MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. Ty21a

Total Repeats: 202

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021176	TCTTAA	2	12	23209	23220	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021176	ACGGTG	2	12	28237	28248	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021176	TGTGGT	2	12	74854	74865	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021176	AAAGAA	2	12	75168	75179	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021176	CGGGTG	2	12	118172	118183	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021176	AATGCT	2	12	122798	122809	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
7	NC_021176	AAGAGG	2	12	129988	129999	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021176	GGATAA	2	12	135629	135640	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021176	AGATGC	2	12	228406	228417	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021176	ATGCGT	2	12	229328	229339	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021176	GTAAGC	2	12	234178	234189	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_021176	GTGCCG	2	12	272752	272763	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021176	GGAAGG	2	12	326904	326915	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021176	CGCTGG	2	12	351304	351315	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021176	CTGTAG	2	12	382209	382220	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021176	GGTGAA	2	12	402719	402730	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021176	ACGCTG	2	12	403728	403739	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
18	NC_021176	CTGACG	2	12	404346	404357	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021176	CTGGTA	2	12	405470	405481	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021176	CGGATA	2	12	406492	406503	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021176	GGTACA	2	12	407794	407805	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021176	CGACGG	2	12	408450	408461	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021176	GTCATC	2	12	408705	408716	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021176	GACAGC	2	12	410131	410142	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021176	TTAGGT	2	12	418349	418360	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021176	GTGAAT	2	12	447323	447334	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021176	ATGAAA	2	12	518947	518958	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021176	ACTTAC	2	12	528968	528979	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021176	TTTTCT	2	12	573250	573261	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021176	TTAATG	2	12	609972	609983	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021176	GCTGGC	2	12	668278	668289	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021176	TGAAGG	2	12	680484	680495	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021176	TGGATA	2	12	752577	752588	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021176	GGAGCA	2	12	768613	768624	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021176	ATCAGC	2	12	769314	769325	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021176	GATAAA	2	12	774860	774871	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021176	CATAAA	2	12	804868	804879	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
38	NC_021176	TAAACG	2	12	806071	806082	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021176	AGGTTG	2	12	808988	808999	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021176	CTGGAA	2	12	810415	810426	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021176	TTATGT	2	12	820473	820484	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021176	TTGTTA	2	12	820690	820701	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021176	AATAAC	2	12	857517	857528	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021176	TGATTT	2	12	903105	903116	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021176	CGAATC	2	12	913137	913148	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021176	AAAATA	2	12	959489	959500	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021176	AAATTT	2	12	960898	960909	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021176	GTTGAC	2	12	963507	963518	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021176	AAATCT	2	12	964394	964405	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021176	TGCAGA	2	12	1016113	1016124	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021176	TATCAA	2	12	1021846	1021857	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021176	GCTTTA	2	12	1038692	1038703	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021176	TACCTG	2	12	1057003	1057014	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_021176	TGAAGA	2	12	1100366	1100377	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021176	CGACCA	2	12	1120163	1120174	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
56	NC_021176	TTAACA	2	12	1159758	1159769	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
57	NC_021176	AGCCAA	2	12	1164481	1164492	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_021176	GGTTTA	2	12	1205933	1205944	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021176	AAGCGC	2	12	1229687	1229698	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021176	GGTGAT	2	12	1231970	1231981	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021176	TTTATG	2	12	1251721	1251732	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021176	TAGCCT	2	12	1268143	1268154	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_021176	CGCTCG	2	12	1301122	1301133	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021176	CATCGG	2	12	1313032	1313043	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021176	AGTCTT	2	12	1316023	1316034	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021176	AGAAAA	2	12	1403616	1403627	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021176	TACCGA	2	12	1532980	1532991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_021176	CATTAA	2	12	1544861	1544872	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
69	NC_021176	TTATTT	2	12	1594274	1594285	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021176	TTACGC	2	12	1597315	1597326	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021176	CCCTGC	2	12	1605453	1605464	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_021176	TTTTAT	2	12	1623134	1623145	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021176	TCTGTA	2	12	1659284	1659295	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
74	NC_021176	TATAGT	2	12	1675346	1675357	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021176	TCTGCG	2	12	1687951	1687962	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_021176	AATAAA	2	12	1717336	1717347	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021176	GTTTTT	2	12	1746037	1746048	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021176	AAATAA	2	12	1824804	1824815	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021176	ATAATT	2	12	1828376	1828387	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021176	ATACCG	2	12	1883280	1883291	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_021176	TACTCA	2	12	1892906	1892917	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_021176	TAAACG	2	12	1896038	1896049	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021176	CGAGAT	2	12	1927817	1927828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021176	ATATTT	2	12	1979513	1979524	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021176	TCAACC	2	12	1985605	1985616	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
86	NC_021176	CGTCAT	2	12	2057492	2057503	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021176	ACGATG	2	12	2079123	2079134	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021176	TTTTCA	2	12	2117207	2117218	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021176	CTTCGC	2	12	2127775	2127786	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021176	ATCCAG	2	12	2127875	2127886	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021176	TATGGA	2	12	2128284	2128295	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021176	CAGCGA	2	12	2147666	2147677	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021176	GTTAAT	2	12	2197131	2197142	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021176	TTTTTG	2	12	2197183	2197194	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021176	TATTTT	2	12	2197375	2197386	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021176	CATTTT	2	12	2213544	2213555	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021176	CAATCT	5	30	2216575	2216604	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
98	NC_021176	CGGAAG	2	12	2241444	2241455	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
99	NC_021176	TAAAAA	2	12	2255608	2255619	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021176	CAACGC	2	12	2325933	2325944	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
101	NC_021176	ATTTGC	2	12	2353050	2353061	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021176	ACGTTA	2	12	2365369	2365380	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021176	ATTGCA	2	12	2396559	2396570	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
104	NC_021176	CGCCTG	2	12	2448089	2448100	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021176	TAAATT	2	12	2490508	2490519	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021176	TGCTAT	2	12	2498895	2498906	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021176	CTCCAG	2	12	2583225	2583236	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021176	TGAGAA	2	12	2612879	2612890	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
109	NC_021176	ATTTAA	2	12	2622404	2622415	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021176	GTTAGC	2	12	2666233	2666244	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021176	CGCCAG	3	18	2677280	2677297	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
112	NC_021176	TTTTTA	2	12	2740333	2740344	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021176	AGCGCA	2	12	2746539	2746550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021176	CTTAGG	2	12	2765449	2765460	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_021176	ATCTTA	2	12	2768370	2768381	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
116	NC_021176	CAATAA	2	12	2781738	2781749	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021176	GAATTC	2	12	2782209	2782220	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_021176	GATTAT	2	12	2929002	2929013	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021176	ACGGCA	2	12	2929366	2929377	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021176	TAAAAT	2	12	2942710	2942721	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021176	GGCGTC	2	12	2956295	2956306	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
122	NC_021176	GCGATC	2	12	2982356	2982367	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
123	NC_021176	CCACCG	2	12	3028045	3028056	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
124	NC_021176	TTTTAT	2	12	3029479	3029490	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021176	GTTAGA	3	18	3043457	3043474	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021176	CTTCCC	2	12	3101097	3101108	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
127	NC_021176	CATCGG	2	12	3114698	3114709	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
128	NC_021176	TCCAGC	2	12	3116522	3116533	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021176	TGCCAC	2	12	3119265	3119276	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
130	NC_021176	AACCGG	2	12	3121320	3121331	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021176	GGCGTA	2	12	3186327	3186338	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
132	NC_021176	AATGAT	2	12	3222968	3222979	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021176	TAACCA	2	12	3261263	3261274	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
134	NC_021176	ATTCAA	2	12	3263010	3263021	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_021176	TTATTT	2	12	3265209	3265220	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021176	AACCCT	2	12	3292772	3292783	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
137	NC_021176	TAAGCG	2	12	3310208	3310219	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
138	NC_021176	TGTTAT	2	12	3353775	3353786	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021176	ACCGCA	2	12	3399938	3399949	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
140	NC_021176	GCTTTA	2	12	3400872	3400883	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
141	NC_021176	AAAAGA	2	12	3538085	3538096	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021176	TAACGC	2	12	3603556	3603567	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
143	NC_021176	AGTAAA	2	12	3624195	3624206	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021176	TTATAT	2	12	3668735	3668746	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021176	ATTGAT	2	12	3680720	3680731	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021176	AACAAA	2	12	3684880	3684891	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
147	NC_021176	GCATGG	2	12	3685492	3685503	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
148	NC_021176	CAAAGC	2	12	3686031	3686042	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
149	NC_021176	ATTTTT	2	12	3689455	3689466	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
150	NC_021176	TGGCGC	2	12	3709136	3709147	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
151	NC_021176	CGTGGA	2	12	3767593	3767604	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
152	NC_021176	TCATGT	2	12	3868985	3868996	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
153	NC_021176	TAATGC	2	12	3880832	3880843	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
154	NC_021176	AGCGCC	2	12	3890114	3890125	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
155	NC_021176	GTTGAT	2	12	3943250	3943261	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
156	NC_021176	CGATCG	2	12	3985627	3985638	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
157	NC_021176	CGCGCC	2	12	4031646	4031657	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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159	NC_021176	GAAGCG	2	12	4032462	4032473	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
160	NC_021176	ATTAAG	2	12	4049129	4049140	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
161	NC_021176	GAATGA	2	12	4114799	4114810	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
162	NC_021176	GTGCTC	2	12	4114963	4114974	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
163	NC_021176	GCGACA	2	12	4217282	4217293	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
164	NC_021176	TTTTGA	2	12	4249273	4249284	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
165	NC_021176	TGTTTT	2	12	4267948	4267959	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
166	NC_021176	TAACCA	2	12	4272281	4272292	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.