MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 110

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	GTGCC	2	10	3153	3162	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
2	NC_021155	GGCAC	2	10	3370	3379	20 %	0 %	40 %	40 %	482907140
3	NC_021155	CCCAT	2	10	3764	3773	20 %	20 %	0 %	60 %	482907141
4	NC_021155	ACCAG	2	10	4374	4383	40 %	0 %	20 %	40 %	482907142
5	NC_021155	TCAGT	2	10	5302	5311	20 %	40 %	20 %	20 %	482907143
6	NC_021155	CACTT	2	10	6614	6623	20 %	40 %	0 %	40 %	482907144
7	NC_021155	GGGCG	2	10	7651	7660	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021155	GCCGG	2	10	8870	8879	0 %	0 %	60 %	40 %	Non-Coding
9	NC_021155	ACAGT	2	10	9574	9583	40 %	20 %	20 %	20 %	482907149
10	NC_021155	ACGGT	2	10	9812	9821	20 %	20 %	40 %	20 %	482907150
11	NC_021155	GTGCC	2	10	10102	10111	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
12	NC_021155	GGCAC	2	10	10319	10328	20 %	0 %	40 %	40 %	482907151
13	NC_021155	CAGGA	2	10	10619	10628	40 %	0 %	40 %	20 %	482907152
14	NC_021155	GCAGG	2	10	11277	11286	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
15	NC_021155	CCAGC	2	10	12242	12251	20 %	0 %	20 %	60 %	482907155
16	NC_021155	CCCGT	2	10	12888	12897	0 %	20 %	20 %	60 %	482907156
17	NC_021155	GCCGC	2	10	12939	12948	0 %	0 %	40 %	60 %	482907156
18	NC_021155	AAAAG	2	10	14333	14342	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021155	GTACG	2	10	15710	15719	20 %	20 %	40 %	20 %	482907160
20	NC_021155	TGAAC	2	10	16173	16182	40 %	20 %	20 %	20 %	482907160
21	NC_021155	GGTCT	2	10	16349	16358	0 %	40 %	40 %	20 %	482907161
22	NC_021155	CTCTG	2	10	16380	16389	0 %	40 %	20 %	40 %	482907161
23	NC_021155	TATCT	2	10	16658	16667	20 %	60 %	0 %	20 %	482907161
24	NC_021155	AGGAA	2	10	17983	17992	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021155	TCCCA	2	10	18610	18619	20 %	20 %	0 %	60 %	482907164
26	NC_021155	TGTCA	2	10	24098	24107	20 %	40 %	20 %	20 %	482907172
27	NC_021155	ACGGC	2	10	24158	24167	20 %	0 %	40 %	40 %	482907172
28	NC_021155	TTGCA	2	10	25567	25576	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
29	NC_021155	TGACC	2	10	26502	26511	20 %	20 %	20 %	40 %	482907175
30	NC_021155	TACAG	2	10	28518	28527	40 %	20 %	20 %	20 %	482907177
31	NC_021155	GAAAG	2	10	28637	28646	60 %	0 %	40 %	0 %	482907177
32	NC_021155	GAACG	2	10	30168	30177	40 %	0 %	40 %	20 %	482907178
33	NC_021155	CCATT	2	10	30361	30370	20 %	40 %	0 %	40 %	482907179
34	NC_021155	TCCGG	2	10	33910	33919	0 %	20 %	40 %	40 %	482907183
35	NC_021155	ACATC	2	10	34386	34395	40 %	20 %	0 %	40 %	482907183
36	NC_021155	CGTTC	2	10	34858	34867	0 %	40 %	20 %	40 %	482907184
37	NC_021155	CAGAC	2	10	35887	35896	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021155	GGAGC	2	10	38216	38225	20 %	0 %	60 %	20 %	Non-Coding
39	NC_021155	AACAT	2	10	38260	38269	60 %	20 %	0 %	20 %	482907190
40	NC_021155	TGTGG	2	10	38328	38337	0 %	40 %	60 %	0 %	482907190
41	NC_021155	GACGA	2	10	41549	41558	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
42	NC_021155	TCCAG	2	10	42255	42264	20 %	20 %	20 %	40 %	482907198
43	NC_021155	AACCC	2	10	45497	45506	40 %	0 %	0 %	60 %	482907203
44	NC_021155	CGCTG	2	10	46681	46690	0 %	20 %	40 %	40 %	482907203
45	NC_021155	TTTCG	2	10	46898	46907	0 %	60 %	20 %	20 %	482907203
46	NC_021155	TCCGG	2	10	48121	48130	0 %	20 %	40 %	40 %	482907203
47	NC_021155	CCTGC	2	10	48161	48170	0 %	20 %	20 %	60 %	482907203
48	NC_021155	CGCGC	2	10	48270	48279	0 %	0 %	40 %	60 %	482907203
49	NC_021155	CCCGG	2	10	48770	48779	0 %	0 %	40 %	60 %	482907203
50	NC_021155	CAGGT	2	10	51190	51199	20 %	20 %	40 %	20 %	482907206
51	NC_021155	CTGCG	2	10	55520	55529	0 %	20 %	40 %	40 %	482907209
52	NC_021155	CCCAG	2	10	57119	57128	20 %	0 %	20 %	60 %	482907209
53	NC_021155	TTCAG	2	10	63457	63466	20 %	40 %	20 %	20 %	482907217
54	NC_021155	TATTT	2	10	63595	63604	20 %	80 %	0 %	0 %	482907217
55	NC_021155	TTCGC	2	10	67595	67604	0 %	40 %	20 %	40 %	482907222
56	NC_021155	CCGGA	2	10	70863	70872	20 %	0 %	40 %	40 %	482907229
57	NC_021155	ATTTT	2	10	72646	72655	20 %	80 %	0 %	0 %	482907231
58	NC_021155	AATGT	2	10	73306	73315	40 %	40 %	20 %	0 %	482907232
59	NC_021155	ACCGT	2	10	74314	74323	20 %	20 %	20 %	40 %	482907234
60	NC_021155	CACAA	2	10	75201	75210	60 %	0 %	0 %	40 %	482907236
61	NC_021155	TTATT	2	10	76084	76093	20 %	80 %	0 %	0 %	482907237
62	NC_021155	TAAAT	2	10	76376	76385	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021155	ATTTT	2	10	77560	77569	20 %	80 %	0 %	0 %	482907240
64	NC_021155	CGGGG	2	10	78465	78474	0 %	0 %	80 %	20 %	Non-Coding
65	NC_021155	AGTTC	2	10	78504	78513	20 %	40 %	20 %	20 %	482907243
66	NC_021155	CGCGC	2	10	80040	80049	0 %	0 %	40 %	60 %	482907246
67	NC_021155	ACATC	2	10	83791	83800	40 %	20 %	0 %	40 %	482907250
68	NC_021155	TCTTT	2	10	85408	85417	0 %	80 %	0 %	20 %	482907253
69	NC_021155	AGGCC	2	10	86378	86387	20 %	0 %	40 %	40 %	482907255
70	NC_021155	AGTTC	2	10	86680	86689	20 %	40 %	20 %	20 %	482907255
71	NC_021155	CCCGT	2	10	87903	87912	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
72	NC_021155	CCCGT	2	10	89080	89089	0 %	20 %	20 %	60 %	Non-Coding
73	NC_021155	CGTCC	2	10	95578	95587	0 %	20 %	20 %	60 %	482907267
74	NC_021155	TGTGC	2	10	96880	96889	0 %	40 %	40 %	20 %	482907270
75	NC_021155	TTATA	2	10	97512	97521	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021155	CCAGA	2	10	98418	98427	40 %	0 %	20 %	40 %	482907271
77	NC_021155	CATTA	2	10	99661	99670	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_021155	TGCTC	2	10	100424	100433	0 %	40 %	20 %	40 %	482907273
79	NC_021155	AGGCC	2	10	100613	100622	20 %	0 %	40 %	40 %	482907273
80	NC_021155	TCTGG	2	10	100895	100904	0 %	40 %	40 %	20 %	482907274
81	NC_021155	ACAAA	2	10	101038	101047	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021155	AAAAT	2	10	102093	102102	80 %	20 %	0 %	0 %	482907276
83	NC_021155	TGGTT	2	10	104613	104622	0 %	60 %	40 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021155	GCCGC	2	10	104669	104678	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
85	NC_021155	GCCGC	2	10	105180	105189	0 %	0 %	40 %	60 %	Non-Coding
86	NC_021155	AGGAT	2	10	111080	111089	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021155	GCCAA	2	10	112369	112378	40 %	0 %	20 %	40 %	482907289
88	NC_021155	GCATC	2	10	112860	112869	20 %	20 %	20 %	40 %	482907289
89	NC_021155	CGCGC	2	10	114039	114048	0 %	0 %	40 %	60 %	482907289
90	NC_021155	ATCAT	2	10	114940	114949	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
91	NC_021155	TATCA	2	10	115049	115058	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
92	NC_021155	CGAGC	2	10	115152	115161	20 %	0 %	40 %	40 %	Non-Coding
93	NC_021155	TGCTA	2	10	115184	115193	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021155	AATAA	2	10	115854	115863	80 %	20 %	0 %	0 %	482907291
95	NC_021155	TACAG	2	10	117083	117092	40 %	20 %	20 %	20 %	482907292
96	NC_021155	GCGTG	2	10	118716	118725	0 %	20 %	60 %	20 %	482907295
97	NC_021155	CTGGT	2	10	129674	129683	0 %	40 %	40 %	20 %	482907313
98	NC_021155	TGAGT	2	10	130447	130456	20 %	40 %	40 %	0 %	482907314
99	NC_021155	GGCCT	2	10	132387	132396	0 %	20 %	40 %	40 %	482907315
100	NC_021155	GAGCA	2	10	132576	132585	40 %	0 %	40 %	20 %	482907315
101	NC_021155	TTTAA	2	10	134341	134350	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021155	CCGCC	2	10	134930	134939	0 %	0 %	20 %	80 %	Non-Coding
103	NC_021155	CCCTG	2	10	136859	136868	0 %	20 %	20 %	60 %	482907321
104	NC_021155	ACGAT	2	10	142492	142501	40 %	20 %	20 %	20 %	482907324
105	NC_021155	GTCAT	2	10	143059	143068	20 %	40 %	20 %	20 %	482907324
106	NC_021155	ATAAA	2	10	145532	145541	80 %	20 %	0 %	0 %	482907328
107	NC_021155	TCCGG	2	10	146302	146311	0 %	20 %	40 %	40 %	482907329
108	NC_021155	ACATC	2	10	146778	146787	40 %	20 %	0 %	40 %	482907329
109	NC_021155	CGTTC	2	10	147250	147259	0 %	40 %	20 %	40 %	482907330
110	NC_021155	CAGAC	2	10	148279	148288	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.