MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Mannheimia haemolytica D171

Total Repeats: 372

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021738	AGTTG	2	10	71	80	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021738	GGTTC	2	10	6756	6765	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021738	AAATT	2	10	16545	16554	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021738	ATTTT	2	10	16648	16657	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021738	AAACT	2	10	34319	34328	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021738	GTTTT	2	10	35104	35113	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021738	GTTTT	2	10	36761	36770	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021738	ATTAA	2	10	38465	38474	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021738	AAATT	2	10	48956	48965	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021738	ATAGA	2	10	49162	49171	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021738	TAAAT	2	10	54050	54059	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021738	TCGCT	2	10	61354	61363	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
13	NC_021738	AAAGT	2	10	75608	75617	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021738	TAAAA	2	10	84483	84492	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021738	ATTTT	2	10	93327	93336	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021738	TTAAT	2	10	94623	94632	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021738	TTAGC	2	10	99681	99690	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021738	TAGAT	2	10	100423	100432	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021738	AAAAT	2	10	101773	101782	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021738	TAAGC	2	10	102163	102172	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021738	GAATA	2	10	102334	102343	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021738	AACCC	2	10	111480	111489	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_021738	TTTTG	2	10	120872	120881	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021738	ATTTT	2	10	126821	126830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021738	TTTGT	2	10	128051	128060	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021738	AATTA	2	10	143770	143779	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021738	ATTTT	2	10	143819	143828	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021738	GTTTT	2	10	154415	154424	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021738	TTTCA	2	10	165562	165571	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021738	CATTT	2	10	170074	170083	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021738	TAATG	2	10	171696	171705	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021738	CGAAG	2	10	172371	172380	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021738	GGGTA	2	10	174852	174861	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021738	CAAAA	2	10	186112	186121	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021738	AAGTT	2	10	197563	197572	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021738	TGCTC	2	10	210149	210158	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021738	TTTCC	2	10	252747	252756	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021738	ATTTC	2	10	265934	265943	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021738	GTTCC	2	10	266012	266021	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021738	AAAAC	2	10	275689	275698	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021738	ATAAA	2	10	285557	285566	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021738	GAAAA	2	10	294468	294477	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021738	TAAAA	2	10	305747	305756	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021738	CAAAC	2	10	307966	307975	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_021738	GCCAA	2	10	308284	308293	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021738	GCAAT	2	10	308737	308746	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021738	TCCGC	2	10	310339	310348	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
48	NC_021738	CTGCT	2	10	312525	312534	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
49	NC_021738	CCGAT	2	10	312729	312738	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
50	NC_021738	TAGGT	2	10	313591	313600	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021738	TAAAA	2	10	330847	330856	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021738	CATTG	2	10	332680	332689	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021738	AAAAG	2	10	342368	342377	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021738	TACAA	2	10	343357	343366	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021738	CAGGT	2	10	348555	348564	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021738	TAAAA	2	10	358291	358300	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021738	TTTAT	2	10	358924	358933	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021738	GTTAA	2	10	363386	363395	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021738	AGTTT	2	10	369280	369289	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021738	GTATT	2	10	369359	369368	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021738	CTCTA	2	10	369823	369832	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021738	GTTTT	2	10	388911	388920	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021738	ATCAC	2	10	388927	388936	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021738	TAAAC	2	10	407364	407373	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021738	ATTCA	2	10	458066	458075	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021738	AAAAG	2	10	470340	470349	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021738	AGCGA	2	10	486450	486459	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021738	TACAA	2	10	492673	492682	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_021738	CATTT	2	10	500891	500900	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021738	CCAAA	2	10	501503	501512	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021738	GGAAT	2	10	501588	501597	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021738	TTGTT	2	10	501869	501878	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021738	ATTAA	2	10	518011	518020	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021738	TAATT	2	10	518062	518071	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021738	TAAAA	2	10	538998	539007	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021738	AAAAT	2	10	539577	539586	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021738	GCTTT	2	10	543916	543925	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021738	TAAAA	2	10	550509	550518	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021738	TTAAA	2	10	561306	561315	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021738	AAATT	2	10	569343	569352	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021738	ATTAA	2	10	569676	569685	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021738	TAAAG	2	10	569717	569726	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021738	TTAAC	2	10	570621	570630	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021738	AAAAT	2	10	570829	570838	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021738	ATAAA	2	10	579991	580000	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021738	AGAAT	2	10	580810	580819	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021738	ATAAA	2	10	581327	581336	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021738	TCGCT	2	10	582934	582943	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
89	NC_021738	GAATA	2	10	585697	585706	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021738	AAAGT	2	10	591916	591925	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021738	TTTAT	2	10	591974	591983	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021738	AAAAT	2	10	595586	595595	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021738	ATTAA	2	10	596819	596828	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021738	ATCAC	2	10	597631	597640	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
95	NC_021738	AAATG	2	10	597772	597781	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021738	TTATT	2	10	597838	597847	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021738	GCAAT	2	10	604207	604216	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
98	NC_021738	AATCA	14	70	608484	608553	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021738	TAGAA	2	10	634958	634967	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021738	ATTAA	2	10	652349	652358	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021738	ACTGC	2	10	666565	666574	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021738	TGGCA	2	10	667101	667110	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021738	AAATG	2	10	689219	689228	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021738	AGTGC	2	10	689382	689391	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
105	NC_021738	GAAAA	2	10	689910	689919	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021738	AAGCG	2	10	693655	693664	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
107	NC_021738	CAATA	2	10	698909	698918	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_021738	CTTTT	2	10	699054	699063	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
109	NC_021738	TTAAA	2	10	699308	699317	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021738	CTAAC	2	10	701049	701058	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
111	NC_021738	CGACT	2	10	701378	701387	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
112	NC_021738	TCGGT	2	10	701753	701762	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
113	NC_021738	TTCAA	2	10	704511	704520	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021738	TCCAT	2	10	714256	714265	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021738	ATTAA	2	10	716808	716817	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021738	ATTTT	2	10	716828	716837	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021738	TTTTA	2	10	721553	721562	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021738	AAATT	2	10	724392	724401	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021738	AAAAT	2	10	733371	733380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021738	TGCTA	2	10	742328	742337	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021738	TATTT	2	10	763567	763576	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021738	TGCCT	2	10	770722	770731	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021738	TATCA	2	10	770987	770996	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021738	AGAGG	2	10	774005	774014	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021738	TTGAT	2	10	776240	776249	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021738	TAAAT	2	10	777265	777274	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021738	ATCAG	2	10	777331	777340	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021738	ATACC	2	10	792483	792492	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
129	NC_021738	AATTT	2	10	794590	794599	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021738	GATTT	2	10	801561	801570	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021738	CATAC	2	10	811956	811965	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
132	NC_021738	TAAAA	2	10	830796	830805	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021738	CTTTT	2	10	838094	838103	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021738	GTGCT	2	10	851417	851426	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021738	TCAAA	2	10	852200	852209	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021738	CAATC	2	10	852314	852323	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
137	NC_021738	TGCAT	2	10	853030	853039	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_021738	TAACA	2	10	854072	854081	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
139	NC_021738	TTATG	2	10	854110	854119	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021738	ATTTA	2	10	874947	874956	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021738	AAAAC	2	10	874977	874986	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021738	TAAAA	2	10	885265	885274	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021738	TAGCG	2	10	891743	891752	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021738	TTTTC	2	10	892719	892728	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021738	TTTTC	2	10	893477	893486	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021738	AAAGG	2	10	914387	914396	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021738	AGCGA	2	10	923152	923161	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
148	NC_021738	TAAAT	2	10	969857	969866	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.