MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 226

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	GC	3	6	1116	1121	0 %	0 %	50 %	50 %	482907135
2	NC_021155	AG	3	6	1416	1421	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021155	AC	3	6	2216	2221	50 %	0 %	0 %	50 %	482907137
4	NC_021155	AG	3	6	2981	2986	50 %	0 %	50 %	0 %	482907139
5	NC_021155	GA	3	6	5065	5070	50 %	0 %	50 %	0 %	482907143
6	NC_021155	CA	3	6	5431	5436	50 %	0 %	0 %	50 %	482907144
7	NC_021155	AC	4	8	6150	6157	50 %	0 %	0 %	50 %	482907144
8	NC_021155	CG	3	6	6708	6713	0 %	0 %	50 %	50 %	482907144
9	NC_021155	CG	3	6	7370	7375	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
10	NC_021155	CT	3	6	7384	7389	0 %	50 %	0 %	50 %	482907145
11	NC_021155	GC	3	6	7979	7984	0 %	0 %	50 %	50 %	482907146
12	NC_021155	CA	3	6	8560	8565	50 %	0 %	0 %	50 %	482907147
13	NC_021155	CG	3	6	8938	8943	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
14	NC_021155	GT	4	8	11310	11317	0 %	50 %	50 %	0 %	482907153
15	NC_021155	TC	3	6	11488	11493	0 %	50 %	0 %	50 %	482907153
16	NC_021155	GC	3	6	11571	11576	0 %	0 %	50 %	50 %	482907153
17	NC_021155	CT	3	6	11734	11739	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021155	GC	3	6	11934	11939	0 %	0 %	50 %	50 %	482907154
19	NC_021155	TG	3	6	12165	12170	0 %	50 %	50 %	0 %	482907155
20	NC_021155	CA	3	6	13496	13501	50 %	0 %	0 %	50 %	482907157
21	NC_021155	GT	3	6	13701	13706	0 %	50 %	50 %	0 %	482907157
22	NC_021155	CA	3	6	14240	14245	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
23	NC_021155	TG	3	6	14290	14295	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
24	NC_021155	TA	3	6	14319	14324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021155	GC	3	6	14773	14778	0 %	0 %	50 %	50 %	482907159
26	NC_021155	TG	3	6	15142	15147	0 %	50 %	50 %	0 %	482907160
27	NC_021155	CG	3	6	15150	15155	0 %	0 %	50 %	50 %	482907160
28	NC_021155	TC	3	6	15377	15382	0 %	50 %	0 %	50 %	482907160
29	NC_021155	CA	3	6	15984	15989	50 %	0 %	0 %	50 %	482907160
30	NC_021155	CG	3	6	16601	16606	0 %	0 %	50 %	50 %	482907161
31	NC_021155	AC	3	6	16864	16869	50 %	0 %	0 %	50 %	482907162
32	NC_021155	AC	3	6	17844	17849	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021155	AC	3	6	18082	18087	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
34	NC_021155	TC	3	6	18148	18153	0 %	50 %	0 %	50 %	482907163
35	NC_021155	AT	3	6	18168	18173	50 %	50 %	0 %	0 %	482907163
36	NC_021155	AC	3	6	18504	18509	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
37	NC_021155	GC	3	6	19896	19901	0 %	0 %	50 %	50 %	482907165
38	NC_021155	CT	3	6	21311	21316	0 %	50 %	0 %	50 %	482907168
39	NC_021155	AT	3	6	21604	21609	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021155	AG	3	6	23498	23503	50 %	0 %	50 %	0 %	482907171
41	NC_021155	TA	3	6	23933	23938	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021155	AT	3	6	24047	24052	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021155	TA	3	6	24074	24079	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_021155	AT	3	6	25539	25544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021155	TA	3	6	25741	25746	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021155	GT	3	6	25999	26004	0 %	50 %	50 %	0 %	482907174
47	NC_021155	GC	3	6	26208	26213	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
48	NC_021155	AT	3	6	26237	26242	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021155	TA	3	6	26388	26393	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_021155	GT	3	6	28690	28695	0 %	50 %	50 %	0 %	482907177
51	NC_021155	GC	3	6	29097	29102	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
52	NC_021155	GC	3	6	29368	29373	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
53	NC_021155	GC	3	6	29440	29445	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
54	NC_021155	TG	4	8	30287	30294	0 %	50 %	50 %	0 %	482907179
55	NC_021155	TA	3	6	31419	31424	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021155	GC	3	6	32430	32435	0 %	0 %	50 %	50 %	482907180
57	NC_021155	TG	3	6	33000	33005	0 %	50 %	50 %	0 %	482907182
58	NC_021155	GA	3	6	35175	35180	50 %	0 %	50 %	0 %	482907184
59	NC_021155	CA	3	6	35489	35494	50 %	0 %	0 %	50 %	482907185
60	NC_021155	AC	3	6	37272	37277	50 %	0 %	0 %	50 %	482907188
61	NC_021155	GA	3	6	38786	38791	50 %	0 %	50 %	0 %	482907191
62	NC_021155	AC	3	6	39020	39025	50 %	0 %	0 %	50 %	482907191
63	NC_021155	AG	3	6	40085	40090	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021155	GA	3	6	40290	40295	50 %	0 %	50 %	0 %	482907194
65	NC_021155	TC	3	6	41196	41201	0 %	50 %	0 %	50 %	482907195
66	NC_021155	AC	3	6	42165	42170	50 %	0 %	0 %	50 %	482907198
67	NC_021155	GC	3	6	42945	42950	0 %	0 %	50 %	50 %	482907200
68	NC_021155	CG	3	6	43231	43236	0 %	0 %	50 %	50 %	482907201
69	NC_021155	TG	3	6	43422	43427	0 %	50 %	50 %	0 %	482907201
70	NC_021155	TC	3	6	44474	44479	0 %	50 %	0 %	50 %	482907202
71	NC_021155	TG	3	6	47469	47474	0 %	50 %	50 %	0 %	482907203
72	NC_021155	TC	3	6	47782	47787	0 %	50 %	0 %	50 %	482907203
73	NC_021155	CT	3	6	48060	48065	0 %	50 %	0 %	50 %	482907203
74	NC_021155	GC	3	6	48211	48216	0 %	0 %	50 %	50 %	482907203
75	NC_021155	CG	3	6	49241	49246	0 %	0 %	50 %	50 %	482907203
76	NC_021155	TG	3	6	49528	49533	0 %	50 %	50 %	0 %	482907203
77	NC_021155	TG	3	6	51652	51657	0 %	50 %	50 %	0 %	482907206
78	NC_021155	CG	3	6	52093	52098	0 %	0 %	50 %	50 %	482907206
79	NC_021155	CA	3	6	52470	52475	50 %	0 %	0 %	50 %	482907206
80	NC_021155	GA	3	6	53102	53107	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021155	GC	3	6	55556	55561	0 %	0 %	50 %	50 %	482907209
82	NC_021155	AG	3	6	56055	56060	50 %	0 %	50 %	0 %	482907209
83	NC_021155	GA	3	6	56105	56110	50 %	0 %	50 %	0 %	482907209
84	NC_021155	CA	3	6	56805	56810	50 %	0 %	0 %	50 %	482907209
85	NC_021155	TG	3	6	58539	58544	0 %	50 %	50 %	0 %	482907210
86	NC_021155	GT	3	6	58769	58774	0 %	50 %	50 %	0 %	482907211
87	NC_021155	GA	3	6	59208	59213	50 %	0 %	50 %	0 %	482907211
88	NC_021155	AT	3	6	59522	59527	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021155	GC	3	6	60753	60758	0 %	0 %	50 %	50 %	482907215
90	NC_021155	TG	3	6	61889	61894	0 %	50 %	50 %	0 %	482907215
91	NC_021155	CT	3	6	62017	62022	0 %	50 %	0 %	50 %	482907215
92	NC_021155	GC	3	6	62121	62126	0 %	0 %	50 %	50 %	482907215
93	NC_021155	CT	3	6	63909	63914	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
94	NC_021155	AC	3	6	64893	64898	50 %	0 %	0 %	50 %	482907219
95	NC_021155	CG	3	6	65311	65316	0 %	0 %	50 %	50 %	482907220
96	NC_021155	GC	3	6	65603	65608	0 %	0 %	50 %	50 %	482907221
97	NC_021155	CG	3	6	66310	66315	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
98	NC_021155	CG	3	6	67760	67765	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
99	NC_021155	TG	3	6	67961	67966	0 %	50 %	50 %	0 %	482907222
100	NC_021155	GC	3	6	68055	68060	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
101	NC_021155	AC	3	6	68261	68266	50 %	0 %	0 %	50 %	482907222
102	NC_021155	CG	3	6	68277	68282	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
103	NC_021155	AC	3	6	69241	69246	50 %	0 %	0 %	50 %	482907225
104	NC_021155	AC	3	6	69455	69460	50 %	0 %	0 %	50 %	482907226
105	NC_021155	GA	3	6	69917	69922	50 %	0 %	50 %	0 %	482907227
106	NC_021155	GC	3	6	70241	70246	0 %	0 %	50 %	50 %	482907227
107	NC_021155	CG	3	6	71677	71682	0 %	0 %	50 %	50 %	482907230
108	NC_021155	CA	3	6	72694	72699	50 %	0 %	0 %	50 %	482907231
109	NC_021155	CT	3	6	74756	74761	0 %	50 %	0 %	50 %	482907235
110	NC_021155	GC	3	6	74855	74860	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
111	NC_021155	GA	4	8	75132	75139	50 %	0 %	50 %	0 %	482907236
112	NC_021155	GA	3	6	75863	75868	50 %	0 %	50 %	0 %	482907237
113	NC_021155	TC	3	6	76044	76049	0 %	50 %	0 %	50 %	482907237
114	NC_021155	TA	4	8	76109	76116	50 %	50 %	0 %	0 %	482907237
115	NC_021155	GA	3	6	76627	76632	50 %	0 %	50 %	0 %	482907238
116	NC_021155	AT	3	6	77073	77078	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021155	TG	3	6	77729	77734	0 %	50 %	50 %	0 %	482907240
118	NC_021155	TA	3	6	78159	78164	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021155	CG	3	6	78865	78870	0 %	0 %	50 %	50 %	482907244
120	NC_021155	GC	3	6	79053	79058	0 %	0 %	50 %	50 %	482907244
121	NC_021155	GC	3	6	79950	79955	0 %	0 %	50 %	50 %	482907246
122	NC_021155	CA	3	6	80548	80553	50 %	0 %	0 %	50 %	482907246
123	NC_021155	GC	3	6	80718	80723	0 %	0 %	50 %	50 %	482907246
124	NC_021155	CG	3	6	81410	81415	0 %	0 %	50 %	50 %	482907246
125	NC_021155	CT	3	6	81678	81683	0 %	50 %	0 %	50 %	482907246
126	NC_021155	GT	3	6	82589	82594	0 %	50 %	50 %	0 %	482907248
127	NC_021155	GC	3	6	83176	83181	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
128	NC_021155	CA	3	6	83472	83477	50 %	0 %	0 %	50 %	482907249
129	NC_021155	CT	3	6	83642	83647	0 %	50 %	0 %	50 %	482907250
130	NC_021155	CG	3	6	83926	83931	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021155	GC	3	6	84310	84315	0 %	0 %	50 %	50 %	482907251
132	NC_021155	CA	3	6	85449	85454	50 %	0 %	0 %	50 %	482907253
133	NC_021155	GC	3	6	86914	86919	0 %	0 %	50 %	50 %	482907256
134	NC_021155	GC	3	6	87036	87041	0 %	0 %	50 %	50 %	482907257
135	NC_021155	AT	3	6	87102	87107	50 %	50 %	0 %	0 %	482907257
136	NC_021155	GT	4	8	87180	87187	0 %	50 %	50 %	0 %	482907257
137	NC_021155	GC	3	6	87609	87614	0 %	0 %	50 %	50 %	482907257
138	NC_021155	TA	3	6	89347	89352	50 %	50 %	0 %	0 %	482907260
139	NC_021155	CG	3	6	89914	89919	0 %	0 %	50 %	50 %	482907262
140	NC_021155	GC	3	6	90243	90248	0 %	0 %	50 %	50 %	482907262
141	NC_021155	CG	3	6	90425	90430	0 %	0 %	50 %	50 %	482907262
142	NC_021155	GA	3	6	90470	90475	50 %	0 %	50 %	0 %	482907262
143	NC_021155	TC	3	6	91172	91177	0 %	50 %	0 %	50 %	482907263
144	NC_021155	GC	3	6	91271	91276	0 %	0 %	50 %	50 %	482907263
145	NC_021155	GT	3	6	92426	92431	0 %	50 %	50 %	0 %	482907264
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.