MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Ferroplasma acidarmanus fer1

Total Repeats: 300

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021592	TTTCA	2	10	145	154	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
2	NC_021592	TTAAT	2	10	928	937	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021592	ATTTA	2	10	1359	1368	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021592	ATTTT	2	10	10396	10405	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021592	AATAA	2	10	10822	10831	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021592	TAAAA	2	10	18395	18404	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021592	TAAAA	2	10	24649	24658	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021592	CTTTT	2	10	24974	24983	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021592	TGAAA	2	10	35593	35602	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021592	AGAAA	2	10	36196	36205	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021592	TATTT	2	10	46382	46391	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021592	GTATA	2	10	54748	54757	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021592	AAGCA	2	10	56421	56430	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021592	TTATG	2	10	56923	56932	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021592	ATTAA	2	10	61682	61691	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021592	CATAT	2	10	61954	61963	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021592	AATTG	2	10	65492	65501	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021592	ATTTC	2	10	66673	66682	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021592	TTAAT	2	10	67001	67010	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021592	AGTTA	2	10	68926	68935	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021592	TTATA	2	10	70663	70672	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021592	TTTAT	2	10	72048	72057	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021592	GTATA	2	10	77033	77042	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021592	TTTAT	2	10	78182	78191	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021592	ATTAG	2	10	80299	80308	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021592	ATTGT	2	10	81772	81781	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021592	TAAAT	2	10	100541	100550	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021592	ATATA	2	10	105240	105249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021592	TAAAA	2	10	106718	106727	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021592	TAAAT	2	10	107521	107530	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021592	CCTGA	2	10	108890	108899	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021592	AATTA	2	10	118059	118068	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021592	AATTA	2	10	124747	124756	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021592	TTATG	2	10	126514	126523	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021592	CTATC	2	10	126531	126540	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021592	TAAAA	2	10	126743	126752	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021592	AAATA	2	10	131648	131657	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021592	GAAAA	2	10	131699	131708	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021592	AAATA	2	10	146328	146337	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021592	TAAAA	2	10	147912	147921	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021592	GCATG	2	10	147978	147987	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021592	TAAAA	2	10	160137	160146	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021592	AAATA	2	10	161238	161247	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021592	ATATA	2	10	161281	161290	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021592	TACTT	2	10	165173	165182	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021592	AAATA	2	10	166870	166879	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021592	ATTAT	2	10	176856	176865	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021592	GAATA	2	10	187574	187583	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021592	ATAAA	2	10	187607	187616	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021592	CATTA	2	10	190667	190676	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021592	CATAT	2	10	192361	192370	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021592	TATTG	2	10	195623	195632	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021592	TTAAT	2	10	200535	200544	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021592	TATAA	2	10	204866	204875	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021592	TAGCC	2	10	210632	210641	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021592	AATCA	2	10	211515	211524	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021592	TAATG	2	10	229742	229751	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021592	ATTAA	2	10	232200	232209	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021592	TCATT	2	10	232787	232796	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021592	TTTAA	2	10	233235	233244	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021592	TGGAT	2	10	235097	235106	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021592	ATAGA	2	10	235146	235155	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021592	ATTAA	2	10	250539	250548	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021592	TGTAT	2	10	252974	252983	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021592	ACAAT	2	10	252996	253005	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021592	ATAAA	2	10	261664	261673	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021592	TCATT	2	10	272411	272420	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021592	AATAG	2	10	278066	278075	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021592	TAAAT	2	10	290139	290148	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021592	AAATT	2	10	291865	291874	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021592	ATTTT	2	10	304650	304659	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021592	ATATT	2	10	319626	319635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021592	AATGG	2	10	330402	330411	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021592	TTAGG	2	10	332382	332391	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021592	ATTAT	2	10	335195	335204	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021592	ATATT	2	10	336242	336251	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021592	AATTA	2	10	336654	336663	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021592	TTAAT	2	10	341940	341949	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021592	AAAGA	2	10	342065	342074	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021592	ATTAT	2	10	359549	359558	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021592	TATAT	2	10	373201	373210	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021592	ATTTA	2	10	378815	378824	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021592	GGGCT	2	10	385376	385385	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021592	AATTT	2	10	410164	410173	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021592	AAATA	2	10	415111	415120	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021592	TATAT	2	10	420265	420274	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021592	AAATT	2	10	420423	420432	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021592	TCAAT	2	10	424139	424148	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021592	AATAT	2	10	428637	428646	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021592	ATTAC	2	10	443146	443155	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021592	TGTTA	2	10	448579	448588	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021592	ATATA	2	10	459584	459593	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021592	TATTG	2	10	459703	459712	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021592	TGGGA	2	10	460217	460226	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021592	AATAT	2	10	476500	476509	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021592	TAGCT	2	10	477515	477524	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021592	TTTTA	2	10	479515	479524	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021592	TACAG	2	10	482750	482759	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
99	NC_021592	TTAAT	2	10	485511	485520	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021592	AATTA	2	10	489240	489249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021592	TTTTA	2	10	489503	489512	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021592	ATTTT	2	10	497917	497926	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021592	AGAAT	2	10	500605	500614	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021592	TATAT	2	10	524782	524791	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021592	TATAA	2	10	525228	525237	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021592	TTTAA	2	10	527626	527635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021592	ATTTA	2	10	535390	535399	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021592	ATTAT	2	10	540962	540971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021592	TAAAA	2	10	559667	559676	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021592	ATTAT	2	10	565865	565874	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021592	ATATT	2	10	569988	569997	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021592	TATAA	2	10	581072	581081	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021592	AAAAT	2	10	581481	581490	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021592	ATTTT	2	10	583524	583533	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021592	TTCTT	2	10	587024	587033	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_021592	TGATA	2	10	595516	595525	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021592	TATTT	2	10	606891	606900	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021592	ATATA	2	10	618558	618567	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021592	AGATA	2	10	627455	627464	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021592	ATAAC	2	10	629222	629231	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
121	NC_021592	ATATA	2	10	642693	642702	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021592	TAAAT	2	10	646602	646611	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021592	AATTA	2	10	649608	649617	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021592	ATTTA	2	10	654644	654653	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021592	TGGTT	2	10	656319	656328	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021592	TAAAG	2	10	698804	698813	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021592	TATAA	2	10	702386	702395	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021592	ATATT	2	10	704142	704151	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021592	ATTTA	2	10	705962	705971	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021592	TACAA	2	10	711694	711703	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
131	NC_021592	ATTAT	2	10	712005	712014	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021592	TATAT	2	10	725787	725796	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021592	AAATC	2	10	727440	727449	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021592	ATTTT	2	10	727655	727664	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021592	TATCT	2	10	727670	727679	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_021592	TAAAA	2	10	731395	731404	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021592	TAATT	2	10	752135	752144	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021592	AGTAA	2	10	752183	752192	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021592	TAAAA	2	10	753203	753212	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021592	TATAT	2	10	754625	754634	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021592	AAAAT	2	10	757371	757380	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021592	TATTT	2	10	760027	760036	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021592	ATTTA	2	10	761455	761464	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021592	TCAGT	2	10	771028	771037	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
145	NC_021592	TTTAA	2	10	774493	774502	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021592	AGGGG	2	10	788527	788536	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021592	AATTA	2	10	788898	788907	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021592	TATGG	2	10	800334	800343	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021592	ATTTC	2	10	814390	814399	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_021592	ATTAT	2	10	815430	815439	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021592	TTATT	2	10	823995	824004	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021592	TATAC	2	10	824083	824092	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
153	NC_021592	TAATA	2	10	824185	824194	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_021592	ATGCC	2	10	850744	850753	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
155	NC_021592	CATAA	2	10	868404	868413	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
156	NC_021592	ATTTT	2	10	868739	868748	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
157	NC_021592	TTATA	2	10	883727	883736	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_021592	ATGAA	2	10	893786	893795	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
159	NC_021592	ATTAT	2	10	894977	894986	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_021592	CTATA	2	10	895264	895273	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_021592	AATAA	2	10	898340	898349	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021592	TGCAA	2	10	898488	898497	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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164	NC_021592	TTATG	2	10	913554	913563	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021592	TTTCT	2	10	917851	917860	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_021592	AAAAT	2	10	921282	921291	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
167	NC_021592	ATTTA	2	10	936249	936258	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
168	NC_021592	ATATT	2	10	936346	936355	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021592	GATAT	2	10	936385	936394	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
170	NC_021592	ATTAT	2	10	936417	936426	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
171	NC_021592	ATATT	2	10	955082	955091	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_021592	CATAT	2	10	955101	955110	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
173	NC_021592	AGAAT	2	10	961175	961184	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
174	NC_021592	ATAGG	2	10	961617	961626	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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176	NC_021592	GAAGG	2	10	962491	962500	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
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183	NC_021592	ATTAT	2	10	1078524	1078533	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
184	NC_021592	AAATA	2	10	1084396	1084405	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
185	NC_021592	TTAGG	2	10	1093910	1093919	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
186	NC_021592	TCTAA	2	10	1104123	1104132	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
187	NC_021592	TAAAT	2	10	1104296	1104305	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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192	NC_021592	ATTAC	2	10	1155589	1155598	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
193	NC_021592	ATTTT	2	10	1169504	1169513	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
194	NC_021592	TTTAA	2	10	1170642	1170651	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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196	NC_021592	CCTAT	2	10	1183454	1183463	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
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198	NC_021592	TAATT	2	10	1183675	1183684	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
199	NC_021592	AATAT	2	10	1183939	1183948	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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242	NC_021592	ATTAT	2	10	1515276	1515285	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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285	NC_021592	TGTAA	2	10	1825996	1826005	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
286	NC_021592	AACTA	2	10	1826073	1826082	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_021592	GCATT	2	10	1828937	1828946	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
288	NC_021592	TAATT	2	10	1829011	1829020	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
289	NC_021592	GCCGC	2	10	1829618	1829627	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
290	NC_021592	TTATA	2	10	1857276	1857285	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_021592	GCAAC	2	10	1858387	1858396	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
292	NC_021592	AAATT	2	10	1862713	1862722	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_021592	ACAAT	2	10	1863663	1863672	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
294	NC_021592	TATAT	2	10	1868404	1868413	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
295	NC_021592	ATTTG	2	10	1868430	1868439	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
296	NC_021592	ATATT	2	10	1875877	1875886	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_021592	CTTTA	2	10	1913778	1913787	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
298	NC_021592	TATAA	2	10	1931938	1931947	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
299	NC_021592	CTATT	2	10	1932056	1932065	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
300	NC_021592	TTTTC	2	10	1935065	1935074	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.