MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Ralstonia solanacearum FQY_4 megaplasmid

Total Repeats: 124

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021745	TGCGAA	2	12	14	25	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021745	CCCCTG	2	12	474	485	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_021745	GCGAAG	2	12	5500	5511	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021745	TTCATG	2	12	26342	26353	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021745	ATTCGA	2	12	28791	28802	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021745	AAAGAG	2	12	43236	43247	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021745	GCGGTC	2	12	70213	70224	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021745	GCGCGA	2	12	79869	79880	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021745	GCACCG	2	12	87134	87145	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
10	NC_021745	GGCCAG	2	12	126925	126936	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021745	TAGTGA	2	12	137920	137931	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021745	GCGCGG	2	12	164564	164575	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021745	TGAAAT	2	12	167229	167240	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021745	ATGACG	2	12	171499	171510	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021745	CCAGCA	2	12	181568	181579	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021745	CTCACC	2	12	183989	184000	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_021745	GCGCCC	2	12	193359	193370	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_021745	GAGTTT	2	12	203255	203266	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021745	GGCGCG	2	12	284784	284795	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021745	ATAACG	2	12	374681	374692	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021745	GAAAAA	2	12	402972	402983	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021745	CTGATT	2	12	403560	403571	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021745	GTACGG	2	12	411964	411975	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021745	GGCGGA	2	12	412924	412935	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021745	GATCCC	2	12	416126	416137	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021745	CCAAGG	2	12	418956	418967	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_021745	AGGCTG	2	12	431403	431414	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021745	AACCCC	2	12	444021	444032	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_021745	CAGAGC	2	12	448302	448313	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021745	AAAACA	2	12	452724	452735	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021745	CCGAAT	2	12	473576	473587	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021745	TTGACA	2	12	541295	541306	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021745	GTCCAC	2	12	571792	571803	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_021745	CGCCGG	2	12	593352	593363	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_021745	TCGACG	2	12	598722	598733	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021745	CAAAAA	2	12	625375	625386	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021745	GGCCCC	2	12	627827	627838	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
38	NC_021745	GATCCG	2	12	668079	668090	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021745	GGGCGT	2	12	719697	719708	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
40	NC_021745	ACGCCC	2	12	725718	725729	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
41	NC_021745	GCGGCA	2	12	726830	726841	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021745	GAAAAA	2	12	742057	742068	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021745	GATAAA	2	12	754807	754818	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021745	CATTTC	2	12	788610	788621	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021745	TCGGTT	2	12	809688	809699	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021745	GGGAAG	2	12	825633	825644	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021745	CTGGCG	2	12	846723	846734	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021745	TCTACA	2	12	846859	846870	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_021745	CGCGCC	2	12	857050	857061	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
50	NC_021745	CAAGAT	2	12	866667	866678	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021745	GTCGAC	2	12	873238	873249	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021745	GATTCT	2	12	875160	875171	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021745	TGGCGG	2	12	889640	889651	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021745	CGCCGG	2	12	906142	906153	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
55	NC_021745	CGAACT	2	12	940901	940912	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021745	GCCCGC	2	12	951584	951595	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
57	NC_021745	GGCGAC	2	12	1036454	1036465	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_021745	GAGACG	2	12	1036489	1036500	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_021745	TGCGCC	2	12	1045596	1045607	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021745	TCACGC	2	12	1052652	1052663	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_021745	CAGGCG	2	12	1059124	1059135	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_021745	TGACGC	2	12	1075302	1075313	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021745	GACCCC	2	12	1117180	1117191	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
64	NC_021745	CGCCCC	2	12	1134971	1134982	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
65	NC_021745	CCGCGC	2	12	1151260	1151271	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_021745	CATCGC	2	12	1196548	1196559	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021745	GCGTGA	2	12	1199136	1199147	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021745	TGCCGC	2	12	1208781	1208792	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021745	CACGCG	2	12	1210513	1210524	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
70	NC_021745	GCCGGG	2	12	1250881	1250892	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021745	ACGATG	2	12	1284675	1284686	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021745	GCCTTC	2	12	1289434	1289445	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021745	TCAAAA	2	12	1292065	1292076	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021745	ATGCCG	2	12	1297720	1297731	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021745	CGCCCC	2	12	1303974	1303985	0 %	0 %	16.67 %	83.33 %	Non-Coding
76	NC_021745	CACCGC	2	12	1352681	1352692	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
77	NC_021745	CATCAG	2	12	1352897	1352908	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021745	CACGCG	2	12	1388066	1388077	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
79	NC_021745	AGCCGC	2	12	1407809	1407820	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
80	NC_021745	TTGGGG	2	12	1432121	1432132	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021745	CGGCCC	2	12	1467190	1467201	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
82	NC_021745	CGGGGC	2	12	1470151	1470162	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021745	CTGCCG	2	12	1487459	1487470	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021745	AGCGTC	2	12	1498644	1498655	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
85	NC_021745	ATTCAA	2	12	1509837	1509848	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021745	CGCGCC	2	12	1534097	1534108	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_021745	AGCGCC	2	12	1537127	1537138	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021745	GCGCGG	2	12	1567009	1567020	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021745	GCCGGC	2	12	1568411	1568422	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021745	CGCAAA	2	12	1568486	1568497	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021745	GGCGAT	2	12	1592463	1592474	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021745	CGCCGG	2	12	1613901	1613912	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
93	NC_021745	CCAGCG	2	12	1626732	1626743	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021745	TGAGCA	2	12	1655415	1655426	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021745	CAGTTC	2	12	1675772	1675783	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
96	NC_021745	CGGTGC	2	12	1675930	1675941	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021745	CAGCGC	2	12	1676202	1676213	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
98	NC_021745	CAACCG	2	12	1679711	1679722	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021745	TGCTGT	2	12	1693843	1693854	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021745	CAAGCG	2	12	1716147	1716158	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021745	GTCATC	2	12	1718692	1718703	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021745	GGGAAC	2	12	1750182	1750193	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021745	TACGTT	2	12	1754105	1754116	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021745	CCCCTT	2	12	1769175	1769186	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
105	NC_021745	TCTACT	2	12	1770433	1770444	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021745	TCAATA	2	12	1775163	1775174	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021745	GCCGAC	2	12	1779503	1779514	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021745	TTCACG	2	12	1791257	1791268	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021745	ACGGCC	2	12	1812107	1812118	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021745	ACCGCC	2	12	1812121	1812132	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_021745	ATGCGG	7	42	1820920	1820961	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021745	TGGCCA	2	12	1828142	1828153	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_021745	GGTGCT	2	12	1828176	1828187	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021745	CCATCC	2	12	1851381	1851392	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
115	NC_021745	CGGCGC	2	12	1880017	1880028	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
116	NC_021745	CAAGCC	2	12	1880636	1880647	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
117	NC_021745	CACCGG	2	12	1913437	1913448	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021745	GCACGC	2	12	1913613	1913624	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
119	NC_021745	TGCCTT	2	12	1917332	1917343	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021745	ACGATG	2	12	1921130	1921141	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021745	AGCAAT	2	12	1927774	1927785	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_021745	CCAGGG	2	12	2043624	2043635	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021745	TTCCGA	2	12	2046796	2046807	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021745	AATTCA	2	12	2067690	2067701	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.