MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Treponema pallidum str. Fribourg-Blanc

Total Repeats: 66

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021179	AGGGA	2	10	12402	12411	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021179	GTTTT	2	10	18345	18354	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021179	ACATA	2	10	45640	45649	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
4	NC_021179	ACCCA	2	10	58691	58700	40 %	0 %	0 %	60 %	Non-Coding
5	NC_021179	TCGTG	2	10	59515	59524	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
6	NC_021179	CCGCG	2	10	61709	61718	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
7	NC_021179	TGGTG	2	10	80867	80876	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021179	GCACA	2	10	94768	94777	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021179	GGTGC	2	10	139676	139685	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
10	NC_021179	TCCGT	2	10	146692	146701	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
11	NC_021179	TTTTC	2	10	185622	185631	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
12	NC_021179	AGAGG	2	10	190098	190107	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021179	GCATG	2	10	232777	232786	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021179	CCCTT	2	10	232853	232862	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
15	NC_021179	TTTGT	2	10	232974	232983	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021179	GGGTG	2	10	233028	233037	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021179	TGAAC	2	10	233254	233263	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
18	NC_021179	AGGTT	2	10	234713	234722	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021179	AGAGG	2	10	234962	234971	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021179	TTGAA	2	10	234991	235000	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021179	GAGGG	2	10	242215	242224	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021179	TCGGT	2	10	246676	246685	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
23	NC_021179	GCGCG	2	10	268277	268286	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
24	NC_021179	CGTGA	2	10	273380	273389	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
25	NC_021179	GCATG	2	10	281189	281198	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
26	NC_021179	CCCTT	2	10	281265	281274	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
27	NC_021179	TTTGT	2	10	281376	281385	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021179	GGGTG	2	10	281430	281439	0 %	20 %	80 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021179	TGAAC	2	10	281656	281665	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021179	AGGTT	2	10	283115	283124	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021179	AGAGG	2	10	283364	283373	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021179	TTGAA	2	10	283393	283402	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021179	TTTCC	2	10	295186	295195	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
34	NC_021179	GTGCG	2	10	298918	298927	0 %	20 %	60 %	20 %	Non-Coding
35	NC_021179	GAAAT	2	10	373709	373718	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021179	CTGTG	2	10	424445	424454	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
37	NC_021179	GAGGG	2	10	424944	424953	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021179	GGAAG	2	10	464175	464184	40 %	0 %	60 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021179	GTGCT	2	10	473532	473541	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021179	CGGAG	2	10	485156	485165	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
41	NC_021179	GCGGG	2	10	494401	494410	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021179	TTCCC	2	10	517724	517733	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
43	NC_021179	ACGGC	2	10	533051	533060	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
44	NC_021179	AAGGA	2	10	539758	539767	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021179	TGGTG	2	10	546581	546590	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021179	ACTTT	2	10	546613	546622	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
47	NC_021179	GTGCT	2	10	610771	610780	0 %	40 %	40 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021179	CGCAC	2	10	644654	644663	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
49	NC_021179	GCACG	2	10	661559	661568	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
50	NC_021179	ACCCC	2	10	767421	767430	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
51	NC_021179	ACCCC	2	10	767851	767860	20 %	0 %	0 %	80 %	Non-Coding
52	NC_021179	CGCGC	2	10	769922	769931	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
53	NC_021179	ACTGT	2	10	865912	865921	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021179	ATCGC	2	10	882330	882339	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
55	NC_021179	CCTCA	2	10	901989	901998	20 %	20 %	0 %	60 %	Non-Coding
56	NC_021179	TCCTT	2	10	918454	918463	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
57	NC_021179	ATGTC	2	10	923073	923082	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021179	TCCCT	2	10	947604	947613	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
59	NC_021179	CTTGC	2	10	977158	977167	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
60	NC_021179	TGCGA	2	10	977600	977609	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
61	NC_021179	AACAA	2	10	1001989	1001998	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021179	GCACT	2	10	1056900	1056909	20 %	20 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021179	GAGAC	2	10	1081228	1081237	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
64	NC_021179	CCCCT	2	10	1104581	1104590	0 %	20 %	0 %	80 %	Non-Coding
65	NC_021179	GCCCG	2	10	1117843	1117852	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
66	NC_021179	CCGCA	2	10	1125913	1125922	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.