MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Non-Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 319

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	CTG	2	6	39	44	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NC_021155	TCC	2	6	1029	1034	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
3	NC_021155	GCC	2	6	1059	1064	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_021155	TGT	2	6	1371	1376	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021155	TGA	2	6	1377	1382	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021155	CGG	2	6	1410	1415	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021155	TAA	2	6	1647	1652	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021155	CGG	2	6	1690	1695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
9	NC_021155	CTG	2	6	1754	1759	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
10	NC_021155	TGC	2	6	1867	1872	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
11	NC_021155	CTG	2	6	1897	1902	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021155	CTT	2	6	1964	1969	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021155	CCG	2	6	2590	2595	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_021155	TCC	2	6	3119	3124	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
15	NC_021155	GCC	2	6	3455	3460	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
16	NC_021155	CGC	2	6	3495	3500	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
17	NC_021155	ACC	2	6	3512	3517	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_021155	TGC	2	6	5332	5337	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021155	CGG	2	6	5349	5354	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
20	NC_021155	GTT	2	6	5364	5369	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021155	ATC	2	6	7332	7337	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
22	NC_021155	CCT	2	6	8213	8218	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
23	NC_021155	CTC	2	6	8289	8294	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_021155	GGC	2	6	8606	8611	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021155	CGG	2	6	8690	8695	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
26	NC_021155	AGC	2	6	8713	8718	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
27	NC_021155	GAC	2	6	8739	8744	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_021155	GCC	2	6	8750	8755	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
29	NC_021155	TCT	2	6	8855	8860	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021155	GGC	2	6	8952	8957	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_021155	GGC	2	6	9608	9613	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_021155	GCC	2	6	9617	9622	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
33	NC_021155	TCC	2	6	10067	10072	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
34	NC_021155	GTT	2	6	10073	10078	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021155	CGG	2	6	10405	10410	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021155	CGC	2	6	11269	11274	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
37	NC_021155	GGA	3	9	14062	14070	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021155	ACG	2	6	14071	14076	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_021155	GAG	2	6	14091	14096	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021155	CAG	2	6	14215	14220	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_021155	CAG	2	6	14225	14230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_021155	CAA	2	6	14273	14278	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021155	TTA	2	6	14305	14310	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021155	CAT	2	6	17936	17941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_021155	GAA	2	6	18055	18060	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021155	ATA	2	6	19288	19293	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021155	CAT	2	6	20619	20624	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_021155	ATC	3	9	20631	20639	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_021155	TGT	2	6	20851	20856	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021155	AGG	2	6	20863	20868	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
51	NC_021155	CGT	2	6	21047	21052	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
52	NC_021155	CTG	2	6	21701	21706	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_021155	GTT	2	6	21977	21982	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021155	AGG	2	6	22019	22024	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021155	CTG	2	6	22038	22043	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
56	NC_021155	ATG	2	6	22051	22056	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021155	ATT	2	6	22439	22444	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021155	CAG	2	6	22473	22478	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021155	TAA	2	6	22509	22514	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021155	AGA	2	6	22545	22550	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021155	GGA	2	6	22588	22593	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021155	TAT	2	6	22651	22656	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021155	CTT	2	6	22717	22722	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021155	GTT	2	6	22748	22753	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021155	GCT	2	6	22787	22792	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021155	GTT	2	6	22856	22861	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021155	TTA	2	6	23882	23887	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021155	TGA	2	6	23944	23949	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021155	AGC	2	6	23951	23956	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021155	CGT	2	6	24032	24037	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021155	GTG	2	6	24431	24436	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021155	ATC	2	6	24437	24442	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_021155	CGT	2	6	24518	24523	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021155	CAA	2	6	24559	24564	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021155	ATG	2	6	24601	24606	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021155	CAT	2	6	24933	24938	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_021155	TCC	2	6	24994	24999	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_021155	GAA	2	6	25020	25025	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021155	TCT	2	6	25355	25360	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NC_021155	ATA	2	6	25432	25437	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021155	TAT	2	6	25465	25470	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021155	TGT	2	6	26126	26131	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021155	TTA	2	6	26230	26235	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021155	TTA	2	6	27062	27067	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021155	TCC	2	6	27103	27108	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
86	NC_021155	TGA	2	6	30826	30831	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021155	ATC	2	6	30870	30875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021155	TGC	2	6	30913	30918	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021155	AAC	2	6	31033	31038	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
90	NC_021155	TCA	3	9	31084	31092	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021155	TCA	2	6	31105	31110	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
92	NC_021155	AGC	2	6	31211	31216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
93	NC_021155	TTG	2	6	31402	31407	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021155	ATG	2	6	31495	31500	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021155	AGG	2	6	31631	31636	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021155	ACT	2	6	31809	31814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
97	NC_021155	TAA	2	6	31912	31917	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021155	GTG	2	6	32009	32014	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021155	TAA	2	6	32050	32055	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021155	CAA	2	6	32241	32246	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021155	GCC	2	6	33052	33057	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
102	NC_021155	TGA	2	6	33072	33077	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021155	CTG	3	9	33089	33097	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
104	NC_021155	ATT	2	6	33202	33207	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021155	GGA	2	6	35879	35884	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
106	NC_021155	CAC	3	9	36695	36703	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
107	NC_021155	GCG	2	6	37558	37563	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
108	NC_021155	CGT	2	6	39232	39237	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
109	NC_021155	CGC	2	6	39306	39311	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
110	NC_021155	TCC	2	6	39465	39470	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
111	NC_021155	CTG	2	6	39653	39658	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
112	NC_021155	CTG	2	6	39726	39731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
113	NC_021155	CAT	2	6	39809	39814	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021155	ATT	2	6	39817	39822	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021155	GCG	3	9	39856	39864	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
116	NC_021155	GTG	2	6	39872	39877	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021155	TGT	2	6	39932	39937	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021155	TGT	2	6	39986	39991	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021155	TGA	2	6	40061	40066	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021155	AAG	2	6	40108	40113	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
121	NC_021155	TGG	2	6	40393	40398	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021155	TGG	2	6	41367	41372	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021155	TCA	2	6	41468	41473	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
124	NC_021155	CTT	2	6	41580	41585	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021155	CCT	2	6	41840	41845	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
126	NC_021155	TAC	2	6	41877	41882	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021155	AGT	2	6	42548	42553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021155	TTA	2	6	42558	42563	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021155	ACG	2	6	42622	42627	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_021155	GCG	2	6	42631	42636	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021155	ATC	2	6	42800	42805	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021155	TGC	2	6	43780	43785	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
133	NC_021155	AGG	2	6	49916	49921	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021155	CAG	2	6	52918	52923	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
135	NC_021155	AAG	2	6	52982	52987	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021155	TTA	2	6	53012	53017	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
137	NC_021155	CCT	2	6	53186	53191	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
138	NC_021155	TAT	2	6	59541	59546	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021155	TCA	2	6	59562	59567	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
140	NC_021155	CGC	2	6	59577	59582	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
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275	NC_021155	ATG	2	6	126284	126289	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
276	NC_021155	CGC	2	6	126303	126308	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
277	NC_021155	CAG	2	6	126316	126321	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
278	NC_021155	GAC	2	6	126325	126330	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
279	NC_021155	TCC	2	6	126424	126429	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
280	NC_021155	ATC	2	6	127525	127530	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
281	NC_021155	CAC	2	6	127984	127989	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
282	NC_021155	TTC	2	6	128006	128011	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
283	NC_021155	ATA	2	6	129220	129225	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
284	NC_021155	TAA	2	6	129366	129371	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
285	NC_021155	ATT	2	6	130198	130203	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
286	NC_021155	AAG	2	6	130312	130317	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
287	NC_021155	ACT	2	6	130341	130346	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
288	NC_021155	GAT	2	6	133049	133054	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
289	NC_021155	CAC	2	6	133063	133068	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
290	NC_021155	ATA	2	6	133275	133280	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
291	NC_021155	AAT	2	6	133405	133410	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
292	NC_021155	TAT	2	6	134436	134441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
293	NC_021155	TCC	2	6	134466	134471	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
294	NC_021155	CCA	2	6	134480	134485	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
295	NC_021155	TCA	2	6	134517	134522	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
296	NC_021155	TTA	2	6	134539	134544	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
297	NC_021155	GGA	2	6	134590	134595	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
298	NC_021155	CTA	2	6	134606	134611	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
299	NC_021155	TGT	2	6	134615	134620	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
300	NC_021155	TCT	2	6	135001	135006	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
301	NC_021155	CAA	2	6	135346	135351	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
302	NC_021155	GCG	2	6	135353	135358	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
303	NC_021155	GCC	2	6	135370	135375	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
304	NC_021155	CGG	2	6	135560	135565	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
305	NC_021155	CTA	2	6	135574	135579	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
306	NC_021155	TGT	2	6	135583	135588	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
307	NC_021155	CTG	2	6	135644	135649	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
308	NC_021155	CAA	2	6	135722	135727	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
309	NC_021155	CTC	2	6	135748	135753	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
310	NC_021155	CAT	2	6	143621	143626	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
311	NC_021155	TGA	2	6	143679	143684	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
312	NC_021155	CAT	2	6	144073	144078	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
313	NC_021155	ATG	2	6	144090	144095	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
314	NC_021155	TCC	2	6	144111	144116	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
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316	NC_021155	CAC	2	6	145120	145125	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
317	NC_021155	GAC	2	6	145211	145216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
318	NC_021155	GCG	2	6	145280	145285	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
319	NC_021155	GGA	2	6	148271	148276	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.