MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tetra-nucleotide Non-Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2/434/Bu(i)

Total Repeats: 328

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021050	GCAG	2	8	16435	16442	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
2	NC_021050	GAAA	2	8	16838	16845	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021050	TAAT	3	12	20972	20983	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021050	CTCC	2	8	24844	24851	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
5	NC_021050	CGAG	2	8	26408	26415	25 %	0 %	50 %	25 %	Non-Coding
6	NC_021050	ATGA	2	8	29771	29778	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021050	AGAA	2	8	29783	29790	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021050	ATTT	2	8	39630	39637	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021050	ATAC	2	8	39803	39810	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
10	NC_021050	TCGT	2	8	39948	39955	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
11	NC_021050	AGGG	2	8	40113	40120	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
12	NC_021050	TTTA	2	8	43074	43081	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021050	TTGC	2	8	48686	48693	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
14	NC_021050	AGGA	2	8	54959	54966	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021050	AGAA	2	8	54999	55006	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021050	ATTT	2	8	55234	55241	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021050	CCGA	2	8	58545	58552	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
18	NC_021050	AAAG	2	8	60374	60381	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021050	TTTG	2	8	64807	64814	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
20	NC_021050	TCTT	2	8	64931	64938	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
21	NC_021050	CTGT	2	8	69783	69790	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
22	NC_021050	TAAT	2	8	76060	76067	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_021050	TCGT	2	8	76081	76088	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
24	NC_021050	TAAA	2	8	81653	81660	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_021050	TAAA	2	8	81752	81759	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021050	GTAA	2	8	84212	84219	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021050	CTTT	2	8	105739	105746	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
28	NC_021050	AAGT	2	8	111518	111525	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021050	AAGA	2	8	111742	111749	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
30	NC_021050	GAAG	2	8	117775	117782	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
31	NC_021050	ATTT	2	8	126657	126664	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021050	CTTT	2	8	133783	133790	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
33	NC_021050	CGAA	2	8	133791	133798	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
34	NC_021050	GAAG	2	8	133803	133810	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021050	AGTT	2	8	134571	134578	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
36	NC_021050	AGCA	2	8	135582	135589	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
37	NC_021050	GATG	2	8	136113	136120	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021050	GACC	2	8	136158	136165	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
39	NC_021050	CCTC	2	8	138583	138590	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
40	NC_021050	ATGT	2	8	139241	139248	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
41	NC_021050	GAAA	2	8	139375	139382	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
42	NC_021050	GTTT	2	8	143159	143166	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021050	CTTT	2	8	155827	155834	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
44	NC_021050	CGAA	2	8	155835	155842	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
45	NC_021050	GAAG	2	8	155847	155854	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021050	AGTT	2	8	156615	156622	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021050	AGCA	2	8	157626	157633	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
48	NC_021050	GATG	2	8	158157	158164	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021050	GACC	2	8	158202	158209	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021050	CCTC	2	8	160627	160634	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
51	NC_021050	ATTT	2	8	161173	161180	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021050	ATGG	2	8	164314	164321	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
53	NC_021050	TAGT	2	8	166147	166154	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
54	NC_021050	GAAA	2	8	168036	168043	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021050	TCAC	2	8	188518	188525	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
56	NC_021050	AAGA	2	8	195875	195882	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
57	NC_021050	AAGC	2	8	195918	195925	50 %	0 %	25 %	25 %	Non-Coding
58	NC_021050	TTTG	2	8	199244	199251	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
59	NC_021050	AAAG	2	8	201130	201137	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021050	CTTT	2	8	211122	211129	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
61	NC_021050	TATT	2	8	214398	214405	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021050	TAAA	2	8	216683	216690	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021050	TTTA	2	8	216751	216758	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021050	GCTT	2	8	217091	217098	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
65	NC_021050	TGTT	2	8	219608	219615	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
66	NC_021050	TAGC	2	8	222254	222261	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
67	NC_021050	TGTC	2	8	228851	228858	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
68	NC_021050	TTTG	2	8	236793	236800	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021050	AGTT	2	8	236917	236924	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021050	TCGA	2	8	243601	243608	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
71	NC_021050	TTGA	2	8	244563	244570	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021050	AGAA	2	8	248382	248389	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021050	TCTT	2	8	248428	248435	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
74	NC_021050	CAAA	2	8	253620	253627	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
75	NC_021050	TCTT	2	8	253693	253700	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
76	NC_021050	GGAA	2	8	261603	261610	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021050	TTTA	2	8	264305	264312	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_021050	ATTT	2	8	264343	264350	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021050	GAAA	2	8	269664	269671	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021050	CTAA	2	8	272600	272607	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
81	NC_021050	TAAG	2	8	272615	272622	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021050	CCTT	2	8	276838	276845	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
83	NC_021050	CTTT	2	8	278550	278557	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
84	NC_021050	GGAA	2	8	278652	278659	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021050	GAAG	2	8	284297	284304	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021050	CGCC	2	8	285737	285744	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
87	NC_021050	CTGT	2	8	288133	288140	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
88	NC_021050	GAAA	2	8	299465	299472	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
89	NC_021050	AAAC	2	8	303849	303856	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
90	NC_021050	TTAA	2	8	305216	305223	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021050	AAAG	2	8	305230	305237	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021050	TAAT	2	8	311513	311520	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021050	CAAA	2	8	317795	317802	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
94	NC_021050	TATT	2	8	321573	321580	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_021050	GGTT	2	8	321637	321644	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
96	NC_021050	AAGG	2	8	323554	323561	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021050	GGAG	2	8	328551	328558	25 %	0 %	75 %	0 %	Non-Coding
98	NC_021050	TATG	2	8	329200	329207	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021050	TATT	2	8	331556	331563	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021050	AGAA	2	8	333450	333457	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021050	AAGG	2	8	335686	335693	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021050	CAAA	2	8	338320	338327	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
103	NC_021050	TGCG	2	8	340774	340781	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
104	NC_021050	GCCA	2	8	343268	343275	25 %	0 %	25 %	50 %	Non-Coding
105	NC_021050	CGCT	2	8	343516	343523	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
106	NC_021050	TTAA	2	8	343537	343544	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021050	GTTA	2	8	343574	343581	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021050	GATC	2	8	343629	343636	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
109	NC_021050	ATTG	2	8	350185	350192	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
110	NC_021050	TGTT	2	8	365992	365999	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021050	AATA	2	8	366230	366237	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
112	NC_021050	AAGT	2	8	370151	370158	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021050	TATT	2	8	374417	374424	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
114	NC_021050	GTTT	2	8	376277	376284	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021050	TGTT	2	8	376285	376292	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021050	TAAT	2	8	376329	376336	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021050	ACAA	2	8	389637	389644	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
118	NC_021050	AAGG	2	8	389735	389742	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021050	GATA	2	8	394204	394211	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
120	NC_021050	TCTA	2	8	398863	398870	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
121	NC_021050	GTTT	2	8	401637	401644	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021050	GGTT	2	8	401992	401999	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021050	GTTT	2	8	410299	410306	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
124	NC_021050	TTTA	2	8	410322	410329	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021050	GTTT	2	8	410334	410341	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021050	GTTT	2	8	410385	410392	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
127	NC_021050	AACA	2	8	410398	410405	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
128	NC_021050	GAAT	2	8	412652	412659	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
129	NC_021050	AAGT	2	8	412684	412691	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021050	AAAT	2	8	415930	415937	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_021050	CATT	2	8	416577	416584	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
132	NC_021050	TATT	2	8	419960	419967	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021050	GATA	2	8	421849	421856	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021050	AAGA	2	8	428942	428949	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021050	GGTT	2	8	438293	438300	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
136	NC_021050	CTGG	2	8	442656	442663	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
137	NC_021050	TTCC	2	8	444853	444860	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
138	NC_021050	GTTT	2	8	457230	457237	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
139	NC_021050	ATCT	2	8	473950	473957	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
140	NC_021050	GCTG	2	8	473989	473996	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
141	NC_021050	TGTT	2	8	479564	479571	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
142	NC_021050	AAAG	2	8	480406	480413	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
143	NC_021050	TTTA	2	8	480415	480422	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
144	NC_021050	TAAT	2	8	480532	480539	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
145	NC_021050	TAAT	2	8	481368	481375	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_021050	GCTT	2	8	484013	484020	0 %	50 %	25 %	25 %	Non-Coding
147	NC_021050	CTTC	2	8	488084	488091	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
148	NC_021050	TTAG	2	8	492492	492499	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
149	NC_021050	AAAC	2	8	494239	494246	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
150	NC_021050	GTAT	2	8	495421	495428	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
151	NC_021050	GGAA	2	8	500607	500614	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
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299	NC_021050	ATCC	2	8	929497	929504	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
300	NC_021050	GGAA	2	8	935051	935058	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
301	NC_021050	TATT	2	8	935963	935970	25 %	75 %	0 %	0 %	Non-Coding
302	NC_021050	AAAT	2	8	935995	936002	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
303	NC_021050	TTCT	2	8	940035	940042	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
304	NC_021050	TAAG	2	8	943014	943021	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
305	NC_021050	GATT	2	8	943137	943144	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
306	NC_021050	CTTC	2	8	947548	947555	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
307	NC_021050	GTGA	2	8	950022	950029	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
308	NC_021050	CTCC	2	8	954929	954936	0 %	25 %	0 %	75 %	Non-Coding
309	NC_021050	CTTT	2	8	971199	971206	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
310	NC_021050	AAAT	2	8	989423	989430	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
311	NC_021050	GAAT	2	8	991951	991958	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
312	NC_021050	AACA	2	8	992288	992295	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
313	NC_021050	AATC	2	8	993139	993146	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
314	NC_021050	TCAA	2	8	993151	993158	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
315	NC_021050	GAAG	2	8	993166	993173	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
316	NC_021050	AACT	2	8	999758	999765	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
317	NC_021050	AGAA	2	8	1000765	1000772	75 %	0 %	25 %	0 %	Non-Coding
318	NC_021050	TACA	2	8	1005651	1005658	50 %	25 %	0 %	25 %	Non-Coding
319	NC_021050	TTTC	2	8	1015928	1015935	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
320	NC_021050	TAAT	2	8	1016515	1016522	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
321	NC_021050	TGTT	2	8	1020273	1020280	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
322	NC_021050	CTTA	2	8	1027614	1027621	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
323	NC_021050	ATGA	2	8	1031000	1031007	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
324	NC_021050	TAGA	2	8	1031009	1031016	50 %	25 %	25 %	0 %	Non-Coding
325	NC_021050	TGTT	2	8	1032825	1032832	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
326	NC_021050	AAAC	2	8	1032936	1032943	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
327	NC_021050	TTTG	2	8	1034966	1034973	0 %	75 %	25 %	0 %	Non-Coding
328	NC_021050	ATAA	2	8	1036342	1036349	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.