MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Streptococcus pneumoniae SPN034156 draft genome

Total Repeats: 137

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_021006	TAAAAA	2	12	14384	14395	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_021006	TGTCAA	2	12	20002	20013	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_021006	AAGAAA	2	12	21307	21318	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_021006	AATGGA	2	12	31942	31953	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
5	NC_021006	CAAAAG	2	12	33976	33987	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
6	NC_021006	GATTAT	2	12	54330	54341	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
7	NC_021006	TGTAAG	2	12	54793	54804	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
8	NC_021006	TATGAT	2	12	56930	56941	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
9	NC_021006	AGTTGA	2	12	93459	93470	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
10	NC_021006	ACAAGA	2	12	122018	122029	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_021006	TCTATC	2	12	122646	122657	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
12	NC_021006	AATTTT	2	12	154959	154970	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_021006	TTTTTG	2	12	164771	164782	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
14	NC_021006	GTTTGT	2	12	173947	173958	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
15	NC_021006	TGAAAA	2	12	189522	189533	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
16	NC_021006	GTTGAA	2	12	195068	195079	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
17	NC_021006	CTGGTG	2	12	227796	227807	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_021006	TAAAAA	2	12	266982	266993	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_021006	ATTATC	2	12	278673	278684	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
20	NC_021006	TAGGTA	2	12	299807	299818	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
21	NC_021006	AGCAAG	2	12	311026	311037	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
22	NC_021006	TTTCAC	2	12	311398	311409	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
23	NC_021006	CCCAAG	2	12	324509	324520	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
24	NC_021006	AGCAAC	2	12	324581	324592	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
25	NC_021006	GATGGT	2	12	339549	339560	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	Non-Coding
26	NC_021006	TTTTAT	2	12	352757	352768	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
27	NC_021006	GAGGAA	2	12	359230	359241	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
28	NC_021006	TGTATT	2	12	408086	408097	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
29	NC_021006	TGCTTC	2	12	408529	408540	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_021006	ACTAAA	2	12	409852	409863	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
31	NC_021006	AAATTT	2	12	424612	424623	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_021006	TCAAGT	2	12	424683	424694	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
33	NC_021006	CTTTTC	2	12	425211	425222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_021006	CTTTCT	2	12	521105	521116	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_021006	CCGTTT	2	12	527596	527607	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_021006	TTAAAA	2	12	583628	583639	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
37	NC_021006	CCTAAG	2	12	618612	618623	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
38	NC_021006	AACTTG	2	12	618735	618746	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_021006	ATTTGA	2	12	641590	641601	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_021006	TAATCA	2	12	649560	649571	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_021006	CACTTC	2	12	663022	663033	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
42	NC_021006	AAAAAT	2	12	674288	674299	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_021006	GAACAT	2	12	686663	686674	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_021006	TCATTA	2	12	717102	717113	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_021006	TCAACT	2	12	741674	741685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_021006	GAGATG	2	12	741793	741804	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
47	NC_021006	TAAAAA	2	12	760765	760776	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
48	NC_021006	TATTAG	2	12	762520	762531	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_021006	CACTTC	2	12	762551	762562	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
50	NC_021006	TCCTTA	2	12	765639	765650	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
51	NC_021006	AATTGA	2	12	786721	786732	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
52	NC_021006	AAAAAC	2	12	796537	796548	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
53	NC_021006	AGGACA	2	12	845336	845347	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
54	NC_021006	AAAAAT	2	12	849106	849117	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_021006	TATTAG	2	12	862347	862358	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
56	NC_021006	CACTTC	2	12	862378	862389	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
57	NC_021006	TCCTTA	2	12	865466	865477	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
58	NC_021006	TCTATC	2	12	876371	876382	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
59	NC_021006	ATGATT	2	12	879717	879728	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
60	NC_021006	CCCGAA	2	12	924636	924647	33.33 %	0 %	16.67 %	50 %	Non-Coding
61	NC_021006	TATTAG	2	12	925510	925521	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
62	NC_021006	CACTTC	2	12	925541	925552	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
63	NC_021006	TCCTTA	2	12	928629	928640	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_021006	TAAATT	2	12	1004961	1004972	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
65	NC_021006	TCCAAC	2	12	1010381	1010392	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	Non-Coding
66	NC_021006	TTTTCT	2	12	1032676	1032687	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
67	NC_021006	GATAAA	2	12	1045092	1045103	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
68	NC_021006	ACCTTG	2	12	1065576	1065587	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_021006	GAAGTG	2	12	1128130	1128141	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	Non-Coding
70	NC_021006	ACTAAT	2	12	1128160	1128171	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_021006	TCTTGT	2	12	1128816	1128827	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
72	NC_021006	CATCTC	2	12	1129361	1129372	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_021006	AGTTGA	2	12	1129480	1129491	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
74	NC_021006	TCATCT	2	12	1145297	1145308	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
75	NC_021006	CATTAC	2	12	1155168	1155179	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_021006	TTTGGA	2	12	1158115	1158126	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
77	NC_021006	CGGTAG	2	12	1161031	1161042	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
78	NC_021006	CAGGCT	2	12	1163762	1163773	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
79	NC_021006	TTGTTT	2	12	1168680	1168691	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_021006	TAAAAA	2	12	1180405	1180416	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_021006	AAAAAT	2	12	1196554	1196565	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
82	NC_021006	TTCTAT	2	12	1204131	1204142	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
83	NC_021006	TCCCAT	2	12	1209980	1209991	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
84	NC_021006	TTATAA	2	12	1213887	1213898	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_021006	TAAAAA	2	12	1228863	1228874	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_021006	GCTTAT	2	12	1244132	1244143	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
87	NC_021006	ATAAAA	2	12	1259959	1259970	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
88	NC_021006	TTTGCT	2	12	1268881	1268892	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
89	NC_021006	ATAAAA	2	12	1269272	1269283	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_021006	ATAAAT	2	12	1272728	1272739	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
91	NC_021006	TTTTAC	2	12	1319565	1319576	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
92	NC_021006	CATAAT	2	12	1348014	1348025	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
93	NC_021006	TCTTAA	2	12	1363776	1363787	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
94	NC_021006	GTTGCT	2	12	1377268	1377279	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_021006	GGTTGC	2	12	1380582	1380593	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
96	NC_021006	TCTTTT	2	12	1399981	1399992	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_021006	TCTTGT	2	12	1405492	1405503	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
98	NC_021006	TAGATA	2	12	1413139	1413150	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_021006	GATAAA	2	12	1418487	1418498	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
100	NC_021006	GAAAAA	2	12	1438251	1438262	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_021006	GAAAAG	2	12	1452342	1452353	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
102	NC_021006	GCAGTT	2	12	1471062	1471073	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
103	NC_021006	AGAAAT	2	12	1517642	1517653	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
104	NC_021006	ATGAAG	2	12	1528473	1528484	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
105	NC_021006	GCTTGC	2	12	1559192	1559203	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
106	NC_021006	CTTGAA	2	12	1599983	1599994	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
107	NC_021006	AGGATA	2	12	1600177	1600188	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
108	NC_021006	TGACGT	2	12	1602956	1602967	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
109	NC_021006	TGCTTT	2	12	1605298	1605309	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_021006	TCTTTT	2	12	1636156	1636167	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
111	NC_021006	CTGTAA	2	12	1682275	1682286	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_021006	AAAGTT	2	12	1687258	1687269	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_021006	ACTTCT	2	12	1703936	1703947	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
114	NC_021006	AGAGGA	2	12	1774457	1774468	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
115	NC_021006	AGATTG	2	12	1786808	1786819	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
116	NC_021006	TTTTCA	2	12	1829196	1829207	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
117	NC_021006	GATAGA	2	12	1841561	1841572	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
118	NC_021006	GAAGTT	2	12	1854563	1854574	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
119	NC_021006	TTCGGG	2	12	1879944	1879955	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	Non-Coding
120	NC_021006	CATCTC	2	12	1882316	1882327	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
121	NC_021006	AGTTGA	2	12	1882435	1882446	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
122	NC_021006	CATATG	2	12	1913720	1913731	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_021006	ATCATG	2	12	1914023	1914034	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
124	NC_021006	TTAAAA	2	12	1915542	1915553	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_021006	TATAAA	2	12	1919046	1919057	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
126	NC_021006	GCAATC	2	12	1925196	1925207	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
127	NC_021006	TCAAGT	2	12	1938895	1938906	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
128	NC_021006	CTTTTC	2	12	1939423	1939434	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
129	NC_021006	AAAAAG	2	12	1967124	1967135	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
130	NC_021006	ACCAAG	2	12	1967987	1967998	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
131	NC_021006	TTTTTA	2	12	1987137	1987148	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_021006	CTATTT	2	12	1998615	1998626	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
133	NC_021006	AAAAAG	2	12	1998664	1998675	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_021006	GATAGA	2	12	2006031	2006042	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
135	NC_021006	TTTTCT	2	12	2008949	2008960	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_021006	ACCATT	2	12	2012271	2012282	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
137	NC_021006	TCACTA	2	12	2018609	2018620	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.