MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Helicobacter pylori UM066

Total Repeats: 220

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021218	CATAG	2	10	1013	1022	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
2	NC_021218	TTGCT	2	10	2454	2463	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
3	NC_021218	TTTTC	2	10	2921	2930	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021218	CAATT	2	10	6617	6626	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
5	NC_021218	TAAAA	2	10	6722	6731	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021218	AGAAA	2	10	9413	9422	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021218	CCTCT	2	10	25724	25733	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
8	NC_021218	TTAAA	2	10	32240	32249	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021218	TTTTG	2	10	35266	35275	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021218	GATTT	2	10	35284	35293	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021218	AAAGA	2	10	35633	35642	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021218	GTTTT	2	10	46905	46914	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021218	ATTAA	2	10	49403	49412	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021218	AATTT	2	10	50626	50635	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021218	ATTTG	2	10	56502	56511	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021218	GATTG	2	10	88484	88493	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021218	TAAAT	2	10	97816	97825	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021218	TTTTG	2	10	106694	106703	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021218	ATTTT	2	10	122487	122496	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021218	TATCT	2	10	122557	122566	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021218	ATTGA	2	10	123168	123177	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021218	TGTAA	2	10	137116	137125	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021218	TAAAA	2	10	139001	139010	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021218	TTTTG	2	10	141963	141972	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021218	CCCAC	2	10	146809	146818	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
26	NC_021218	GAGTA	2	10	149501	149510	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021218	TTTGT	2	10	155220	155229	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021218	TTTAA	2	10	155248	155257	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021218	CAATT	2	10	177736	177745	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021218	CTAAA	2	10	194188	194197	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
31	NC_021218	AATTT	2	10	194501	194510	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021218	GATTT	2	10	198782	198791	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021218	CTTTT	2	10	201620	201629	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021218	AAAAC	2	10	207979	207988	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021218	TATTT	2	10	214945	214954	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021218	AATTT	2	10	217282	217291	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021218	AGCAA	2	10	218282	218291	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
38	NC_021218	ATCAA	2	10	218399	218408	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021218	TCAAC	2	10	218778	218787	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
40	NC_021218	AAAAT	2	10	219868	219877	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021218	TCCGC	2	10	220605	220614	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
42	NC_021218	ACAAA	2	10	222364	222373	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021218	CTAAT	2	10	222537	222546	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021218	TTTTA	2	10	225873	225882	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021218	TATCC	2	10	226147	226156	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
46	NC_021218	TAAAA	2	10	227651	227660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021218	TTTAT	2	10	230911	230920	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021218	CAAAA	2	10	231006	231015	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
49	NC_021218	TTTTA	2	10	231906	231915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021218	AAAAG	2	10	244225	244234	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021218	ATTTA	2	10	244939	244948	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021218	ATATA	2	10	283419	283428	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021218	TTTTC	2	10	289068	289077	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021218	GAGTG	2	10	303928	303937	20 %	20 %	60 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021218	GAAAG	2	10	305709	305718	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021218	ATAAC	2	10	319361	319370	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
57	NC_021218	TAAAA	2	10	324600	324609	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021218	AATTA	2	10	324716	324725	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021218	AATGA	2	10	341374	341383	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021218	TTCTT	2	10	348789	348798	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021218	AAACA	2	10	349866	349875	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021218	TTGGT	2	10	357031	357040	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021218	AAGCG	2	10	368556	368565	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021218	TTTAG	2	10	368932	368941	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021218	AAACC	2	10	368966	368975	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
66	NC_021218	TAAAA	2	10	382745	382754	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021218	ATTGA	2	10	393671	393680	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021218	CTCTT	2	10	407540	407549	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
69	NC_021218	AAATA	2	10	419670	419679	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021218	GTTTT	2	10	425286	425295	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021218	TTATA	2	10	466670	466679	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021218	AAGTT	2	10	473278	473287	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021218	GATTT	2	10	478103	478112	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021218	ATTAA	2	10	479108	479117	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021218	TCAAA	2	10	483227	483236	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
76	NC_021218	AATCA	2	10	499165	499174	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_021218	AAAAC	2	10	501841	501850	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021218	TAAAA	2	10	510798	510807	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021218	GAAAA	2	10	520307	520316	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021218	TAAAG	2	10	561678	561687	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021218	TTAAT	2	10	563298	563307	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021218	TTTTA	2	10	566615	566624	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021218	AGCCA	2	10	573094	573103	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
84	NC_021218	ATAAA	2	10	573473	573482	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021218	AAAAT	2	10	573507	573516	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021218	AATGA	2	10	588111	588120	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021218	GGTTT	2	10	588205	588214	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021218	TAACA	2	10	593904	593913	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021218	TACAA	2	10	593916	593925	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021218	TAAAA	2	10	595387	595396	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021218	TTTGA	2	10	597773	597782	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021218	AAAAT	2	10	600009	600018	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021218	AAAAT	2	10	620326	620335	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021218	TTAAA	2	10	624996	625005	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021218	TAAAA	2	10	647777	647786	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021218	TTTAA	2	10	656211	656220	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021218	ATTTT	2	10	656288	656297	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021218	GTAAA	2	10	664757	664766	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021218	CATGA	2	10	689307	689316	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
100	NC_021218	AAAAT	2	10	689368	689377	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021218	AAAGG	2	10	689388	689397	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021218	ATTTT	2	10	689999	690008	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021218	AAAGC	2	10	690503	690512	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
104	NC_021218	ATAAA	2	10	712403	712412	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021218	AAACC	2	10	714374	714383	60 %	0 %	0 %	40 %	Non-Coding
106	NC_021218	TACCA	2	10	714422	714431	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
107	NC_021218	TAAAA	2	10	721651	721660	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021218	TTTTA	2	10	731353	731362	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021218	AAAGA	2	10	738849	738858	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021218	GTTTT	2	10	766781	766790	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021218	TACTA	2	10	773927	773936	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
112	NC_021218	TAAAT	2	10	775769	775778	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021218	TTTAA	2	10	781526	781535	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021218	ACTCA	2	10	785535	785544	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021218	AAATC	2	10	827341	827350	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
116	NC_021218	TTTCC	2	10	829174	829183	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
117	NC_021218	TAAAT	2	10	834310	834319	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021218	AAAAC	2	10	837484	837493	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
119	NC_021218	TTCTA	2	10	848004	848013	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
120	NC_021218	AATAA	2	10	848057	848066	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021218	ATCAA	2	10	860738	860747	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_021218	ATTTT	2	10	867638	867647	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021218	TCCAA	2	10	892231	892240	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
124	NC_021218	CCCCA	2	10	892248	892257	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
125	NC_021218	AGATT	2	10	893197	893206	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021218	TGATT	2	10	893654	893663	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021218	TTTCT	2	10	895064	895073	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
128	NC_021218	ACCAC	2	10	895649	895658	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
129	NC_021218	CCTTA	2	10	917937	917946	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_021218	TCGTT	2	10	939516	939525	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
131	NC_021218	ATGAA	2	10	941094	941103	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021218	TACAA	2	10	953569	953578	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
133	NC_021218	ATTAA	2	10	959118	959127	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021218	TAAAT	2	10	980174	980183	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021218	TTTTA	2	10	1005969	1005978	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021218	TTGAA	2	10	1006173	1006182	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021218	AGCCT	2	10	1011697	1011706	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
138	NC_021218	AGTTA	2	10	1021035	1021044	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021218	CTAAA	2	10	1030428	1030437	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
140	NC_021218	TATAA	2	10	1032886	1032895	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_021218	TGTAT	2	10	1040220	1040229	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021218	ATAAA	2	10	1041316	1041325	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021218	GAAAA	2	10	1045452	1045461	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021218	ATTGA	2	10	1048825	1048834	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021218	TCGTA	2	10	1051890	1051899	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
146	NC_021218	TAAAA	2	10	1055411	1055420	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_021218	ATGAT	2	10	1063735	1063744	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
148	NC_021218	TCAAG	2	10	1086982	1086991	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
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158	NC_021218	TAGCG	2	10	1167019	1167028	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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161	NC_021218	AATTG	2	10	1190516	1190525	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021218	ATAAA	2	10	1194555	1194564	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
163	NC_021218	TAAAA	2	10	1205544	1205553	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
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167	NC_021218	AAAAC	2	10	1240401	1240410	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
168	NC_021218	ATTTA	2	10	1243446	1243455	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
169	NC_021218	ATTTT	2	10	1249736	1249745	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_021218	AAAAC	2	10	1250867	1250876	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
171	NC_021218	TTCAT	2	10	1251148	1251157	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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182	NC_021218	AAATC	2	10	1317322	1317331	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
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185	NC_021218	CTAGA	2	10	1344095	1344104	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
186	NC_021218	CCTCC	2	10	1346339	1346348	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
187	NC_021218	CATGG	2	10	1373458	1373467	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
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191	NC_021218	TAAGC	2	10	1417362	1417371	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
192	NC_021218	CCTTT	2	10	1436474	1436483	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
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194	NC_021218	TTATT	2	10	1443821	1443830	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
195	NC_021218	AATAA	2	10	1444214	1444223	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
196	NC_021218	CAACC	2	10	1446983	1446992	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
197	NC_021218	GATTT	2	10	1461007	1461016	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
198	NC_021218	TGTGA	2	10	1489740	1489749	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
199	NC_021218	ATTAA	2	10	1489930	1489939	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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205	NC_021218	TACTT	2	10	1495865	1495874	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
206	NC_021218	TTAAA	2	10	1496294	1496303	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
207	NC_021218	ATTAA	2	10	1496330	1496339	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
208	NC_021218	TTTTA	2	10	1511894	1511903	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
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220	NC_021218	CTAAA	2	10	1649481	1649490	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.