MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Haemophilus parasuis ZJ0906

Total Repeats: 151

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021521	AGAAAA	2	12	25325	25336	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021521	AAAATT	2	12	35066	35077	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021521	TTTAAC	2	12	46093	46104	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021521	TTTGCA	2	12	54580	54591	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021521	ATTTAG	2	12	56536	56547	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021521	TAATTT	2	12	87465	87476	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021521	TAGAGT	2	12	111782	111793	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021521	AAATAA	2	12	116910	116921	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021521	ATAAAA	2	12	141856	141867	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021521	GTCACG	2	12	171869	171880	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021521	CTAAAT	2	12	189214	189225	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021521	TGCAAG	2	12	189620	189631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021521	TTTTAT	2	12	200310	200321	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021521	TCAATA	2	12	211252	211263	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021521	GCCAGT	2	12	282834	282845	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
16	NC_021521	CACCTA	2	12	341244	341255	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_021521	TGTGAT	2	12	342428	342439	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021521	TTTTTC	2	12	344084	344095	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
19	NC_021521	TAAGGC	2	12	359113	359124	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021521	TTGATT	2	12	369187	369198	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021521	CGTGAC	2	12	374281	374292	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021521	AGAATT	2	12	378262	378273	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021521	TGCGTG	2	12	383499	383510	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021521	CAACTT	2	12	392821	392832	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021521	TTAATT	2	12	395752	395763	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021521	AAAGAA	2	12	402737	402748	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021521	TTTTAT	2	12	412167	412178	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021521	AATGCA	2	12	417631	417642	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
29	NC_021521	CGAAGG	2	12	419323	419334	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021521	AGCGAA	2	12	420828	420839	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021521	TGAAAT	2	12	422706	422717	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021521	CTTAGG	2	12	448706	448717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021521	TTTACC	2	12	469752	469763	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021521	ATAGAA	2	12	481932	481943	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021521	ATATTT	2	12	528710	528721	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021521	AAAAGG	2	12	533484	533495	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021521	CAACAG	2	12	571099	571110	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021521	ATAAAA	2	12	618740	618751	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021521	AAGATA	2	12	620709	620720	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021521	CGTGAC	2	12	623305	623316	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021521	AGTATT	2	12	626308	626319	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021521	CTTTGC	2	12	657471	657482	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021521	CAAAAA	2	12	660293	660304	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021521	CTATTG	2	12	662584	662595	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021521	CAAGCA	2	12	663915	663926	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021521	TTTAGG	2	12	664106	664117	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021521	TGAAAC	2	12	670402	670413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_021521	TTAACC	2	12	677123	677134	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_021521	CGTGAC	2	12	723848	723859	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_021521	AAATGC	2	12	737294	737305	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021521	TATCAA	2	12	755070	755081	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021521	CAAGCG	2	12	756037	756048	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021521	AAAATA	2	12	756659	756670	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021521	ATTTTT	2	12	836357	836368	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021521	AAACTA	2	12	849505	849516	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021521	TTCGCT	2	12	892236	892247	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021521	GATATT	2	12	896191	896202	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021521	AAGAGG	2	12	908117	908128	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021521	GCCCGT	2	12	910088	910099	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
60	NC_021521	ATTAGC	2	12	910621	910632	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021521	TAAAGA	2	12	934500	934511	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021521	TTTTAT	2	12	1015167	1015178	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021521	GTTAAG	2	12	1051575	1051586	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021521	AAAAAC	2	12	1052465	1052476	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_021521	GTCTAT	2	12	1072220	1072231	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021521	TGATAT	2	12	1073668	1073679	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021521	TAACTG	2	12	1076747	1076758	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021521	CATTGC	2	12	1102728	1102739	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021521	AGCCGT	2	12	1119561	1119572	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021521	TTGTTT	2	12	1141816	1141827	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021521	TAAAAA	2	12	1173326	1173337	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021521	CTATAT	2	12	1174057	1174068	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_021521	CTTTTC	2	12	1175218	1175229	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021521	TTAATT	2	12	1175798	1175809	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021521	TTCAAA	2	12	1177708	1177719	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021521	AGGGTC	2	12	1180666	1180677	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021521	TCATTT	2	12	1197039	1197050	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021521	ATTGGT	2	12	1238031	1238042	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021521	TAGGGA	2	12	1238161	1238172	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021521	TAATCC	2	12	1238357	1238368	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_021521	TTATAT	2	12	1260417	1260428	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021521	AGTACA	2	12	1303732	1303743	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021521	TTTATC	2	12	1304525	1304536	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021521	ACAAAA	2	12	1315513	1315524	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
85	NC_021521	GGTGTA	2	12	1329665	1329676	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021521	TTTTAA	2	12	1374439	1374450	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021521	TGATCG	2	12	1377204	1377215	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021521	TATTTT	2	12	1378486	1378497	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021521	TGCAAG	2	12	1387552	1387563	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021521	AACCCA	2	12	1387706	1387717	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
91	NC_021521	ATTTTT	2	12	1415329	1415340	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021521	ATATTC	2	12	1422200	1422211	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021521	TTTGGA	2	12	1422381	1422392	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021521	ATAACA	2	12	1427379	1427390	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021521	ATTTTA	2	12	1458337	1458348	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021521	AGTTTG	2	12	1471904	1471915	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021521	TATTAC	2	12	1484390	1484401	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021521	CGTGAC	2	12	1516451	1516462	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021521	TAATTT	2	12	1521680	1521691	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021521	ATTTCA	2	12	1550658	1550669	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021521	CTTTCG	2	12	1552534	1552545	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
102	NC_021521	GCCTTC	2	12	1554188	1554199	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021521	TAAATA	2	12	1594257	1594268	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021521	TTCTAT	2	12	1601973	1601984	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_021521	TAAAAA	2	12	1602435	1602446	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021521	ATTTCA	2	12	1619200	1619211	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021521	CTTTCG	2	12	1621076	1621087	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021521	GCCTTC	2	12	1622731	1622742	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021521	GCTACT	2	12	1631563	1631574	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
110	NC_021521	GCAATG	2	12	1634113	1634124	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021521	TTCATT	2	12	1649116	1649127	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021521	GGTGCA	2	12	1651981	1651992	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021521	GACTGT	2	12	1659645	1659656	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021521	CTTAAG	2	12	1683999	1684010	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021521	ATTTCA	2	12	1703564	1703575	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021521	CTTTCG	2	12	1705440	1705451	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
117	NC_021521	GCCTTC	2	12	1706944	1706955	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021521	TAAAAT	2	12	1743212	1743223	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021521	TGTGAT	2	12	1743687	1743698	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021521	CCCCTG	2	12	1811027	1811038	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
121	NC_021521	CGTGAC	2	12	1836393	1836404	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021521	ATAAAA	2	12	1902130	1902141	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021521	AATTTT	2	12	1908469	1908480	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021521	TAAATT	2	12	1908544	1908555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021521	TAAATA	2	12	1925005	1925016	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021521	ATTTCA	2	12	1951331	1951342	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_021521	CTTTCG	2	12	1953207	1953218	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021521	GCCTTC	2	12	1954862	1954873	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021521	CAGCTG	2	12	1959161	1959172	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021521	GTTATA	2	12	1962723	1962734	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021521	ATTAGG	2	12	1982357	1982368	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021521	ATCAAT	2	12	2002156	2002167	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021521	ATGTGT	2	12	2038922	2038933	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021521	GAATGT	2	12	2041230	2041241	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021521	TGGCAA	2	12	2041664	2041675	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_021521	ATTAAA	2	12	2050838	2050849	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021521	TTTCTT	2	12	2135843	2135854	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_021521	CAAAAA	2	12	2187685	2187696	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
139	NC_021521	GTAATC	2	12	2197585	2197596	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
140	NC_021521	GGTAAA	2	12	2203824	2203835	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021521	GGCAAT	2	12	2216508	2216519	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
142	NC_021521	AATATA	2	12	2216556	2216567	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021521	CAACGG	2	12	2224770	2224781	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
144	NC_021521	GCGTAA	2	12	2225345	2225356	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
145	NC_021521	CTTTGC	2	12	2243885	2243896	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
146	NC_021521	GAGAAA	2	12	2259011	2259022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021521	TGTCTT	2	12	2278673	2278684	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_021521	AATGGG	2	12	2278920	2278931	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021521	GAAAGA	2	12	2282452	2282463	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021521	GCTATT	2	12	2296101	2296112	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
151	NC_021521	TTTTTA	2	12	2307074	2307085	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.