MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. Breinl

Total Repeats: 416

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020993	ATAGAT	2	12	1914	1925	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693379
2	NC_020993	ATTGGT	2	12	3861	3872	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478693381
3	NC_020993	CAATTA	2	12	4975	4986	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693383
4	NC_020993	ATCTAG	2	12	9367	9378	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693385
5	NC_020993	AATGAT	2	12	13140	13151	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693388
6	NC_020993	GATAAA	2	12	18498	18509	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478693391
7	NC_020993	AATTAC	2	12	21457	21468	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693393
8	NC_020993	TGTTCA	2	12	25147	25158	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478693396
9	NC_020993	GATATA	2	12	26351	26362	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693397
10	NC_020993	TTTGCT	2	12	28509	28520	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478693399
11	NC_020993	TGTTTT	2	12	28540	28551	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	478693399
12	NC_020993	CTCCTA	2	12	29711	29722	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478693401
13	NC_020993	GAAGCT	2	12	30721	30732	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693402
14	NC_020993	TAACAG	2	12	34712	34723	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693405
15	NC_020993	TGGTGT	2	12	37630	37641	0 %	50 %	50 %	0 %	478693407
16	NC_020993	CTTTCT	2	12	41900	41911	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478693410
17	NC_020993	AATTTA	2	12	44083	44094	50 %	50 %	0 %	0 %	478693412
18	NC_020993	AAATAT	2	12	45904	45915	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693412
19	NC_020993	CTAAAG	2	12	46829	46840	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693413
20	NC_020993	ATGTTG	2	12	49211	49222	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478693414
21	NC_020993	CGCTTA	2	12	52840	52851	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478693416
22	NC_020993	AATATT	2	12	55928	55939	50 %	50 %	0 %	0 %	478693420
23	NC_020993	TAGAAG	2	12	58828	58839	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478693422
24	NC_020993	GAAAAA	2	12	60195	60206	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693423
25	NC_020993	ATAGGA	2	12	64504	64515	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478693426
26	NC_020993	GATTTA	2	12	68618	68629	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693429
27	NC_020993	AGAAAA	2	12	85531	85542	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693435
28	NC_020993	TGATAT	2	12	86167	86178	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693435
29	NC_020993	GTTAAA	2	12	89791	89802	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693440
30	NC_020993	ATTAAT	2	12	92613	92624	50 %	50 %	0 %	0 %	478693443
31	NC_020993	CTACCG	2	12	92749	92760	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478693443
32	NC_020993	ATTAAA	2	12	98507	98518	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693447
33	NC_020993	TTAAAG	2	12	104770	104781	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693450
34	NC_020993	AGTAGC	2	12	104793	104804	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693450
35	NC_020993	TAAAAC	2	12	110461	110472	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478693454
36	NC_020993	GGTATT	2	12	111245	111256	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478693455
37	NC_020993	ATATTA	2	12	111453	111464	50 %	50 %	0 %	0 %	478693455
38	NC_020993	TATCAC	2	12	113558	113569	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478693458
39	NC_020993	ATGCTA	2	12	114035	114046	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693458
40	NC_020993	AGCGTC	2	12	115154	115165	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478693459
41	NC_020993	AAAGCA	2	12	115467	115478	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478693459
42	NC_020993	TTATCC	2	12	117702	117713	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478693461
43	NC_020993	CGTAAA	2	12	121866	121877	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693464
44	NC_020993	TAAAAC	2	12	124370	124381	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478693466
45	NC_020993	GATAAT	2	12	128802	128813	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693468
46	NC_020993	CTCAAT	2	12	129484	129495	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478693469
47	NC_020993	AGTTTT	2	12	130380	130391	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478693470
48	NC_020993	TGCTCC	2	12	131297	131308	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478693471
49	NC_020993	TCTAAA	2	12	138794	138805	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693474
50	NC_020993	ATCACC	2	12	141911	141922	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478693477
51	NC_020993	TAGCAT	2	12	144071	144082	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693479
52	NC_020993	TTAAAT	2	12	144570	144581	50 %	50 %	0 %	0 %	478693480
53	NC_020993	ATGAAT	2	12	144756	144767	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693481
54	NC_020993	TCATTG	2	12	145310	145321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478693481
55	NC_020993	AAAACA	2	12	152994	153005	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478693486
56	NC_020993	AGCACA	2	12	154230	154241	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478693486
57	NC_020993	TTTAAT	2	12	156053	156064	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693488
58	NC_020993	AATTAA	2	12	156913	156924	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693490
59	NC_020993	ATTTTA	2	12	157491	157502	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693489
60	NC_020993	AATTTT	2	12	164203	164214	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693493
61	NC_020993	GATATT	2	12	164224	164235	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693493
62	NC_020993	AGATTT	2	12	164628	164639	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693493
63	NC_020993	TCGTGT	2	12	168346	168357	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478693498
64	NC_020993	AATCTA	2	12	168581	168592	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693498
65	NC_020993	ATTAAA	2	12	174877	174888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693504
66	NC_020993	TTTAGC	2	12	177080	177091	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478693505
67	NC_020993	TCTTAT	2	12	180299	180310	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693508
68	NC_020993	TATGAC	2	12	180787	180798	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693508
69	NC_020993	TAATAT	2	12	181458	181469	50 %	50 %	0 %	0 %	478693509
70	NC_020993	AAGAAA	2	12	182283	182294	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693510
71	NC_020993	TAATTA	2	12	183001	183012	50 %	50 %	0 %	0 %	478693511
72	NC_020993	AGGATG	2	12	184564	184575	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478693512
73	NC_020993	AATTTA	2	12	187330	187341	50 %	50 %	0 %	0 %	478693515
74	NC_020993	TTTTCT	2	12	191198	191209	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478693517
75	NC_020993	TATCAA	2	12	194237	194248	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693518
76	NC_020993	TAGCTC	2	12	197159	197170	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478693522
77	NC_020993	TTTACT	2	12	200777	200788	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693525
78	NC_020993	GCTAGA	2	12	205833	205844	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693530
79	NC_020993	TTTAAT	2	12	208857	208868	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693531
80	NC_020993	CCTGCT	2	12	210283	210294	0 %	33.33 %	16.67 %	50 %	478693531
81	NC_020993	ATGTTA	2	12	210740	210751	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	478693531
82	NC_020993	ATATTT	2	12	210892	210903	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478693531
83	NC_020993	ATTAAT	2	12	214252	214263	50 %	50 %	0 %	0 %	478693531
84	NC_020993	ATTCAG	2	12	216317	216328	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693532
85	NC_020993	TTAAAA	2	12	217428	217439	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478693533
86	NC_020993	TAAATT	2	12	218559	218570	50 %	50 %	0 %	0 %	478693534
87	NC_020993	CTTTAT	2	12	218648	218659	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693534
88	NC_020993	ATTTTG	2	12	222606	222617	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478693535
89	NC_020993	GATTGA	2	12	223469	223480	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478693536
90	NC_020993	TATAAT	2	12	226475	226486	50 %	50 %	0 %	0 %	478693538
91	NC_020993	TATTTT	2	12	226625	226636	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	478693538
92	NC_020993	ATATCT	2	12	228846	228857	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478693540
93	NC_020993	AAGATT	2	12	230978	230989	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693541
94	NC_020993	ATTATA	2	12	235104	235115	50 %	50 %	0 %	0 %	478693544
95	NC_020993	AACTAA	2	12	236388	236399	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478693547
96	NC_020993	AAGCAA	2	12	239329	239340	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478693550
97	NC_020993	ATTCTA	2	12	241554	241565	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478693552
98	NC_020993	GTTTAT	2	12	244652	244663	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478693556
99	NC_020993	CGGTAT	2	12	245702	245713	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478693556
100	NC_020993	AAAAAG	2	12	246713	246724	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478693557
101	NC_020993	GTAACG	2	12	247959	247970	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693560
102	NC_020993	GGTACT	2	12	250224	250235	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478693561
103	NC_020993	ATAGGA	2	12	250260	250271	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478693561
104	NC_020993	TGTTCT	2	12	251986	251997	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478693562
105	NC_020993	GCTGAA	2	12	252513	252524	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478693563
106	NC_020993	GATAAT	2	12	252723	252734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478693563
107	NC_020993	ATCTGA	2	12	256478	256489	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693565
108	NC_020993	GCTTTT	2	12	256866	256877	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478693565
109	NC_020993	TACTGA	2	12	260711	260722	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478693568
110	NC_020993	CTTAAA	2	12	260859	260870	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478693568
111	NC_020993	CAAAAA	2	12	265794	265805	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478693570
112	NC_020993	AATGAA	2	12	269147	269158	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478693574
113	NC_020993	ATAAGC	2	12	270430	270441	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478693575
114	NC_020993	AACCTA	2	12	275221	275232	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478693578
115	NC_020993	TGATTT	2	12	276723	276734	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478693579
116	NC_020993	ACATAA	2	12	278343	278354	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478693579
117	NC_020993	TTCTGC	2	12	279982	279993	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478693581
118	NC_020993	TTATAA	2	12	286127	286138	50 %	50 %	0 %	0 %	478693587
119	NC_020993	TTATCT	2	12	287440	287451	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478693590
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.