MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Mycobacterium avium subsp. paratuberculosis MAP4

Total Repeats: 4603

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021200	CGGGC	2	10	1302	1311	0 %	0 %	60 %	40 %	499074416
2	NC_021200	ACCAC	2	10	1412	1421	40 %	0 %	0 %	60 %	499074416
3	NC_021200	GGCCG	2	10	3045	3054	0 %	0 %	60 %	40 %	499074417
4	NC_021200	CCGGC	2	10	4923	4932	0 %	0 %	40 %	60 %	499074419
5	NC_021200	GCACC	2	10	6004	6013	20 %	0 %	20 %	60 %	499074420
6	NC_021200	GCAGC	2	10	6982	6991	20 %	0 %	40 %	40 %	499074420
7	NC_021200	GCAGC	2	10	7377	7386	20 %	0 %	40 %	40 %	499074421
8	NC_021200	GGGCA	2	10	7639	7648	20 %	0 %	60 %	20 %	499074421
9	NC_021200	GTGTC	2	10	11450	11459	0 %	40 %	40 %	20 %	499074423
10	NC_021200	GAAAA	2	10	16530	16539	80 %	0 %	20 %	0 %	499074427
11	NC_021200	GCGGA	2	10	17796	17805	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021200	GCCGC	2	10	18965	18974	0 %	0 %	40 %	60 %	499074429
13	NC_021200	TCGAT	2	10	20030	20039	20 %	40 %	20 %	20 %	499074430
14	NC_021200	CGGTG	2	10	26257	26266	0 %	20 %	60 %	20 %	499074434
15	NC_021200	GCCCG	2	10	27294	27303	0 %	0 %	40 %	60 %	499074434
16	NC_021200	TGGAA	2	10	28373	28382	40 %	20 %	40 %	0 %	499074435
17	NC_021200	CCCGG	2	10	30485	30494	0 %	0 %	40 %	60 %	499074437
18	NC_021200	TCGGT	2	10	30608	30617	0 %	40 %	40 %	20 %	499074437
19	NC_021200	CCGGG	2	10	31136	31145	0 %	0 %	60 %	40 %	499074438
20	NC_021200	ACGGT	2	10	31750	31759	20 %	20 %	40 %	20 %	499074439
21	NC_021200	GCGCA	2	10	31927	31936	20 %	0 %	40 %	40 %	499074439
22	NC_021200	CGCGG	2	10	31952	31961	0 %	0 %	60 %	40 %	499074439
23	NC_021200	CTGAA	2	10	32524	32533	40 %	20 %	20 %	20 %	499074439
24	NC_021200	CGGCG	2	10	33154	33163	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
25	NC_021200	GCATC	2	10	33984	33993	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
26	NC_021200	CGTGC	2	10	35231	35240	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
27	NC_021200	ATTCG	2	10	35478	35487	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
28	NC_021200	CGCTG	2	10	35763	35772	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
29	NC_021200	GTTTC	2	10	36047	36056	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021200	CCGAG	2	10	38769	38778	20 %	0 %	40 %	40 %	499074440
31	NC_021200	CCGCG	2	10	38879	38888	0 %	0 %	40 %	60 %	499074440
32	NC_021200	CGGCA	2	10	39134	39143	20 %	0 %	40 %	40 %	499074440
33	NC_021200	GGCGT	2	10	39690	39699	0 %	20 %	60 %	20 %	499074440
34	NC_021200	CGAAT	2	10	39720	39729	40 %	20 %	20 %	20 %	499074440
35	NC_021200	GCCCG	2	10	39809	39818	0 %	0 %	40 %	60 %	499074440
36	NC_021200	GGTCG	2	10	41778	41787	0 %	20 %	60 %	20 %	499074440
37	NC_021200	CCGGC	2	10	42020	42029	0 %	0 %	40 %	60 %	499074440
38	NC_021200	CTCCG	2	10	42378	42387	0 %	20 %	20 %	60 %	499074440
39	NC_021200	GCAGT	2	10	42772	42781	20 %	20 %	40 %	20 %	499074440
40	NC_021200	GGTCG	2	10	42963	42972	0 %	20 %	60 %	20 %	499074440
41	NC_021200	CGGAT	2	10	43666	43675	20 %	20 %	40 %	20 %	499074440
42	NC_021200	GCGTG	2	10	43915	43924	0 %	20 %	60 %	20 %	499074440
43	NC_021200	GTGCG	2	10	44507	44516	0 %	20 %	60 %	20 %	499074440
44	NC_021200	GGTCA	2	10	45144	45153	20 %	20 %	40 %	20 %	499074440
45	NC_021200	TCGGC	2	10	45470	45479	0 %	20 %	40 %	40 %	499074440
46	NC_021200	GGTTG	2	10	46322	46331	0 %	40 %	60 %	0 %	499074440
47	NC_021200	CTGTT	2	10	47459	47468	0 %	60 %	20 %	20 %	499074440
48	NC_021200	TGATT	2	10	49406	49415	20 %	60 %	20 %	0 %	499074442
49	NC_021200	GTCGC	2	10	50014	50023	0 %	20 %	40 %	40 %	499074443
50	NC_021200	CCAGC	2	10	50603	50612	20 %	0 %	20 %	60 %	499074443
51	NC_021200	GCGCT	2	10	50942	50951	0 %	20 %	40 %	40 %	499074443
52	NC_021200	ACTGG	2	10	51216	51225	20 %	20 %	40 %	20 %	499074443
53	NC_021200	TGCCC	2	10	51794	51803	0 %	20 %	20 %	60 %	499074444
54	NC_021200	GCGCC	2	10	53133	53142	0 %	0 %	40 %	60 %	499074445
55	NC_021200	CTTGC	2	10	53962	53971	0 %	40 %	20 %	40 %	499074446
56	NC_021200	CAGTC	2	10	55695	55704	20 %	20 %	20 %	40 %	499074447
57	NC_021200	TCTGC	2	10	57099	57108	0 %	40 %	20 %	40 %	499074449
58	NC_021200	CTGGC	2	10	58687	58696	0 %	20 %	40 %	40 %	499074450
59	NC_021200	GCTCT	2	10	59488	59497	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021200	CGGTG	2	10	60222	60231	0 %	20 %	60 %	20 %	499074451
61	NC_021200	GTCCG	2	10	61121	61130	0 %	20 %	40 %	40 %	499074452
62	NC_021200	GCAGC	2	10	62359	62368	20 %	0 %	40 %	40 %	499074453
63	NC_021200	GCCCA	2	10	62728	62737	20 %	0 %	20 %	60 %	499074454
64	NC_021200	AGCCG	2	10	63954	63963	20 %	0 %	40 %	40 %	499074455
65	NC_021200	GCCGC	2	10	64820	64829	0 %	0 %	40 %	60 %	499074455
66	NC_021200	GGGCC	2	10	65020	65029	0 %	0 %	60 %	40 %	499074455
67	NC_021200	GGTGC	2	10	68000	68009	0 %	20 %	60 %	20 %	499074458
68	NC_021200	GCCTT	2	10	70490	70499	0 %	40 %	20 %	40 %	499074459
69	NC_021200	GCGCT	2	10	72548	72557	0 %	20 %	40 %	40 %	499074462
70	NC_021200	GGCAG	2	10	74577	74586	20 %	0 %	60 %	20 %	499074464
71	NC_021200	CACGA	2	10	75173	75182	40 %	0 %	20 %	40 %	499074464
72	NC_021200	GGCCG	2	10	75442	75451	0 %	0 %	60 %	40 %	499074464
73	NC_021200	GGTGA	2	10	75920	75929	20 %	20 %	60 %	0 %	499074464
74	NC_021200	GCCCG	2	10	77281	77290	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
75	NC_021200	GCGCG	2	10	79152	79161	0 %	0 %	60 %	40 %	499074466
76	NC_021200	CTGGC	2	10	79849	79858	0 %	20 %	40 %	40 %	499074467
77	NC_021200	CGTCG	2	10	80235	80244	0 %	20 %	40 %	40 %	499074467
78	NC_021200	AGCGC	2	10	80861	80870	20 %	0 %	40 %	40 %	499074468
79	NC_021200	GCCCG	2	10	81509	81518	0 %	0 %	40 %	60 %	499074468
80	NC_021200	ATCGG	2	10	82874	82883	20 %	20 %	40 %	20 %	499074469
81	NC_021200	GCCGG	2	10	83209	83218	0 %	0 %	60 %	40 %	499074470
82	NC_021200	GCCCA	2	10	83407	83416	20 %	0 %	20 %	60 %	499074470
83	NC_021200	CGGCC	2	10	85710	85719	0 %	0 %	40 %	60 %	499074472
84	NC_021200	CGGCG	2	10	88324	88333	0 %	0 %	60 %	40 %	499074474
85	NC_021200	CCCCG	2	10	92210	92219	0 %	0 %	20 %	80 %	499074478
86	NC_021200	GCGCA	2	10	92511	92520	20 %	0 %	40 %	40 %	499074478
87	NC_021200	CCATG	2	10	92984	92993	20 %	20 %	20 %	40 %	499074478
88	NC_021200	GGAAG	2	10	93267	93276	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021200	TCGCG	2	10	96218	96227	0 %	20 %	40 %	40 %	499074482
90	NC_021200	CCGGC	2	10	99135	99144	0 %	0 %	40 %	60 %	499074486
91	NC_021200	ACCGC	2	10	99518	99527	20 %	0 %	20 %	60 %	499074486
92	NC_021200	GAGCT	2	10	100807	100816	20 %	20 %	40 %	20 %	499074487
93	NC_021200	ACCGC	2	10	101020	101029	20 %	0 %	20 %	60 %	499074487
94	NC_021200	GCCCG	2	10	102151	102160	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
95	NC_021200	GCCGA	2	10	106508	106517	20 %	0 %	40 %	40 %	499074491
96	NC_021200	GCGCC	2	10	106908	106917	0 %	0 %	40 %	60 %	499074491
97	NC_021200	GGCCG	2	10	107872	107881	0 %	0 %	60 %	40 %	499074493
98	NC_021200	TGCGC	2	10	112346	112355	0 %	20 %	40 %	40 %	499074496
99	NC_021200	ACCGA	2	10	112486	112495	40 %	0 %	20 %	40 %	499074496
100	NC_021200	TCGGC	2	10	112538	112547	0 %	20 %	40 %	40 %	499074496
101	NC_021200	CGGCG	2	10	113839	113848	0 %	0 %	60 %	40 %	499074496
102	NC_021200	CGGCG	2	10	114186	114195	0 %	0 %	60 %	40 %	499074497
103	NC_021200	CCGCA	2	10	117383	117392	20 %	0 %	20 %	60 %	499074498
104	NC_021200	CGTCA	2	10	118231	118240	20 %	20 %	20 %	40 %	499074499
105	NC_021200	TGAAA	2	10	119908	119917	60 %	20 %	20 %	0 %	499074500
106	NC_021200	GCGCC	2	10	120938	120947	0 %	0 %	40 %	60 %	499074501
107	NC_021200	CGTCG	2	10	121156	121165	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
108	NC_021200	CGCGG	2	10	122835	122844	0 %	0 %	60 %	40 %	499074503
109	NC_021200	ACGCC	2	10	123455	123464	20 %	0 %	20 %	60 %	499074503
110	NC_021200	CCGGG	2	10	123790	123799	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
111	NC_021200	CGGCA	2	10	125502	125511	20 %	0 %	40 %	40 %	499074505
112	NC_021200	GCGCC	2	10	126394	126403	0 %	0 %	40 %	60 %	499074506
113	NC_021200	GGGCA	2	10	127045	127054	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
114	NC_021200	CTGCG	2	10	127708	127717	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
115	NC_021200	TCAGC	2	10	128268	128277	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
116	NC_021200	GCGGT	2	10	128790	128799	0 %	20 %	60 %	20 %	499074507
117	NC_021200	CGCTG	2	10	129358	129367	0 %	20 %	40 %	40 %	499074507
118	NC_021200	CGGGC	2	10	129386	129395	0 %	0 %	60 %	40 %	499074507
119	NC_021200	GGTTC	2	10	130779	130788	0 %	40 %	40 %	20 %	499074508
120	NC_021200	GGCCG	2	10	131211	131220	0 %	0 %	60 %	40 %	499074509
121	NC_021200	TCACC	2	10	132848	132857	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
122	NC_021200	GCCCA	2	10	133327	133336	20 %	0 %	20 %	60 %	499074511
123	NC_021200	CAAAA	2	10	134671	134680	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
124	NC_021200	CGCTG	2	10	134762	134771	0 %	20 %	40 %	40 %	499074512
125	NC_021200	GGCGC	2	10	135773	135782	0 %	0 %	60 %	40 %	499074513
126	NC_021200	TCGGG	2	10	137029	137038	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
127	NC_021200	CGCTG	2	10	137151	137160	0 %	20 %	40 %	40 %	499074514
128	NC_021200	GCGCA	2	10	137857	137866	20 %	0 %	40 %	40 %	499074514
129	NC_021200	CCCGG	2	10	138358	138367	0 %	0 %	40 %	60 %	499074515
130	NC_021200	GCCGC	2	10	138489	138498	0 %	0 %	40 %	60 %	499074515
131	NC_021200	GCCCG	2	10	139557	139566	0 %	0 %	40 %	60 %	499074515
132	NC_021200	ATCGG	2	10	139894	139903	20 %	20 %	40 %	20 %	499074515
133	NC_021200	CTGGC	2	10	139959	139968	0 %	20 %	40 %	40 %	499074515
134	NC_021200	CGCGG	2	10	140594	140603	0 %	0 %	60 %	40 %	499074516
135	NC_021200	TCGAC	2	10	140763	140772	20 %	20 %	20 %	40 %	499074516
136	NC_021200	CCAGC	2	10	140776	140785	20 %	0 %	20 %	60 %	499074516
137	NC_021200	CCGGC	2	10	140796	140805	0 %	0 %	40 %	60 %	499074516
138	NC_021200	CGCGG	2	10	141033	141042	0 %	0 %	60 %	40 %	499074516
139	NC_021200	CAGCA	2	10	141161	141170	40 %	0 %	20 %	40 %	499074516
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151	NC_021200	GCCGG	2	10	154358	154367	0 %	0 %	60 %	40 %	499074529
152	NC_021200	GCCCG	2	10	154529	154538	0 %	0 %	40 %	60 %	499074529
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154	NC_021200	GTGCT	2	10	156469	156478	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
155	NC_021200	CGGGC	2	10	157396	157405	0 %	0 %	60 %	40 %	499074531
156	NC_021200	CGACT	2	10	159937	159946	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
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185	NC_021200	TTCGT	2	10	188386	188395	0 %	60 %	20 %	20 %	499074553
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259	NC_021200	CAGGC	2	10	271523	271532	20 %	0 %	40 %	40 %	499074641
260	NC_021200	TACCC	2	10	271834	271843	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
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