MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 427

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	GTGA	2	8	87	94	25 %	25 %	50 %	0 %	482907134
2	NC_021155	CCAG	2	8	605	612	25 %	0 %	25 %	50 %	482907134
3	NC_021155	CGTC	2	8	2006	2013	0 %	25 %	25 %	50 %	482907136
4	NC_021155	CAGG	2	8	2538	2545	25 %	0 %	50 %	25 %	482907138
5	NC_021155	CAGC	2	8	2715	2722	25 %	0 %	25 %	50 %	482907139
6	NC_021155	ACGG	2	8	4561	4568	25 %	0 %	50 %	25 %	482907142
7	NC_021155	CAGC	2	8	4646	4653	25 %	0 %	25 %	50 %	482907142
8	NC_021155	GAAA	2	8	4751	4758	75 %	0 %	25 %	0 %	482907142
9	NC_021155	GTGA	2	8	5216	5223	25 %	25 %	50 %	0 %	482907143
10	NC_021155	CCTT	2	8	5847	5854	0 %	50 %	0 %	50 %	482907144
11	NC_021155	GCGT	2	8	6016	6023	0 %	25 %	50 %	25 %	482907144
12	NC_021155	GTTC	2	8	6313	6320	0 %	50 %	25 %	25 %	482907144
13	NC_021155	CAGG	2	8	7084	7091	25 %	0 %	50 %	25 %	482907144
14	NC_021155	CCAG	2	8	7137	7144	25 %	0 %	25 %	50 %	482907144
15	NC_021155	GCTT	2	8	7286	7293	0 %	50 %	25 %	25 %	482907144
16	NC_021155	CTGC	2	8	9289	9296	0 %	25 %	25 %	50 %	482907149
17	NC_021155	CCGT	2	8	9623	9630	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021155	ACTG	2	8	10989	10996	25 %	25 %	25 %	25 %	482907152
19	NC_021155	TCAT	2	8	11880	11887	25 %	50 %	0 %	25 %	482907154
20	NC_021155	CTGC	2	8	12129	12136	0 %	25 %	25 %	50 %	482907155
21	NC_021155	ACGC	2	8	12617	12624	25 %	0 %	25 %	50 %	482907155
22	NC_021155	CCGG	2	8	12900	12907	0 %	0 %	50 %	50 %	482907156
23	NC_021155	GCCC	2	8	13013	13020	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
24	NC_021155	GCCA	2	8	13172	13179	25 %	0 %	25 %	50 %	482907157
25	NC_021155	TGAA	2	8	13294	13301	50 %	25 %	25 %	0 %	482907157
26	NC_021155	CAGC	2	8	13707	13714	25 %	0 %	25 %	50 %	482907157
27	NC_021155	GCTG	2	8	14584	14591	0 %	25 %	50 %	25 %	482907158
28	NC_021155	TCAC	2	8	15000	15007	25 %	25 %	0 %	50 %	482907159
29	NC_021155	GCTG	2	8	16077	16084	0 %	25 %	50 %	25 %	482907160
30	NC_021155	TAAC	2	8	16591	16598	50 %	25 %	0 %	25 %	482907161
31	NC_021155	ATTT	2	8	16711	16718	25 %	75 %	0 %	0 %	482907161
32	NC_021155	CTTT	2	8	17337	17344	0 %	75 %	0 %	25 %	482907162
33	NC_021155	TGTT	2	8	18439	18446	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021155	TGTT	2	8	18515	18522	0 %	75 %	25 %	0 %	482907164
35	NC_021155	TCAG	2	8	18830	18837	25 %	25 %	25 %	25 %	482907164
36	NC_021155	CCTG	2	8	19653	19660	0 %	25 %	25 %	50 %	482907165
37	NC_021155	GCTG	2	8	19715	19722	0 %	25 %	50 %	25 %	482907165
38	NC_021155	TCCG	2	8	19804	19811	0 %	25 %	25 %	50 %	482907165
39	NC_021155	CTCA	2	8	20263	20270	25 %	25 %	0 %	50 %	482907166
40	NC_021155	CATC	2	8	20579	20586	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
41	NC_021155	ACTG	2	8	21751	21758	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
42	NC_021155	CTGT	2	8	21769	21776	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_021155	AAAT	2	8	21862	21869	75 %	25 %	0 %	0 %	482907169
44	NC_021155	GATG	2	8	22066	22073	25 %	25 %	50 %	0 %	482907170
45	NC_021155	GTCT	2	8	23035	23042	0 %	50 %	25 %	25 %	482907171
46	NC_021155	ATTC	2	8	23130	23137	25 %	50 %	0 %	25 %	482907171
47	NC_021155	CAGT	2	8	23216	23223	25 %	25 %	25 %	25 %	482907171
48	NC_021155	GCCA	2	8	23738	23745	25 %	0 %	25 %	50 %	482907171
49	NC_021155	GTGA	2	8	24087	24094	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021155	CTGC	2	8	24361	24368	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
51	NC_021155	ATCT	2	8	24745	24752	25 %	50 %	0 %	25 %	482907173
52	NC_021155	TGGG	2	8	24971	24978	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021155	GCAA	2	8	25044	25051	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021155	GAAA	2	8	25055	25062	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021155	TATT	2	8	25519	25526	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021155	TATG	2	8	25620	25627	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021155	ATTT	2	8	25679	25686	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021155	AAAC	2	8	25728	25735	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021155	GTTT	2	8	25761	25768	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021155	TCAG	2	8	26080	26087	25 %	25 %	25 %	25 %	482907174
61	NC_021155	GGAA	2	8	26306	26313	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021155	GCCA	2	8	26318	26325	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021155	TTTA	2	8	26940	26947	25 %	75 %	0 %	0 %	482907176
64	NC_021155	CCGG	2	8	27294	27301	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
65	NC_021155	CGGT	2	8	28165	28172	0 %	25 %	50 %	25 %	482907177
66	NC_021155	TGGG	2	8	28786	28793	0 %	25 %	75 %	0 %	482907177
67	NC_021155	GACG	2	8	29343	29350	25 %	0 %	50 %	25 %	482907177
68	NC_021155	ACCA	2	8	29677	29684	50 %	0 %	0 %	50 %	482907178
69	NC_021155	AACC	2	8	30377	30384	50 %	0 %	0 %	50 %	482907179
70	NC_021155	CTGG	2	8	30632	30639	0 %	25 %	50 %	25 %	482907179
71	NC_021155	ACTG	2	8	30662	30669	25 %	25 %	25 %	25 %	482907179
72	NC_021155	TTCA	2	8	31238	31245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
73	NC_021155	CACT	2	8	31564	31571	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
74	NC_021155	GACA	2	8	31888	31895	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021155	AGGC	2	8	31961	31968	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021155	TTAG	2	8	32210	32217	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021155	TTTA	2	8	32335	32342	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021155	TTCA	2	8	32864	32871	25 %	50 %	0 %	25 %	482907181
79	NC_021155	ATTT	2	8	32948	32955	25 %	75 %	0 %	0 %	482907182
80	NC_021155	TGCA	2	8	33758	33765	25 %	25 %	25 %	25 %	482907183
81	NC_021155	TGGA	2	8	33896	33903	25 %	25 %	50 %	0 %	482907183
82	NC_021155	CCGG	2	8	34441	34448	0 %	0 %	50 %	50 %	482907183
83	NC_021155	GGCG	2	8	34786	34793	0 %	0 %	75 %	25 %	482907183
84	NC_021155	CCAG	2	8	35150	35157	25 %	0 %	25 %	50 %	482907184
85	NC_021155	CCGG	2	8	35265	35272	0 %	0 %	50 %	50 %	482907185
86	NC_021155	AGGC	2	8	35643	35650	25 %	0 %	50 %	25 %	482907185
87	NC_021155	GCTG	2	8	35928	35935	0 %	25 %	50 %	25 %	482907186
88	NC_021155	GCCC	2	8	36025	36032	0 %	0 %	25 %	75 %	482907186
89	NC_021155	CGGC	2	8	36214	36221	0 %	0 %	50 %	50 %	482907186
90	NC_021155	GACC	2	8	36911	36918	25 %	0 %	25 %	50 %	482907188
91	NC_021155	GTGA	2	8	37257	37264	25 %	25 %	50 %	0 %	482907188
92	NC_021155	TGTA	2	8	37345	37352	25 %	50 %	25 %	0 %	482907188
93	NC_021155	GCTG	2	8	37684	37691	0 %	25 %	50 %	25 %	482907189
94	NC_021155	CCGG	2	8	38393	38400	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
95	NC_021155	GGGA	2	8	38443	38450	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021155	CAGA	2	8	38578	38585	50 %	0 %	25 %	25 %	482907191
97	NC_021155	TCCG	2	8	38738	38745	0 %	25 %	25 %	50 %	482907191
98	NC_021155	ATTT	2	8	39194	39201	25 %	75 %	0 %	0 %	482907191
99	NC_021155	GGGC	2	8	40025	40032	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
100	NC_021155	TTAT	3	12	40072	40083	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021155	CATC	2	8	40690	40697	25 %	25 %	0 %	50 %	482907195
102	NC_021155	TCGG	2	8	40824	40831	0 %	25 %	50 %	25 %	482907195
103	NC_021155	GGTA	2	8	40867	40874	25 %	25 %	50 %	0 %	482907195
104	NC_021155	CGAA	3	12	41096	41107	50 %	0 %	25 %	25 %	482907195
105	NC_021155	GTCA	2	8	41261	41268	25 %	25 %	25 %	25 %	482907195
106	NC_021155	CTGC	2	8	41272	41279	0 %	25 %	25 %	50 %	482907195
107	NC_021155	GCCA	2	8	41503	41510	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
108	NC_021155	CTTT	2	8	41677	41684	0 %	75 %	0 %	25 %	482907197
109	NC_021155	ATGT	2	8	41685	41692	25 %	50 %	25 %	0 %	482907197
110	NC_021155	ACTT	2	8	41901	41908	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
111	NC_021155	GCCA	2	8	42313	42320	25 %	0 %	25 %	50 %	482907198
112	NC_021155	ACGG	2	8	42430	42437	25 %	0 %	50 %	25 %	482907198
113	NC_021155	CACG	2	8	43470	43477	25 %	0 %	25 %	50 %	482907201
114	NC_021155	ACTG	2	8	43556	43563	25 %	25 %	25 %	25 %	482907201
115	NC_021155	CAGC	2	8	43641	43648	25 %	0 %	25 %	50 %	482907201
116	NC_021155	AGGC	2	8	44018	44025	25 %	0 %	50 %	25 %	482907202
117	NC_021155	CTGC	2	8	44899	44906	0 %	25 %	25 %	50 %	482907203
118	NC_021155	CCAG	2	8	45102	45109	25 %	0 %	25 %	50 %	482907203
119	NC_021155	CGGC	2	8	45366	45373	0 %	0 %	50 %	50 %	482907203
120	NC_021155	GGTC	2	8	46772	46779	0 %	25 %	50 %	25 %	482907203
121	NC_021155	CTGA	2	8	47198	47205	25 %	25 %	25 %	25 %	482907203
122	NC_021155	CCAG	2	8	47932	47939	25 %	0 %	25 %	50 %	482907203
123	NC_021155	GACA	2	8	48674	48681	50 %	0 %	25 %	25 %	482907203
124	NC_021155	CCGC	2	8	48949	48956	0 %	0 %	25 %	75 %	482907203
125	NC_021155	GTCC	2	8	49459	49466	0 %	25 %	25 %	50 %	482907203
126	NC_021155	TCAG	2	8	49536	49543	25 %	25 %	25 %	25 %	482907203
127	NC_021155	GCCG	2	8	50050	50057	0 %	0 %	50 %	50 %	482907204
128	NC_021155	GAAA	2	8	50314	50321	75 %	0 %	25 %	0 %	482907205
129	NC_021155	GTTT	2	8	50340	50347	0 %	75 %	25 %	0 %	482907205
130	NC_021155	GCCG	2	8	50376	50383	0 %	0 %	50 %	50 %	482907205
131	NC_021155	CACG	2	8	50464	50471	25 %	0 %	25 %	50 %	482907205
132	NC_021155	GTGG	2	8	50521	50528	0 %	25 %	75 %	0 %	482907205
133	NC_021155	CAGC	2	8	51678	51685	25 %	0 %	25 %	50 %	482907206
134	NC_021155	AGGT	2	8	51865	51872	25 %	25 %	50 %	0 %	482907206
135	NC_021155	TTGA	2	8	51889	51896	25 %	50 %	25 %	0 %	482907206
136	NC_021155	GTCC	2	8	51973	51980	0 %	25 %	25 %	50 %	482907206
137	NC_021155	CTTC	2	8	52001	52008	0 %	50 %	0 %	50 %	482907206
138	NC_021155	AGCC	2	8	52206	52213	25 %	0 %	25 %	50 %	482907206
139	NC_021155	ACTG	2	8	52239	52246	25 %	25 %	25 %	25 %	482907206
140	NC_021155	TTAA	2	8	52603	52610	50 %	50 %	0 %	0 %	482907206
141	NC_021155	CTGA	2	8	52752	52759	25 %	25 %	25 %	25 %	482907206
142	NC_021155	AAAG	2	8	52836	52843	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021155	AATT	2	8	52863	52870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021155	AATA	2	8	52873	52880	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021155	ATTT	2	8	53083	53090	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021155	ATTT	2	8	53114	53121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
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418	NC_021155	AATA	2	8	144103	144110	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
419	NC_021155	ATCA	2	8	144536	144543	50 %	25 %	0 %	25 %	482907327
420	NC_021155	GCTG	2	8	144640	144647	0 %	25 %	50 %	25 %	482907327
421	NC_021155	TGCA	2	8	146150	146157	25 %	25 %	25 %	25 %	482907329
422	NC_021155	TGGA	2	8	146288	146295	25 %	25 %	50 %	0 %	482907329
423	NC_021155	CCGG	2	8	146833	146840	0 %	0 %	50 %	50 %	482907329
424	NC_021155	GGCG	2	8	147178	147185	0 %	0 %	75 %	25 %	482907329
425	NC_021155	CCAG	2	8	147542	147549	25 %	0 %	25 %	50 %	482907330
426	NC_021155	CCGG	2	8	147657	147664	0 %	0 %	50 %	50 %	482907331
427	NC_021155	AGGC	2	8	148035	148042	25 %	0 %	50 %	25 %	482907331

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.