MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. NMRC Madrid E

Total Repeats: 155

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020992	TATACA	2	12	11032	11043	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
2	NC_020992	ACAATA	2	12	14916	14927	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
3	NC_020992	AATATT	2	12	41393	41404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020992	TATTAA	2	12	52551	52562	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020992	ATAAAT	2	12	95877	95888	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020992	AATTAA	2	12	146519	146530	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020992	TAAAAA	2	12	147754	147765	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020992	CTTATT	2	12	151454	151465	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
9	NC_020992	ATATAA	2	12	152359	152370	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
10	NC_020992	AACATA	2	12	154025	154036	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
11	NC_020992	GTTTCT	2	12	154220	154231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
12	NC_020992	GACGTA	2	12	154271	154282	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
13	NC_020992	CTAGTA	2	12	154461	154472	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
14	NC_020992	ATTTAG	2	12	164634	164645	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
15	NC_020992	TTTATA	2	12	187081	187092	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_020992	TAAGAA	2	12	189710	189721	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020992	AACGTT	2	12	190008	190019	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
18	NC_020992	AAAATA	2	12	195353	195364	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020992	TTATAT	2	12	195719	195730	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020992	ATTAAT	2	12	201131	201142	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
21	NC_020992	TAGATA	2	12	201741	201752	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
22	NC_020992	CTTTAA	2	12	213592	213603	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
23	NC_020992	ATTTTT	2	12	233159	233170	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
24	NC_020992	CTTTTT	2	12	236221	236232	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
25	NC_020992	ATTAAA	2	12	237849	237860	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020992	AGTGAA	2	12	246897	246908	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
27	NC_020992	TAACAA	2	12	260314	260325	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
28	NC_020992	AAATTT	2	12	260508	260519	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020992	CAGTAA	2	12	260797	260808	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
30	NC_020992	ATTAAT	2	12	269639	269650	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020992	AAATTA	2	12	275850	275861	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
32	NC_020992	GATAAT	2	12	280415	280426	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020992	ACAGAT	2	12	296205	296216	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
34	NC_020992	CAGCTT	2	12	318878	318889	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
35	NC_020992	ACATAA	2	12	360761	360772	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
36	NC_020992	TTGCTA	2	12	362121	362132	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
37	NC_020992	AAAAGA	2	12	374380	374391	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020992	TTTACC	2	12	396618	396629	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_020992	ATATAG	2	12	397969	397980	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020992	TCATTA	2	12	399391	399402	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
41	NC_020992	TAGTTT	2	12	405181	405192	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020992	AATAAA	2	12	405660	405671	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020992	TCAAAA	2	12	408971	408982	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
44	NC_020992	TAAAAA	2	12	415756	415767	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
45	NC_020992	GTCAGT	2	12	430953	430964	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
46	NC_020992	TTTCTT	2	12	431068	431079	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
47	NC_020992	AACATT	2	12	435168	435179	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
48	NC_020992	ACTTGT	2	12	452243	452254	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
49	NC_020992	AATAAA	2	12	454055	454066	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020992	TAAAAA	2	12	455895	455906	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
51	NC_020992	AAATAT	2	12	462726	462737	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
52	NC_020992	TAAGAT	2	12	472461	472472	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
53	NC_020992	GTATTT	2	12	475143	475154	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020992	CAATTA	2	12	494202	494213	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
55	NC_020992	ATAAAC	2	12	494769	494780	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
56	NC_020992	TTAAAA	2	12	499839	499850	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020992	ATTGAA	2	12	501504	501515	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
58	NC_020992	TTTTTC	2	12	516982	516993	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
59	NC_020992	ATACAG	2	12	520812	520823	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
60	NC_020992	TAGATA	2	12	521721	521732	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
61	NC_020992	CTTATT	2	12	522878	522889	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
62	NC_020992	TTATAT	2	12	523327	523338	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
63	NC_020992	AAATAA	2	12	532054	532065	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020992	GAAAAA	2	12	532646	532657	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020992	AATATC	2	12	548820	548831	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
66	NC_020992	TTTTTG	2	12	551269	551280	0 %	83.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
67	NC_020992	AATATC	2	12	551923	551934	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
68	NC_020992	TATTAA	2	12	551946	551957	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
69	NC_020992	TATTAA	2	12	554248	554259	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020992	AATTTT	2	12	558591	558602	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020992	ATATGT	2	12	563533	563544	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020992	AAATCA	2	12	573783	573794	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
73	NC_020992	TGTAAT	2	12	580311	580322	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020992	TGATGT	2	12	587063	587074	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
75	NC_020992	TACTAA	2	12	593402	593413	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
76	NC_020992	TACTCC	2	12	593663	593674	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	Non-Coding
77	NC_020992	ATATTA	2	12	596841	596852	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
78	NC_020992	GTTTTA	2	12	604001	604012	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020992	ATCTGA	2	12	604411	604422	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
80	NC_020992	TTAAAA	2	12	606587	606598	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020992	AATTGA	2	12	614973	614984	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
82	NC_020992	AATACC	2	12	626598	626609	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
83	NC_020992	TATTTT	2	12	626991	627002	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020992	AATAAA	2	12	631199	631210	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020992	TAAAAA	2	12	648528	648539	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020992	TAAATA	2	12	649702	649713	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
87	NC_020992	TATTTC	2	12	653442	653453	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
88	NC_020992	ATTTAA	2	12	657959	657970	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020992	AAAATT	2	12	658237	658248	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020992	GTATAA	2	12	674542	674553	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
91	NC_020992	ATATTA	2	12	681580	681591	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020992	AATTTT	2	12	684704	684715	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
93	NC_020992	ATAGAA	2	12	691372	691383	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020992	TTTGCT	2	12	715328	715339	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
95	NC_020992	TTAATT	2	12	728332	728343	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020992	CTTTAT	2	12	730691	730702	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
97	NC_020992	TAGTTT	2	12	730772	730783	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020992	GTTAAT	2	12	740610	740621	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020992	TTTTGC	2	12	741050	741061	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
100	NC_020992	TAAGAA	2	12	750798	750809	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020992	TATAAA	2	12	750991	751002	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020992	AAATTT	2	12	763098	763109	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
103	NC_020992	TTATAT	2	12	770114	770125	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020992	CTTTTT	2	12	790052	790063	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
105	NC_020992	AAAAAT	2	12	791149	791160	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020992	TATTTA	2	12	810966	810977	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020992	TCTAAA	2	12	811757	811768	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
108	NC_020992	AATAGA	2	12	813045	813056	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020992	CTAATA	3	18	845474	845491	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
110	NC_020992	AATTAA	2	12	849651	849662	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020992	GCTTTG	2	12	857215	857226	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	Non-Coding
112	NC_020992	TATAGA	2	12	858268	858279	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020992	CATTTG	2	12	861330	861341	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
114	NC_020992	TTTTCT	2	12	870484	870495	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
115	NC_020992	ATAATG	2	12	872723	872734	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020992	ATAGTT	2	12	900785	900796	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
117	NC_020992	CTAATA	2	12	925530	925541	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
118	NC_020992	TAATAT	2	12	927313	927324	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020992	TATAGA	2	12	927389	927400	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020992	CATCTA	2	12	932981	932992	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
121	NC_020992	AGTTAA	2	12	933187	933198	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
122	NC_020992	TACTGA	2	12	933728	933739	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
123	NC_020992	TTTTAA	2	12	942167	942178	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020992	TATTGA	2	12	944240	944251	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020992	AAAGTG	2	12	952837	952848	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
126	NC_020992	CTTTTA	2	12	956416	956427	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
127	NC_020992	ATTTTA	2	12	972091	972102	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020992	TAATTA	2	12	981987	981998	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
129	NC_020992	ATCCTT	2	12	984520	984531	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
130	NC_020992	TTATAA	2	12	992103	992114	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020992	ATTTTT	2	12	993861	993872	16.67 %	83.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020992	TAATGT	2	12	1016253	1016264	33.33 %	50 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020992	TAGTAA	2	12	1017792	1017803	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	Non-Coding
134	NC_020992	TATGCT	2	12	1018102	1018113	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
135	NC_020992	GTATCA	2	12	1021307	1021318	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
136	NC_020992	ATTGCA	2	12	1025070	1025081	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	Non-Coding
137	NC_020992	TCCTGA	2	12	1027808	1027819	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
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140	NC_020992	TAATTT	2	12	1037912	1037923	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020992	AATCTT	2	12	1039871	1039882	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	Non-Coding
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155	NC_020992	ATTTTA	2	12	1111086	1111097	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.