MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum subsp. pallidum str. Nichols

Total Repeats: 89

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021490	AAGGA	2	10	9495	9504	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021490	AGGGA	2	10	12400	12409	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021490	GTTTT	2	10	18344	18353	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021490	ACATA	2	10	45642	45651	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021490	ATGCT	2	10	55484	55493	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021490	ACCCA	2	10	58688	58697	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
7	NC_021490	TCGTG	2	10	59512	59521	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021490	CCGCG	2	10	61706	61715	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
9	NC_021490	AGCGT	2	10	71084	71093	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021490	AGTGT	2	10	72709	72718	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021490	TGGTG	2	10	80873	80882	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021490	TTTGC	2	10	90659	90668	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021490	TGGTG	2	10	92029	92038	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021490	TCGCT	2	10	93135	93144	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021490	GCACA	2	10	94774	94783	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
16	NC_021490	GGTGC	2	10	139684	139693	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021490	TCCGT	2	10	146700	146709	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
18	NC_021490	GCAAG	2	10	159590	159599	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021490	TTTTC	2	10	185674	185683	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021490	AGAGG	2	10	190150	190159	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021490	GCATG	2	10	232822	232831	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021490	CCCTT	2	10	232898	232907	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
23	NC_021490	TTTGT	2	10	233009	233018	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021490	GGGTG	2	10	233063	233072	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021490	TGAAC	2	10	233289	233298	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021490	AGGTT	2	10	234748	234757	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021490	AGAGG	2	10	234997	235006	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021490	TTGAA	2	10	235026	235035	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021490	GAGGG	2	10	242250	242259	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021490	TCGGT	2	10	246711	246720	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021490	GCGCG	2	10	268312	268321	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021490	CGTGA	2	10	273415	273424	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021490	GCATG	2	10	281257	281266	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021490	CCCTT	2	10	281333	281342	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
35	NC_021490	TTTGT	2	10	281454	281463	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021490	GGGTG	2	10	281508	281517	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021490	TGAAC	2	10	281734	281743	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021490	AGGTT	2	10	283193	283202	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021490	AGAGG	2	10	283442	283451	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021490	TTGAA	2	10	283471	283480	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021490	TTTCC	2	10	295264	295273	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
42	NC_021490	GTGCG	2	10	298993	299002	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021490	AAACG	2	10	331561	331570	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021490	TGTTT	2	10	332744	332753	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021490	GAAAT	2	10	373170	373179	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021490	GGTTT	2	10	379005	379014	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021490	GTGTC	2	10	383826	383835	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021490	TTGGT	2	10	390692	390701	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021490	GTTCG	2	10	390710	390719	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021490	TGCGC	2	10	402538	402547	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021490	CTGTG	2	10	423908	423917	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021490	GAGGG	2	10	424407	424416	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021490	AGGAA	2	10	439653	439662	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021490	GGAAG	2	10	463584	463593	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021490	CGGAG	2	10	484565	484574	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021490	TTTCT	2	10	484693	484702	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021490	GCGGG	2	10	493829	493838	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021490	GAAGA	2	10	521245	521254	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021490	ACGGC	2	10	532354	532363	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021490	AAGGA	2	10	539061	539070	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021490	TGGTG	2	10	545884	545893	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021490	ACTTT	2	10	545916	545925	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_021490	CCCAA	2	10	581509	581518	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
64	NC_021490	ACCGC	2	10	586493	586502	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
65	NC_021490	GTGCT	2	10	610064	610073	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021490	CGCAC	2	10	643937	643946	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021490	GTCTT	2	10	698255	698264	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021490	ACAGC	2	10	735759	735768	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021490	GGCAC	2	10	749636	749645	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021490	ACCCC	2	10	766717	766726	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
71	NC_021490	TCACC	2	10	767346	767355	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
72	NC_021490	CGCGC	2	10	768788	768797	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_021490	ACTGT	2	10	864778	864787	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021490	ATCGC	2	10	881196	881205	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021490	GAGGG	2	10	885257	885266	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021490	CCTCA	2	10	900855	900864	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
77	NC_021490	TCCTT	2	10	917320	917329	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021490	ATGTC	2	10	921939	921948	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021490	TCCCT	2	10	946451	946460	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
80	NC_021490	AACAA	2	10	1000777	1000786	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021490	GCACT	2	10	1055676	1055685	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021490	CGGTA	2	10	1073335	1073344	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
83	NC_021490	GAGAC	2	10	1080002	1080011	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021490	CATGC	2	10	1084164	1084173	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
85	NC_021490	CCCCT	2	10	1103355	1103364	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
86	NC_021490	GCCCG	2	10	1116617	1116626	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
87	NC_021490	CCGCA	2	10	1124686	1124695	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
88	NC_021490	TGCGC	2	10	1125496	1125505	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
89	NC_021490	GGGGC	2	10	1125600	1125609	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.