MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. 41578 plasmid pSEEH1578_01

Total Repeats: 71

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021811	CTGTC	2	10	1678	1687	0 %	40 %	20 %	40 %	525811115
2	NC_021811	GACTG	2	10	2219	2228	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021811	CCGGT	2	10	10842	10851	0 %	20 %	40 %	40 %	525811124
4	NC_021811	GCACA	2	10	13566	13575	40 %	0 %	20 %	40 %	525811128
5	NC_021811	CAGAC	2	10	17692	17701	40 %	0 %	20 %	40 %	525811131
6	NC_021811	GCTCA	2	10	18735	18744	20 %	20 %	20 %	40 %	525811132
7	NC_021811	TTATG	2	10	18745	18754	20 %	60 %	20 %	0 %	525811132
8	NC_021811	CCCTG	2	10	24546	24555	0 %	20 %	20 %	60 %	525811139
9	NC_021811	ACGAT	2	10	30179	30188	40 %	20 %	20 %	20 %	525811142
10	NC_021811	GTCAT	2	10	30746	30755	20 %	40 %	20 %	20 %	525811142
11	NC_021811	TCCGG	2	10	34380	34389	0 %	20 %	40 %	40 %	525811148
12	NC_021811	ACATC	2	10	34856	34865	40 %	20 %	0 %	40 %	525811148
13	NC_021811	CGTTC	2	10	35328	35337	0 %	40 %	20 %	40 %	525811149
14	NC_021811	CAGAC	2	10	36357	36366	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021811	TGCTC	2	10	36413	36422	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021811	GTAAC	2	10	37101	37110	40 %	20 %	20 %	20 %	525811151
17	NC_021811	GGTCA	2	10	39408	39417	20 %	20 %	40 %	20 %	525811153
18	NC_021811	GTGCC	2	10	39536	39545	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_021811	GGCAC	2	10	39752	39761	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
20	NC_021811	ACCAG	2	10	40756	40765	40 %	0 %	20 %	40 %	525811155
21	NC_021811	CACTT	2	10	42996	43005	20 %	40 %	0 %	40 %	525811157
22	NC_021811	GACAG	2	10	43633	43642	40 %	0 %	40 %	20 %	525811157
23	NC_021811	GGGCG	2	10	44033	44042	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021811	GCCGG	2	10	45251	45260	0 %	0 %	60 %	40 %	525811161
25	NC_021811	ACAGT	2	10	45955	45964	40 %	20 %	20 %	20 %	525811163
26	NC_021811	ACGGT	2	10	46193	46202	20 %	20 %	40 %	20 %	525811164
27	NC_021811	GTGCC	2	10	46483	46492	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
28	NC_021811	GGCAC	2	10	46700	46709	20 %	0 %	40 %	40 %	525811165
29	NC_021811	GTGTT	2	10	47616	47625	0 %	60 %	40 %	0 %	525811166
30	NC_021811	CCAGC	2	10	48626	48635	20 %	0 %	20 %	60 %	525811169
31	NC_021811	CCCGT	2	10	49271	49280	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
32	NC_021811	GCCGC	2	10	49322	49331	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
33	NC_021811	AAAAG	2	10	50716	50725	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021811	TTTAG	2	10	51629	51638	20 %	60 %	20 %	0 %	525811173
35	NC_021811	CAGTG	2	10	51736	51745	20 %	20 %	40 %	20 %	525811173
36	NC_021811	GTAAC	2	10	52065	52074	40 %	20 %	20 %	20 %	525811173
37	NC_021811	TTTTG	2	10	53512	53521	0 %	80 %	20 %	0 %	525811175
38	NC_021811	CATAA	2	10	53861	53870	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021811	TTTTC	2	10	58220	58229	0 %	80 %	0 %	20 %	525811181
40	NC_021811	AAAGA	2	10	61724	61733	80 %	0 %	20 %	0 %	525811183
41	NC_021811	CACGG	2	10	65462	65471	20 %	0 %	40 %	40 %	525811188
42	NC_021811	GCGCG	2	10	65813	65822	0 %	0 %	60 %	40 %	525811188
43	NC_021811	CGATG	2	10	66991	67000	20 %	20 %	40 %	20 %	525811188
44	NC_021811	TTGGC	2	10	67483	67492	0 %	40 %	40 %	20 %	525811189
45	NC_021811	GGCCT	2	10	67958	67967	0 %	20 %	40 %	40 %	525811190
46	NC_021811	GAGCA	2	10	68147	68156	40 %	0 %	40 %	20 %	525811190
47	NC_021811	TTTAA	2	10	68700	68709	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021811	TTGCT	2	10	69464	69473	0 %	60 %	20 %	20 %	525811191
49	NC_021811	TTTAA	2	10	75574	75583	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021811	TGCTC	2	10	76453	76462	0 %	40 %	20 %	40 %	525811199
51	NC_021811	AGGCC	2	10	76642	76651	20 %	0 %	40 %	40 %	525811199
52	NC_021811	TGAAC	2	10	77212	77221	40 %	20 %	20 %	20 %	525811200
53	NC_021811	GAGCT	2	10	78186	78195	20 %	20 %	40 %	20 %	525811200
54	NC_021811	GCTGA	2	10	78218	78227	20 %	20 %	40 %	20 %	525811200
55	NC_021811	GCCGC	2	10	81165	81174	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
56	NC_021811	CGAAC	2	10	82238	82247	40 %	0 %	20 %	40 %	525811206
57	NC_021811	CGCGC	2	10	86262	86271	0 %	0 %	40 %	60 %	525811209
58	NC_021811	AGGGC	2	10	87120	87129	20 %	0 %	60 %	20 %	525811210
59	NC_021811	GAAGC	2	10	87539	87548	40 %	0 %	40 %	20 %	525811211
60	NC_021811	CCTTT	2	10	88280	88289	0 %	60 %	0 %	40 %	525811212
61	NC_021811	CAGGC	2	10	91060	91069	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021811	ATCCC	2	10	92953	92962	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
63	NC_021811	TCTCT	2	10	95240	95249	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021811	CCATA	2	10	95868	95877	40 %	20 %	0 %	40 %	525811219
65	NC_021811	GAAGC	2	10	96216	96225	40 %	0 %	40 %	20 %	525811220
66	NC_021811	CGGGC	2	10	97327	97336	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
67	NC_021811	CTGGA	2	10	103027	103036	20 %	20 %	40 %	20 %	525811228
68	NC_021811	TCAGT	2	10	104857	104866	20 %	40 %	20 %	20 %	525811229
69	NC_021811	TGCGT	2	10	108278	108287	0 %	40 %	40 %	20 %	525811233
70	NC_021811	TGAAT	2	10	112917	112926	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021811	CCTTT	2	10	117679	117688	0 %	60 %	0 %	40 %	525811242

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.