MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium var. 5- str. CFSAN001921 plasmid unnamed

Total Repeats: 353

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021815	GA	3	6	297	302	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021815	AT	3	6	344	349	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021815	TA	3	6	2659	2664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021815	AT	3	6	2874	2879	50 %	50 %	0 %	0 %	525832360
5	NC_021815	CA	3	6	2983	2988	50 %	0 %	0 %	50 %	525832360
6	NC_021815	CA	3	6	6674	6679	50 %	0 %	0 %	50 %	525832365
7	NC_021815	CA	3	6	6823	6828	50 %	0 %	0 %	50 %	525832365
8	NC_021815	AC	3	6	9617	9622	50 %	0 %	0 %	50 %	525832369
9	NC_021815	AC	3	6	10121	10126	50 %	0 %	0 %	50 %	525832370
10	NC_021815	CA	3	6	11152	11157	50 %	0 %	0 %	50 %	525832342
11	NC_021815	GA	3	6	12200	12205	50 %	0 %	50 %	0 %	525832373
12	NC_021815	TA	3	6	12225	12230	50 %	50 %	0 %	0 %	525832373
13	NC_021815	GA	3	6	14223	14228	50 %	0 %	50 %	0 %	525832377
14	NC_021815	GA	3	6	14515	14520	50 %	0 %	50 %	0 %	525832343
15	NC_021815	GA	3	6	14930	14935	50 %	0 %	50 %	0 %	525832378
16	NC_021815	TA	3	6	15690	15695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021815	AC	3	6	15992	15997	50 %	0 %	0 %	50 %	525832381
18	NC_021815	AG	3	6	16107	16112	50 %	0 %	50 %	0 %	525832381
19	NC_021815	TC	3	6	18117	18122	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
20	NC_021815	GA	3	6	19994	19999	50 %	0 %	50 %	0 %	525832388
21	NC_021815	AG	3	6	20296	20301	50 %	0 %	50 %	0 %	525832388
22	NC_021815	CT	3	6	20471	20476	0 %	50 %	0 %	50 %	525832388
23	NC_021815	AG	3	6	20859	20864	50 %	0 %	50 %	0 %	525832389
24	NC_021815	CA	3	6	21272	21277	50 %	0 %	0 %	50 %	525832389
25	NC_021815	AG	3	6	25856	25861	50 %	0 %	50 %	0 %	525832396
26	NC_021815	AG	3	6	26584	26589	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021815	TC	3	6	26767	26772	0 %	50 %	0 %	50 %	525832398
28	NC_021815	TA	3	6	27908	27913	50 %	50 %	0 %	0 %	525832400
29	NC_021815	GT	3	6	27973	27978	0 %	50 %	50 %	0 %	525832400
30	NC_021815	TG	3	6	28017	28022	0 %	50 %	50 %	0 %	525832400
31	NC_021815	GA	3	6	28031	28036	50 %	0 %	50 %	0 %	525832400
32	NC_021815	TG	4	8	29052	29059	0 %	50 %	50 %	0 %	525832403
33	NC_021815	TC	3	6	29234	29239	0 %	50 %	0 %	50 %	525832403
34	NC_021815	CT	4	8	29282	29289	0 %	50 %	0 %	50 %	525832403
35	NC_021815	TG	3	6	29348	29353	0 %	50 %	50 %	0 %	525832403
36	NC_021815	TG	3	6	29367	29372	0 %	50 %	50 %	0 %	525832403
37	NC_021815	AT	3	6	29996	30001	50 %	50 %	0 %	0 %	525832404
38	NC_021815	GT	3	6	30156	30161	0 %	50 %	50 %	0 %	525832404
39	NC_021815	AG	3	6	30408	30413	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021815	TA	3	6	30414	30419	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021815	GA	3	6	30625	30630	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021815	TG	3	6	31149	31154	0 %	50 %	50 %	0 %	525832405
43	NC_021815	AG	3	6	31309	31314	50 %	0 %	50 %	0 %	525832405
44	NC_021815	TG	3	6	32467	32472	0 %	50 %	50 %	0 %	525832407
45	NC_021815	TC	3	6	32631	32636	0 %	50 %	0 %	50 %	525832407
46	NC_021815	CT	3	6	33126	33131	0 %	50 %	0 %	50 %	525832407
47	NC_021815	CT	3	6	33942	33947	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
48	NC_021815	CG	3	6	35651	35656	0 %	0 %	50 %	50 %	525832411
49	NC_021815	CA	4	8	35766	35773	50 %	0 %	0 %	50 %	525832411
50	NC_021815	GC	3	6	35897	35902	0 %	0 %	50 %	50 %	525832411
51	NC_021815	TG	3	6	36802	36807	0 %	50 %	50 %	0 %	525832414
52	NC_021815	GC	3	6	37729	37734	0 %	0 %	50 %	50 %	525832416
53	NC_021815	GC	3	6	38661	38666	0 %	0 %	50 %	50 %	525832416
54	NC_021815	GC	3	6	38796	38801	0 %	0 %	50 %	50 %	525832416
55	NC_021815	AG	3	6	38848	38853	50 %	0 %	50 %	0 %	525832416
56	NC_021815	GC	3	6	40531	40536	0 %	0 %	50 %	50 %	525832419
57	NC_021815	GT	3	6	41398	41403	0 %	50 %	50 %	0 %	525832419
58	NC_021815	CG	3	6	42185	42190	0 %	0 %	50 %	50 %	525832420
59	NC_021815	CG	4	8	44234	44241	0 %	0 %	50 %	50 %	525832422
60	NC_021815	GC	3	6	44430	44435	0 %	0 %	50 %	50 %	525832422
61	NC_021815	CG	3	6	44664	44669	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
62	NC_021815	GC	4	8	45017	45024	0 %	0 %	50 %	50 %	525832423
63	NC_021815	CT	3	6	45536	45541	0 %	50 %	0 %	50 %	525832424
64	NC_021815	CG	3	6	45597	45602	0 %	0 %	50 %	50 %	525832424
65	NC_021815	GT	3	6	46871	46876	0 %	50 %	50 %	0 %	525832427
66	NC_021815	GC	4	8	46963	46970	0 %	0 %	50 %	50 %	525832427
67	NC_021815	GC	3	6	47147	47152	0 %	0 %	50 %	50 %	525832427
68	NC_021815	CG	3	6	47418	47423	0 %	0 %	50 %	50 %	525832427
69	NC_021815	CT	3	6	48880	48885	0 %	50 %	0 %	50 %	525832429
70	NC_021815	TG	3	6	49690	49695	0 %	50 %	50 %	0 %	525832430
71	NC_021815	TC	3	6	50952	50957	0 %	50 %	0 %	50 %	525832432
72	NC_021815	GA	3	6	51202	51207	50 %	0 %	50 %	0 %	525832432
73	NC_021815	GA	3	6	51344	51349	50 %	0 %	50 %	0 %	525832432
74	NC_021815	TG	3	6	52173	52178	0 %	50 %	50 %	0 %	525832434
75	NC_021815	AC	3	6	54771	54776	50 %	0 %	0 %	50 %	525832440
76	NC_021815	TC	3	6	55316	55321	0 %	50 %	0 %	50 %	525832440
77	NC_021815	AG	3	6	55576	55581	50 %	0 %	50 %	0 %	525832440
78	NC_021815	AG	3	6	55662	55667	50 %	0 %	50 %	0 %	525832440
79	NC_021815	GA	3	6	55700	55705	50 %	0 %	50 %	0 %	525832440
80	NC_021815	GA	3	6	56116	56121	50 %	0 %	50 %	0 %	525832441
81	NC_021815	GA	4	8	57494	57501	50 %	0 %	50 %	0 %	525832443
82	NC_021815	TC	3	6	58703	58708	0 %	50 %	0 %	50 %	525832445
83	NC_021815	TC	3	6	60011	60016	0 %	50 %	0 %	50 %	525832445
84	NC_021815	GT	3	6	61561	61566	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021815	CT	3	6	61829	61834	0 %	50 %	0 %	50 %	525832448
86	NC_021815	AG	3	6	62405	62410	50 %	0 %	50 %	0 %	525832448
87	NC_021815	AC	3	6	62653	62658	50 %	0 %	0 %	50 %	525832448
88	NC_021815	TC	3	6	63770	63775	0 %	50 %	0 %	50 %	525832448
89	NC_021815	TC	3	6	63952	63957	0 %	50 %	0 %	50 %	525832448
90	NC_021815	GA	3	6	64984	64989	50 %	0 %	50 %	0 %	525832449
91	NC_021815	TG	3	6	66478	66483	0 %	50 %	50 %	0 %	525832450
92	NC_021815	AG	4	8	66745	66752	50 %	0 %	50 %	0 %	525832450
93	NC_021815	TG	3	6	67308	67313	0 %	50 %	50 %	0 %	525832451
94	NC_021815	TC	3	6	67904	67909	0 %	50 %	0 %	50 %	525832452
95	NC_021815	AG	3	6	68102	68107	50 %	0 %	50 %	0 %	525832452
96	NC_021815	GT	3	6	68227	68232	0 %	50 %	50 %	0 %	525832453
97	NC_021815	AC	3	6	68364	68369	50 %	0 %	0 %	50 %	525832453
98	NC_021815	AG	3	6	68497	68502	50 %	0 %	50 %	0 %	525832454
99	NC_021815	TC	3	6	70241	70246	0 %	50 %	0 %	50 %	525832456
100	NC_021815	TC	3	6	70566	70571	0 %	50 %	0 %	50 %	525832457
101	NC_021815	TG	3	6	71652	71657	0 %	50 %	50 %	0 %	525832458
102	NC_021815	GA	3	6	75264	75269	50 %	0 %	50 %	0 %	525832462
103	NC_021815	CT	3	6	75404	75409	0 %	50 %	0 %	50 %	525832462
104	NC_021815	CT	3	6	76745	76750	0 %	50 %	0 %	50 %	525832462
105	NC_021815	GT	3	6	76880	76885	0 %	50 %	50 %	0 %	525832462
106	NC_021815	CT	3	6	77324	77329	0 %	50 %	0 %	50 %	525832462
107	NC_021815	TG	3	6	78232	78237	0 %	50 %	50 %	0 %	525832462
108	NC_021815	GA	3	6	79563	79568	50 %	0 %	50 %	0 %	525832462
109	NC_021815	TC	3	6	79716	79721	0 %	50 %	0 %	50 %	525832462
110	NC_021815	CT	3	6	80094	80099	0 %	50 %	0 %	50 %	525832463
111	NC_021815	TG	3	6	80769	80774	0 %	50 %	50 %	0 %	525832464
112	NC_021815	TG	3	6	80781	80786	0 %	50 %	50 %	0 %	525832464
113	NC_021815	CT	3	6	81612	81617	0 %	50 %	0 %	50 %	525832464
114	NC_021815	TC	3	6	82437	82442	0 %	50 %	0 %	50 %	525832464
115	NC_021815	AC	3	6	82867	82872	50 %	0 %	0 %	50 %	525832464
116	NC_021815	AG	3	6	83792	83797	50 %	0 %	50 %	0 %	525832466
117	NC_021815	CA	3	6	85087	85092	50 %	0 %	0 %	50 %	525832467
118	NC_021815	CT	3	6	85268	85273	0 %	50 %	0 %	50 %	525832468
119	NC_021815	CT	3	6	85363	85368	0 %	50 %	0 %	50 %	525832468
120	NC_021815	CT	3	6	85499	85504	0 %	50 %	0 %	50 %	525832468
121	NC_021815	AG	3	6	86121	86126	50 %	0 %	50 %	0 %	525832469
122	NC_021815	TA	3	6	88974	88979	50 %	50 %	0 %	0 %	525832470
123	NC_021815	AT	3	6	89202	89207	50 %	50 %	0 %	0 %	525832470
124	NC_021815	CT	3	6	89388	89393	0 %	50 %	0 %	50 %	525832470
125	NC_021815	GC	3	6	89722	89727	0 %	0 %	50 %	50 %	525832470
126	NC_021815	TA	3	6	90874	90879	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021815	AT	3	6	90911	90916	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021815	AT	3	6	90922	90927	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021815	GT	3	6	91729	91734	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021815	CA	3	6	91786	91791	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021815	TA	3	6	92234	92239	50 %	50 %	0 %	0 %	525832473
132	NC_021815	AT	3	6	93230	93235	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021815	AG	3	6	93695	93700	50 %	0 %	50 %	0 %	525832474
134	NC_021815	TC	3	6	94870	94875	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
135	NC_021815	CT	3	6	94945	94950	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
136	NC_021815	TC	3	6	96798	96803	0 %	50 %	0 %	50 %	525832478
137	NC_021815	AG	3	6	97533	97538	50 %	0 %	50 %	0 %	525832346
138	NC_021815	GA	3	6	99052	99057	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021815	GA	3	6	99368	99373	50 %	0 %	50 %	0 %	525832480
140	NC_021815	AG	4	8	99653	99660	50 %	0 %	50 %	0 %	525832480
141	NC_021815	AG	3	6	99945	99950	50 %	0 %	50 %	0 %	525832480
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144	NC_021815	AT	3	6	100967	100972	50 %	50 %	0 %	0 %	525832481
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.