MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica Serovar Heidelberg str. CFSAN002069 plasmid pCFSAN002069_01

Total Repeats: 77

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021813	TGAAT	2	10	290	299	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021813	ACGCA	2	10	4517	4526	40 %	0 %	20 %	40 %	525819458
3	NC_021813	GTTGT	2	10	7741	7750	0 %	60 %	40 %	0 %	525819461
4	NC_021813	ACTGA	2	10	7938	7947	40 %	20 %	20 %	20 %	525819462
5	NC_021813	TCCAG	2	10	9768	9777	20 %	20 %	20 %	40 %	525819463
6	NC_021813	ATATA	2	10	12784	12793	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021813	TTGAA	2	10	15454	15463	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021813	GCCCG	2	10	15468	15477	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_021813	CAGCA	2	10	16528	16537	40 %	0 %	20 %	40 %	525819471
10	NC_021813	GCTTC	2	10	16579	16588	0 %	40 %	20 %	40 %	525819471
11	NC_021813	TATGG	2	10	16927	16936	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021813	ATTTT	2	10	17492	17501	20 %	80 %	0 %	0 %	525819472
13	NC_021813	GAAGA	2	10	17553	17562	60 %	0 %	40 %	0 %	525819472
14	NC_021813	GCCGC	2	10	19289	19298	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021813	CTGAA	2	10	19886	19895	40 %	20 %	20 %	20 %	525819474
16	NC_021813	AAGGA	2	10	20417	20426	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021813	GCCTG	2	10	21290	21299	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
18	NC_021813	TGGCA	2	10	25779	25788	20 %	20 %	40 %	20 %	525819480
19	NC_021813	ATCCC	2	10	27626	27635	20 %	20 %	0 %	60 %	525819482
20	NC_021813	CGCTG	2	10	27769	27778	0 %	20 %	40 %	40 %	525819482
21	NC_021813	CGATC	2	10	29606	29615	20 %	20 %	20 %	40 %	525819483
22	NC_021813	ATCGG	2	10	30171	30180	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021813	TGGCT	2	10	30185	30194	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021813	ACCCT	2	10	30682	30691	20 %	20 %	0 %	60 %	525819484
25	NC_021813	GGTGC	2	10	31083	31092	0 %	20 %	60 %	20 %	525819484
26	NC_021813	GCGCC	2	10	31419	31428	0 %	0 %	40 %	60 %	525819484
27	NC_021813	GCTCG	2	10	32186	32195	0 %	20 %	40 %	40 %	525819448
28	NC_021813	GCCGC	2	10	35180	35189	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
29	NC_021813	CGAAC	2	10	36256	36265	40 %	0 %	20 %	40 %	525819487
30	NC_021813	AGGAT	2	10	37774	37783	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021813	GCCAA	2	10	39063	39072	40 %	0 %	20 %	40 %	525819489
32	NC_021813	GCATC	2	10	39554	39563	20 %	20 %	20 %	40 %	525819489
33	NC_021813	CGCGC	2	10	40733	40742	0 %	0 %	40 %	60 %	525819489
34	NC_021813	TCCGG	2	10	43287	43296	0 %	20 %	40 %	40 %	525819492
35	NC_021813	ACATC	2	10	43763	43772	40 %	20 %	0 %	40 %	525819492
36	NC_021813	CGTTC	2	10	44235	44244	0 %	40 %	20 %	40 %	525819493
37	NC_021813	CAGAC	2	10	45264	45273	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021813	TCTTT	2	10	46202	46211	0 %	80 %	0 %	20 %	525819496
39	NC_021813	AGAAA	2	10	49705	49714	80 %	0 %	20 %	0 %	525819498
40	NC_021813	CGGCC	2	10	51457	51466	0 %	0 %	40 %	60 %	525819501
41	NC_021813	GAAAA	2	10	52513	52522	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021813	TTATG	2	10	54065	54074	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021813	CAAAA	2	10	54414	54423	80 %	0 %	0 %	20 %	525819505
44	NC_021813	CGTTA	2	10	55860	55869	20 %	40 %	20 %	20 %	525819507
45	NC_021813	CACTG	2	10	56190	56199	20 %	20 %	20 %	40 %	525819507
46	NC_021813	CTAAA	2	10	56297	56306	60 %	20 %	0 %	20 %	525819507
47	NC_021813	CTTTT	2	10	57210	57219	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021813	CGCGG	2	10	58603	58612	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
49	NC_021813	ACGGG	2	10	58655	58664	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021813	GCTGG	2	10	59300	59309	0 %	20 %	60 %	20 %	525819510
51	NC_021813	CCGCC	2	10	60973	60982	0 %	0 %	20 %	80 %	525819513
52	NC_021813	GGCAC	2	10	61443	61452	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
53	NC_021813	ACCGT	2	10	61733	61742	20 %	20 %	20 %	40 %	525819515
54	NC_021813	TGTAC	2	10	61968	61977	20 %	40 %	20 %	20 %	525819516
55	NC_021813	CCGGC	2	10	62675	62684	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_021813	CCGCC	2	10	63892	63901	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
57	NC_021813	CTGTC	2	10	64293	64302	0 %	40 %	20 %	40 %	525819519
58	NC_021813	AAGTG	2	10	64930	64939	40 %	20 %	40 %	0 %	525819519
59	NC_021813	CCGCC	2	10	66194	66203	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
60	NC_021813	CTGGT	2	10	67170	67179	0 %	40 %	40 %	20 %	525819521
61	NC_021813	GGCAC	2	10	68390	68399	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021813	TGACC	2	10	68518	68527	20 %	20 %	20 %	40 %	525819523
63	NC_021813	GTTAC	2	10	70825	70834	20 %	40 %	20 %	20 %	525819453
64	NC_021813	GAGCA	2	10	71513	71522	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021813	TTTAT	2	10	72002	72011	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021813	ATGAC	2	10	74473	74482	40 %	20 %	20 %	20 %	525819531
67	NC_021813	ATCGT	2	10	75040	75049	20 %	40 %	20 %	20 %	525819531
68	NC_021813	CAGGG	2	10	80673	80682	20 %	0 %	60 %	20 %	525819534
69	NC_021813	TTTTG	2	10	83487	83496	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021813	CATAA	2	10	86474	86483	60 %	20 %	0 %	20 %	525819541
71	NC_021813	TGAGC	2	10	86484	86493	20 %	20 %	40 %	20 %	525819541
72	NC_021813	GTCTG	2	10	87527	87536	0 %	40 %	40 %	20 %	525819542
73	NC_021813	TCTTT	2	10	90748	90757	0 %	80 %	0 %	20 %	525819544
74	NC_021813	ACCGG	2	10	94377	94386	20 %	0 %	40 %	40 %	525819548
75	NC_021813	CCAGT	2	10	102999	103008	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_021813	GACAG	2	10	103541	103550	40 %	0 %	40 %	20 %	525819557
77	NC_021813	AAAGG	2	10	105470	105479	60 %	0 %	40 %	0 %	525819559

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.