MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 44

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	GTACGG	2	12	621	632	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482907134
2	NC_021155	ACAGCC	2	12	4816	4827	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	482907142
3	NC_021155	TCCGGC	2	12	6354	6365	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	482907144
4	NC_021155	CCAGCG	2	12	6724	6735	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907144
5	NC_021155	GCTGTT	2	12	18327	18338	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482907163
6	NC_021155	AACAGA	2	12	22105	22116	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	482907170
7	NC_021155	TGGATA	2	12	23092	23103	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482907171
8	NC_021155	CGGGAG	2	12	37038	37049	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	482907188
9	NC_021155	CGGGGA	2	12	37167	37178	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	482907188
10	NC_021155	CGTGGT	2	12	37370	37381	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	482907188
11	NC_021155	GCCGGT	2	12	37976	37987	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	482907189
12	NC_021155	TGGATG	2	12	38657	38668	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	482907191
13	NC_021155	TGTCAG	2	12	38970	38981	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482907191
14	NC_021155	CGGATT	2	12	41213	41224	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482907195
15	NC_021155	ACCAGC	2	12	44081	44092	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	482907202
16	NC_021155	CATCGT	2	12	44560	44571	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482907202
17	NC_021155	CCACAT	2	12	47083	47094	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482907203
18	NC_021155	ACCGTC	2	12	47604	47615	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482907203
19	NC_021155	CCCGCT	2	12	48505	48516	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	482907203
20	NC_021155	GGCTGT	2	12	50845	50856	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	482907206
21	NC_021155	ACGGTT	2	12	51570	51581	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482907206
22	NC_021155	TAACTG	2	12	56521	56532	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482907209
23	NC_021155	ACCTTA	2	12	68560	68571	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482907223
24	NC_021155	CCACTG	2	12	68656	68667	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482907223
25	NC_021155	CGGCAC	2	12	71941	71952	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907230
26	NC_021155	GGCAGC	2	12	72430	72441	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	482907230
27	NC_021155	ATAAAA	2	12	73742	73753	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	482907232
28	NC_021155	AGCGCC	2	12	81249	81260	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907246
29	NC_021155	ACTGGC	2	12	81788	81799	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482907246
30	NC_021155	GAACAG	11	66	83376	83441	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482907249
31	NC_021155	CCAGCG	2	12	97039	97050	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907270
32	NC_021155	ATTTCT	2	12	102978	102989	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	482907277
33	NC_021155	TCCCAT	2	12	106506	106517	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482907282
34	NC_021155	TCTCGC	2	12	108176	108187	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	482907283
35	NC_021155	ACAGTG	2	12	122370	122381	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482907300
36	NC_021155	GACAGC	2	12	122382	122393	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482907300
37	NC_021155	AGCCTG	2	12	124804	124815	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482907305
38	NC_021155	CCCTGT	2	12	125345	125356	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	482907306
39	NC_021155	GGCGCA	2	12	126635	126646	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	482907308
40	NC_021155	TTTAGA	2	12	130131	130142	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482907313
41	NC_021155	ATTTTG	2	12	131064	131075	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	482907314
42	NC_021155	GGCGGT	2	12	131108	131119	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	482907314
43	NC_021155	CAGCGC	2	12	132052	132063	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	482907314
44	NC_021155	GATATC	2	12	139224	139235	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482907323

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.