MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 75

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	CCGT	2	8	9623	9630	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
2	NC_021155	GCCC	2	8	13013	13020	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
3	NC_021155	TGTT	2	8	18439	18446	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021155	CATC	2	8	20579	20586	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
5	NC_021155	ACTG	2	8	21751	21758	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
6	NC_021155	CTGT	2	8	21769	21776	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
7	NC_021155	GTGA	2	8	24087	24094	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021155	CTGC	2	8	24361	24368	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
9	NC_021155	TGGG	2	8	24971	24978	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021155	GCAA	2	8	25044	25051	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_021155	GAAA	2	8	25055	25062	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021155	TATT	2	8	25519	25526	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021155	TATG	2	8	25620	25627	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021155	ATTT	2	8	25679	25686	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021155	AAAC	2	8	25728	25735	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
16	NC_021155	GTTT	2	8	25761	25768	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021155	GGAA	2	8	26306	26313	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021155	GCCA	2	8	26318	26325	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
19	NC_021155	TTCA	2	8	31238	31245	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
20	NC_021155	CACT	2	8	31564	31571	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
21	NC_021155	GACA	2	8	31888	31895	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021155	AGGC	2	8	31961	31968	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
23	NC_021155	TTAG	2	8	32210	32217	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021155	TTTA	2	8	32335	32342	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021155	CCGG	2	8	38393	38400	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
26	NC_021155	GGGA	2	8	38443	38450	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021155	GGGC	2	8	40025	40032	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
28	NC_021155	TTAT	3	12	40072	40083	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021155	GCCA	2	8	41503	41510	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021155	ACTT	2	8	41901	41908	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
31	NC_021155	AAAG	2	8	52836	52843	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021155	AATT	2	8	52863	52870	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021155	AATA	2	8	52873	52880	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_021155	ATTT	2	8	53083	53090	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021155	ATTT	2	8	53114	53121	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021155	TTTC	2	8	53124	53131	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021155	GTCA	2	8	53160	53167	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
38	NC_021155	TTTA	2	8	53941	53948	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021155	TCCT	2	8	62946	62953	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_021155	CAGG	2	8	69701	69708	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
41	NC_021155	GCCG	2	8	69724	69731	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021155	CTGA	2	8	69749	69756	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
43	NC_021155	TTAA	2	8	74862	74869	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021155	TTTA	2	8	75718	75725	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021155	ACTG	2	8	77123	77130	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
46	NC_021155	AATG	2	8	84484	84491	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021155	TGAT	2	8	86257	86264	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021155	CCCG	2	8	86267	86274	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
49	NC_021155	CCGG	2	8	87915	87922	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021155	ATTC	2	8	88005	88012	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_021155	AAAT	2	8	93391	93398	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021155	GCAA	2	8	93623	93630	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
53	NC_021155	CAAA	2	8	97524	97531	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
54	NC_021155	ACTA	2	8	97543	97550	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
55	NC_021155	ACAA	2	8	97551	97558	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
56	NC_021155	CGGG	2	8	97642	97649	0 %	0 %	75 %	25 %	Non-Coding
57	NC_021155	AGAC	2	8	97734	97741	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021155	CAGG	2	8	98017	98024	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
59	NC_021155	ACAG	2	8	98205	98212	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
60	NC_021155	AAAT	2	8	98287	98294	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021155	TTTG	2	8	102292	102299	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021155	TGAA	2	8	104694	104701	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021155	CCGA	2	8	106037	106044	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
64	NC_021155	TAAA	2	8	108720	108727	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021155	TGTT	2	8	121698	121705	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021155	ATTT	2	8	121714	121721	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021155	GCCT	2	8	126255	126262	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
68	NC_021155	TATT	2	8	127942	127949	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021155	GTAA	2	8	128026	128033	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021155	CCCG	2	8	128437	128444	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
71	NC_021155	GATT	2	8	134321	134328	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021155	TTGA	2	8	134646	134653	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021155	TTGA	2	8	135614	135621	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021155	AAAT	2	8	135775	135782	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021155	AATA	2	8	144103	144110	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.