MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Candidatus Tremblaya phenacola PAVE

Total Repeats: 96

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021555	ACCAAC	2	12	1476	1487	50 %	0 %	0 %	50 %	557940108
2	NC_021555	TGGGGC	2	12	1898	1909	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	557940108
3	NC_021555	GGTTGT	2	12	5301	5312	0 %	50 %	50 %	0 %	557940112
4	NC_021555	CACTTA	2	12	5676	5687	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557940112
5	NC_021555	GTGCTT	2	12	6897	6908	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557940114
6	NC_021555	TTCTTT	2	12	7730	7741	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	557940114
7	NC_021555	CAATTC	2	12	7972	7983	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557940114
8	NC_021555	AATTGA	2	12	9153	9164	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557940116
9	NC_021555	GGTTGG	2	12	9611	9622	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557940117
10	NC_021555	GCCTCT	2	12	18598	18609	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	557940127
11	NC_021555	CAGTTC	2	12	18951	18962	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557940127
12	NC_021555	TTCATT	2	12	19783	19794	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557940128
13	NC_021555	CTTCAG	2	12	20015	20026	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	557940128
14	NC_021555	GAGGTT	2	12	24257	24268	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557940131
15	NC_021555	CATCAA	2	12	24795	24806	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557940132
16	NC_021555	TGGTGC	2	12	26646	26657	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	557940132
17	NC_021555	AGAAAG	2	12	28814	28825	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	557940134
18	NC_021555	TTCTGG	2	12	30197	30208	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557940135
19	NC_021555	TTGGGT	2	12	31418	31429	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021555	TTCTGA	2	12	34160	34171	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557940141
21	NC_021555	TCTTTT	2	12	34675	34686	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021555	AGAAAA	2	12	36170	36181	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021555	AGCTTT	2	12	36610	36621	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	557940142
24	NC_021555	CAAGTT	2	12	37708	37719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557940143
25	NC_021555	TGGGGA	2	12	42096	42107	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	557940148
26	NC_021555	CAGTTG	2	12	44445	44456	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	557940150
27	NC_021555	AACAGC	2	12	50021	50032	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	557940154
28	NC_021555	ACTTCA	2	12	50466	50477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557940154
29	NC_021555	TTTGTA	2	12	52140	52151	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557940156
30	NC_021555	CCCCAA	2	12	54723	54734	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557940159
31	NC_021555	AGCATT	2	12	55678	55689	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557940159
32	NC_021555	CAGAAA	2	12	55923	55934	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557940160
33	NC_021555	GTTGAT	2	12	58601	58612	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557940163
34	NC_021555	CTCCCC	2	12	59148	59159	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
35	NC_021555	CAGAAG	2	12	60360	60371	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	557940167
36	NC_021555	TATCAG	2	12	67781	67792	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557940172
37	NC_021555	TTGCTG	2	12	78525	78536	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	557940181
38	NC_021555	CCAAAC	3	18	79839	79856	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
39	NC_021555	ACCCCA	2	12	80850	80861	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557940184
40	NC_021555	TTTTTG	2	12	82146	82157	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	557940184
41	NC_021555	GTTGGG	2	12	82256	82267	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557940184
42	NC_021555	CAAAAA	2	12	84235	84246	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	557940187
43	NC_021555	AGAACA	2	12	85548	85559	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557940187
44	NC_021555	TTACAA	2	12	86770	86781	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	557940190
45	NC_021555	AACCCA	2	12	87021	87032	50 %	0 %	0 %	50 %	557940191
46	NC_021555	GGTTGG	2	12	87102	87113	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557940191
47	NC_021555	AACCAA	2	12	88043	88054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	557940192
48	NC_021555	TGAGAT	2	12	89015	89026	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557940192
49	NC_021555	GCTGAA	2	12	91563	91574	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	557940195
50	NC_021555	TTCCAA	2	12	91650	91661	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557940195
51	NC_021555	AAAAGA	2	12	94094	94105	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	557940199
52	NC_021555	GTTTGG	2	12	96447	96458	0 %	50 %	50 %	0 %	557940201
53	NC_021555	CTCAAC	2	12	100018	100029	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557940205
54	NC_021555	GTTGAG	2	12	104560	104571	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557940207
55	NC_021555	ACCCCA	2	12	109183	109194	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557940212
56	NC_021555	ATCAGA	2	12	111362	111373	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557940213
57	NC_021555	AACCTC	2	12	111872	111883	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557940214
58	NC_021555	GTTGAG	2	12	113482	113493	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557940216
59	NC_021555	TTTCAA	2	12	114751	114762	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	557940217
60	NC_021555	TGATTT	2	12	115961	115972	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557940219
61	NC_021555	CCCAAT	2	12	117373	117384	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	557940221
62	NC_021555	TTGGGA	2	12	117991	118002	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	557940222
63	NC_021555	TCACAA	2	12	118390	118401	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	557940222
64	NC_021555	CTTTGG	2	12	121590	121601	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_021555	GAGTTT	2	12	123077	123088	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	557940229
66	NC_021555	AGTCAT	2	12	123406	123417	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557940230
67	NC_021555	GGTTGG	2	12	125271	125282	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557940234
68	NC_021555	TTTGCC	2	12	125679	125690	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	557940235
69	NC_021555	TGGGGT	2	12	126937	126948	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557940239
70	NC_021555	CCCCAA	2	12	127386	127397	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557940240
71	NC_021555	TTTCTT	2	12	127875	127886	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	557940241
72	NC_021555	CTTTTT	2	12	129304	129315	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021555	CAATCT	2	12	130338	130349	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	557940246
74	NC_021555	TTTATG	2	12	131769	131780	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	557940249
75	NC_021555	TTTTGT	2	12	132434	132445	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	557940251
76	NC_021555	ACTTCC	2	12	135190	135201	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	557940255
77	NC_021555	ATTGGA	2	12	136537	136548	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	557940255
78	NC_021555	ACTTTT	2	12	137841	137852	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	557940257
79	NC_021555	TTTTTG	2	12	139020	139031	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	557940258
80	NC_021555	GATTTA	2	12	144629	144640	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557940259
81	NC_021555	TCTTGT	2	12	145099	145110	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	557940259
82	NC_021555	AGATTA	2	12	145924	145935	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	557940260
83	NC_021555	TTAGAT	2	12	146661	146672	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	557940261
84	NC_021555	GATTTT	2	12	153155	153166	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021555	AAACAG	2	12	153546	153557	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	557940263
86	NC_021555	ACCCCA	2	12	156467	156478	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
87	NC_021555	AAAAGT	2	12	159066	159077	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	557940269
88	NC_021555	ATCAGA	2	12	161471	161482	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	557940273
89	NC_021555	GCATCA	2	12	161762	161773	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	557940273
90	NC_021555	CTTTTT	2	12	162142	162153	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	557940273
91	NC_021555	GTTTTG	2	12	162205	162216	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	557940273
92	NC_021555	ATTCAG	2	12	164342	164353	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	557940275
93	NC_021555	TTTCTT	2	12	165285	165296	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021555	CCCAAA	2	12	166000	166011	50 %	0 %	0 %	50 %	557940276
95	NC_021555	TTGGGG	2	12	166677	166688	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	557940277
96	NC_021555	AACCCC	2	12	170303	170314	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	557940279

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.