MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(i)

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021050	GAAGA	2	10	16687	16696	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021050	AGAAT	2	10	39498	39507	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021050	AGGGG	2	10	39729	39738	20 %	0 %	80 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021050	AAAAG	2	10	60304	60313	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021050	AGGTA	2	10	63703	63712	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
6	NC_021050	TCCTT	2	10	64886	64895	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
7	NC_021050	TTTCT	2	10	84311	84320	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
8	NC_021050	AGAAA	2	10	92843	92852	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021050	AAGAG	2	10	104683	104692	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021050	CTTTT	2	10	139008	139017	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
11	NC_021050	AGAAA	2	10	143359	143368	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021050	GAAGA	2	10	155533	155542	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021050	CTTTT	2	10	161052	161061	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_021050	TAGAA	2	10	169521	169530	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021050	CTTTT	2	10	185555	185564	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_021050	AGAGC	2	10	188588	188597	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
17	NC_021050	AAGAG	2	10	208258	208267	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_021050	GCTAG	2	10	208284	208293	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
19	NC_021050	TCGTT	2	10	216670	216679	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
20	NC_021050	TTCTT	2	10	219627	219636	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_021050	GCCTG	2	10	235986	235995	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
22	NC_021050	CTTCA	2	10	241467	241476	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
23	NC_021050	CTAGT	2	10	248325	248334	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
24	NC_021050	TAAAA	2	10	264320	264329	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021050	ATAAA	2	10	264351	264360	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021050	TATTT	2	10	287918	287927	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021050	TAGAA	2	10	299341	299350	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021050	TTAGA	2	10	303981	303990	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021050	TTTTC	2	10	317640	317649	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
30	NC_021050	TTTTA	2	10	321621	321630	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021050	TATTT	2	10	329279	329288	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021050	AAAGA	2	10	355339	355348	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021050	TGCAA	2	10	364572	364581	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
34	NC_021050	GAAGA	2	10	370184	370193	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021050	AATTT	2	10	376293	376302	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021050	AAAAG	2	10	391237	391246	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021050	CTTGC	2	10	394180	394189	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
38	NC_021050	AAAAG	2	10	398930	398939	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
39	NC_021050	ATCAA	2	10	400628	400637	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
40	NC_021050	TTTGT	2	10	407367	407376	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021050	AATAA	2	10	410366	410375	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021050	CTTTT	2	10	416438	416447	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
43	NC_021050	ACAAA	2	10	419983	419992	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
44	NC_021050	GCTCT	2	10	436263	436272	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
45	NC_021050	TTGCA	2	10	459316	459325	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
46	NC_021050	AAGAG	2	10	460568	460577	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021050	CAAAA	2	10	484043	484052	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_021050	AGAAA	2	10	504978	504987	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021050	CGATA	2	10	510221	510230	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
50	NC_021050	CTAAG	2	10	520914	520923	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_021050	ATTTC	2	10	539442	539451	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
52	NC_021050	CAATA	2	10	542565	542574	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_021050	TACAA	2	10	566276	566285	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
54	NC_021050	TTTCA	2	10	582405	582414	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
55	NC_021050	AAAGC	2	10	617231	617240	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
56	NC_021050	TGTTT	2	10	620110	620119	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021050	CTTTT	2	10	626983	626992	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
58	NC_021050	GCAAC	2	10	652137	652146	40 %	0 %	20 %	40 %	Non-Coding
59	NC_021050	CTTGT	2	10	652197	652206	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_021050	CCTTT	2	10	652656	652665	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
61	NC_021050	AAGGC	2	10	680410	680419	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
62	NC_021050	GCTTC	2	10	682521	682530	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
63	NC_021050	AGTAG	2	10	682598	682607	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021050	TCTCT	2	10	686169	686178	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
65	NC_021050	AACAA	2	10	686552	686561	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
66	NC_021050	AAAAC	2	10	686876	686885	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
67	NC_021050	AAGCG	2	10	722391	722400	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
68	NC_021050	GTATA	2	10	734638	734647	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021050	AGCAA	2	10	734674	734683	60 %	0 %	20 %	20 %	Non-Coding
70	NC_021050	AAAAT	2	10	736523	736532	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_021050	CTCTT	2	10	746592	746601	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
72	NC_021050	TAAAA	2	10	749134	749143	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021050	AGAAA	2	10	754808	754817	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021050	CTCTT	2	10	754847	754856	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
75	NC_021050	GAAGA	2	10	754857	754866	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
76	NC_021050	AAATT	2	10	755136	755145	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021050	AATTT	2	10	755157	755166	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021050	TAAAA	2	10	783369	783378	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021050	CAAAA	2	10	803775	803784	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
80	NC_021050	AATCT	2	10	821117	821126	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
81	NC_021050	TTTCT	2	10	826717	826726	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
82	NC_021050	CCTTT	2	10	827726	827735	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
83	NC_021050	TAAAA	2	10	832741	832750	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_021050	AGGAA	2	10	834725	834734	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021050	ATGAA	2	10	834748	834757	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021050	TCCTC	2	10	835847	835856	0 %	40 %	0 %	60 %	Non-Coding
87	NC_021050	TTGGA	2	10	842188	842197	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021050	CAAAA	2	10	842954	842963	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
89	NC_021050	TTTTC	2	10	854980	854989	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
90	NC_021050	AAAAG	2	10	876247	876256	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021050	GAAAA	2	10	883429	883438	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021050	ATTTT	2	10	884866	884875	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021050	ATACT	2	10	890939	890948	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
94	NC_021050	AAAGG	2	10	899895	899904	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021050	TTTCC	2	10	947513	947522	0 %	60 %	0 %	40 %	Non-Coding
96	NC_021050	TTATT	2	10	967242	967251	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021050	TCGTC	2	10	968345	968354	0 %	40 %	20 %	40 %	Non-Coding
98	NC_021050	AGAAA	2	10	1000911	1000920	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021050	TTTAT	2	10	1015908	1015917	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021050	TCATG	2	10	1016103	1016112	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
101	NC_021050	AAAAC	2	10	1020215	1020224	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
102	NC_021050	GAAAA	2	10	1025565	1025574	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
103	NC_021050	TTATT	2	10	1032627	1032636	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.