MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. RPE64 plasmid p2 DNA

Total Repeats: 181

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021295	TCGGT	2	10	1782	1791	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
2	NC_021295	TGAGG	2	10	1854	1863	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021295	GGTGA	2	10	1919	1928	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021295	GGAAC	2	10	5804	5813	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021295	TGCGC	2	10	21753	21762	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
6	NC_021295	GGGCT	2	10	23993	24002	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
7	NC_021295	CCATC	2	10	44824	44833	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_021295	AAATT	2	10	58807	58816	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021295	TTTAG	2	10	61457	61466	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021295	GCTTG	2	10	63569	63578	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021295	ATCGA	2	10	65189	65198	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021295	CGAGA	2	10	65587	65596	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
13	NC_021295	GCGCT	2	10	90099	90108	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
14	NC_021295	GTTGC	2	10	90205	90214	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021295	ACTGG	2	10	91763	91772	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021295	CCACA	2	10	95605	95614	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
17	NC_021295	AAGCG	2	10	96805	96814	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021295	TCGAG	2	10	97509	97518	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021295	CCGCG	2	10	103011	103020	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
20	NC_021295	CGCGG	2	10	105388	105397	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
21	NC_021295	AGGGC	2	10	106698	106707	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021295	GCCGC	2	10	106717	106726	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
23	NC_021295	GCCGC	2	10	107761	107770	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_021295	CCGAT	2	10	108276	108285	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021295	CGCGC	2	10	108424	108433	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_021295	CGGCC	2	10	109398	109407	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
27	NC_021295	GCCGC	2	10	110524	110533	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
28	NC_021295	TGCCG	2	10	110666	110675	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021295	CCGAT	2	10	110771	110780	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_021295	CAGGA	2	10	113519	113528	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021295	GCAAC	2	10	114662	114671	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
32	NC_021295	CGGCG	2	10	115248	115257	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
33	NC_021295	GAAGC	2	10	116536	116545	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021295	GGGCA	2	10	119423	119432	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021295	CTTCA	2	10	121759	121768	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
36	NC_021295	TTCGC	2	10	122630	122639	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
37	NC_021295	CGTCC	2	10	122776	122785	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
38	NC_021295	TCGCT	2	10	124228	124237	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
39	NC_021295	CCATG	2	10	125213	125222	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021295	CCGAC	2	10	125409	125418	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
41	NC_021295	TCAAA	2	10	126322	126331	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021295	TCCTG	2	10	126394	126403	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
43	NC_021295	CGCGG	2	10	127184	127193	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021295	GCTGG	2	10	129880	129889	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
45	NC_021295	CGGGG	2	10	130203	130212	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021295	CGATT	2	10	131031	131040	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021295	TCGCT	2	10	131219	131228	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
48	NC_021295	AGGGC	2	10	132644	132653	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021295	CGAGG	2	10	132878	132887	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021295	ACGGC	2	10	132919	132928	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
51	NC_021295	CGACC	2	10	132989	132998	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
52	NC_021295	GGGCT	2	10	133618	133627	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021295	GCATC	2	10	134429	134438	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021295	TCGAA	2	10	136024	136033	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021295	GGACG	2	10	140367	140376	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021295	CTCGT	2	10	146165	146174	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021295	ATCGA	2	10	146638	146647	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021295	ATGCA	2	10	146948	146957	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
59	NC_021295	TCTCG	2	10	147036	147045	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021295	CGACG	2	10	147273	147282	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
61	NC_021295	GCAGC	2	10	147824	147833	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
62	NC_021295	GCTTC	2	10	147890	147899	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021295	GCGCA	2	10	148551	148560	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
64	NC_021295	ATCGC	2	10	148731	148740	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021295	CGGCG	2	10	150300	150309	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021295	GCTCG	2	10	151225	151234	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
67	NC_021295	AGCAG	2	10	154275	154284	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021295	GCGCT	2	10	155860	155869	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021295	CGATC	2	10	158868	158877	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
70	NC_021295	ACGCG	2	10	159268	159277	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021295	CGTGA	2	10	164764	164773	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
72	NC_021295	GCCCC	2	10	164981	164990	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
73	NC_021295	CTGAC	2	10	165265	165274	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
74	NC_021295	CTCTT	2	10	165494	165503	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021295	AAATC	2	10	165820	165829	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021295	GCTCG	2	10	166879	166888	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
77	NC_021295	CGACG	2	10	170384	170393	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
78	NC_021295	GCCGC	2	10	170512	170521	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
79	NC_021295	CCTGC	2	10	172563	172572	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
80	NC_021295	GCCAT	2	10	174953	174962	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
81	NC_021295	GCGCG	2	10	175121	175130	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021295	CTGCG	2	10	175157	175166	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021295	AATGC	2	10	179734	179743	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021295	GCGAA	2	10	180335	180344	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021295	GCTGA	2	10	182872	182881	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
86	NC_021295	CGCTT	2	10	183027	183036	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
87	NC_021295	CCGCG	2	10	183460	183469	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
88	NC_021295	CGAAG	2	10	185060	185069	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021295	CAAGG	2	10	185891	185900	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021295	GCGTC	2	10	186231	186240	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_021295	TGATT	2	10	186360	186369	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021295	GCCTT	2	10	187475	187484	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
93	NC_021295	CAGCC	2	10	188377	188386	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
94	NC_021295	TTCAT	2	10	189802	189811	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021295	GCCAT	2	10	190092	190101	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021295	ATGCC	2	10	190513	190522	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
97	NC_021295	TGCCG	2	10	196958	196967	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021295	CGCGA	2	10	197071	197080	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
99	NC_021295	GATCG	2	10	197324	197333	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021295	CGTGC	2	10	197348	197357	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_021295	AGCAC	2	10	198504	198513	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
102	NC_021295	GAGCG	2	10	200310	200319	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
103	NC_021295	TCTCT	2	10	201477	201486	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
104	NC_021295	CGCGG	2	10	203341	203350	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021295	CAAGT	2	10	206175	206184	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
106	NC_021295	TGTTT	2	10	206824	206833	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021295	GCGCG	3	15	208388	208402	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021295	CCTGG	2	10	208673	208682	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
109	NC_021295	TCGCT	2	10	209136	209145	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
110	NC_021295	CAAGA	2	10	209324	209333	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
111	NC_021295	GCCCA	2	10	210953	210962	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
112	NC_021295	GATTT	2	10	211424	211433	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021295	GGCCC	2	10	211460	211469	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
114	NC_021295	TCGGC	2	10	213223	213232	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021295	GGTTT	2	10	215174	215183	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021295	CCTGC	2	10	215461	215470	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
117	NC_021295	TTCAG	2	10	217375	217384	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
118	NC_021295	TTTGA	2	10	218494	218503	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021295	ACGTG	2	10	218755	218764	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
120	NC_021295	ACCCG	2	10	219133	219142	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
121	NC_021295	CGCGC	2	10	219272	219281	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
122	NC_021295	GTCGC	2	10	220516	220525	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
123	NC_021295	CGCGC	2	10	220789	220798	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
124	NC_021295	GATGT	2	10	221862	221871	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021295	CTTGC	2	10	222970	222979	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
126	NC_021295	ATAGC	2	10	224248	224257	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021295	GGTCA	2	10	224710	224719	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021295	GGCGC	2	10	225123	225132	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
129	NC_021295	GCGAC	2	10	227683	227692	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
130	NC_021295	CGGTT	2	10	229120	229129	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
131	NC_021295	CGACA	2	10	229201	229210	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
132	NC_021295	TGCGA	2	10	229815	229824	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021295	ATGCG	2	10	235996	236005	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
134	NC_021295	GCGAA	2	10	236172	236181	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
135	NC_021295	GCCGC	2	10	237522	237531	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
136	NC_021295	GCCGC	2	10	239315	239324	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
137	NC_021295	CTCCG	2	10	239870	239879	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
138	NC_021295	GCGCC	2	10	240945	240954	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
139	NC_021295	GCGCT	2	10	242124	242133	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
140	NC_021295	AGACC	2	10	242673	242682	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
141	NC_021295	TTCGA	2	10	242901	242910	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
142	NC_021295	TGCGC	2	10	243002	243011	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
143	NC_021295	TGCGA	2	10	244882	244891	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
144	NC_021295	CGCAG	2	10	245871	245880	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
145	NC_021295	CGGGC	2	10	248172	248181	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
146	NC_021295	AGCAG	2	10	248628	248637	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
147	NC_021295	GGCGC	2	10	251232	251241	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
148	NC_021295	GCCCG	2	10	251738	251747	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
149	NC_021295	AACCG	2	10	255687	255696	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
150	NC_021295	CGCGG	2	10	258205	258214	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
151	NC_021295	TGGCC	2	10	260760	260769	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
152	NC_021295	CCGGT	2	10	262742	262751	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
153	NC_021295	TGACA	2	10	268665	268674	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
154	NC_021295	TTCAC	2	10	272998	273007	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
155	NC_021295	CATCG	2	10	273135	273144	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
156	NC_021295	TTCGG	2	10	274639	274648	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
157	NC_021295	CGCGC	2	10	275435	275444	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
158	NC_021295	TGACG	2	10	276211	276220	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
159	NC_021295	GAACC	2	10	277498	277507	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
160	NC_021295	CTTTA	2	10	279640	279649	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
161	NC_021295	CGGGT	2	10	280025	280034	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
162	NC_021295	CGCTG	2	10	280874	280883	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
163	NC_021295	ATGCA	2	10	282690	282699	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
164	NC_021295	GTGAA	2	10	285045	285054	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021295	ACCAA	2	10	286300	286309	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
166	NC_021295	AACAG	2	10	286669	286678	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
167	NC_021295	AGGCG	2	10	287608	287617	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
168	NC_021295	CTTCG	2	10	287628	287637	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
169	NC_021295	TGCGA	2	10	288341	288350	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
170	NC_021295	GCCAT	2	10	289126	289135	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
171	NC_021295	CGCTC	2	10	295768	295777	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
172	NC_021295	CAACG	2	10	296870	296879	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
173	NC_021295	GGCAA	2	10	297408	297417	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
174	NC_021295	TGCGA	2	10	299294	299303	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
175	NC_021295	GTCTT	2	10	302664	302673	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
176	NC_021295	AAGCC	2	10	304080	304089	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
177	NC_021295	CGTCC	2	10	304149	304158	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
178	NC_021295	ACGAG	2	10	305752	305761	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
179	NC_021295	TCTCG	2	10	305875	305884	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
180	NC_021295	CTGGT	2	10	306017	306026	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
181	NC_021295	TTTGA	2	10	307771	307780	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.