MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum SS14

Total Repeats: 37

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021508	ATTGAA	2	12	8548	8559	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021508	TTTCCG	2	12	34168	34179	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021508	CCTCCC	2	12	49437	49448	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
4	NC_021508	GCACGA	2	12	59447	59458	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NC_021508	CGCTTG	2	12	92930	92941	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021508	TCTCAA	2	12	125130	125141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021508	CGGCTG	2	12	148599	148610	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021508	GGCTGG	2	12	150591	150602	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021508	TCGGGC	2	12	150606	150617	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021508	CTGCGG	4	24	151810	151833	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021508	CGGCTC	2	12	152315	152326	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021508	TAAAAA	2	12	154222	154233	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021508	GTGCGA	2	12	234721	234732	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021508	TCCTTC	2	12	236102	236113	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
15	NC_021508	GTTTGT	2	12	259151	259162	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021508	GTGCGA	2	12	283166	283177	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
17	NC_021508	TCCTTC	2	12	284547	284558	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021508	GCACCG	2	12	331664	331675	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
19	NC_021508	CCGGAG	2	12	333038	333049	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021508	CAGCTG	2	12	333262	333273	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
21	NC_021508	AATATA	2	12	355168	355179	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021508	TTTCCG	2	12	372431	372442	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021508	CGTGCG	2	12	525260	525271	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021508	TAACCC	2	12	562167	562178	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
25	NC_021508	ATACTG	2	12	562261	562272	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021508	TTCTCC	2	12	699077	699088	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
27	NC_021508	CCTCCG	2	12	716646	716657	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
28	NC_021508	ACGCGC	2	12	766575	766586	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
29	NC_021508	ACGCAG	2	12	810481	810492	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021508	ACACGC	2	12	819316	819327	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
31	NC_021508	GCAGGG	2	12	827768	827779	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021508	CAGAGA	2	12	853513	853524	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021508	GTGCAC	2	12	869794	869805	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021508	AAAGAC	2	12	882353	882364	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021508	CCATCC	2	12	890302	890313	16.67 %	16.67 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
36	NC_021508	GGCGCA	2	12	907598	907609	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021508	GAGCAG	2	12	995461	995472	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.