MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Burkholderia sp. RPE64 plasmid p1 DNA

Total Repeats: 109

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021289	GAAAA	2	10	10291	10300	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021289	GGCGC	2	10	11089	11098	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
3	NC_021289	CCAAC	2	10	15730	15739	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
4	NC_021289	ACGGA	2	10	33620	33629	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021289	TCCCA	2	10	38053	38062	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
6	NC_021289	GTCGC	2	10	54717	54726	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
7	NC_021289	CGGCG	2	10	69035	69044	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
8	NC_021289	CGGTT	2	10	71083	71092	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
9	NC_021289	GGCTT	2	10	92113	92122	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021289	CATTT	2	10	92261	92270	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021289	TGAAA	2	10	101781	101790	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021289	ACCGC	2	10	102727	102736	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
13	NC_021289	GGCGT	2	10	122457	122466	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021289	GCGCG	2	10	142790	142799	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
15	NC_021289	TCCAC	2	10	160269	160278	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
16	NC_021289	ATCGA	2	10	166204	166213	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021289	AGCGG	2	10	201928	201937	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021289	AGCGC	2	10	206275	206284	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
19	NC_021289	CCTTC	2	10	244002	244011	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
20	NC_021289	TGGGC	2	10	249783	249792	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021289	GGTTC	2	10	260231	260240	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
22	NC_021289	CGGGC	2	10	263717	263726	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
23	NC_021289	GCGCC	2	10	306811	306820	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
24	NC_021289	TTCGC	2	10	307945	307954	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021289	GCCGC	2	10	315133	315142	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
26	NC_021289	CGGCG	2	10	334169	334178	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
27	NC_021289	ACGTA	2	10	362361	362370	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021289	AGGCG	2	10	389453	389462	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021289	TTCGC	2	10	407953	407962	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
30	NC_021289	TGTCG	2	10	411993	412002	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021289	TGGTA	2	10	445926	445935	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021289	GAATC	2	10	487407	487416	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
33	NC_021289	CGGCG	2	10	496240	496249	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021289	CTTGT	2	10	510378	510387	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021289	AGGCA	2	10	516250	516259	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
36	NC_021289	TGCGA	2	10	521642	521651	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021289	CGTGC	2	10	542068	542077	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021289	GCGCC	2	10	555120	555129	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
39	NC_021289	CGGCG	2	10	567736	567745	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021289	ACACG	2	10	571051	571060	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
41	NC_021289	ATGTT	2	10	598141	598150	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021289	ACCCG	2	10	600326	600335	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
43	NC_021289	CGGCG	2	10	606593	606602	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021289	GAAGA	2	10	630399	630408	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021289	CAGAA	2	10	638988	638997	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021289	TGACG	2	10	639073	639082	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021289	CGATG	2	10	675736	675745	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021289	CCTCT	2	10	684935	684944	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
49	NC_021289	CCGCC	2	10	688364	688373	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
50	NC_021289	GTCAA	2	10	692464	692473	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021289	CTGCG	2	10	693481	693490	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
52	NC_021289	CTTTC	2	10	703311	703320	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
53	NC_021289	CCATT	2	10	705352	705361	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
54	NC_021289	CGAAG	2	10	719885	719894	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021289	GCGTC	2	10	724452	724461	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
56	NC_021289	TGGCG	2	10	739903	739912	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021289	GTTAT	2	10	740015	740024	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021289	CGCGA	2	10	741460	741469	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021289	GCCTG	2	10	757745	757754	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021289	TGGGC	2	10	758039	758048	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021289	CCGCG	2	10	768153	768162	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
62	NC_021289	ATGCC	2	10	780250	780259	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021289	TTTTC	2	10	790938	790947	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021289	GCTCG	2	10	803356	803365	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021289	CAAAC	2	10	803402	803411	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021289	CTCAC	2	10	832706	832715	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
67	NC_021289	CTCAC	2	10	833030	833039	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
68	NC_021289	CTCAC	2	10	833354	833363	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
69	NC_021289	TGCGA	2	10	857477	857486	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021289	TGACC	2	10	859974	859983	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
71	NC_021289	CGCGC	2	10	860086	860095	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
72	NC_021289	GCCCG	2	10	863131	863140	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
73	NC_021289	GCATG	2	10	869345	869354	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
74	NC_021289	GGGCC	2	10	908110	908119	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021289	GCATC	2	10	908892	908901	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
76	NC_021289	CATCG	2	10	965099	965108	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
77	NC_021289	AAGTG	2	10	971520	971529	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021289	CGTTT	2	10	977910	977919	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
79	NC_021289	TGCTC	2	10	998963	998972	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
80	NC_021289	GGTTC	2	10	1007585	1007594	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021289	CGCAA	2	10	1011974	1011983	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
82	NC_021289	ATCGC	2	10	1038311	1038320	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021289	GAGCA	2	10	1058278	1058287	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
84	NC_021289	ATCGA	2	10	1060726	1060735	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
85	NC_021289	ACGAC	2	10	1067736	1067745	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
86	NC_021289	GCCGC	2	10	1067758	1067767	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
87	NC_021289	TTGTT	2	10	1070161	1070170	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021289	ATCGA	2	10	1087843	1087852	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021289	GCGCG	2	10	1094626	1094635	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
90	NC_021289	GCCGT	2	10	1094734	1094743	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
91	NC_021289	CGCGC	2	10	1108207	1108216	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
92	NC_021289	ATTTA	2	10	1108336	1108345	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021289	CGCTT	2	10	1114967	1114976	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
94	NC_021289	TTTTC	2	10	1122813	1122822	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
95	NC_021289	GTCGC	2	10	1148652	1148661	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021289	TCGAA	2	10	1164165	1164174	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
97	NC_021289	ACCGC	2	10	1195685	1195694	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
98	NC_021289	TTTGA	2	10	1206849	1206858	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021289	CTGCA	2	10	1213374	1213383	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
100	NC_021289	CGAGC	2	10	1222331	1222340	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
101	NC_021289	GCATG	2	10	1231642	1231651	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021289	ATTTG	2	10	1236635	1236644	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021289	TGCGA	2	10	1241856	1241865	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021289	GGCGC	2	10	1246713	1246722	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
105	NC_021289	GCGCC	2	10	1248825	1248834	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
106	NC_021289	CTCCG	2	10	1250318	1250327	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
107	NC_021289	CGGCG	2	10	1258077	1258086	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021289	CCGTT	2	10	1265821	1265830	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
109	NC_021289	GGCGC	2	10	1270399	1270408	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.