MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae SPN994038 draft genome

Total Repeats: 136

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021026	TAAGGA	2	12	16883	16894	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021026	GAAGTG	2	12	19971	19982	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
3	NC_021026	ACTAAT	2	12	20001	20012	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
4	NC_021026	TCTTGT	2	12	20657	20668	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
5	NC_021026	CATCTC	2	12	21202	21213	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
6	NC_021026	AGTTGA	2	12	21321	21332	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021026	TTGTTT	2	12	61807	61818	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021026	TAAAAA	2	12	73487	73498	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021026	AAAAAT	2	12	89636	89647	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021026	TTCTAT	2	12	97213	97224	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021026	TCCCAT	2	12	103062	103073	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
12	NC_021026	TAAAAA	2	12	121370	121381	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021026	TTTGCT	2	12	158850	158861	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_021026	ATAAAA	2	12	159229	159240	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021026	TGAAAG	2	12	162324	162335	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021026	ATAAAT	2	12	164152	164163	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021026	GAAGCA	2	12	170142	170153	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021026	GTTTTA	2	12	172618	172629	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021026	TTTTAC	2	12	209082	209093	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021026	CATAAT	2	12	237531	237542	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
21	NC_021026	TCTTAA	2	12	253105	253116	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021026	GGTTGC	2	12	269980	269991	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_021026	TCTTTT	2	12	289379	289390	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
24	NC_021026	TCTTGT	2	12	294890	294901	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_021026	TAGATA	2	12	302536	302547	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021026	GATAAA	2	12	307884	307895	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021026	GAAAAA	2	12	327648	327659	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021026	GAAAAG	2	12	341739	341750	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021026	GCAGTT	2	12	360459	360470	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_021026	TCAACT	2	12	402966	402977	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_021026	AGAAAT	2	12	408720	408731	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021026	ATGAAG	2	12	419377	419388	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
33	NC_021026	GCTTGC	2	12	442308	442319	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021026	GTTTTT	2	12	462806	462817	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
35	NC_021026	TTTTTC	2	12	463612	463623	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_021026	CTTGAA	2	12	483253	483264	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_021026	AGGATA	2	12	483447	483458	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
38	NC_021026	TGCTTT	2	12	490446	490457	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021026	AAAATG	2	12	508929	508940	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021026	TCTTTT	2	12	521709	521720	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021026	CTGTAA	2	12	567646	567657	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
42	NC_021026	AAAGTT	2	12	572629	572640	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021026	ACTTCT	2	12	589307	589318	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
44	NC_021026	AGAGGA	2	12	659904	659915	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
45	NC_021026	AGATTG	2	12	672255	672266	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
46	NC_021026	TTTTCA	2	12	714642	714653	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_021026	GATAGA	2	12	727007	727018	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021026	GAAGTT	2	12	740009	740020	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021026	TTCGGG	2	12	765390	765401	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
50	NC_021026	CATCTC	2	12	767762	767773	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
51	NC_021026	AGTTGA	2	12	767881	767892	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021026	CATATG	2	12	799166	799177	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021026	ATCATG	2	12	799469	799480	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021026	TTAAAA	2	12	800988	800999	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021026	TATAAA	2	12	804492	804503	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021026	GCAATC	2	12	810636	810647	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
57	NC_021026	AAAAAG	2	12	855229	855240	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_021026	ACCAAG	2	12	856092	856103	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021026	ACAAAC	2	12	862616	862627	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
60	NC_021026	TTTTTA	2	12	875166	875177	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
61	NC_021026	CTATTT	2	12	886644	886655	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_021026	AAAAAG	2	12	886693	886704	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
63	NC_021026	GATAGA	2	12	894060	894071	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
64	NC_021026	TTTTCT	2	12	896978	896989	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
65	NC_021026	TCACTA	2	12	906636	906647	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
66	NC_021026	TAAAAA	2	12	926887	926898	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_021026	TGTCAA	2	12	932505	932516	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_021026	AAGAAA	2	12	933810	933821	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_021026	AATGGA	2	12	944445	944456	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021026	CAAAAG	2	12	946479	946490	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021026	GATTAT	2	12	966812	966823	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_021026	TGTAAG	2	12	967275	967286	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
73	NC_021026	TATGAT	2	12	969412	969423	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021026	AGTTGA	2	12	1005942	1005953	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_021026	AGGAGC	2	12	1031697	1031708	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_021026	ACAAGA	2	12	1034500	1034511	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
77	NC_021026	TCTATC	2	12	1035128	1035139	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
78	NC_021026	AATTTT	2	12	1067600	1067611	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_021026	TTTTTG	2	12	1077418	1077429	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021026	GTTTGT	2	12	1086594	1086605	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021026	TGAAAA	2	12	1102169	1102180	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021026	GTTGAA	2	12	1107715	1107726	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
83	NC_021026	CTGGTG	2	12	1140457	1140468	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
84	NC_021026	TAAAAA	2	12	1179643	1179654	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021026	ATTATC	2	12	1191334	1191345	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
86	NC_021026	TAGGTA	2	12	1212468	1212479	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
87	NC_021026	AGCAAG	2	12	1223687	1223698	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_021026	TTTCAC	2	12	1224047	1224058	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
89	NC_021026	CCCAAG	2	12	1237159	1237170	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
90	NC_021026	AGCAAC	2	12	1237231	1237242	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
91	NC_021026	GATGGT	2	12	1252199	1252210	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
92	NC_021026	TTTTAT	2	12	1263700	1263711	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_021026	TGTATT	2	12	1319187	1319198	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_021026	TGCTTC	2	12	1319630	1319641	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
95	NC_021026	ACTAAA	2	12	1320953	1320964	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021026	AAATTT	2	12	1335713	1335724	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_021026	TCAAGT	2	12	1335784	1335795	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021026	CTTTTC	2	12	1336312	1336323	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
99	NC_021026	CTTTCT	2	12	1432372	1432383	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
100	NC_021026	ACTGGC	2	12	1446193	1446204	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
101	NC_021026	ATGGTC	2	12	1459315	1459326	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
102	NC_021026	CACTTC	2	12	1461075	1461086	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
103	NC_021026	TTAAAA	2	12	1493728	1493739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021026	CCTAAG	2	12	1529028	1529039	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
105	NC_021026	AACTTG	2	12	1529151	1529162	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_021026	ATTTGA	2	12	1552056	1552067	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
107	NC_021026	TAATCA	2	12	1560027	1560038	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_021026	CACTTC	2	12	1573618	1573629	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NC_021026	TTACAT	2	12	1578605	1578616	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021026	AAAAAT	2	12	1591295	1591306	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_021026	TCTATT	2	12	1596715	1596726	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021026	GAACAT	2	12	1613420	1613431	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
113	NC_021026	TCATTA	2	12	1643859	1643870	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_021026	TCAACT	2	12	1668440	1668451	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
115	NC_021026	GAGATG	2	12	1668559	1668570	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021026	TATTAG	2	12	1688679	1688690	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_021026	CACTTC	2	12	1688710	1688721	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
118	NC_021026	TCCTTA	2	12	1691798	1691809	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
119	NC_021026	CCAGAA	2	12	1720263	1720274	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
120	NC_021026	AGGACA	2	12	1764344	1764355	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
121	NC_021026	AAAAAT	2	12	1767848	1767859	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021026	TATTAG	2	12	1780069	1780080	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
123	NC_021026	CACTTC	2	12	1780100	1780111	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
124	NC_021026	TCCTTA	2	12	1783188	1783199	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
125	NC_021026	ACAAGA	2	12	1792191	1792202	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
126	NC_021026	TCTATC	2	12	1792838	1792849	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021026	ATGATT	2	12	1796183	1796194	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
128	NC_021026	CCCGAA	2	12	1841102	1841113	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
129	NC_021026	TATTAG	2	12	1841976	1841987	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021026	CACTTC	2	12	1842007	1842018	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
131	NC_021026	TCCTTA	2	12	1845095	1845106	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
132	NC_021026	TAAATT	2	12	1921438	1921449	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_021026	TCCAAC	2	12	1926858	1926869	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
134	NC_021026	GATAAA	2	12	1964675	1964686	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021026	AAAATC	2	12	1976630	1976641	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_021026	ACCTTG	2	12	1983888	1983899	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.