MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Repeats of Rickettsia prowazekii str. Breinl

Total Repeats: 573

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020993	ATAGAT	2	12	1914	1925	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693379
2	NC_020993	ATTGGT	2	12	3861	3872	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478693381
3	NC_020993	CAATTA	2	12	4975	4986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693383
4	NC_020993	AAATAA	2	12	5763	5774	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020993	GAAAAA	2	12	6355	6366	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020993	ATCTAG	2	12	9367	9378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693385
7	NC_020993	AATGAT	2	12	13140	13151	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693388
8	NC_020993	GATAAA	2	12	18498	18509	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478693391
9	NC_020993	AATTAC	2	12	21457	21468	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693393
10	NC_020993	AATATC	2	12	22529	22540	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020993	TTTTTG	2	12	24978	24989	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
12	NC_020993	TGTTCA	2	12	25147	25158	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478693396
13	NC_020993	AATATC	2	12	25632	25643	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_020993	TATTAA	2	12	25655	25666	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020993	GATATA	2	12	26351	26362	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693397
16	NC_020993	TATTAA	2	12	27957	27968	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020993	TTTGCT	2	12	28509	28520	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478693399
18	NC_020993	TGTTTT	2	12	28540	28551	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	478693399
19	NC_020993	CTCCTA	2	12	29711	29722	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478693401
20	NC_020993	GAAGCT	2	12	30721	30732	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693402
21	NC_020993	AATTTT	2	12	32302	32313	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020993	TAACAG	2	12	34712	34723	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693405
23	NC_020993	ATATGT	2	12	37244	37255	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020993	TGGTGT	2	12	37630	37641	0 %	50 %	50 %	0 %	478693407
25	NC_020993	CTTTCT	2	12	41900	41911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478693410
26	NC_020993	AATTTA	2	12	44083	44094	50 %	50 %	0 %	0 %	478693412
27	NC_020993	AAATAT	2	12	45904	45915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693412
28	NC_020993	CTAAAG	2	12	46829	46840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693413
29	NC_020993	AAATCA	2	12	47492	47503	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020993	ATGTTG	2	12	49211	49222	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478693414
31	NC_020993	CGCTTA	2	12	52840	52851	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478693416
32	NC_020993	TGTAAT	2	12	54014	54025	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020993	AATATT	2	12	55928	55939	50 %	50 %	0 %	0 %	478693420
34	NC_020993	TAGAAG	2	12	58828	58839	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478693422
35	NC_020993	GAAAAA	2	12	60195	60206	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693423
36	NC_020993	TGATGT	2	12	60766	60777	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
37	NC_020993	ATAGGA	2	12	64504	64515	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478693426
38	NC_020993	TACTAA	2	12	67105	67116	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
39	NC_020993	TACTCC	2	12	67366	67377	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
40	NC_020993	GATTTA	2	12	68618	68629	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693429
41	NC_020993	ATATTA	2	12	70544	70555	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020993	TATTTT	2	12	70571	70582	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020993	GTTTTA	2	12	77705	77716	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020993	ATCTGA	2	12	78115	78126	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
45	NC_020993	TTAAAA	2	12	80291	80302	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020993	AGAAAA	2	12	85531	85542	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693435
47	NC_020993	TGATAT	2	12	86167	86178	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693435
48	NC_020993	AATTGA	2	12	88677	88688	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020993	GTTAAA	2	12	89791	89802	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693440
50	NC_020993	ATTAAT	2	12	92613	92624	50 %	50 %	0 %	0 %	478693443
51	NC_020993	CTACCG	2	12	92749	92760	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478693443
52	NC_020993	ATTAAA	2	12	98507	98518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693447
53	NC_020993	AATACC	2	12	100301	100312	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
54	NC_020993	TATTTT	2	12	100694	100705	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020993	TTAAAG	2	12	104770	104781	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693450
56	NC_020993	AGTAGC	2	12	104793	104804	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693450
57	NC_020993	AATAAA	2	12	104902	104913	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020993	TAAAAC	2	12	110461	110472	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478693454
59	NC_020993	GGTATT	2	12	111245	111256	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478693455
60	NC_020993	ATATTA	2	12	111453	111464	50 %	50 %	0 %	0 %	478693455
61	NC_020993	TATCAC	2	12	113558	113569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478693458
62	NC_020993	ATGCTA	2	12	114035	114046	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693458
63	NC_020993	AGCGTC	2	12	115154	115165	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478693459
64	NC_020993	AAAGCA	2	12	115467	115478	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478693459
65	NC_020993	TTATCC	2	12	117702	117713	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478693461
66	NC_020993	CGTAAA	2	12	121866	121877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693464
67	NC_020993	TAAAAA	2	12	122231	122242	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020993	TAAATA	2	12	123405	123416	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020993	TAAAAC	2	12	124370	124381	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478693466
70	NC_020993	TATTTC	2	12	127145	127156	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
71	NC_020993	GATAAT	2	12	128802	128813	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693468
72	NC_020993	CTCAAT	2	12	129484	129495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478693469
73	NC_020993	AGTTTT	2	12	130380	130391	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478693470
74	NC_020993	TGCTCC	2	12	131297	131308	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478693471
75	NC_020993	AAAATT	2	12	131940	131951	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020993	TCTAAA	2	12	138794	138805	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693474
77	NC_020993	TTTAAA	2	12	139667	139678	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020993	ATCACC	2	12	141911	141922	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478693477
79	NC_020993	TAGCAT	2	12	144071	144082	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693479
80	NC_020993	TTAAAT	2	12	144570	144581	50 %	50 %	0 %	0 %	478693480
81	NC_020993	ATGAAT	2	12	144756	144767	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693481
82	NC_020993	TCATTG	2	12	145310	145321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478693481
83	NC_020993	GTATAA	2	12	148245	148256	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020993	AAAACA	2	12	152994	153005	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478693486
85	NC_020993	AGCACA	2	12	154230	154241	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478693486
86	NC_020993	ATATTA	2	12	155283	155294	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020993	TTTAAT	2	12	156053	156064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693488
88	NC_020993	AATTAA	2	12	156913	156924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693490
89	NC_020993	ATTTTA	2	12	157491	157502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693489
90	NC_020993	AATTTT	2	12	164203	164214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693493
91	NC_020993	GATATT	2	12	164224	164235	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693493
92	NC_020993	AGATTT	2	12	164628	164639	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693493
93	NC_020993	ATAGAA	2	12	165080	165091	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020993	TCGTGT	2	12	168346	168357	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478693498
95	NC_020993	AATCTA	2	12	168581	168592	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693498
96	NC_020993	ATTAAA	2	12	174877	174888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693504
97	NC_020993	TTTAGC	2	12	177080	177091	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478693505
98	NC_020993	TCTTAT	2	12	180299	180310	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693508
99	NC_020993	TATGAC	2	12	180787	180798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693508
100	NC_020993	TAATAT	2	12	181458	181469	50 %	50 %	0 %	0 %	478693509
101	NC_020993	AAGAAA	2	12	182283	182294	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693510
102	NC_020993	TAATTA	2	12	183001	183012	50 %	50 %	0 %	0 %	478693511
103	NC_020993	AGGATG	2	12	184564	184575	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478693512
104	NC_020993	AATTTA	2	12	187330	187341	50 %	50 %	0 %	0 %	478693515
105	NC_020993	TTTGCT	2	12	189034	189045	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
106	NC_020993	TTTTCT	2	12	191198	191209	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478693517
107	NC_020993	TATCAA	2	12	194237	194248	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693518
108	NC_020993	TAGCTC	2	12	197159	197170	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478693522
109	NC_020993	TTTACT	2	12	200777	200788	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693525
110	NC_020993	TTAATT	2	12	202039	202050	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020993	CTTTAT	2	12	204398	204409	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020993	TAGTTT	2	12	204479	204490	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020993	CTGTAT	2	12	205452	205463	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_020993	GCTAGA	2	12	205833	205844	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693530
115	NC_020993	TTTAAT	2	12	208857	208868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693531
116	NC_020993	CCTGCT	2	12	210283	210294	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478693531
117	NC_020993	ATGTTA	2	12	210740	210751	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693531
118	NC_020993	ATATTT	2	12	210892	210903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693531
119	NC_020993	ATTAAT	2	12	214252	214263	50 %	50 %	0 %	0 %	478693531
120	NC_020993	GTTAAT	2	12	214316	214327	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
121	NC_020993	TTTTGC	2	12	214756	214767	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
122	NC_020993	ATTCAG	2	12	216317	216328	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693532
123	NC_020993	TTAAAA	2	12	217428	217439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693533
124	NC_020993	TAAATT	2	12	218559	218570	50 %	50 %	0 %	0 %	478693534
125	NC_020993	CTTTAT	2	12	218648	218659	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693534
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242	NC_020993	TAAATT	2	12	460768	460779	50 %	50 %	0 %	0 %	478693739
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479	NC_020993	ATGACG	2	12	928037	928048	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478694136
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481	NC_020993	ATCCTA	2	12	932251	932262	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478694137
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