MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(f)

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021052	TATCCA	2	12	1306	1317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482546030
2	NC_021052	TATTGA	2	12	17200	17211	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482546039
3	NC_021052	TGTGAT	2	12	25499	25510	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546047
4	NC_021052	GGGAAG	2	12	38456	38467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482546061
5	NC_021052	GGAAGA	2	12	42114	42125	50 %	0 %	50 %	0 %	482546063
6	NC_021052	ATGCAA	2	12	44426	44437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546067
7	NC_021052	GAGAAA	2	12	44655	44666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482546067
8	NC_021052	TATATT	2	12	50095	50106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482546072
9	NC_021052	TTTCCA	2	12	56918	56929	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482546078
10	NC_021052	ATGAAG	2	12	63531	63542	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	482546081
11	NC_021052	ATTAGG	2	12	69315	69326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546087
12	NC_021052	CCCTGA	2	12	72311	72322	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482546090
13	NC_021052	AGAATT	2	12	75244	75255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482546093
14	NC_021052	AAGCTC	2	12	75483	75494	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482546093
15	NC_021052	TTTCTT	2	12	78346	78357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546095
16	NC_021052	AGAAAT	2	12	81536	81547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	482546098
17	NC_021052	GAAATT	2	12	83150	83161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482546100
18	NC_021052	TAGCCT	2	12	86779	86790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482546101
19	NC_021052	CACCTA	2	12	101341	101352	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482546112
20	NC_021052	AAGAGG	2	12	107221	107232	50 %	0 %	50 %	0 %	482546116
21	NC_021052	GAAAGG	2	12	112098	112109	50 %	0 %	50 %	0 %	482546122
22	NC_021052	AGCTTC	2	12	113552	113563	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482546123
23	NC_021052	ATCACA	2	12	117656	117667	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	482546129
24	NC_021052	GATCCG	2	12	122265	122276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482546133
25	NC_021052	TTATGC	2	12	129203	129214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546139
26	NC_021052	ATGGGG	2	12	132237	132248	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	482546142
27	NC_021052	AAAGAA	2	12	132716	132727	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482546142
28	NC_021052	GGCTAG	2	12	133099	133110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482546142
29	NC_021052	GAGAAA	2	12	133146	133157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482546142
30	NC_021052	CTTTTT	2	12	141046	141057	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546145
31	NC_021052	GACCTG	2	12	146008	146019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482546149
32	NC_021052	GAAGAG	2	12	166473	166484	50 %	0 %	50 %	0 %	482546161
33	NC_021052	TTTTCT	2	12	168863	168874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546162
34	NC_021052	CTGTTC	2	12	169176	169187	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482546162
35	NC_021052	GTTTTT	2	12	169830	169841	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	482546163
36	NC_021052	GTGTAT	2	12	170742	170753	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546164
37	NC_021052	TATTGG	2	12	174821	174832	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546168
38	NC_021052	CCAACG	2	12	177149	177160	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	482546168
39	NC_021052	TCCAGA	2	12	179787	179798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482546172
40	NC_021052	TTTTGG	2	12	184984	184995	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482546176
41	NC_021052	CAATTT	2	12	185651	185662	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482546178
42	NC_021052	ATCGCC	2	12	185922	185933	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482546178
43	NC_021052	GACATA	2	12	198402	198413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546189
44	NC_021052	GACGGC	2	12	200901	200912	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	482546192
45	NC_021052	CTTCTC	2	12	201810	201821	0 %	50 %	0 %	50 %	482546194
46	NC_021052	GAGCAA	2	12	204413	204424	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482546198
47	NC_021052	ATAGGG	2	12	225163	225174	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482546215
48	NC_021052	CGGAGG	2	12	225485	225496	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	482546216
49	NC_021052	GGATTA	2	12	235353	235364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546225
50	NC_021052	GAAAAA	2	12	235899	235910	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482546225
51	NC_021052	TTAAAA	2	12	239787	239798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482546229
52	NC_021052	GCTATT	2	12	247408	247419	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546237
53	NC_021052	CAAATG	2	12	249942	249953	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546238
54	NC_021052	GGCTGG	2	12	261052	261063	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	482546247
55	NC_021052	ACAGGA	2	12	261164	261175	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482546247
56	NC_021052	TTAAGC	2	12	262213	262224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546248
57	NC_021052	CCAGAA	2	12	265814	265825	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	482546252
58	NC_021052	CAGGGA	2	12	271185	271196	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	482546256
59	NC_021052	CTCCAT	2	12	273710	273721	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482546257
60	NC_021052	TCAGTA	2	12	274898	274909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546258
61	NC_021052	CAGAAT	2	12	276171	276182	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546261
62	NC_021052	TACTAG	2	12	276684	276695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546261
63	NC_021052	AGAATA	2	12	283663	283674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	482546270
64	NC_021052	AATTAA	2	12	286409	286420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482546274
65	NC_021052	GCAATA	2	12	287355	287366	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546274
66	NC_021052	CTTTAT	2	12	290743	290754	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	482546276
67	NC_021052	AGCTGG	2	12	291171	291182	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482546276
68	NC_021052	TTGTAA	2	12	294040	294051	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482546279
69	NC_021052	CGTTGA	2	12	303349	303360	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482546287
70	NC_021052	TTTCTT	2	12	308918	308929	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546290
71	NC_021052	TTTGCG	2	12	311138	311149	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482546290
72	NC_021052	GCGGAG	2	12	315336	315347	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	482546292
73	NC_021052	ACCATC	2	12	315967	315978	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482546292
74	NC_021052	GAAGGA	2	12	323005	323016	50 %	0 %	50 %	0 %	482546296
75	NC_021052	AAAGCT	2	12	327186	327197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546300
76	NC_021052	TAGCAA	2	12	333076	333087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546307
77	NC_021052	AAAGCT	2	12	333207	333218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546307
78	NC_021052	TAGTGA	2	12	334353	334364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546308
79	NC_021052	ATATAC	2	12	338220	338231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482546311
80	NC_021052	GTTCCT	2	12	341638	341649	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482546314
81	NC_021052	CTTTTT	2	12	343792	343803	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546317
82	NC_021052	GTGAGG	2	12	347721	347732	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	482546318
83	NC_021052	GGATTT	2	12	358198	358209	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546330
84	NC_021052	AATTAG	2	12	359618	359629	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482546331
85	NC_021052	TTCCTG	2	12	359917	359928	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482546331
86	NC_021052	TTTTGA	2	12	367154	367165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	482546338
87	NC_021052	TGAACG	2	12	374566	374577	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482546346
88	NC_021052	GTGATT	2	12	374585	374596	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546346
89	NC_021052	GGTTCA	2	12	377355	377366	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482546348
90	NC_021052	GAAAAG	2	12	378611	378622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482546349
91	NC_021052	AGTTGT	2	12	379807	379818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546350
92	NC_021052	AGTTGT	2	12	379951	379962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546350
93	NC_021052	CTTGTT	2	12	380864	380875	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482546350
94	NC_021052	TCCTAA	2	12	381675	381686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482546351
95	NC_021052	GTTCTT	2	12	385589	385600	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482546354
96	NC_021052	CTATTT	2	12	393899	393910	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	482546361
97	NC_021052	ACTCTT	2	12	395028	395039	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482546362
98	NC_021052	TTTCTG	2	12	395578	395589	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482546363
99	NC_021052	GATCAT	2	12	395708	395719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546363
100	NC_021052	TAGTAC	2	12	398702	398713	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546364
101	NC_021052	GGTTTA	2	12	402355	402366	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546368
102	NC_021052	GTCTGT	2	12	405399	405410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482546371
103	NC_021052	TTCTGA	2	12	411013	411024	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546375
104	NC_021052	AAAAGA	2	12	416077	416088	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482546381
105	NC_021052	AGCTGT	2	12	418170	418181	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482546382
106	NC_021052	TCTTTT	2	12	418835	418846	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546384
107	NC_021052	GGGGCT	2	12	419783	419794	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	482546384
108	NC_021052	TTTGAG	2	12	421982	421993	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546386
109	NC_021052	TCAGAA	2	12	428623	428634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546391
110	NC_021052	CATAAC	2	12	431667	431678	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	482546394
111	NC_021052	TGTTCT	2	12	434434	434445	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482546396
112	NC_021052	ACTTCG	2	12	437727	437738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482546398
113	NC_021052	TTGCCA	2	12	441268	441279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482546403
114	NC_021052	TTGGTA	2	12	442882	442893	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546405
115	NC_021052	AGGATC	2	12	443261	443272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482546405
116	NC_021052	AAGGGT	2	12	445068	445079	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482546406
117	NC_021052	GGGTTT	2	12	446031	446042	0 %	50 %	50 %	0 %	482546407
118	NC_021052	TTGCAT	2	12	446313	446324	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546407
119	NC_021052	AAGAGA	2	12	446682	446693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482546407
120	NC_021052	TTAAAA	2	12	455617	455628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482546414
121	NC_021052	AGGTTG	2	12	456859	456870	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	482546415
122	NC_021052	GAGTTA	2	12	461908	461919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546424
123	NC_021052	TGGAAA	2	12	464461	464472	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	482546428
124	NC_021052	TGGAAT	2	12	465336	465347	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546429
125	NC_021052	ATGGTT	2	12	465580	465591	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482546429
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133	NC_021052	TCCTTG	2	12	480597	480608	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482546443
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140	NC_021052	TCTGGA	2	12	517653	517664	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482546478
141	NC_021052	CTGGAT	2	12	533244	533255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482546491
142	NC_021052	GAAATA	2	12	533567	533578	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	482546491
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146	NC_021052	ATTGCT	2	12	544891	544902	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546502
147	NC_021052	TCCTAG	2	12	545181	545192	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482546502
148	NC_021052	GCAACG	2	12	545669	545680	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482546503
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151	NC_021052	TCTCCT	2	12	558014	558025	0 %	50 %	0 %	50 %	482546511
152	NC_021052	CCTGCA	2	12	573989	574000	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482546531
153	NC_021052	ACCTTT	2	12	579184	579195	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482546536
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155	NC_021052	AAGTGT	2	12	587756	587767	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546543
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209	NC_021052	ATCGGC	2	12	785259	785270	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482546720
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215	NC_021052	TTCTTT	2	12	810689	810700	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482546736
216	NC_021052	CTGAAG	2	12	813748	813759	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482546738
217	NC_021052	TGAGTA	2	12	814202	814213	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546738
218	NC_021052	AAACTG	2	12	817649	817660	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482546742
219	NC_021052	GGTAAT	2	12	825987	825998	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482546751
220	NC_021052	AGTTTT	2	12	826995	827006	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	482546753
221	NC_021052	GGTTGT	2	12	829123	829134	0 %	50 %	50 %	0 %	482546755
222	NC_021052	GCTGTT	2	12	831481	831492	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482546757
223	NC_021052	CTCTAT	2	12	834974	834985	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482546761
224	NC_021052	TGAACT	2	12	835481	835492	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546761
225	NC_021052	TAATTC	2	12	836803	836814	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482546762
226	NC_021052	ACTCCT	2	12	837072	837083	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482546762
227	NC_021052	GATGAA	2	12	837592	837603	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	482546762
228	NC_021052	CAAAGC	2	12	841952	841963	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	482546764
229	NC_021052	CAGGAA	2	12	844931	844942	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482546769
230	NC_021052	ACTGTA	2	12	849716	849727	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546773
231	NC_021052	AGCCAC	2	12	849751	849762	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	482546773
232	NC_021052	ATGTCA	2	12	851442	851453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546773
233	NC_021052	CAAATC	2	12	853542	853553	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	482546775
234	NC_021052	AGGGAA	2	12	857983	857994	50 %	0 %	50 %	0 %	482546780
235	NC_021052	CTTCCT	2	12	860489	860500	0 %	50 %	0 %	50 %	482546784
236	NC_021052	ACAAGA	2	12	861992	862003	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	482546785
237	NC_021052	TAATTG	2	12	864037	864048	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482546788
238	NC_021052	ATTACA	2	12	869096	869107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482546792
239	NC_021052	CGGAAA	2	12	874582	874593	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482546797
240	NC_021052	ATATAG	2	12	875053	875064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482546797
241	NC_021052	GCATAG	2	12	878085	878096	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482546801
242	NC_021052	TTTCAA	2	12	879257	879268	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482546804
243	NC_021052	CAAAAA	2	12	879636	879647	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	482546804
244	NC_021052	AGATCC	2	12	882467	882478	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482546807
245	NC_021052	TTTTGC	2	12	891754	891765	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482546815
246	NC_021052	TCATAT	2	12	895852	895863	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482546819
247	NC_021052	TGGAGA	2	12	897120	897131	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482546819
248	NC_021052	CTCCAT	2	12	897643	897654	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482546820
249	NC_021052	TTCAAA	2	12	903989	904000	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482546828
250	NC_021052	TTTGTT	2	12	904771	904782	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	482546830
251	NC_021052	CTGATA	2	12	919127	919138	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546855
252	NC_021052	CTGCTC	2	12	919175	919186	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	482546855
253	NC_021052	AGTCCA	2	12	921086	921097	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482546856
254	NC_021052	CAAAGA	2	12	924868	924879	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	482546862
255	NC_021052	CCAAAA	2	12	928387	928398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482546866
256	NC_021052	CGATAT	3	18	932487	932504	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546868
257	NC_021052	ACTGTA	2	12	937741	937752	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482546872
258	NC_021052	CACTCT	2	12	938057	938068	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482546872
259	NC_021052	GAAAAA	2	12	946028	946039	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482546878
260	NC_021052	AACCTC	2	12	949907	949918	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482546881
261	NC_021052	CTCGAG	2	12	956028	956039	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482546890
262	NC_021052	CTCTTT	2	12	956913	956924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482546891
263	NC_021052	ATATCC	2	12	956930	956941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482546891
264	NC_021052	TAAACA	2	12	957041	957052	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	482546891
265	NC_021052	ATAAAC	2	12	960752	960763	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	482546896
266	NC_021052	ATCTTG	2	12	961445	961456	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546896
267	NC_021052	TTAAAT	2	12	964217	964228	50 %	50 %	0 %	0 %	482546898
268	NC_021052	GCTTCT	2	12	968591	968602	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482546902
269	NC_021052	TAGGAG	2	12	969558	969569	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482546902
270	NC_021052	CACAGG	2	12	971551	971562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482546904
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272	NC_021052	CATATT	2	12	999559	999570	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482546927
273	NC_021052	AGCTGG	3	18	1005731	1005748	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482546936
274	NC_021052	GCATCA	2	12	1007573	1007584	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482546937
275	NC_021052	ATCAAT	2	12	1011898	1011909	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482546941
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280	NC_021052	TCTTGA	2	12	1029964	1029975	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546953

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.