MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Strawberry lethal yellows phytoplasma (CPA) str. NZSb11

Total Repeats: 149

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021236	AATAAA	2	12	3967	3978	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021236	TGCTGG	2	12	4574	4585	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021236	CGTAAA	2	12	8061	8072	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021236	TTATAT	2	12	15117	15128	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021236	TATTTT	2	12	16071	16082	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021236	ATAATT	2	12	31413	31424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021236	TTATTT	2	12	36656	36667	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021236	TACATA	2	12	43645	43656	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021236	AAACAA	2	12	46652	46663	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021236	ATTTTT	2	12	64869	64880	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021236	CCAAAA	2	12	76237	76248	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021236	AAAAAC	2	12	76963	76974	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021236	TCTTAT	2	12	79356	79367	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021236	AAAATA	2	12	82711	82722	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021236	TTTTTA	2	12	87054	87065	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021236	TAAAAA	2	12	88806	88817	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021236	AAAGTT	2	12	91349	91360	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021236	TATGTA	2	12	95201	95212	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021236	AATTAT	2	12	95894	95905	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021236	GTTCTT	2	12	98340	98351	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021236	TAAAAA	2	12	110902	110913	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021236	AGGAAA	2	12	112713	112724	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021236	GTTTTT	2	12	117221	117232	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021236	TATTTT	2	12	122536	122547	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021236	TTATTT	2	12	124994	125005	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021236	TAAAAA	2	12	152667	152678	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021236	CAAAAA	2	12	154315	154326	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021236	AAAAGA	2	12	154347	154358	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021236	CTTTTT	2	12	158600	158611	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021236	TATGTA	2	12	158781	158792	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021236	CTTTTT	2	12	160061	160072	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021236	AAAACA	2	12	168673	168684	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021236	CTATTT	2	12	169686	169697	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_021236	ACCAGT	2	12	171047	171058	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021236	AAATAA	2	12	185019	185030	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021236	ATTATA	2	12	187201	187212	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021236	TAATTT	2	12	187385	187396	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021236	ATCCAA	2	12	201675	201686	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021236	CAAAAC	2	12	208437	208448	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021236	TTTTAA	2	12	216810	216821	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021236	TTGCTT	2	12	218240	218251	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021236	ATAAAA	2	12	221270	221281	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021236	ATAAAA	2	12	250755	250766	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021236	AAAATA	2	12	259333	259344	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021236	AAATTA	2	12	266263	266274	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021236	TTTTTC	2	12	274353	274364	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021236	ATTATA	3	18	279226	279243	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021236	ATTTTT	2	12	279312	279323	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021236	AATTTA	2	12	281653	281664	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021236	ATTTTT	2	12	285260	285271	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021236	TAAAAA	2	12	293318	293329	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021236	TGATTA	2	12	306090	306101	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021236	CATAAT	2	12	327865	327876	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021236	TAAAAA	2	12	328797	328808	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021236	ATATAA	2	12	332560	332571	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021236	AATAAA	2	12	332636	332647	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021236	TTAAAA	2	12	340159	340170	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021236	TGAAAA	2	12	347953	347964	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021236	TAAGTA	2	12	371363	371374	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021236	ATTTTT	2	12	371654	371665	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021236	TTTAAT	2	12	410100	410111	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021236	TTTTAA	2	12	418708	418719	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021236	AAAAAT	2	12	428409	428420	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021236	AAAATA	2	12	428499	428510	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021236	TTAATT	2	12	436949	436960	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021236	TTTCAA	2	12	464811	464822	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021236	ATTTTT	2	12	470350	470361	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021236	TGATTA	2	12	479544	479555	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021236	ATTATC	3	18	482953	482970	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
70	NC_021236	CTGAAC	2	12	484153	484164	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021236	ATTAGT	2	12	486155	486166	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021236	AAAATT	2	12	488240	488251	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021236	CATTAT	2	12	495223	495234	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021236	TAAAAA	2	12	516178	516189	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021236	CAAAAA	2	12	517604	517615	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021236	AAAAGA	2	12	517636	517647	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021236	ATTTTT	2	12	521172	521183	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021236	TATGTA	2	12	522327	522338	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021236	TACATA	2	12	526802	526813	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021236	CTTTTT	2	12	548973	548984	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021236	TATGTA	2	12	549154	549165	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021236	CTTTTT	2	12	550434	550445	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021236	TTTTAG	2	12	559814	559825	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021236	AAATTT	2	12	559991	560002	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021236	TCTTTT	2	12	571738	571749	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021236	TAAAAA	2	12	574346	574357	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021236	CTTTTT	2	12	582868	582879	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021236	TACATA	2	12	608247	608258	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021236	TACATA	2	12	633195	633206	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021236	ACTGGT	2	12	633284	633295	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
91	NC_021236	GATTCT	2	12	635295	635306	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021236	CAATTT	2	12	645542	645553	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021236	TTATTT	2	12	652561	652572	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021236	TATGTA	2	12	654126	654137	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021236	AATTAT	2	12	654425	654436	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021236	TTTTTA	2	12	655334	655345	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021236	TATGTA	2	12	659823	659834	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021236	AATTAT	2	12	660515	660526	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021236	ATCATT	2	12	685351	685362	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_021236	TTTTTC	2	12	685893	685904	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
101	NC_021236	AAATTT	2	12	688684	688695	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021236	ATATTT	2	12	688712	688723	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021236	ACCAGT	2	12	696281	696292	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021236	ACCAGT	2	12	715510	715521	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021236	GAAAAA	2	12	716206	716217	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021236	GCACAA	2	12	716545	716556	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021236	TTTGTT	2	12	721331	721342	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021236	TTTTTA	2	12	724940	724951	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021236	TTTTTC	2	12	740825	740836	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021236	TGTTAA	2	12	750359	750370	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021236	AAATCC	2	12	751000	751011	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021236	GTTTTT	2	12	754760	754771	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021236	CTTTTT	2	12	755176	755187	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021236	AACAAA	2	12	759904	759915	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021236	ATATTT	2	12	762583	762594	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021236	GCAAAA	2	12	771220	771231	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021236	TATTTT	2	12	772450	772461	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021236	TTTATT	2	12	778626	778637	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021236	GATTTT	2	12	780618	780629	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021236	AATTTT	2	12	793726	793737	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021236	AAAAGT	2	12	795325	795336	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021236	AATTAT	2	12	800407	800418	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021236	TACATA	2	12	803313	803324	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_021236	TGATAC	2	12	809119	809130	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
125	NC_021236	TATTCT	2	12	819072	819083	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021236	TAAAAA	2	12	858953	858964	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021236	GTTTTT	2	12	860675	860686	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021236	GTTTTT	2	12	860959	860970	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021236	CATATA	2	12	861174	861185	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
130	NC_021236	ATTATA	2	12	862465	862476	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021236	TACATA	2	12	863098	863109	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_021236	ATTTTG	2	12	865858	865869	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021236	TGCTGG	2	12	888438	888449	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
134	NC_021236	AATCAA	2	12	889231	889242	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_021236	AACTTT	2	12	890585	890596	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_021236	AGTTTT	2	12	892274	892285	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021236	TCAAAT	2	12	893984	893995	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_021236	TAATTT	2	12	894885	894896	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021236	TTTTTA	2	12	900227	900238	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
140	NC_021236	ATTTTT	2	12	902420	902431	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021236	TAAAAA	2	12	903492	903503	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021236	ATTCAA	2	12	905074	905085	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
143	NC_021236	CCAAAA	2	12	905212	905223	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.