MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum SS14

Total Repeats: 310

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021508	TTTG	2	8	1530	1537	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021508	AACT	2	8	1633	1640	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
3	NC_021508	GCCC	2	8	4382	4389	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
4	NC_021508	GGTT	2	8	8562	8569	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021508	CCGT	2	8	9126	9133	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021508	GGTA	2	8	9207	9214	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021508	GCAT	2	8	10132	10139	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
8	NC_021508	ATGT	2	8	10211	10218	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021508	GTGG	2	8	10238	10245	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021508	TTTA	2	8	18323	18330	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021508	CTTC	2	8	24288	24295	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021508	TAAG	2	8	36812	36819	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021508	ACCC	2	8	44488	44495	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
14	NC_021508	TTAC	2	8	47157	47164	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
15	NC_021508	TCCC	2	8	47201	47208	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
16	NC_021508	AGCG	2	8	49425	49432	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
17	NC_021508	CGGG	2	8	49493	49500	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
18	NC_021508	CAGG	2	8	54520	54527	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
19	NC_021508	GTAC	2	8	54533	54540	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
20	NC_021508	ACGA	2	8	58547	58554	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
21	NC_021508	GAGC	2	8	58766	58773	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021508	TGTC	2	8	62880	62887	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021508	ATGC	2	8	70144	70151	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_021508	GCTT	2	8	71716	71723	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
25	NC_021508	TCCA	2	8	73445	73452	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021508	TGAG	2	8	73812	73819	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021508	GCGT	2	8	80860	80867	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
28	NC_021508	TTGC	2	8	90728	90735	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
29	NC_021508	TACA	2	8	90936	90943	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
30	NC_021508	CGGG	2	8	91087	91094	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021508	TTCG	2	8	91707	91714	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
32	NC_021508	GCGA	2	8	91772	91779	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
33	NC_021508	GGAC	2	8	92749	92756	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021508	GTTT	2	8	92853	92860	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021508	ACGT	2	8	93071	93078	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
36	NC_021508	GTTT	2	8	93164	93171	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021508	CGTC	2	8	94437	94444	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021508	CTCC	2	8	94688	94695	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
39	NC_021508	TCCT	2	8	98683	98690	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_021508	GAGG	2	8	99889	99896	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021508	TTGA	2	8	102850	102857	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021508	CACC	2	8	106317	106324	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
43	NC_021508	TGCT	2	8	106695	106702	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
44	NC_021508	AGTG	2	8	108316	108323	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021508	GGGT	2	8	109748	109755	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021508	CGCC	2	8	122191	122198	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
47	NC_021508	ACTG	2	8	124707	124714	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021508	TGAG	2	8	124850	124857	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021508	CCTC	2	8	124904	124911	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
50	NC_021508	TGAG	2	8	129783	129790	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021508	GCAT	2	8	139709	139716	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
52	NC_021508	TAAA	2	8	142970	142977	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021508	GTTC	2	8	148389	148396	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021508	TCTT	2	8	149204	149211	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021508	CGGA	2	8	150491	150498	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021508	GTAC	2	8	150642	150649	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021508	TCTT	2	8	151600	151607	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021508	TCTT	2	8	159482	159489	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021508	GGTG	2	8	159713	159720	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021508	TCTG	2	8	162958	162965	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
61	NC_021508	AGGG	2	8	162969	162976	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021508	CGAG	2	8	162981	162988	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
63	NC_021508	GTGG	2	8	169447	169454	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021508	TCCC	2	8	169801	169808	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
65	NC_021508	CGTA	2	8	169855	169862	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
66	NC_021508	ATGT	2	8	169912	169919	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021508	TGCA	2	8	176539	176546	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_021508	GTAT	2	8	190987	190994	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021508	GTAC	2	8	195806	195813	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
70	NC_021508	GAAG	2	8	195976	195983	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021508	CGTG	2	8	195992	195999	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
72	NC_021508	AAAT	2	8	196037	196044	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021508	AGAA	2	8	196139	196146	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021508	CCGT	2	8	196283	196290	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
75	NC_021508	GGGA	2	8	202250	202257	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021508	GTGC	2	8	202996	203003	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
77	NC_021508	GGTG	2	8	205801	205808	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021508	AGGT	2	8	206179	206186	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021508	CAGG	2	8	219825	219832	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
80	NC_021508	GCAG	2	8	219900	219907	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021508	GGGA	2	8	221863	221870	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021508	CGTG	2	8	223259	223266	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
83	NC_021508	TTTC	2	8	223270	223277	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021508	AGTG	2	8	230323	230330	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021508	GGGA	2	8	231234	231241	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021508	GAAC	2	8	231323	231330	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
87	NC_021508	GGGA	2	8	231761	231768	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021508	AGGG	2	8	232755	232762	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021508	AAGG	2	8	232995	233002	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021508	TGAA	2	8	233299	233306	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021508	AGGG	2	8	233308	233315	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021508	GCGA	2	8	233390	233397	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
93	NC_021508	GGTG	2	8	233458	233465	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021508	AAAC	2	8	233986	233993	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
95	NC_021508	TGCG	2	8	234144	234151	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
96	NC_021508	TTCC	2	8	234486	234493	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
97	NC_021508	AGGT	2	8	234827	234834	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021508	GTAG	2	8	236236	236243	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021508	TGCA	2	8	236988	236995	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021508	CTGT	2	8	242323	242330	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
101	NC_021508	CTTT	2	8	242962	242969	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
102	NC_021508	GGCC	2	8	243047	243054	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021508	CTGT	2	8	243076	243083	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021508	TCCT	2	8	243472	243479	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021508	TGCC	2	8	244296	244303	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_021508	TTTC	2	8	266639	266646	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
107	NC_021508	GTTC	2	8	270515	270522	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NC_021508	GCTC	2	8	271993	272000	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021508	GTGA	2	8	275916	275923	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021508	CAGG	2	8	276378	276385	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021508	GCAG	2	8	276470	276477	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
112	NC_021508	GGGT	2	8	276832	276839	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021508	GAGG	2	8	277688	277695	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021508	GGGA	2	8	279669	279676	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021508	GAAC	2	8	279758	279765	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
116	NC_021508	GGGA	2	8	280196	280203	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021508	AGGG	2	8	281190	281197	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021508	TGAA	2	8	281744	281751	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021508	AGGG	2	8	281753	281760	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021508	GCGA	2	8	281835	281842	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021508	GGTG	2	8	281903	281910	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021508	AAAC	2	8	282431	282438	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
123	NC_021508	TGCG	2	8	282589	282596	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
124	NC_021508	TTCC	2	8	282931	282938	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
125	NC_021508	AGGT	2	8	283272	283279	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021508	GTAG	2	8	284681	284688	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021508	TAAA	3	12	290482	290493	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021508	GCAC	2	8	293679	293686	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021508	GACC	2	8	293715	293722	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
130	NC_021508	AGGT	2	8	298152	298159	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021508	GGGA	2	8	324036	324043	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021508	AGAA	2	8	328049	328056	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021508	AGCA	2	8	332424	332431	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
134	NC_021508	TCGT	2	8	332792	332799	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
135	NC_021508	AGGA	2	8	332963	332970	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021508	GGAA	2	8	333186	333193	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021508	GAGT	2	8	333453	333460	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
138	NC_021508	CCTG	2	8	333519	333526	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
139	NC_021508	CACT	2	8	333529	333536	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
140	NC_021508	CCCG	2	8	337266	337273	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
141	NC_021508	GAGG	2	8	337310	337317	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021508	TGCG	2	8	356688	356695	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
143	NC_021508	ATGG	2	8	366226	366233	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021508	AGGA	2	8	371207	371214	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021508	AGGG	2	8	372323	372330	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021508	CGAG	2	8	372355	372362	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021508	CTTG	2	8	373559	373566	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
148	NC_021508	GGAT	2	8	373567	373574	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021508	CTGC	2	8	373722	373729	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
150	NC_021508	GTCT	2	8	378108	378115	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
151	NC_021508	ATAG	2	8	380215	380222	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
152	NC_021508	CCCA	2	8	383743	383750	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
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297	NC_021508	TTCT	2	8	1103878	1103885	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
298	NC_021508	CTTC	2	8	1103921	1103928	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
299	NC_021508	AGAA	2	8	1117985	1117992	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
300	NC_021508	CACC	2	8	1118568	1118575	25 %	0 %	0 %	75 %	Non-Coding
301	NC_021508	ACCA	2	8	1119688	1119695	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
302	NC_021508	CGGG	2	8	1125601	1125608	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
303	NC_021508	GGGA	2	8	1125639	1125646	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
304	NC_021508	CTCG	2	8	1135416	1135423	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
305	NC_021508	CAAC	2	8	1136257	1136264	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
306	NC_021508	CCTC	2	8	1136266	1136273	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
307	NC_021508	GTAC	2	8	1136347	1136354	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
308	NC_021508	TTCT	2	8	1136903	1136910	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
309	NC_021508	GAAA	2	8	1136951	1136958	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
310	NC_021508	ATTT	2	8	1137023	1137030	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.