MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Meiothermus ruber DSM 1279 genome

Total Repeats: 88

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021081	TAGCAT	2	12	142290	142301	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_021081	GTGGCC	2	12	199969	199980	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_021081	AAGCGG	2	12	212559	212570	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021081	CTATAG	2	12	246762	246773	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021081	GCGGCT	2	12	272646	272657	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_021081	TACGAC	2	12	295514	295525	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
7	NC_021081	GGCTCG	2	12	308545	308556	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
8	NC_021081	CTGGGG	2	12	308559	308570	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_021081	GAGCTG	2	12	308579	308590	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
10	NC_021081	TGGGGT	2	12	308629	308640	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
11	NC_021081	GGATTG	2	12	352237	352248	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021081	CCGGAA	2	12	394644	394655	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
13	NC_021081	CGCCTC	2	12	470086	470097	0 %	16.67 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
14	NC_021081	TTTTCC	2	12	474410	474421	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_021081	AGGCCC	2	12	477604	477615	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
16	NC_021081	CTTCAC	2	12	489203	489214	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
17	NC_021081	AAAAAC	2	12	492069	492080	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021081	CCAGAA	2	12	510699	510710	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
19	NC_021081	TAAAAA	2	12	510851	510862	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021081	TTTCTG	2	12	521129	521140	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021081	AAAAAG	2	12	523727	523738	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_021081	TGGGCC	2	12	614628	614639	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021081	GCAGGC	2	12	679879	679890	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
24	NC_021081	GTTGGC	2	12	720024	720035	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021081	GTTTGG	2	12	722047	722058	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021081	GGAGGC	2	12	735857	735868	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
27	NC_021081	GGGCTG	2	12	743705	743716	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_021081	AGATTT	2	12	743756	743767	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021081	CTACCG	2	12	824179	824190	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
30	NC_021081	TGCAAA	2	12	894636	894647	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021081	CATTAT	2	12	894973	894984	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
32	NC_021081	GCCTCG	2	12	932514	932525	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
33	NC_021081	GCAACC	2	12	1026561	1026572	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
34	NC_021081	GTGGCA	2	12	1147089	1147100	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
35	NC_021081	TGGAGG	2	12	1182609	1182620	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021081	CAAGAA	2	12	1183576	1183587	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021081	CGGGCA	2	12	1192190	1192201	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021081	TCAGGG	2	12	1226485	1226496	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021081	ACCCGA	2	12	1337110	1337121	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
40	NC_021081	TTTTGC	2	12	1348617	1348628	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021081	CTGGCC	2	12	1391842	1391853	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021081	GCGGCT	2	12	1436297	1436308	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_021081	CACCCC	2	12	1444532	1444543	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
44	NC_021081	GCCACA	2	12	1501414	1501425	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
45	NC_021081	TCCCTC	2	12	1563111	1563122	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
46	NC_021081	ATGCGG	2	12	1609615	1609626	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021081	CAGGCC	2	12	1653309	1653320	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
48	NC_021081	CTGGAT	2	12	1656035	1656046	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_021081	CGCTGG	2	12	1684831	1684842	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_021081	ACCCCC	2	12	1687747	1687758	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
51	NC_021081	GCGGTA	2	12	1691549	1691560	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
52	NC_021081	CCCCCA	2	12	1706066	1706077	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding
53	NC_021081	CACCAG	2	12	1737039	1737050	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
54	NC_021081	GGGGTG	2	12	1784242	1784253	0 %	16.67 %	83.33 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021081	AAACTG	2	12	1787496	1787507	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_021081	GATGTG	2	12	1867976	1867987	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021081	AGCCCC	2	12	1896935	1896946	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_021081	AGAGCC	2	12	1906850	1906861	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021081	CCGTTT	2	12	1971787	1971798	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021081	GGGGCT	2	12	2028949	2028960	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	Non-Coding
61	NC_021081	CCCAAC	2	12	2073965	2073976	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
62	NC_021081	GTGCAG	2	12	2092041	2092052	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
63	NC_021081	ATCTGA	2	12	2121469	2121480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
64	NC_021081	CAGCGC	2	12	2163377	2163388	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
65	NC_021081	GCCCGC	2	12	2224817	2224828	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_021081	GTCCCG	2	12	2224854	2224865	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
67	NC_021081	ATGTTC	2	12	2225078	2225089	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021081	CCAGGC	2	12	2225473	2225484	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
69	NC_021081	AACAGC	2	12	2242670	2242681	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
70	NC_021081	GAATCC	2	12	2249307	2249318	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_021081	CTACAA	2	12	2416758	2416769	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
72	NC_021081	CCTGGC	2	12	2443080	2443091	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021081	CCTGGG	2	12	2443224	2443235	0 %	16.67 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_021081	CCGAGG	2	12	2443280	2443291	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021081	GCCCAC	2	12	2443834	2443845	16.67 %	0 %	16.67 %	66.67 %	Non-Coding
76	NC_021081	CCGCTT	2	12	2482895	2482906	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
77	NC_021081	AAAGTA	2	12	2492079	2492090	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021081	CGAAAC	2	12	2519032	2519043	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021081	AAGCGG	2	12	2601339	2601350	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_021081	GCATCT	2	12	2686261	2686272	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
81	NC_021081	CCTGGC	2	12	2689684	2689695	0 %	16.67 %	33.33 %	50 %	Non-Coding
82	NC_021081	AGGCCG	2	12	2736661	2736672	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_021081	TTCCAT	2	12	2883726	2883737	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
84	NC_021081	AACCCC	2	12	2918035	2918046	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
85	NC_021081	CATTAT	2	12	3056744	3056755	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021081	GGCCAG	2	12	3095476	3095487	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
87	NC_021081	CAGGGC	2	12	3096191	3096202	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	Non-Coding
88	NC_021081	CCCACC	2	12	3096225	3096236	16.67 %	0 %	0 %	83.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.