MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Di-nucleotide Coding Repeats of Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. U288 plasmid pSTU288-1

Total Repeats: 184

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021155	GC	3	6	1116	1121	0 %	0 %	50 %	50 %	482907135
2	NC_021155	AC	3	6	2216	2221	50 %	0 %	0 %	50 %	482907137
3	NC_021155	AG	3	6	2981	2986	50 %	0 %	50 %	0 %	482907139
4	NC_021155	GA	3	6	5065	5070	50 %	0 %	50 %	0 %	482907143
5	NC_021155	CA	3	6	5431	5436	50 %	0 %	0 %	50 %	482907144
6	NC_021155	AC	4	8	6150	6157	50 %	0 %	0 %	50 %	482907144
7	NC_021155	CG	3	6	6708	6713	0 %	0 %	50 %	50 %	482907144
8	NC_021155	CT	3	6	7384	7389	0 %	50 %	0 %	50 %	482907145
9	NC_021155	GC	3	6	7979	7984	0 %	0 %	50 %	50 %	482907146
10	NC_021155	CA	3	6	8560	8565	50 %	0 %	0 %	50 %	482907147
11	NC_021155	GT	4	8	11310	11317	0 %	50 %	50 %	0 %	482907153
12	NC_021155	TC	3	6	11488	11493	0 %	50 %	0 %	50 %	482907153
13	NC_021155	GC	3	6	11571	11576	0 %	0 %	50 %	50 %	482907153
14	NC_021155	GC	3	6	11934	11939	0 %	0 %	50 %	50 %	482907154
15	NC_021155	TG	3	6	12165	12170	0 %	50 %	50 %	0 %	482907155
16	NC_021155	CA	3	6	13496	13501	50 %	0 %	0 %	50 %	482907157
17	NC_021155	GT	3	6	13701	13706	0 %	50 %	50 %	0 %	482907157
18	NC_021155	GC	3	6	14773	14778	0 %	0 %	50 %	50 %	482907159
19	NC_021155	TG	3	6	15142	15147	0 %	50 %	50 %	0 %	482907160
20	NC_021155	CG	3	6	15150	15155	0 %	0 %	50 %	50 %	482907160
21	NC_021155	TC	3	6	15377	15382	0 %	50 %	0 %	50 %	482907160
22	NC_021155	CA	3	6	15984	15989	50 %	0 %	0 %	50 %	482907160
23	NC_021155	CG	3	6	16601	16606	0 %	0 %	50 %	50 %	482907161
24	NC_021155	AC	3	6	16864	16869	50 %	0 %	0 %	50 %	482907162
25	NC_021155	TC	3	6	18148	18153	0 %	50 %	0 %	50 %	482907163
26	NC_021155	AT	3	6	18168	18173	50 %	50 %	0 %	0 %	482907163
27	NC_021155	GC	3	6	19896	19901	0 %	0 %	50 %	50 %	482907165
28	NC_021155	CT	3	6	21311	21316	0 %	50 %	0 %	50 %	482907168
29	NC_021155	AG	3	6	23498	23503	50 %	0 %	50 %	0 %	482907171
30	NC_021155	GT	3	6	25999	26004	0 %	50 %	50 %	0 %	482907174
31	NC_021155	GT	3	6	28690	28695	0 %	50 %	50 %	0 %	482907177
32	NC_021155	GC	3	6	29097	29102	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
33	NC_021155	GC	3	6	29368	29373	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
34	NC_021155	GC	3	6	29440	29445	0 %	0 %	50 %	50 %	482907177
35	NC_021155	TG	4	8	30287	30294	0 %	50 %	50 %	0 %	482907179
36	NC_021155	GC	3	6	32430	32435	0 %	0 %	50 %	50 %	482907180
37	NC_021155	TG	3	6	33000	33005	0 %	50 %	50 %	0 %	482907182
38	NC_021155	GA	3	6	35175	35180	50 %	0 %	50 %	0 %	482907184
39	NC_021155	CA	3	6	35489	35494	50 %	0 %	0 %	50 %	482907185
40	NC_021155	AC	3	6	37272	37277	50 %	0 %	0 %	50 %	482907188
41	NC_021155	GA	3	6	38786	38791	50 %	0 %	50 %	0 %	482907191
42	NC_021155	AC	3	6	39020	39025	50 %	0 %	0 %	50 %	482907191
43	NC_021155	GA	3	6	40290	40295	50 %	0 %	50 %	0 %	482907194
44	NC_021155	TC	3	6	41196	41201	0 %	50 %	0 %	50 %	482907195
45	NC_021155	AC	3	6	42165	42170	50 %	0 %	0 %	50 %	482907198
46	NC_021155	GC	3	6	42945	42950	0 %	0 %	50 %	50 %	482907200
47	NC_021155	CG	3	6	43231	43236	0 %	0 %	50 %	50 %	482907201
48	NC_021155	TG	3	6	43422	43427	0 %	50 %	50 %	0 %	482907201
49	NC_021155	TC	3	6	44474	44479	0 %	50 %	0 %	50 %	482907202
50	NC_021155	TG	3	6	47469	47474	0 %	50 %	50 %	0 %	482907203
51	NC_021155	TC	3	6	47782	47787	0 %	50 %	0 %	50 %	482907203
52	NC_021155	CT	3	6	48060	48065	0 %	50 %	0 %	50 %	482907203
53	NC_021155	GC	3	6	48211	48216	0 %	0 %	50 %	50 %	482907203
54	NC_021155	CG	3	6	49241	49246	0 %	0 %	50 %	50 %	482907203
55	NC_021155	TG	3	6	49528	49533	0 %	50 %	50 %	0 %	482907203
56	NC_021155	TG	3	6	51652	51657	0 %	50 %	50 %	0 %	482907206
57	NC_021155	CG	3	6	52093	52098	0 %	0 %	50 %	50 %	482907206
58	NC_021155	CA	3	6	52470	52475	50 %	0 %	0 %	50 %	482907206
59	NC_021155	GC	3	6	55556	55561	0 %	0 %	50 %	50 %	482907209
60	NC_021155	AG	3	6	56055	56060	50 %	0 %	50 %	0 %	482907209
61	NC_021155	GA	3	6	56105	56110	50 %	0 %	50 %	0 %	482907209
62	NC_021155	CA	3	6	56805	56810	50 %	0 %	0 %	50 %	482907209
63	NC_021155	TG	3	6	58539	58544	0 %	50 %	50 %	0 %	482907210
64	NC_021155	GT	3	6	58769	58774	0 %	50 %	50 %	0 %	482907211
65	NC_021155	GA	3	6	59208	59213	50 %	0 %	50 %	0 %	482907211
66	NC_021155	GC	3	6	60753	60758	0 %	0 %	50 %	50 %	482907215
67	NC_021155	TG	3	6	61889	61894	0 %	50 %	50 %	0 %	482907215
68	NC_021155	CT	3	6	62017	62022	0 %	50 %	0 %	50 %	482907215
69	NC_021155	GC	3	6	62121	62126	0 %	0 %	50 %	50 %	482907215
70	NC_021155	AC	3	6	64893	64898	50 %	0 %	0 %	50 %	482907219
71	NC_021155	CG	3	6	65311	65316	0 %	0 %	50 %	50 %	482907220
72	NC_021155	GC	3	6	65603	65608	0 %	0 %	50 %	50 %	482907221
73	NC_021155	CG	3	6	66310	66315	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
74	NC_021155	CG	3	6	67760	67765	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
75	NC_021155	TG	3	6	67961	67966	0 %	50 %	50 %	0 %	482907222
76	NC_021155	GC	3	6	68055	68060	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
77	NC_021155	AC	3	6	68261	68266	50 %	0 %	0 %	50 %	482907222
78	NC_021155	CG	3	6	68277	68282	0 %	0 %	50 %	50 %	482907222
79	NC_021155	AC	3	6	69241	69246	50 %	0 %	0 %	50 %	482907225
80	NC_021155	AC	3	6	69455	69460	50 %	0 %	0 %	50 %	482907226
81	NC_021155	GA	3	6	69917	69922	50 %	0 %	50 %	0 %	482907227
82	NC_021155	GC	3	6	70241	70246	0 %	0 %	50 %	50 %	482907227
83	NC_021155	CG	3	6	71677	71682	0 %	0 %	50 %	50 %	482907230
84	NC_021155	CA	3	6	72694	72699	50 %	0 %	0 %	50 %	482907231
85	NC_021155	CT	3	6	74756	74761	0 %	50 %	0 %	50 %	482907235
86	NC_021155	GA	4	8	75132	75139	50 %	0 %	50 %	0 %	482907236
87	NC_021155	GA	3	6	75863	75868	50 %	0 %	50 %	0 %	482907237
88	NC_021155	TC	3	6	76044	76049	0 %	50 %	0 %	50 %	482907237
89	NC_021155	TA	4	8	76109	76116	50 %	50 %	0 %	0 %	482907237
90	NC_021155	GA	3	6	76627	76632	50 %	0 %	50 %	0 %	482907238
91	NC_021155	TG	3	6	77729	77734	0 %	50 %	50 %	0 %	482907240
92	NC_021155	CG	3	6	78865	78870	0 %	0 %	50 %	50 %	482907244
93	NC_021155	GC	3	6	79053	79058	0 %	0 %	50 %	50 %	482907244
94	NC_021155	GC	3	6	79950	79955	0 %	0 %	50 %	50 %	482907246
95	NC_021155	CA	3	6	80548	80553	50 %	0 %	0 %	50 %	482907246
96	NC_021155	GC	3	6	80718	80723	0 %	0 %	50 %	50 %	482907246
97	NC_021155	CG	3	6	81410	81415	0 %	0 %	50 %	50 %	482907246
98	NC_021155	CT	3	6	81678	81683	0 %	50 %	0 %	50 %	482907246
99	NC_021155	GT	3	6	82589	82594	0 %	50 %	50 %	0 %	482907248
100	NC_021155	CA	3	6	83472	83477	50 %	0 %	0 %	50 %	482907249
101	NC_021155	CT	3	6	83642	83647	0 %	50 %	0 %	50 %	482907250
102	NC_021155	GC	3	6	84310	84315	0 %	0 %	50 %	50 %	482907251
103	NC_021155	CA	3	6	85449	85454	50 %	0 %	0 %	50 %	482907253
104	NC_021155	GC	3	6	86914	86919	0 %	0 %	50 %	50 %	482907256
105	NC_021155	GC	3	6	87036	87041	0 %	0 %	50 %	50 %	482907257
106	NC_021155	AT	3	6	87102	87107	50 %	50 %	0 %	0 %	482907257
107	NC_021155	GT	4	8	87180	87187	0 %	50 %	50 %	0 %	482907257
108	NC_021155	GC	3	6	87609	87614	0 %	0 %	50 %	50 %	482907257
109	NC_021155	TA	3	6	89347	89352	50 %	50 %	0 %	0 %	482907260
110	NC_021155	CG	3	6	89914	89919	0 %	0 %	50 %	50 %	482907262
111	NC_021155	GC	3	6	90243	90248	0 %	0 %	50 %	50 %	482907262
112	NC_021155	CG	3	6	90425	90430	0 %	0 %	50 %	50 %	482907262
113	NC_021155	GA	3	6	90470	90475	50 %	0 %	50 %	0 %	482907262
114	NC_021155	TC	3	6	91172	91177	0 %	50 %	0 %	50 %	482907263
115	NC_021155	GC	3	6	91271	91276	0 %	0 %	50 %	50 %	482907263
116	NC_021155	GT	3	6	92426	92431	0 %	50 %	50 %	0 %	482907264
117	NC_021155	CA	3	6	92676	92681	50 %	0 %	0 %	50 %	482907264
118	NC_021155	TA	3	6	93195	93200	50 %	50 %	0 %	0 %	482907264
119	NC_021155	AT	3	6	93978	93983	50 %	50 %	0 %	0 %	482907265
120	NC_021155	TA	3	6	94396	94401	50 %	50 %	0 %	0 %	482907265
121	NC_021155	GA	3	6	94878	94883	50 %	0 %	50 %	0 %	482907266
122	NC_021155	GA	3	6	95205	95210	50 %	0 %	50 %	0 %	482907266
123	NC_021155	AG	3	6	95724	95729	50 %	0 %	50 %	0 %	482907267
124	NC_021155	GC	3	6	96018	96023	0 %	0 %	50 %	50 %	482907269
125	NC_021155	TG	3	6	96525	96530	0 %	50 %	50 %	0 %	482907270
126	NC_021155	GC	4	8	96657	96664	0 %	0 %	50 %	50 %	482907270
127	NC_021155	AC	3	6	99331	99336	50 %	0 %	0 %	50 %	482907272
128	NC_021155	TC	3	6	100298	100303	0 %	50 %	0 %	50 %	482907273
129	NC_021155	CG	3	6	100416	100421	0 %	0 %	50 %	50 %	482907273
130	NC_021155	AG	3	6	101293	101298	50 %	0 %	50 %	0 %	482907275
131	NC_021155	GA	3	6	101981	101986	50 %	0 %	50 %	0 %	482907275
132	NC_021155	AT	3	6	102190	102195	50 %	50 %	0 %	0 %	482907276
133	NC_021155	GC	3	6	104318	104323	0 %	0 %	50 %	50 %	482907279
134	NC_021155	GA	4	8	104907	104914	50 %	0 %	50 %	0 %	482907280
135	NC_021155	CT	3	6	105776	105781	0 %	50 %	0 %	50 %	482907281
136	NC_021155	TG	3	6	105879	105884	0 %	50 %	50 %	0 %	482907281
137	NC_021155	TC	3	6	106103	106108	0 %	50 %	0 %	50 %	482907282
138	NC_021155	AC	3	6	106628	106633	50 %	0 %	0 %	50 %	482907282
139	NC_021155	TG	3	6	109130	109135	0 %	50 %	50 %	0 %	482907284
140	NC_021155	CG	3	6	110130	110135	0 %	0 %	50 %	50 %	482907285
141	NC_021155	GC	3	6	110242	110247	0 %	0 %	50 %	50 %	482907285
142	NC_021155	GC	3	6	111359	111364	0 %	0 %	50 %	50 %	482907288
143	NC_021155	GC	3	6	111514	111519	0 %	0 %	50 %	50 %	482907288
144	NC_021155	GC	3	6	113102	113107	0 %	0 %	50 %	50 %	482907289
145	NC_021155	GC	3	6	114373	114378	0 %	0 %	50 %	50 %	482907289
146	NC_021155	TG	3	6	115573	115578	0 %	50 %	50 %	0 %	482907291
147	NC_021155	CG	3	6	116668	116673	0 %	0 %	50 %	50 %	482907292
148	NC_021155	AT	3	6	117057	117062	50 %	50 %	0 %	0 %	482907292
149	NC_021155	GA	3	6	117924	117929	50 %	0 %	50 %	0 %	482907294
150	NC_021155	CT	3	6	118802	118807	0 %	50 %	0 %	50 %	482907295
151	NC_021155	GT	3	6	119419	119424	0 %	50 %	50 %	0 %	482907295
152	NC_021155	AT	4	8	120175	120182	50 %	50 %	0 %	0 %	482907297
153	NC_021155	CG	3	6	120596	120601	0 %	0 %	50 %	50 %	482907298
154	NC_021155	TG	3	6	122930	122935	0 %	50 %	50 %	0 %	482907302
155	NC_021155	GC	3	6	123477	123482	0 %	0 %	50 %	50 %	482907303
156	NC_021155	GC	3	6	124199	124204	0 %	0 %	50 %	50 %	482907304
157	NC_021155	GC	3	6	125038	125043	0 %	0 %	50 %	50 %	482907305
158	NC_021155	TC	3	6	126104	126109	0 %	50 %	0 %	50 %	482907307
159	NC_021155	TG	3	6	126130	126135	0 %	50 %	50 %	0 %	482907307
160	NC_021155	CG	3	6	126155	126160	0 %	0 %	50 %	50 %	482907307
161	NC_021155	GC	3	6	126213	126218	0 %	0 %	50 %	50 %	482907307
162	NC_021155	GC	3	6	127303	127308	0 %	0 %	50 %	50 %	482907309
163	NC_021155	AT	3	6	127889	127894	50 %	50 %	0 %	0 %	482907310
164	NC_021155	AT	3	6	128906	128911	50 %	50 %	0 %	0 %	482907312
165	NC_021155	TC	3	6	129048	129053	0 %	50 %	0 %	50 %	482907312
166	NC_021155	TA	3	6	129686	129691	50 %	50 %	0 %	0 %	482907313
167	NC_021155	TA	3	6	130867	130872	50 %	50 %	0 %	0 %	482907314
168	NC_021155	GC	3	6	132587	132592	0 %	0 %	50 %	50 %	482907315
169	NC_021155	GA	3	6	132706	132711	50 %	0 %	50 %	0 %	482907315
170	NC_021155	CA	3	6	135494	135499	50 %	0 %	0 %	50 %	482907320
171	NC_021155	CA	3	6	136215	136220	50 %	0 %	0 %	50 %	482907321
172	NC_021155	AG	3	6	136614	136619	50 %	0 %	50 %	0 %	482907321
173	NC_021155	TC	3	6	137400	137405	0 %	50 %	0 %	50 %	482907322
174	NC_021155	TG	3	6	137838	137843	0 %	50 %	50 %	0 %	482907322
175	NC_021155	GT	3	6	138929	138934	0 %	50 %	50 %	0 %	482907323
176	NC_021155	TC	3	6	139148	139153	0 %	50 %	0 %	50 %	482907323
177	NC_021155	TG	3	6	141191	141196	0 %	50 %	50 %	0 %	482907324
178	NC_021155	TG	3	6	141634	141639	0 %	50 %	50 %	0 %	482907324
179	NC_021155	GA	3	6	143418	143423	50 %	0 %	50 %	0 %	482907325
180	NC_021155	GA	3	6	143929	143934	50 %	0 %	50 %	0 %	482907326
181	NC_021155	GC	3	6	144848	144853	0 %	0 %	50 %	50 %	482907327
182	NC_021155	GA	3	6	147567	147572	50 %	0 %	50 %	0 %	482907330
183	NC_021155	CA	3	6	147881	147886	50 %	0 %	0 %	50 %	482907331
184	NC_021155	TG	3	6	148526	148531	0 %	50 %	50 %	0 %	482907332

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.