MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. 41578

Total Repeats: 148

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021810	CTCGGT	5	30	7688	7717	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021810	GATTAT	2	12	24178	24189	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021810	CCTGTT	2	12	24791	24802	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
4	NC_021810	GGCGTC	2	12	52434	52445	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021810	GCGATC	2	12	78497	78508	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021810	CCACCG	2	12	122756	122767	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
7	NC_021810	AGTAAC	2	12	124227	124238	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
8	NC_021810	GTAATA	2	12	124339	124350	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021810	AATGAA	2	12	140289	140300	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021810	TCGATA	2	12	147238	147249	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021810	TTCAGT	2	12	199109	199120	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021810	AGTTGT	2	12	320165	320176	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021810	AATGAT	2	12	325833	325844	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021810	TAACCA	2	12	364136	364147	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021810	AACCCT	2	12	390279	390290	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021810	TAAGCG	2	12	409003	409014	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021810	TGTTAT	2	12	452584	452595	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021810	ACAAAA	2	12	504497	504508	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021810	AATATT	2	12	653267	653278	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021810	TAAAAA	2	12	769471	769482	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021810	GCGATC	2	12	784643	784654	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021810	ATTATA	2	12	816950	816961	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021810	ATCAAC	2	12	827984	827995	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021810	TTTTTA	2	12	891423	891434	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021810	GCATTA	2	12	901418	901429	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021810	TAAATA	2	12	907361	907372	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021810	ACATGA	2	12	913170	913181	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021810	TATCAA	2	12	1188000	1188011	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021810	AAATAT	2	12	1200071	1200082	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021810	TTTTAA	2	12	1200267	1200278	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021810	AAAATA	2	12	1230857	1230868	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021810	TTTTAC	2	12	1276319	1276330	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021810	AGCGTT	2	12	1295158	1295169	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021810	TTTTGT	2	12	1318321	1318332	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021810	TTTTGA	2	12	1362384	1362395	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021810	TAACCA	2	12	1403532	1403543	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021810	GCGCTT	2	12	1430160	1430171	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021810	GTCTTT	2	12	1465932	1465943	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021810	TGTAAG	2	12	1466035	1466046	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021810	CGCGTT	2	12	1474700	1474711	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021810	ATCAGC	2	12	1517507	1517518	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021810	TTATGA	2	12	1527238	1527249	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021810	GAAAAA	2	12	1527287	1527298	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021810	CCCCAT	2	12	1535712	1535723	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_021810	TTGATT	2	12	1546973	1546984	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021810	ATTCTG	2	12	1557322	1557333	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021810	TTTTTA	2	12	1558310	1558321	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021810	GAGATA	2	12	1575554	1575565	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021810	TGGCGC	2	12	1597386	1597397	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_021810	TTTTCC	2	12	1637715	1637726	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021810	TGATAT	2	12	1701881	1701892	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021810	AATGAT	2	12	1747472	1747483	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021810	TTATCA	2	12	1748853	1748864	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021810	TTTAAT	2	12	1768130	1768141	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021810	AGCGCC	2	12	1772752	1772763	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
56	NC_021810	AAGCGC	2	12	1775640	1775651	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021810	TCTTAA	2	12	1819147	1819158	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
58	NC_021810	TGTGGT	2	12	1865059	1865070	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021810	AAAGAA	2	12	1865374	1865385	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021810	CGGGTG	2	12	1906709	1906720	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021810	AATGCT	2	12	1911335	1911346	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021810	AAGAGG	2	12	1918525	1918536	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021810	GGATAA	2	12	1924166	1924177	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021810	TAAAAT	2	12	2012513	2012524	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021810	ATAAAT	2	12	2013203	2013214	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021810	CAATAT	2	12	2030431	2030442	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021810	AGCGAA	2	12	2092544	2092555	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021810	TTAAAT	2	12	2150217	2150228	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021810	AGATGA	2	12	2151809	2151820	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021810	TTCTCA	2	12	2159797	2159808	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021810	CTCATT	2	12	2218231	2218242	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021810	GTGATA	2	12	2317809	2317820	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021810	AAATTT	2	12	2338467	2338478	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021810	TGCTAT	2	12	2368055	2368066	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
75	NC_021810	CAGGCG	2	12	2380311	2380322	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_021810	AGCGCC	2	12	2386039	2386050	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021810	TGCAAT	2	12	2431468	2431479	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021810	TAACGT	2	12	2464235	2464246	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
79	NC_021810	TGCAAA	2	12	2484062	2484073	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021810	TTTTTA	2	12	2589599	2589610	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021810	AGGGAA	2	12	2648949	2648960	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021810	CAAAAA	2	12	2649229	2649240	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021810	GTCGCC	2	12	2692759	2692770	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021810	TGAAAA	2	12	2740007	2740018	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021810	CATCGT	2	12	2785310	2785321	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_021810	GATGAC	2	12	2806939	2806950	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021810	TTTTGC	2	12	2848929	2848940	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021810	AAAGAT	2	12	2885917	2885928	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021810	GTTTTT	2	12	2907822	2907833	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021810	CTTTTT	2	12	2908153	2908164	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021810	TATTTT	2	12	2935519	2935530	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021810	ATCTCG	2	12	2937983	2937994	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021810	AAAAAT	2	12	2957032	2957043	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021810	AAGAGA	2	12	2963075	2963086	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021810	CGTTTA	2	12	2969056	2969067	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021810	TGAGTA	2	12	2971478	2971489	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021810	TAATTA	2	12	3036175	3036186	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021810	AAAAAC	2	12	3119300	3119311	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021810	GGTTTA	2	12	3133139	3133150	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021810	GATTTT	2	12	3154530	3154541	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021810	AAGCGC	2	12	3156157	3156168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021810	CGCTCG	2	12	3240942	3240953	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021810	AGTCTT	2	12	3256167	3256178	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021810	CCACGC	2	12	3447732	3447743	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_021810	CATCAC	2	12	3449358	3449369	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
106	NC_021810	TTTTCA	2	12	3451308	3451319	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021810	CATTAA	2	12	3465784	3465795	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021810	TTCCCC	2	12	3468696	3468707	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
109	NC_021810	TTTATG	2	12	3515707	3515718	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021810	TATTTA	2	12	3519837	3519848	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021810	TTATTT	2	12	3523355	3523366	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021810	TTTTAT	2	12	3549043	3549054	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021810	CAGCTC	2	12	3566941	3566952	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
114	NC_021810	TATAGT	2	12	3596326	3596337	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021810	TCTGCG	2	12	3608931	3608942	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021810	TTGGCT	2	12	3691489	3691500	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021810	TGTTAA	2	12	3696212	3696223	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021810	CAGGTA	2	12	3800295	3800306	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
119	NC_021810	TAAAGC	2	12	3818603	3818614	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_021810	GATTCG	2	12	3929075	3929086	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021810	AATCAG	2	12	3939114	3939125	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_021810	CATATA	2	12	3939296	3939307	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021810	GTTATT	2	12	3983480	3983491	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021810	ATAACA	2	12	4020308	4020319	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_021810	ACATAA	2	12	4020526	4020537	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021810	TGTTTA	2	12	4028512	4028523	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021810	TTTATC	2	12	4058519	4058530	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_021810	ATTTTC	2	12	4126865	4126876	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
129	NC_021810	ACAAAT	2	12	4156069	4156080	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_021810	CCTTCA	2	12	4163351	4163362	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021810	TGGCGC	2	12	4212079	4212090	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021810	AGAAAA	2	12	4269721	4269732	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021810	ATTTTT	2	12	4298010	4298021	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021810	TATTTT	2	12	4311487	4311498	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021810	GTAAGT	2	12	4321448	4321459	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
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137	NC_021810	CAAGTG	2	12	4348471	4348482	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
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139	NC_021810	GCTACA	2	12	4463607	4463618	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.