAG	2	8	13552	13559	50 %	0 %	50 %	0 %	525832376
25	NC_021815	GAAC	2	8	14813	14820	50 %	0 %	25 %	25 %	525832378
26	NC_021815	TGAA	2	8	15818	15825	50 %	25 %	25 %	0 %	525832381
27	NC_021815	TGGC	2	8	16513	16520	0 %	25 %	50 %	25 %	525832382
28	NC_021815	GAGC	2	8	17233	17240	25 %	0 %	50 %	25 %	525832384
29	NC_021815	GCAA	2	8	17533	17540	50 %	0 %	25 %	25 %	525832385
30	NC_021815	GGAG	2	8	18373	18380	25 %	0 %	75 %	0 %	525832344
31	NC_021815	GGAT	2	8	19107	19114	25 %	25 %	50 %	0 %	525832387
32	NC_021815	AAGC	2	8	20034	20041	50 %	0 %	25 %	25 %	525832388
33	NC_021815	TGAC	2	8	20221	20228	25 %	25 %	25 %	25 %	525832388
34	NC_021815	GTCA	2	8	20639	20646	25 %	25 %	25 %	25 %	525832388
35	NC_021815	AAAG	2	8	20883	20890	75 %	0 %	25 %	0 %	525832389
36	NC_021815	CTTT	2	8	21005	21012	0 %	75 %	0 %	25 %	525832389
37	NC_021815	AACG	2	8	21232	21239	50 %	0 %	25 %	25 %	525832389
38	NC_021815	TTGA	2	8	21679	21686	25 %	50 %	25 %	0 %	525832389
39	NC_021815	GGAG	2	8	22357	22364	25 %	0 %	75 %	0 %	525832390
40	NC_021815	TGGT	2	8	22958	22965	0 %	50 %	50 %	0 %	525832392
41	NC_021815	TTTG	2	8	23185	23192	0 %	75 %	25 %	0 %	525832392
42	NC_021815	GCCA	2	8	23464	23471	25 %	0 %	25 %	50 %	525832392
43	NC_021815	ACCG	2	8	23542	23549	25 %	0 %	25 %	50 %	525832392
44	NC_021815	CCTC	2	8	23953	23960	0 %	25 %	0 %	75 %	525832392
45	NC_021815	ACAA	2	8	24412	24419	75 %	0 %	0 %	25 %	525832393
46	NC_021815	TGAG	2	8	24880	24887	25 %	25 %	50 %	0 %	525832394
47	NC_021815	GAGC	2	8	25109	25116	25 %	0 %	50 %	25 %	525832395
48	NC_021815	GTTG	2	8	25537	25544	0 %	50 %	50 %	0 %	525832396
49	NC_021815	CTTG	2	8	25765	25772	0 %	50 %	25 %	25 %	525832396
50	NC_021815	AGAA	2	8	25971	25978	75 %	0 %	25 %	0 %	525832396
51	NC_021815	GTCT	2	8	26369	26376	0 %	50 %	25 %	25 %	525832397
52	NC_021815	AAGG	2	8	26467	26474	50 %	0 %	50 %	0 %	525832397
53	NC_021815	ACTC	2	8	26701	26708	25 %	25 %	0 %	50 %	525832398
54	NC_021815	GGAT	2	8	26753	26760	25 %	25 %	50 %	0 %	525832398
55	NC_021815	TGCT	2	8	26974	26981	0 %	50 %	25 %	25 %	525832398
56	NC_021815	GAGC	2	8	27096	27103	25 %	0 %	50 %	25 %	525832398
57	NC_021815	TTGT	2	8	27954	27961	0 %	75 %	25 %	0 %	525832400
58	NC_021815	AGGA	2	8	28293	28300	50 %	0 %	50 %	0 %	525832401
59	NC_021815	TCCT	2	8	28514	28521	0 %	50 %	0 %	50 %	525832402
60	NC_021815	TGAA	2	8	28782	28789	50 %	25 %	25 %	0 %	525832403
61	NC_021815	ATTG	2	8	30084	30091	25 %	50 %	25 %	0 %	525832404
62	NC_021815	ACAA	2	8	31675	31682	75 %	0 %	0 %	25 %	525832405
63	NC_021815	CCTT	2	8	31767	31774	0 %	50 %	0 %	50 %	525832406
64	NC_021815	AATT	2	8	34567	34574	50 %	50 %	0 %	0 %	525832408
65	NC_021815	CGTC	2	8	35386	35393	0 %	25 %	25 %	50 %	525832411
66	NC_021815	CACG	2	8	35697	35704	25 %	0 %	25 %	50 %	525832411
67	NC_021815	AGAA	2	8	36310	36317	75 %	0 %	25 %	0 %	525832413
68	NC_021815	ACTG	2	8	36596	36603	25 %	25 %	25 %	25 %	525832413
69	NC_021815	GGTG	2	8	38284	38291	0 %	25 %	75 %	0 %	525832416
70	NC_021815	AACG	2	8	38324	38331	50 %	0 %	25 %	25 %	525832416
71	NC_021815	GGAT	2	8	38916	38923	25 %	25 %	50 %	0 %	525832417
72	NC_021815	CTGC	2	8	39244	39251	0 %	25 %	25 %	50 %	525832417
73	NC_021815	GGCA	2	8	39762	39769	25 %	0 %	50 %	25 %	525832418
74	NC_021815	CAAT	2	8	39898	39905	50 %	25 %	0 %	25 %	525832418
75	NC_021815	CTTG	2	8	40710	40717	0 %	50 %	25 %	25 %	525832419
76	NC_021815	GTCC	2	8	41069	41076	0 %	25 %	25 %	50 %	525832419
77	NC_021815	CGGC	2	8	41898	41905	0 %	0 %	50 %	50 %	525832419
78	NC_021815	CGGC	2	8	41970	41977	0 %	0 %	50 %	50 %	525832420
79	NC_021815	ACGC	2	8	42518	42525	25 %	0 %	25 %	50 %	525832421
80	NC_021815	CGGG	2	8	42772	42779	0 %	0 %	75 %	25 %	525832421
81	NC_021815	CTGG	2	8	43331	43338	0 %	25 %	50 %	25 %	525832421
82	NC_021815	GGCA	2	8	43478	43485	25 %	0 %	50 %	25 %	525832422
83	NC_021815	CCTG	2	8	43644	43651	0 %	25 %	25 %	50 %	525832422
84	NC_021815	TTGC	2	8	43659	43666	0 %	50 %	25 %	25 %	525832422
85	NC_021815	AAGC	2	8	43692	43699	50 %	0 %	25 %	25 %	525832422
86	NC_021815	CCAT	2	8	43719	43726	25 %	25 %	0 %	50 %	525832422
87	NC_021815	CGGC	2	8	43935	43942	0 %	0 %	50 %	50 %	525832422
88	NC_021815	AGCG	2	8	44023	44030	25 %	0 %	50 %	25 %	525832422
89	NC_021815	CGGC	2	8	44053	44060	0 %	0 %	50 %	50 %	525832422
90	NC_021815	CAGG	2	8	44988	44995	25 %	0 %	50 %	25 %	525832423
91	NC_021815	CACT	2	8	45407	45414	25 %	25 %	0 %	50 %	525832424
92	NC_021815	TGAC	2	8	46231	46238	25 %	25 %	25 %	25 %	525832425
93	NC_021815	TTTC	2	8	46819	46826	0 %	75 %	0 %	25 %	525832427
94	NC_021815	ACAG	2	8	46989	46996	50 %	0 %	25 %	25 %	525832427
95	NC_021815	CTGC	2	8	47209	47216	0 %	25 %	25 %	50 %	525832427
96	NC_021815	CGAG	2	8	47365	47372	25 %	0 %	50 %	25 %	525832427
97	NC_021815	AAAG	2	8	48504	48511	75 %	0 %	25 %	0 %	525832429
98	NC_021815	ATGG	2	8	48526	48533	25 %	25 %	50 %	0 %	525832429
99	NC_021815	TCAT	2	8	48683	48690	25 %	50 %	0 %	25 %	525832429
100	NC_021815	TGAT	2	8	48800	48807	25 %	50 %	25 %	0 %	525832429
101	NC_021815	TGAA	2	8	49766	49773	50 %	25 %	25 %	0 %	525832430
102	NC_021815	ACTG	2	8	49887	49894	25 %	25 %	25 %	25 %	525832430
103	NC_021815	GACC	2	8	50259	50266	25 %	0 %	25 %	50 %	525832430
104	NC_021815	GAAT	2	8	50579	50586	50 %	25 %	25 %	0 %	525832431
105	NC_021815	TCCA	2	8	50991	50998	25 %	25 %	0 %	50 %	525832432
106	NC_021815	AGCA	2	8	51957	51964	50 %	0 %	25 %	25 %	525832434
107	NC_021815	AGGC	2	8	52207	52214	25 %	0 %	50 %	25 %	525832434
108	NC_021815	CAAA	2	8	52707	52714	75 %	0 %	0 %	25 %	525832436
109	NC_021815	GTTC	2	8	52836	52843	0 %	50 %	25 %	25 %	525832436
110	NC_021815	AAGG	2	8	53875	53882	50 %	0 %	50 %	0 %	525832438
111	NC_021815	TGGT	2	8	54302	54309	0 %	50 %	50 %	0 %	525832439
112	NC_021815	CAGA	2	8	54462	54469	50 %	0 %	25 %	25 %	525832439
113	NC_021815	GTTC	2	8	55553	55560	0 %	50 %	25 %	25 %	525832440
114	NC_021815	AAGG	2	8	55992	55999	50 %	0 %	50 %	0 %	525832440
115	NC_021815	CTCG	2	8	56747	56754	0 %	25 %	25 %	50 %	525832442
116	NC_021815	AGAT	2	8	57355	57362	50 %	25 %	25 %	0 %	525832443
117	NC_021815	GCGA	2	8	57389	57396	25 %	0 %	50 %	25 %	525832443
118	NC_021815	CCAT	2	8	57830	57837	25 %	25 %	0 %	50 %	525832345
119	NC_021815	AGAC	2	8	58853	58860	50 %	0 %	25 %	25 %	525832445
120	NC_021815	TTTG	2	8	59081	59088	0 %	75 %	25 %	0 %	525832445
121	NC_021815	GCAA	2	8	59131	59138	50 %	0 %	25 %	25 %	525832445
122	NC_021815	TTTG	2	8	59175	59182	0 %	75 %	25 %	0 %	525832445
123	NC_021815	CAAA	2	8	59303	59310	75 %	0 %	0 %	25 %	525832445
124	NC_021815	GCCA	2	8	59568	59575	25 %	0 %	25 %	50 %	525832445
125	NC_021815	ACAA	2	8	60027	60034	75 %	0 %	0 %	25 %	525832445
126	NC_021815	ACCA	2	8	60133	60140	50 %	0 %	0 %	50 %	525832445
127	NC_021815	CAAA	2	8	60246	60253	75 %	0 %	0 %	25 %	525832445
128	NC_021815	AGGG	2	8	60435	60442	25 %	0 %	75 %	0 %	525832445
129	NC_021815	GCCA	2	8	60582	60589	25 %	0 %	25 %	50 %	525832445
130	NC_021815	CAGC	2	8	63331	63338	25 %	0 %	25 %	50 %	525832448
131	NC_021815	CTGA	2	8	63510	63517	25 %	25 %	25 %	25 %	525832448
132	NC_021815	AACA	2	8	63526	63533	75 %	0 %	0 %	25 %	525832448
133	NC_021815	GCAA	2	8	63972	63979	50 %	0 %	25 %	25 %	525832448
134	NC_021815	AAAC	2	8	64309	64316	75 %	0 %	0 %	25 %	525832448
135	NC_021815	GGCT	2	8	64673	64680	0 %	25 %	50 %	25 %	525832449
136	NC_021815	GGCA	2	8	65436	65443	25 %	0 %	50 %	25 %	525832449
137	NC_021815	TGGT	2	8	65925	65932	0 %	50 %	50 %	0 %	525832449
138	NC_021815	ATGA	2	8	66546	66553	50 %	25 %	25 %	0 %	525832450
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140	NC_021815	GACA	2	8	67098	67105	50 %	0 %	25 %	25 %	525832451
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408	NC_021815	CAGC	2	8	211509	211516	25 %	0 %	25 %	50 %	525832565
409	NC_021815	CTGA	2	8	213399	213406	25 %	25 %	25 %	25 %	525832565
410	NC_021815	TTCT	2	8	213541	213548	0 %	75 %	0 %	25 %	525832565
411	NC_021815	GTTT	2	8	213776	213783	0 %	75 %	25 %	0 %	525832566
412	NC_021815	TCCC	2	8	213900	213907	0 %	25 %	0 %	75 %	525832566
413	NC_021815	TCTG	2	8	215088	215095	0 %	50 %	25 %	25 %	525832567
414	NC_021815	CTAT	2	8	215567	215574	25 %	50 %	0 %	25 %	525832567
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416	NC_021815	TTAT	2	8	216571	216578	25 %	75 %	0 %	0 %	525832570
417	NC_021815	CTGC	2	8	217191	217198	0 %	25 %	25 %	50 %	525832570
418	NC_021815	ATTC	2	8	218930	218937	25 %	50 %	0 %	25 %	525832572

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.