MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Hyphomicrobium denitrificans 1NES1

Total Repeats: 117

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021172	TCGCGC	2	12	103705	103716	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021172	AGCGGC	2	12	146676	146687	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021172	CTTTTG	2	12	160683	160694	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021172	ATGAAC	2	12	180291	180302	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021172	GATGGG	2	12	218668	218679	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021172	AAGATT	2	12	221810	221821	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021172	CCTTCG	2	12	353127	353138	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
8	NC_021172	CTGGCG	2	12	362156	362167	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021172	CGTTGG	2	12	379693	379704	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021172	CTTTTT	2	12	418910	418921	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021172	CGCCAT	2	12	419757	419768	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021172	GGCAGA	2	12	518943	518954	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_021172	TTTGAG	2	12	531371	531382	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021172	GCAAGT	2	12	630853	630864	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
15	NC_021172	GCAATG	2	12	646456	646467	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
16	NC_021172	GCGACG	2	12	659795	659806	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
17	NC_021172	GTTGAA	2	12	726188	726199	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021172	GGCAGC	2	12	730148	730159	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021172	GGCGCA	2	12	768914	768925	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021172	GAGGCG	2	12	777358	777369	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021172	AGGACA	2	12	780480	780491	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021172	TGTTCC	2	12	791914	791925	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021172	AATTGC	2	12	796646	796657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021172	GTCTGG	2	12	798036	798047	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021172	CAGAGT	2	12	825366	825377	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
26	NC_021172	GCCGAG	2	12	894765	894776	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_021172	CAGAGT	2	12	898032	898043	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021172	TCGTGC	2	12	919551	919562	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_021172	CGCCAT	2	12	967794	967805	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021172	CACTCT	2	12	990806	990817	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
31	NC_021172	TTCCGT	2	12	1031452	1031463	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021172	AATCTT	2	12	1038138	1038149	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021172	CCCAAA	2	12	1085291	1085302	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_021172	GGTTAT	2	12	1097721	1097732	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021172	TCGCAT	2	12	1145813	1145824	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021172	GGGCGC	2	12	1146058	1146069	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_021172	CGCCAT	2	12	1216457	1216468	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
38	NC_021172	ACCAAT	2	12	1219294	1219305	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021172	AGCGCT	2	12	1293255	1293266	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
40	NC_021172	AGGCAA	2	12	1353716	1353727	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021172	CTGCGC	2	12	1392469	1392480	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021172	GTTCCA	2	12	1430387	1430398	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021172	GACTTG	2	12	1448118	1448129	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021172	GTCCCC	2	12	1496803	1496814	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
45	NC_021172	TGGCGA	2	12	1581328	1581339	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_021172	GCTCAA	2	12	1606624	1606635	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_021172	AATCGC	2	12	1609337	1609348	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021172	TAGAAT	2	12	1609884	1609895	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021172	GAAGCG	2	12	1656330	1656341	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021172	ATCGGT	2	12	1691192	1691203	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
51	NC_021172	GAAGGT	2	12	1695746	1695757	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021172	AAAAAC	2	12	1746546	1746557	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021172	GGGAGA	2	12	1763669	1763680	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021172	CCCCCT	2	12	1768654	1768665	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
55	NC_021172	TTATAG	2	12	1815075	1815086	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021172	TGCCGT	2	12	1878567	1878578	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021172	CCACCC	2	12	1887619	1887630	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
58	NC_021172	GGGAGA	2	12	1902229	1902240	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021172	TCACTT	2	12	1916909	1916920	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021172	CAAAAA	2	12	1920625	1920636	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021172	CAAAAA	2	12	1921583	1921594	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021172	CTTTTT	2	12	1935929	1935940	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021172	CCCGTT	2	12	1938570	1938581	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021172	TCGTCT	2	12	1956930	1956941	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_021172	CGTTGG	2	12	1967875	1967886	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_021172	CTCCCC	2	12	1994531	1994542	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
67	NC_021172	TGCGTT	2	12	2008625	2008636	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021172	GGCTTC	2	12	2034719	2034730	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021172	CGCGGG	2	12	2070546	2070557	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021172	GAAGCA	2	12	2101609	2101620	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021172	TCGCAG	2	12	2123236	2123247	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021172	TCCAGC	2	12	2125433	2125444	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021172	GTCAGC	2	12	2137656	2137667	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021172	CAATCG	2	12	2179270	2179281	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021172	TCTCCC	2	12	2186407	2186418	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_021172	GCAACT	2	12	2199697	2199708	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021172	ATAACA	2	12	2202312	2202323	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021172	ACGCTT	2	12	2221910	2221921	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021172	GGGAGA	2	12	2226920	2226931	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021172	CGTGAA	2	12	2238981	2238992	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
81	NC_021172	ACAGCA	2	12	2239171	2239182	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
82	NC_021172	AGGGGG	2	12	2240607	2240618	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021172	CCTCCC	2	12	2241101	2241112	0 %	16.67 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
84	NC_021172	CCGCGT	2	12	2305869	2305880	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
85	NC_021172	GCTGCG	2	12	2314580	2314591	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
86	NC_021172	TCTGGT	2	12	2395500	2395511	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021172	GCGTCC	2	12	2408755	2408766	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
88	NC_021172	TGTGAG	2	12	2450502	2450513	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021172	ATCTGG	2	12	2484467	2484478	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
90	NC_021172	ATTCCG	2	12	2577472	2577483	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021172	ACGCGA	2	12	2589764	2589775	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_021172	CGCAAA	2	12	2700376	2700387	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021172	GGCGAC	2	12	2700422	2700433	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
94	NC_021172	CGGGAT	2	12	2733538	2733549	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021172	GAGGGG	2	12	2781353	2781364	16.67 %	0 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021172	CGCGAC	2	12	2977418	2977429	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
97	NC_021172	TCGATT	2	12	3052954	3052965	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021172	CCGGCG	2	12	3101780	3101791	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
99	NC_021172	ACTTGC	2	12	3103394	3103405	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_021172	CGCGCC	2	12	3132695	3132706	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
101	NC_021172	GCATTG	2	12	3139104	3139115	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021172	CGTGAG	2	12	3278671	3278682	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021172	CGTCAG	2	12	3284513	3284524	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021172	TGCTCC	2	12	3320441	3320452	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021172	GCATAA	2	12	3343587	3343598	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021172	TCGCTG	2	12	3371089	3371100	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
107	NC_021172	GCACAG	2	12	3372157	3372168	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021172	TCTTTC	2	12	3378838	3378849	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021172	CCCTTA	2	12	3381629	3381640	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
110	NC_021172	CATAAA	2	12	3470474	3470485	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021172	TTTTGC	2	12	3478232	3478243	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021172	CGGAGG	2	12	3482098	3482109	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021172	AGACTG	2	12	3551591	3551602	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021172	GGCCAT	2	12	3584014	3584025	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021172	GGGAGA	2	12	3608560	3608571	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021172	ACGATG	2	12	3649904	3649915	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021172	ATCCGG	2	12	3796448	3796459	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.