MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Lactobacillus plantarum 16 plasmid Lp16H

Total Repeats: 52

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021519	AACTT	2	10	244	253	40 %	40 %	0 %	20 %	513844329
2	NC_021519	CATTT	2	10	1233	1242	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021519	GCTTG	2	10	2086	2095	0 %	40 %	40 %	20 %	513844330
4	NC_021519	GAACA	2	10	2848	2857	60 %	0 %	20 %	20 %	513844331
5	NC_021519	TAAAA	2	10	5123	5132	80 %	20 %	0 %	0 %	513844334
6	NC_021519	CATTT	2	10	5492	5501	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021519	TGAAG	2	10	5531	5540	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021519	AGTGA	2	10	6369	6378	40 %	20 %	40 %	0 %	513844335
9	NC_021519	AGTAT	2	10	8731	8740	40 %	40 %	20 %	0 %	513844338
10	NC_021519	GGATT	2	10	10819	10828	20 %	40 %	40 %	0 %	513844340
11	NC_021519	TTATT	2	10	11810	11819	20 %	80 %	0 %	0 %	513844341
12	NC_021519	TTCAA	2	10	13738	13747	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021519	AATTG	2	10	13749	13758	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021519	TTTTC	2	10	16046	16055	0 %	80 %	0 %	20 %	513844345
15	NC_021519	ATTTA	2	10	16394	16403	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021519	GAATC	2	10	18917	18926	40 %	20 %	20 %	20 %	513844347
17	NC_021519	TTAAT	2	10	19120	19129	40 %	60 %	0 %	0 %	513844347
18	NC_021519	TAAAT	2	10	19161	19170	60 %	40 %	0 %	0 %	513844348
19	NC_021519	GAAGG	2	10	19602	19611	40 %	0 %	60 %	0 %	513844348
20	NC_021519	TTTAT	2	10	20368	20377	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021519	ATTAT	2	10	20589	20598	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021519	AAATG	2	10	23858	23867	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021519	GTTAA	2	10	24844	24853	40 %	40 %	20 %	0 %	513844354
24	NC_021519	ATTTT	2	10	28246	28255	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021519	TTGGA	2	10	29553	29562	20 %	40 %	40 %	0 %	513844359
26	NC_021519	GCCTG	2	10	29568	29577	0 %	20 %	40 %	40 %	513844359
27	NC_021519	AACGA	2	10	32831	32840	60 %	0 %	20 %	20 %	513844361
28	NC_021519	CAGTT	2	10	34647	34656	20 %	40 %	20 %	20 %	513844363
29	NC_021519	GTTTT	2	10	37444	37453	0 %	80 %	20 %	0 %	513844367
30	NC_021519	CTTTT	2	10	38214	38223	0 %	80 %	0 %	20 %	513844368
31	NC_021519	AACCA	2	10	40269	40278	60 %	0 %	0 %	40 %	513844369
32	NC_021519	GGTTA	2	10	41318	41327	20 %	40 %	40 %	0 %	513844370
33	NC_021519	AAATC	2	10	41737	41746	60 %	20 %	0 %	20 %	513844370
34	NC_021519	TGGCA	2	10	48004	48013	20 %	20 %	40 %	20 %	513844375
35	NC_021519	CAAAG	2	10	48126	48135	60 %	0 %	20 %	20 %	513844375
36	NC_021519	AACAT	2	10	48844	48853	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021519	AAGAT	2	10	50483	50492	60 %	20 %	20 %	0 %	513844377
38	NC_021519	TTAGT	2	10	51318	51327	20 %	60 %	20 %	0 %	513844381
39	NC_021519	GTCGA	2	10	51385	51394	20 %	20 %	40 %	20 %	513844381
40	NC_021519	AAAAT	2	10	53383	53392	80 %	20 %	0 %	0 %	513844384
41	NC_021519	AACCA	2	10	55943	55952	60 %	0 %	0 %	40 %	513844386
42	NC_021519	GCAAT	2	10	57290	57299	40 %	20 %	20 %	20 %	513844388
43	NC_021519	GGGCT	2	10	57436	57445	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021519	TTCGT	2	10	57919	57928	0 %	60 %	20 %	20 %	513844389
45	NC_021519	TAATA	2	10	59709	59718	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021519	CAGAC	2	10	60353	60362	40 %	0 %	20 %	40 %	513844391
47	NC_021519	GGCGG	2	10	63322	63331	0 %	0 %	80 %	20 %	513844393
48	NC_021519	ACGCA	2	10	67254	67263	40 %	0 %	20 %	40 %	513844397
49	NC_021519	CAAGG	2	10	70953	70962	40 %	0 %	40 %	20 %	513844399
50	NC_021519	ATTCA	2	10	73551	73560	40 %	40 %	0 %	20 %	513844401
51	NC_021519	TTGGC	2	10	73884	73893	0 %	40 %	40 %	20 %	513844402
52	NC_021519	TGTTT	2	10	73984	73993	0 %	80 %	20 %	0 %	513844402

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.