MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica D174

Total Repeats: 381

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021739	TCAAC	2	10	3163	3172	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021739	TAAAT	2	10	3257	3266	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021739	AAATT	2	10	16507	16516	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021739	ATTTT	2	10	16610	16619	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021739	AAACT	2	10	34286	34295	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021739	GTTTT	2	10	36775	36784	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021739	ATTAA	2	10	38479	38488	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021739	AAATT	2	10	48970	48979	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021739	ATAGA	2	10	49176	49185	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021739	TAAAT	2	10	54064	54073	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021739	TCCAA	2	10	55367	55376	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
12	NC_021739	AAAGT	2	10	74895	74904	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021739	TAAAA	2	10	85135	85144	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021739	TTAAT	2	10	95275	95284	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021739	GGCAA	2	10	98529	98538	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021739	TTTGA	2	10	98926	98935	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021739	ATAAA	2	10	99252	99261	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021739	TCTAT	2	10	99373	99382	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021739	TGGTT	2	10	103433	103442	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021739	ATTTG	2	10	104415	104424	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021739	AACCC	2	10	118752	118761	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
22	NC_021739	TCAAT	2	10	132248	132257	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021739	GAAAA	2	10	133093	133102	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021739	TTTTG	2	10	144272	144281	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021739	GTGAT	2	10	144355	144364	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021739	CCCGA	2	10	162944	162953	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
27	NC_021739	TACAA	2	10	167030	167039	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021739	GGTAA	2	10	168806	168815	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021739	ATTTT	2	10	170512	170521	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021739	ATGGA	2	10	173050	173059	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021739	GACCT	2	10	182657	182666	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021739	CTTTT	2	10	188846	188855	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021739	ATTAC	2	10	195545	195554	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021739	TGATT	2	10	196659	196668	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021739	TTTTA	2	10	200241	200250	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021739	TATTT	2	10	203790	203799	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021739	CCCCT	2	10	206888	206897	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
38	NC_021739	CTTAC	2	10	209578	209587	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
39	NC_021739	TTGAT	2	10	228255	228264	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021739	ACCTA	2	10	250856	250865	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
41	NC_021739	ATTGC	2	10	255618	255627	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021739	TGGTT	2	10	256440	256449	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021739	TATTT	2	10	258659	258668	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021739	CAGAG	2	10	270237	270246	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021739	ATGCT	2	10	271214	271223	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021739	GTTTT	2	10	292213	292222	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021739	TACCT	2	10	298347	298356	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021739	GGAAA	2	10	315143	315152	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021739	TATTC	2	10	328572	328581	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021739	TTTTA	2	10	356418	356427	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021739	GCAAA	2	10	356785	356794	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021739	GAGCA	2	10	357301	357310	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021739	TAACT	2	10	369898	369907	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021739	ATTGG	2	10	375695	375704	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021739	GTTTT	2	10	381962	381971	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021739	CTTTT	2	10	384556	384565	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021739	AGGGC	2	10	385381	385390	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021739	TAATG	2	10	390782	390791	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021739	AATAA	2	10	393465	393474	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021739	TTCGA	2	10	394088	394097	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021739	AATGA	2	10	399397	399406	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021739	ATTTT	2	10	403980	403989	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021739	TATAA	2	10	408689	408698	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021739	TAAAT	2	10	420035	420044	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021739	AAAAT	2	10	421211	421220	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021739	TAATT	2	10	421260	421269	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021739	ACAAA	2	10	436980	436989	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021739	CAAAA	2	10	444153	444162	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021739	GAAAT	2	10	446290	446299	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021739	TAAAA	2	10	450020	450029	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021739	AAAAT	2	10	451557	451566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021739	TTGTA	2	10	455196	455205	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021739	TCGGG	2	10	459286	459295	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021739	GTTTT	2	10	477770	477779	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021739	ATCAC	2	10	477786	477795	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
76	NC_021739	CAAAA	2	10	477869	477878	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021739	TTTTC	2	10	489048	489057	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021739	ATTGA	2	10	489893	489902	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021739	TCTAA	2	10	498387	498396	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021739	CCTTA	2	10	498753	498762	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021739	TAGCG	2	10	513869	513878	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021739	GGATT	2	10	529520	529529	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021739	TTATA	2	10	537304	537313	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021739	TGTGA	2	10	584011	584020	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021739	CCCCT	2	10	584850	584859	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
86	NC_021739	TACAA	2	10	591130	591139	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
87	NC_021739	TTACC	2	10	599497	599506	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
88	NC_021739	TTGTA	2	10	601273	601282	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021739	TCGGG	2	10	605356	605365	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021739	ATTTT	2	10	632574	632583	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021739	ATACA	2	10	639461	639470	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021739	ATTAA	2	10	645593	645602	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021739	TAATT	2	10	645644	645653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021739	CCAAG	2	10	654284	654293	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
95	NC_021739	TAAAA	2	10	665485	665494	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021739	AAAAT	2	10	666064	666073	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021739	GCTTT	2	10	670403	670412	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021739	TAAAA	2	10	676996	677005	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021739	TTAAA	2	10	687868	687877	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021739	AAATT	2	10	695716	695725	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021739	ATTAA	2	10	696049	696058	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021739	TAAAG	2	10	696090	696099	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021739	TTAAC	2	10	696994	697003	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021739	AAAAT	2	10	697202	697211	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021739	ATAAA	2	10	706365	706374	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021739	AGAAT	2	10	707184	707193	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021739	ATAAA	2	10	707702	707711	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021739	TCGCT	2	10	709309	709318	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_021739	GAATA	2	10	712061	712070	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021739	GCTTG	2	10	718773	718782	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
111	NC_021739	AGTTT	2	10	721735	721744	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021739	CGCTA	2	10	728049	728058	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
113	NC_021739	AAAGT	2	10	731744	731753	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021739	TTTAT	2	10	731802	731811	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021739	AAAAT	2	10	735414	735423	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021739	AAATG	2	10	736888	736897	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021739	TTATT	2	10	736954	736963	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021739	TAAAA	2	10	747458	747467	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021739	TTTTA	2	10	747622	747631	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021739	TAGAA	2	10	770184	770193	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021739	ATTAA	2	10	787339	787348	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021739	AAGCG	2	10	828639	828648	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
123	NC_021739	CAATA	2	10	834797	834806	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021739	CTTTT	2	10	834942	834951	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
125	NC_021739	TTAAA	2	10	835198	835207	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021739	CTAAC	2	10	836939	836948	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
127	NC_021739	CGACT	2	10	837268	837277	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
128	NC_021739	TCGGT	2	10	837643	837652	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
129	NC_021739	TTCAA	2	10	840401	840410	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
130	NC_021739	ATTAA	2	10	852696	852705	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021739	TTTTA	2	10	857441	857450	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021739	AAATT	2	10	860280	860289	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021739	AAAAT	2	10	869258	869267	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021739	TGCTA	2	10	878215	878224	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021739	TATTT	2	10	899451	899460	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021739	TAGAT	2	10	904228	904237	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021739	ATGAA	2	10	904510	904519	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021739	TGCCT	2	10	906861	906870	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
139	NC_021739	TATCA	2	10	907126	907135	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_021739	TTGAT	2	10	912378	912387	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021739	TAAAT	2	10	913403	913412	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021739	ATCAG	2	10	913469	913478	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
143	NC_021739	AATTT	2	10	930753	930762	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021739	GATTT	2	10	937724	937733	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021739	CATAC	2	10	948131	948140	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
146	NC_021739	TAAAA	2	10	967023	967032	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021739	CTTTT	2	10	974315	974324	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
148	NC_021739	GTGCT	2	10	987638	987647	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.