MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(i)

Total Repeats: 280

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021050	TATCCA	2	12	1306	1317	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545088
2	NC_021050	TATTGA	2	12	17200	17211	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482545097
3	NC_021050	TGTGAT	2	12	25499	25510	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545105
4	NC_021050	GGGAAG	2	12	38456	38467	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	482545119
5	NC_021050	GGAAGA	2	12	42114	42125	50 %	0 %	50 %	0 %	482545121
6	NC_021050	ATGCAA	2	12	44426	44437	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545125
7	NC_021050	GAGAAA	2	12	44655	44666	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545125
8	NC_021050	TATATT	2	12	50095	50106	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	482545130
9	NC_021050	TTTCCA	2	12	56918	56929	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482545136
10	NC_021050	ATGAAG	2	12	63531	63542	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	482545139
11	NC_021050	ATTAGG	2	12	69315	69326	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545145
12	NC_021050	CCCTGA	2	12	72311	72322	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482545148
13	NC_021050	AGAATT	2	12	75244	75255	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482545151
14	NC_021050	AAGCTC	2	12	75483	75494	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482545151
15	NC_021050	TTTCTT	2	12	78346	78357	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482545153
16	NC_021050	AGAAAT	2	12	81536	81547	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	482545156
17	NC_021050	GAAATT	2	12	83150	83161	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482545158
18	NC_021050	TAGCCT	2	12	86779	86790	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482545159
19	NC_021050	CACCTA	2	12	101341	101352	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482545170
20	NC_021050	AAGAGG	2	12	107221	107232	50 %	0 %	50 %	0 %	482545174
21	NC_021050	GAAAGG	2	12	112098	112109	50 %	0 %	50 %	0 %	482545180
22	NC_021050	AGCTTC	2	12	113552	113563	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482545181
23	NC_021050	ATCACA	2	12	117656	117667	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	482545187
24	NC_021050	GATCCG	2	12	122265	122276	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482545191
25	NC_021050	TTATGC	2	12	129203	129214	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482545197
26	NC_021050	ATGGGG	2	12	132237	132248	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	482545200
27	NC_021050	AAAGAA	2	12	132716	132727	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482545200
28	NC_021050	GGCTAG	2	12	133099	133110	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482545200
29	NC_021050	GAGAAA	2	12	133146	133157	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545200
30	NC_021050	CTTTTT	2	12	141046	141057	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482545203
31	NC_021050	GACCTG	2	12	146008	146019	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482545207
32	NC_021050	GAAGAG	2	12	166473	166484	50 %	0 %	50 %	0 %	482545219
33	NC_021050	TTTTCT	2	12	168863	168874	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482545220
34	NC_021050	CTGTTC	2	12	169176	169187	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482545220
35	NC_021050	GTTTTT	2	12	169830	169841	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	482545221
36	NC_021050	GTGTAT	2	12	170742	170753	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545222
37	NC_021050	TATTGG	2	12	174821	174832	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545226
38	NC_021050	CCAACG	2	12	177149	177160	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	482545226
39	NC_021050	TCCAGA	2	12	179787	179798	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482545230
40	NC_021050	TTTTGG	2	12	184984	184995	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	482545234
41	NC_021050	CAATTT	2	12	185651	185662	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482545236
42	NC_021050	ATCGCC	2	12	185922	185933	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	482545236
43	NC_021050	GACATA	2	12	198402	198413	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545247
44	NC_021050	GACGGC	2	12	200901	200912	16.67 %	0 %	50 %	33.33 %	482545250
45	NC_021050	CTTCTC	2	12	201810	201821	0 %	50 %	0 %	50 %	482545252
46	NC_021050	GAGCAA	2	12	204413	204424	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482545256
47	NC_021050	ATAGGG	2	12	225163	225174	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482545273
48	NC_021050	CGGAGG	2	12	225485	225496	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	482545274
49	NC_021050	GGATTA	2	12	235353	235364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545283
50	NC_021050	GAAAAA	2	12	235899	235910	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482545283
51	NC_021050	TTAAAA	2	12	239787	239798	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545287
52	NC_021050	GCTATT	2	12	247408	247419	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482545295
53	NC_021050	CAAATG	2	12	249942	249953	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545296
54	NC_021050	GGCTGG	2	12	261052	261063	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	482545305
55	NC_021050	ACAGGA	2	12	261164	261175	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482545305
56	NC_021050	TTAAGC	2	12	262213	262224	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545306
57	NC_021050	CCAGAA	2	12	265814	265825	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	482545310
58	NC_021050	CAGGGA	2	12	271185	271196	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	482545314
59	NC_021050	CTCCAT	2	12	273710	273721	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482545315
60	NC_021050	TCAGTA	2	12	274898	274909	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545316
61	NC_021050	CAGAAT	2	12	276171	276182	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545319
62	NC_021050	TACTAG	2	12	276684	276695	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545319
63	NC_021050	AGAATA	2	12	283663	283674	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	482545328
64	NC_021050	AATTAA	2	12	286409	286420	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545332
65	NC_021050	GCAATA	2	12	287355	287366	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545332
66	NC_021050	CTTTAT	2	12	290743	290754	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	482545334
67	NC_021050	AGCTGG	2	12	291171	291182	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	482545334
68	NC_021050	TTGTAA	2	12	294040	294051	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482545337
69	NC_021050	CGTTGA	2	12	303349	303360	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482545345
70	NC_021050	TTTCTT	2	12	308918	308929	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482545348
71	NC_021050	TTTGCG	2	12	311138	311149	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482545348
72	NC_021050	GCGGAG	2	12	315336	315347	16.67 %	0 %	66.67 %	16.67 %	482545350
73	NC_021050	ACCATC	2	12	315967	315978	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482545350
74	NC_021050	GAAGGA	2	12	323005	323016	50 %	0 %	50 %	0 %	482545354
75	NC_021050	AAAGCT	2	12	327186	327197	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545358
76	NC_021050	TAGCAA	2	12	333076	333087	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545365
77	NC_021050	AAAGCT	2	12	333207	333218	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545365
78	NC_021050	TAGTGA	2	12	334353	334364	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545366
79	NC_021050	ATATAC	2	12	338220	338231	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482545369
80	NC_021050	GTTCCT	2	12	341638	341649	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482545372
81	NC_021050	CTTTTT	2	12	343792	343803	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482545375
82	NC_021050	GTGAGG	2	12	347721	347732	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	482545376
83	NC_021050	GGATTT	2	12	358198	358209	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545388
84	NC_021050	AATTAG	2	12	359618	359629	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482545389
85	NC_021050	TTCCTG	2	12	359917	359928	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482545389
86	NC_021050	TTTTGA	2	12	367154	367165	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	482545396
87	NC_021050	TGAACG	2	12	374566	374577	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482545404
88	NC_021050	GTGATT	2	12	374585	374596	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545404
89	NC_021050	GGTTCA	2	12	377355	377366	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482545406
90	NC_021050	GAAAAG	2	12	378611	378622	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545407
91	NC_021050	AGTTGT	2	12	379807	379818	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545408
92	NC_021050	AGTTGT	2	12	379951	379962	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545408
93	NC_021050	CTTGTT	2	12	380864	380875	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482545408
94	NC_021050	TCCTAA	2	12	381675	381686	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545409
95	NC_021050	GTTCTT	2	12	385589	385600	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482545412
96	NC_021050	CTATTT	2	12	393899	393910	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	482545419
97	NC_021050	ACTCTT	2	12	395028	395039	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482545420
98	NC_021050	TTTCTG	2	12	395578	395589	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482545421
99	NC_021050	GATCAT	2	12	395708	395719	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545421
100	NC_021050	TAGTAC	2	12	398702	398713	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545422
101	NC_021050	GGTTTA	2	12	402355	402366	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545426
102	NC_021050	GTCTGT	2	12	405399	405410	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482545429
103	NC_021050	TTCTGA	2	12	411013	411024	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482545433
104	NC_021050	AAAAGA	2	12	416077	416088	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482545439
105	NC_021050	AGCTGT	2	12	418170	418181	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482545440
106	NC_021050	TCTTTT	2	12	418835	418846	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	482545442
107	NC_021050	GGGGCT	2	12	419783	419794	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	482545442
108	NC_021050	TTTGAG	2	12	421982	421993	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545444
109	NC_021050	TCAGAA	2	12	428623	428634	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	482545449
110	NC_021050	CATAAC	2	12	431667	431678	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	482545452
111	NC_021050	TGTTCT	2	12	434434	434445	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482545454
112	NC_021050	ACTTCG	2	12	437727	437738	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482545456
113	NC_021050	TTGCCA	2	12	441268	441279	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	482545461
114	NC_021050	TTGGTA	2	12	442882	442893	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	482545463
115	NC_021050	AGGATC	2	12	443261	443272	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482545463
116	NC_021050	AAGGGT	2	12	445068	445079	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482545464
117	NC_021050	GGGTTT	2	12	446031	446042	0 %	50 %	50 %	0 %	482545465
118	NC_021050	TTGCAT	2	12	446313	446324	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482545465
119	NC_021050	AAGAGA	2	12	446682	446693	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	482545465
120	NC_021050	TTAAAA	2	12	455617	455628	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	482545472
121	NC_021050	AGGTTG	2	12	456859	456870	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	482545473
122	NC_021050	GAGTTA	2	12	461908	461919	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	482545482
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141	NC_021050	CTGGAT	2	12	533244	533255	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	482545548
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220	NC_021050	AGTTTT	2	12	826995	827006	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	482545809
221	NC_021050	GGTTGT	2	12	829123	829134	0 %	50 %	50 %	0 %	482545811
222	NC_021050	GCTGTT	2	12	831481	831492	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	482545813
223	NC_021050	CTCTAT	2	12	834974	834985	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	482545817
224	NC_021050	TGAACT	2	12	835481	835492	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545817
225	NC_021050	TAATTC	2	12	836803	836814	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482545818
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227	NC_021050	GATGAA	2	12	837592	837603	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	482545818
228	NC_021050	CAAAGC	2	12	841952	841963	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	482545820
229	NC_021050	CAGGAA	2	12	844931	844942	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482545825
230	NC_021050	ACTGTA	2	12	849716	849727	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545829
231	NC_021050	AGCCAC	2	12	849751	849762	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	482545829
232	NC_021050	ATGTCA	2	12	851442	851453	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545829
233	NC_021050	CAAATC	2	12	853542	853553	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	482545831
234	NC_021050	AGGGAA	2	12	857983	857994	50 %	0 %	50 %	0 %	482545836
235	NC_021050	CTTCCT	2	12	860489	860500	0 %	50 %	0 %	50 %	482545840
236	NC_021050	ACAAGA	2	12	861992	862003	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	482545841
237	NC_021050	TAATTG	2	12	864037	864048	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	482545844
238	NC_021050	ATTACA	2	12	869096	869107	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482545848
239	NC_021050	CGGAAA	2	12	874582	874593	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	482545853
240	NC_021050	ATATAG	2	12	875053	875064	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	482545853
241	NC_021050	GCATAG	2	12	878085	878096	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	482545857
242	NC_021050	TTTCAA	2	12	879257	879268	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482545860
243	NC_021050	CAAAAA	2	12	879636	879647	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	482545860
244	NC_021050	AGATCC	2	12	882467	882478	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482545863
245	NC_021050	TTTTGC	2	12	891754	891765	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	482545871
246	NC_021050	TCATAT	2	12	895852	895863	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	482545876
247	NC_021050	TGGAGA	2	12	897120	897131	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	482545876
248	NC_021050	CTCCAT	2	12	897643	897654	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482545877
249	NC_021050	TTCAAA	2	12	903989	904000	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	482545885
250	NC_021050	TTTGTT	2	12	904771	904782	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	482545887
251	NC_021050	CTGATA	2	12	919127	919138	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545912
252	NC_021050	CTGCTC	2	12	919175	919186	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	482545912
253	NC_021050	AGTCCA	2	12	921086	921097	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	482545913
254	NC_021050	CAAAGA	2	12	924868	924879	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	482545919
255	NC_021050	CCAAAA	2	12	928387	928398	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	482545923
256	NC_021050	CGATAT	3	18	932487	932504	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545925
257	NC_021050	ACTGTA	2	12	937741	937752	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	482545929
258	NC_021050	CACTCT	2	12	938057	938068	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	482545929
259	NC_021050	GAAAAA	2	12	946028	946039	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	482545935
260	NC_021050	AACCTC	2	12	949907	949918	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	482545938
261	NC_021050	CTCGAG	2	12	956028	956039	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	482545947
262	NC_021050	CTCTTT	2	12	956913	956924	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	482545948
263	NC_021050	ATATCC	2	12	956930	956941	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	482545948
264	NC_021050	TAAACA	2	12	957041	957052	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	482545948
265	NC_021050	ATAAAC	2	12	960752	960763	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	482545953
266	NC_021050	ATCTTG	2	12	961445	961456	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482545953
267	NC_021050	TTAAAT	2	12	964217	964228	50 %	50 %	0 %	0 %	482545955
268	NC_021050	GCTTCT	2	12	968591	968602	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	482545959
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270	NC_021050	CACAGG	2	12	971551	971562	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	482545961
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280	NC_021050	TCTTGA	2	12	1029964	1029975	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	482546010

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.