MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Lactobacillus plantarum 16 plasmid Lp16D

Total Repeats: 112

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021526	TGGC	2	8	64	71	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021526	ATGA	2	8	558	565	50 %	25 %	25 %	0 %	513845192
3	NC_021526	ACTT	2	8	1050	1057	25 %	50 %	0 %	25 %	513845192
4	NC_021526	CCAT	2	8	1820	1827	25 %	25 %	0 %	50 %	513845193
5	NC_021526	TAAT	2	8	1945	1952	50 %	50 %	0 %	0 %	513845193
6	NC_021526	AGTG	2	8	2071	2078	25 %	25 %	50 %	0 %	513845194
7	NC_021526	TTGG	2	8	2106	2113	0 %	50 %	50 %	0 %	513845194
8	NC_021526	AAAG	2	8	2630	2637	75 %	0 %	25 %	0 %	513845195
9	NC_021526	CAAG	2	8	2969	2976	50 %	0 %	25 %	25 %	513845195
10	NC_021526	ACCA	2	8	2979	2986	50 %	0 %	0 %	50 %	513845195
11	NC_021526	GAAC	2	8	3313	3320	50 %	0 %	25 %	25 %	513845196
12	NC_021526	CAAT	2	8	3554	3561	50 %	25 %	0 %	25 %	513845196
13	NC_021526	TTGG	2	8	3740	3747	0 %	50 %	50 %	0 %	513845196
14	NC_021526	GATC	2	8	4002	4009	25 %	25 %	25 %	25 %	513845196
15	NC_021526	TAAT	2	8	4186	4193	50 %	50 %	0 %	0 %	513845196
16	NC_021526	TTTG	2	8	4955	4962	0 %	75 %	25 %	0 %	513845197
17	NC_021526	TGTT	2	8	5104	5111	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021526	CTGA	2	8	5352	5359	25 %	25 %	25 %	25 %	513845198
19	NC_021526	TGAA	2	8	5392	5399	50 %	25 %	25 %	0 %	513845198
20	NC_021526	ACTT	2	8	5771	5778	25 %	50 %	0 %	25 %	513845199
21	NC_021526	CAAC	2	8	6322	6329	50 %	0 %	0 %	50 %	513845200
22	NC_021526	AGGT	2	8	6811	6818	25 %	25 %	50 %	0 %	513845201
23	NC_021526	GCCA	2	8	6861	6868	25 %	0 %	25 %	50 %	513845201
24	NC_021526	TTCA	2	8	6933	6940	25 %	50 %	0 %	25 %	513845201
25	NC_021526	AAGT	2	8	8044	8051	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021526	TTAG	2	8	8418	8425	25 %	50 %	25 %	0 %	513845202
27	NC_021526	CGAT	2	8	8490	8497	25 %	25 %	25 %	25 %	513845202
28	NC_021526	GATT	2	8	8619	8626	25 %	50 %	25 %	0 %	513845202
29	NC_021526	TTCG	2	8	8998	9005	0 %	50 %	25 %	25 %	513845202
30	NC_021526	CATA	2	8	10070	10077	50 %	25 %	0 %	25 %	513845203
31	NC_021526	CTTG	2	8	10290	10297	0 %	50 %	25 %	25 %	513845203
32	NC_021526	GAAT	2	8	10457	10464	50 %	25 %	25 %	0 %	513845203
33	NC_021526	ATTC	2	8	12130	12137	25 %	50 %	0 %	25 %	513845203
34	NC_021526	GTTT	2	8	12415	12422	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021526	TTAA	2	8	13417	13424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021526	TAAT	2	8	13431	13438	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021526	TAGT	2	8	13727	13734	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021526	TAAT	2	8	13834	13841	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021526	AGGT	2	8	13881	13888	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021526	CCAG	3	12	14013	14024	25 %	0 %	25 %	50 %	513845206
41	NC_021526	CAGC	2	8	14477	14484	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021526	CAAC	2	8	14511	14518	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
43	NC_021526	ACAG	2	8	14719	14726	50 %	0 %	25 %	25 %	513845207
44	NC_021526	GCTG	2	8	14734	14741	0 %	25 %	50 %	25 %	513845207
45	NC_021526	TACT	2	8	14963	14970	25 %	50 %	0 %	25 %	513845207
46	NC_021526	TAAC	2	8	16203	16210	50 %	25 %	0 %	25 %	513845207
47	NC_021526	CAAC	2	8	16673	16680	50 %	0 %	0 %	50 %	513845207
48	NC_021526	GATT	2	8	17096	17103	25 %	50 %	25 %	0 %	513845208
49	NC_021526	AGTA	2	8	17319	17326	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021526	TAAA	2	8	17341	17348	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021526	TAAT	2	8	17464	17471	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021526	TAGA	2	8	17569	17576	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021526	TAAG	2	8	17664	17671	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021526	ACGC	2	8	18204	18211	25 %	0 %	25 %	50 %	513845209
55	NC_021526	TGGC	2	8	18438	18445	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021526	TAGT	2	8	18622	18629	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021526	GAAA	2	8	18726	18733	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021526	CTCA	2	8	19102	19109	25 %	25 %	0 %	50 %	513845210
59	NC_021526	CAAC	2	8	19220	19227	50 %	0 %	0 %	50 %	513845210
60	NC_021526	CACG	2	8	19413	19420	25 %	0 %	25 %	50 %	513845210
61	NC_021526	TTCT	2	8	19507	19514	0 %	75 %	0 %	25 %	513845210
62	NC_021526	ACCT	2	8	19873	19880	25 %	25 %	0 %	50 %	513845210
63	NC_021526	ACTA	2	8	19936	19943	50 %	25 %	0 %	25 %	513845210
64	NC_021526	TAAA	2	8	20599	20606	75 %	25 %	0 %	0 %	513845211
65	NC_021526	TTGG	2	8	20880	20887	0 %	50 %	50 %	0 %	513845211
66	NC_021526	TTGC	2	8	20943	20950	0 %	50 %	25 %	25 %	513845211
67	NC_021526	TTGA	2	8	20999	21006	25 %	50 %	25 %	0 %	513845211
68	NC_021526	CTGG	2	8	21064	21071	0 %	25 %	50 %	25 %	513845211
69	NC_021526	ATAA	2	8	21788	21795	75 %	25 %	0 %	0 %	513845211
70	NC_021526	GTTA	2	8	21827	21834	25 %	50 %	25 %	0 %	513845211
71	NC_021526	CATA	2	8	21980	21987	50 %	25 %	0 %	25 %	513845211
72	NC_021526	TCAT	2	8	22098	22105	25 %	50 %	0 %	25 %	513845211
73	NC_021526	ATAC	2	8	22708	22715	50 %	25 %	0 %	25 %	513845211
74	NC_021526	TTGT	2	8	22896	22903	0 %	75 %	25 %	0 %	513845211
75	NC_021526	TTAC	2	8	24642	24649	25 %	50 %	0 %	25 %	513845212
76	NC_021526	TGTT	2	8	24904	24911	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021526	AGTT	2	8	25534	25541	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021526	GCCA	2	8	25672	25679	25 %	0 %	25 %	50 %	513845213
79	NC_021526	CTGA	2	8	25787	25794	25 %	25 %	25 %	25 %	513845213
80	NC_021526	TCAT	2	8	26056	26063	25 %	50 %	0 %	25 %	513845214
81	NC_021526	CATT	2	8	27059	27066	25 %	50 %	0 %	25 %	513845216
82	NC_021526	AATA	2	8	27441	27448	75 %	25 %	0 %	0 %	513845217
83	NC_021526	TGGT	2	8	28007	28014	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021526	CTAG	2	8	28083	28090	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
85	NC_021526	AATA	3	12	28195	28206	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021526	TTGA	2	8	28350	28357	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021526	GCAC	2	8	29785	29792	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021526	CTTG	2	8	30159	30166	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
89	NC_021526	AAAG	2	8	30366	30373	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021526	GTGG	2	8	30525	30532	0 %	25 %	75 %	0 %	513845220
91	NC_021526	TTAA	2	8	30686	30693	50 %	50 %	0 %	0 %	513845220
92	NC_021526	ACGA	2	8	30739	30746	50 %	0 %	25 %	25 %	513845220
93	NC_021526	GAAC	2	8	30904	30911	50 %	0 %	25 %	25 %	513845220
94	NC_021526	AAAG	2	8	31943	31950	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021526	ATTT	2	8	32112	32119	25 %	75 %	0 %	0 %	513845223
96	NC_021526	AAAG	2	8	32181	32188	75 %	0 %	25 %	0 %	513845223
97	NC_021526	AGAA	2	8	32261	32268	75 %	0 %	25 %	0 %	513845223
98	NC_021526	TGGT	2	8	32494	32501	0 %	50 %	50 %	0 %	513845223
99	NC_021526	GAAA	2	8	32674	32681	75 %	0 %	25 %	0 %	513845223
100	NC_021526	TTAA	2	8	32905	32912	50 %	50 %	0 %	0 %	513845223
101	NC_021526	CTCA	2	8	32970	32977	25 %	25 %	0 %	50 %	513845223
102	NC_021526	TAAA	2	8	32996	33003	75 %	25 %	0 %	0 %	513845223
103	NC_021526	AATT	2	8	33077	33084	50 %	50 %	0 %	0 %	513845223
104	NC_021526	AACA	2	8	33101	33108	75 %	0 %	0 %	25 %	513845223
105	NC_021526	GCAA	2	8	33546	33553	50 %	0 %	25 %	25 %	513845223
106	NC_021526	TTAT	2	8	33600	33607	25 %	75 %	0 %	0 %	513845223
107	NC_021526	CTAG	2	8	34680	34687	25 %	25 %	25 %	25 %	513845224
108	NC_021526	TGAT	2	8	35607	35614	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021526	TTTA	2	8	35732	35739	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021526	ACTT	2	8	36638	36645	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021526	TAAT	2	8	36748	36755	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021526	CCAA	2	8	36810	36817	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.