MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum SS14

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021508	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021508	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021508	GTTTT	2	10	18341	18350	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021508	ACATA	2	10	45640	45649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021508	ATGCT	2	10	55483	55492	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021508	ACCCA	2	10	58687	58696	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_021508	TCGTG	2	10	59511	59520	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021508	CCGCG	2	10	61705	61714	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_021508	AGCGT	2	10	71083	71092	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021508	AGTGT	2	10	72708	72717	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021508	TGGTG	2	10	80872	80881	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021508	TTTGC	2	10	90658	90667	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021508	TGGTG	2	10	92028	92037	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021508	TCGCT	2	10	93134	93143	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021508	GCACA	2	10	94774	94783	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021508	GGTGC	2	10	139681	139690	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021508	TCCGT	2	10	146699	146708	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_021508	GCAAG	2	10	159630	159639	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021508	TTTTC	2	10	185714	185723	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021508	AGAGG	2	10	190190	190199	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021508	GCATG	2	10	232864	232873	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021508	CCCTT	2	10	232940	232949	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_021508	TTTGT	2	10	233051	233060	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021508	GGGTG	2	10	233105	233114	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021508	TGAAC	2	10	233331	233340	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021508	AGGTT	2	10	234790	234799	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021508	AGAGG	2	10	235039	235048	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021508	TTGAA	2	10	235068	235077	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021508	GAGGG	2	10	242292	242301	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021508	TCGGT	2	10	246753	246762	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021508	GCGCG	2	10	268354	268363	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021508	CGTGA	2	10	273457	273466	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021508	GCATG	2	10	281299	281308	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021508	CCCTT	2	10	281375	281384	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_021508	TTTGT	2	10	281496	281505	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021508	GGGTG	2	10	281550	281559	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021508	TGAAC	2	10	281776	281785	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021508	AGGTT	2	10	283235	283244	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021508	AGAGG	2	10	283484	283493	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021508	TTGAA	2	10	283513	283522	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021508	TTTCC	2	10	295306	295315	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_021508	GTGCG	2	10	299034	299043	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021508	AAACG	2	10	331599	331608	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021508	TGTTT	2	10	332782	332791	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021508	GAAAT	2	10	373209	373218	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021508	GGTTT	2	10	379041	379050	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021508	GTGTC	2	10	383862	383871	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021508	TTGGT	2	10	390728	390737	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021508	GTTCG	2	10	390746	390755	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021508	TGCGC	2	10	402574	402583	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021508	CTGTG	2	10	423941	423950	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021508	GAGGG	2	10	424440	424449	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021508	AGGAA	2	10	439686	439695	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021508	GGAAG	2	10	463617	463626	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021508	CGGAG	2	10	484598	484607	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021508	TTTCT	2	10	484726	484735	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021508	GCGGG	2	10	493861	493870	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021508	GAAGA	2	10	521110	521119	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021508	ACGGC	2	10	532219	532228	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021508	AAGGA	2	10	538926	538935	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021508	TGGTG	2	10	545749	545758	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021508	ACTTT	2	10	545781	545790	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021508	CCCAA	2	10	581374	581383	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_021508	ACCGC	2	10	586358	586367	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_021508	GTGCT	2	10	609947	609956	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021508	CGCAC	2	10	643820	643829	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021508	GTCTT	2	10	698141	698150	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021508	ACAGC	2	10	735639	735648	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021508	GGCAC	2	10	749516	749525	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021508	ACCCC	2	10	766597	766606	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_021508	TCACC	2	10	767226	767235	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_021508	CGCGC	2	10	768668	768677	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_021508	ACTGT	2	10	864658	864667	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021508	ATCGC	2	10	881076	881085	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021508	GAGGG	2	10	885137	885146	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021508	CCTCA	2	10	900735	900744	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_021508	TCCTT	2	10	917200	917209	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021508	ATGTC	2	10	921819	921828	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021508	TCCCT	2	10	946334	946343	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_021508	GCAAA	2	10	949380	949389	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021508	CTTGC	2	10	975881	975890	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021508	AACAA	2	10	1000713	1000722	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021508	AGCGC	2	10	1006320	1006329	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
84	NC_021508	TTCTT	2	10	1053951	1053960	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021508	GCCTG	2	10	1054789	1054798	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
86	NC_021508	GCACT	2	10	1055612	1055621	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021508	CGGTA	2	10	1073271	1073280	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
88	NC_021508	GAGAC	2	10	1079938	1079947	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021508	CATGC	2	10	1084100	1084109	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021508	CCCCT	2	10	1103291	1103300	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
91	NC_021508	GCCCG	2	10	1116553	1116562	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_021508	CCGCA	2	10	1124622	1124631	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
93	NC_021508	TGCGC	2	10	1125432	1125441	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
94	NC_021508	GGGGC	2	10	1125536	1125545	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.