MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium var. 5- str. CFSAN001921

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021814	AATAAC	2	12	52758	52769	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021814	AGGGTT	2	12	115966	115977	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021814	TTGAAT	2	12	147075	147086	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021814	TGGTTA	2	12	148822	148833	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021814	ATCATT	2	12	187459	187470	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021814	TACAAC	2	12	193126	193137	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021814	AATGAA	2	12	314362	314373	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021814	ACTGAA	2	12	314393	314404	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021814	CGGTGG	2	12	384228	384239	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021814	GATCGC	2	12	428485	428496	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021814	CGACGC	2	12	454546	454557	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021814	GAACAG	2	12	473492	473503	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021814	CATAAT	2	12	474655	474666	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021814	ACCGAG	4	24	491187	491210	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021814	TTTTAA	2	12	523065	523076	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021814	TTATTG	2	12	626181	626192	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021814	TAAGAT	2	12	639717	639728	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021814	ATTTTT	2	12	666451	666462	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021814	TTTAAT	2	12	683399	683410	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021814	GCCTTT	2	12	685858	685869	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021814	AATTTT	2	12	735336	735347	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021814	TTTTGT	2	12	766158	766169	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021814	AAAACA	2	12	842831	842842	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021814	CTGTAG	2	12	858360	858371	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021814	AAGTAA	2	12	865377	865388	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021814	CGCAGC	2	12	882643	882654	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
27	NC_021814	GTGAAT	2	12	919568	919579	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021814	ATGAAA	2	12	990915	990926	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021814	ACTTAC	2	12	1000225	1000236	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021814	TTAATG	2	12	1076353	1076364	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021814	TGAAGG	2	12	1148791	1148802	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021814	GAAAAT	2	12	1184222	1184233	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021814	AACTGG	2	12	1184584	1184595	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021814	GATAAA	2	12	1253281	1253292	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021814	CATAAA	2	12	1283287	1283298	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021814	TTGTTA	2	12	1291492	1291503	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021814	AATAAC	2	12	1328321	1328332	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021814	TATATG	2	12	1372533	1372544	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021814	CTGATT	2	12	1372715	1372726	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021814	CGAATC	2	12	1382756	1382767	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021814	CTGGAG	2	12	1462827	1462838	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021814	TATCAA	2	12	1515827	1515838	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
43	NC_021814	GCTTTA	2	12	1533417	1533428	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021814	TACCTG	2	12	1551718	1551729	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021814	GTGAAA	2	12	1563764	1563775	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021814	TGAAGA	2	12	1599674	1599685	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021814	ACGTTG	2	12	1623067	1623078	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021814	TTAACA	2	12	1659174	1659185	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021814	AGCCAA	2	12	1663897	1663908	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_021814	CGCTCC	2	12	1665848	1665859	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
51	NC_021814	CGCAGA	2	12	1746458	1746469	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021814	CATTTC	2	12	1755846	1755857	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021814	ACTATA	2	12	1759063	1759074	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021814	ACATAA	2	12	1839793	1839804	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_021814	GGGGAA	2	12	1886787	1886798	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021814	TTAATG	2	12	1889701	1889712	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021814	AATATC	2	12	1904268	1904279	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021814	CAAAAA	2	12	1971037	1971048	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021814	GCGCTG	2	12	2056343	2056354	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021814	AAGACT	2	12	2097590	2097601	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021814	GCGAGC	2	12	2112491	2112502	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021814	GCGCTT	2	12	2199838	2199849	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021814	AAAATC	2	12	2201465	2201476	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021814	TAAACC	2	12	2222852	2222863	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021814	GTTTTT	2	12	2239408	2239419	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021814	CTTTTT	2	12	2267334	2267345	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021814	AAATAA	2	12	2318967	2318978	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021814	ATAATT	2	12	2322539	2322550	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021814	TGACAA	2	12	2345492	2345503	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021814	TACTCA	2	12	2387437	2387448	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021814	TAAACG	2	12	2389859	2389870	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021814	CGAGAT	2	12	2420932	2420943	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021814	CATTTA	2	12	2421398	2421409	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021814	CTGTGC	2	12	2440687	2440698	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021814	ATCTTT	2	12	2471176	2471187	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021814	CGTCAT	2	12	2550338	2550349	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021814	ACGATG	2	12	2571959	2571970	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021814	ATAAAA	2	12	2593472	2593483	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021814	TTTTCA	2	12	2619430	2619441	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021814	GTTAAT	2	12	2710885	2710896	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021814	TTTTTG	2	12	2710937	2710948	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021814	TATTTT	2	12	2711129	2711140	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021814	ATTTGC	2	12	2876126	2876137	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021814	ACGTTA	2	12	2895954	2895965	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021814	ATTGCA	2	12	2928723	2928734	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021814	ATTGCA	2	12	2928738	2928749	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021814	TGGCGC	2	12	2974167	2974178	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021814	CGCCTG	2	12	2979896	2979907	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
89	NC_021814	ATAGCA	2	12	2992027	2992038	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021814	TTAAAT	2	12	3021615	3021626	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021814	TATCAC	2	12	3042287	3042298	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_021814	CACAGC	2	12	3073948	3073959	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021814	AATGAG	2	12	3141860	3141871	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021814	AGCAGT	2	12	3152237	3152248	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021814	AAAGCA	2	12	3187255	3187266	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021814	TAACGC	2	12	3196298	3196309	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021814	TGAGAA	2	12	3207931	3207942	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021814	TTCATC	2	12	3215979	3215990	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021814	ATATTG	2	12	3337771	3337782	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021814	AACTGT	2	12	3392407	3392418	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021814	TTATCC	2	12	3433329	3433340	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021814	CCTCTT	2	12	3438970	3438981	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021814	AGCATT	2	12	3446160	3446171	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021814	ACCACA	2	12	3492693	3492704	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021814	GGTTAA	2	12	3514737	3514748	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021814	TTAAGA	2	12	3547054	3547065	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021814	GACAAT	2	12	3552675	3552686	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021814	ATGGTG	2	12	3570038	3570049	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021814	TTTTAC	2	12	3575621	3575632	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021814	GCGCTT	2	12	3590560	3590571	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
111	NC_021814	TGGCGC	2	12	3593457	3593468	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021814	ATTAAA	2	12	3598080	3598091	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021814	ATCATT	2	12	3618737	3618748	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021814	CTTTAT	2	12	3654107	3654118	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021814	ATATCA	2	12	3664331	3664342	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021814	GGAAAA	2	12	3728115	3728126	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021814	AATCTG	2	12	3769255	3769266	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021814	AGCGCC	2	12	3792087	3792098	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_021814	TATCTC	2	12	3813920	3813931	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021814	TAAAAA	2	12	3831160	3831171	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021814	CAGAAT	2	12	3832148	3832159	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_021814	ATGGGG	2	12	3853677	3853688	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021814	TCATAA	2	12	3863679	3863690	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_021814	TCAATA	2	12	3886524	3886535	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_021814	AACGCG	2	12	3913962	3913973	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
126	NC_021814	AGTTCA	2	12	3914098	3914109	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_021814	CTTACA	2	12	3922633	3922644	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021814	AAAGAC	2	12	3922736	3922747	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_021814	AAGCGC	2	12	3958509	3958520	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021814	TGGTTA	2	12	3985137	3985148	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021814	TCAAAA	2	12	4025721	4025732	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_021814	CAGAAG	2	12	4025877	4025888	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021814	ACAAAA	2	12	4071080	4071091	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_021814	TAACGC	2	12	4094329	4094340	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021814	AGTAAA	2	12	4120746	4120757	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021814	TTATAT	2	12	4165269	4165280	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021814	ATTGAT	2	12	4177352	4177363	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021814	AAAAGA	2	12	4321892	4321903	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021814	TCATGT	2	12	4462130	4462141	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_021814	TAATGC	2	12	4473882	4473893	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_021814	GAACAC	2	12	4476735	4476746	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
142	NC_021814	GTTGAT	2	12	4536047	4536058	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021814	CGATCG	2	12	4579467	4579478	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021814	CAGCGT	2	12	4616581	4616592	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
145	NC_021814	ATTAAG	2	12	4648497	4648508	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021814	GAATGA	2	12	4711912	4711923	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021814	GTGCTC	2	12	4712076	4712087	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
148	NC_021814	GCGACA	2	12	4830547	4830558	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.