MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Penta-nucleotide Non-Coding Repeats of Rickettsia prowazekii str. NMRC Madrid E

Total Repeats: 396

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020992	AAATA	2	10	18	27	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020992	ATCTT	2	10	9023	9032	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
3	NC_020992	TTATA	2	10	11554	11563	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020992	AATGA	2	10	11596	11605	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020992	TAATA	2	10	23561	23570	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
6	NC_020992	GATTT	2	10	23786	23795	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
7	NC_020992	TTTAA	2	10	24100	24109	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
8	NC_020992	ACTTA	2	10	33641	33650	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
9	NC_020992	ATTTC	2	10	34177	34186	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
10	NC_020992	TTTAA	3	15	35527	35541	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
11	NC_020992	GCTTA	2	10	35552	35561	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
12	NC_020992	TTAAT	2	10	42012	42021	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
13	NC_020992	ACATA	2	10	42263	42272	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
14	NC_020992	CTAAA	2	10	43147	43156	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
15	NC_020992	ATACA	2	10	48553	48562	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
16	NC_020992	TGTAT	2	10	71748	71757	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
17	NC_020992	TAGTG	2	10	71893	71902	20 %	40 %	40 %	0 %	Non-Coding
18	NC_020992	AATTA	2	10	74148	74157	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020992	ATTAT	2	10	74327	74336	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020992	TAACT	2	10	87576	87585	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_020992	CATAA	2	10	87617	87626	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
22	NC_020992	CATAA	2	10	89548	89557	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
23	NC_020992	CAAAA	2	10	90290	90299	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
24	NC_020992	ATTAA	2	10	95990	95999	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
25	NC_020992	ATTTT	2	10	103520	103529	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
26	NC_020992	TACAA	2	10	104287	104296	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
27	NC_020992	TATAT	2	10	104408	104417	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
28	NC_020992	ATTAA	2	10	109224	109233	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
29	NC_020992	TTTGT	2	10	112135	112144	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
30	NC_020992	TAGTA	2	10	113455	113464	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
31	NC_020992	TTTCA	2	10	113735	113744	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
32	NC_020992	AATAT	2	10	114080	114089	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
33	NC_020992	TAATA	2	10	114137	114146	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
34	NC_020992	ATATT	2	10	129884	129893	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
35	NC_020992	ATTTT	2	10	131131	131140	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
36	NC_020992	CAATT	2	10	137983	137992	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
37	NC_020992	TTAAA	2	10	139895	139904	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
38	NC_020992	ACAAT	2	10	142612	142621	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
39	NC_020992	TAAAT	2	10	151849	151858	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
40	NC_020992	TTAAT	2	10	152340	152349	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
41	NC_020992	AATAT	2	10	152972	152981	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
42	NC_020992	TTTAT	2	10	154367	154376	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
43	NC_020992	AAAAT	2	10	154834	154843	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
44	NC_020992	CTCAA	2	10	155555	155564	40 %	20 %	0 %	40 %	Non-Coding
45	NC_020992	TAGAT	2	10	163475	163484	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
46	NC_020992	TTATA	2	10	164286	164295	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
47	NC_020992	TAAAC	2	10	164518	164527	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
48	NC_020992	TAGTT	2	10	169391	169400	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
49	NC_020992	TTAAA	2	10	174682	174691	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
50	NC_020992	GTATC	2	10	175042	175051	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
51	NC_020992	AGTCA	2	10	175226	175235	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
52	NC_020992	CTAAA	2	10	184225	184234	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
53	NC_020992	ATTTA	2	10	184360	184369	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
54	NC_020992	AAGAA	2	10	186478	186487	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
55	NC_020992	GTAAT	2	10	187421	187430	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
56	NC_020992	GGAAT	2	10	187443	187452	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
57	NC_020992	AGTCA	2	10	190527	190536	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
58	NC_020992	TATTT	2	10	190551	190560	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
59	NC_020992	TTAGC	2	10	193337	193346	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
60	NC_020992	ATTTC	2	10	198839	198848	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
61	NC_020992	CTTAT	2	10	198882	198891	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
62	NC_020992	TCATA	2	10	201764	201773	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
63	NC_020992	ATTAT	2	10	205570	205579	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
64	NC_020992	GATAA	2	10	213431	213440	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
65	NC_020992	ATTTT	2	10	213459	213468	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
66	NC_020992	GCTAG	2	10	213811	213820	20 %	20 %	40 %	20 %	Non-Coding
67	NC_020992	GTTTA	2	10	213842	213851	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
68	NC_020992	TATCT	2	10	219385	219394	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
69	NC_020992	TATTT	2	10	221282	221291	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
70	NC_020992	ATTTT	2	10	230330	230339	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
71	NC_020992	AATAA	2	10	240435	240444	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
72	NC_020992	ATATT	2	10	240816	240825	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
73	NC_020992	AAATT	2	10	242294	242303	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_020992	CTAAT	2	10	246799	246808	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
75	NC_020992	TATAA	2	10	249122	249131	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
76	NC_020992	AATCT	2	10	251748	251757	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
77	NC_020992	CATTA	2	10	255081	255090	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
78	NC_020992	TAAAA	2	10	256920	256929	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NC_020992	TTAAT	2	10	259386	259395	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
80	NC_020992	TTATG	2	10	259676	259685	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
81	NC_020992	TTGCT	2	10	260334	260343	0 %	60 %	20 %	20 %	Non-Coding
82	NC_020992	TTACT	2	10	261183	261192	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
83	NC_020992	TAAAT	2	10	268568	268577	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
84	NC_020992	GTATT	2	10	268598	268607	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
85	NC_020992	ATAAA	2	10	271598	271607	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
86	NC_020992	GCAGA	2	10	271994	272003	40 %	0 %	40 %	20 %	Non-Coding
87	NC_020992	AAATC	2	10	272118	272127	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
88	NC_020992	TAATG	2	10	272148	272157	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
89	NC_020992	ATAAG	2	10	272703	272712	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
90	NC_020992	ACTCT	2	10	273086	273095	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
91	NC_020992	TTATT	2	10	275906	275915	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
92	NC_020992	TTACT	2	10	276169	276178	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
93	NC_020992	TATAA	2	10	276225	276234	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
94	NC_020992	TTATA	2	10	280619	280628	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
95	NC_020992	AGATA	2	10	280764	280773	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
96	NC_020992	ATTAT	2	10	281681	281690	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
97	NC_020992	AATAA	2	10	282515	282524	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
98	NC_020992	ATTTT	2	10	297204	297213	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
99	NC_020992	TACAA	2	10	298211	298220	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
100	NC_020992	ATTTT	2	10	324278	324287	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
101	NC_020992	TTTTA	2	10	325552	325561	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
102	NC_020992	CAATA	2	10	329603	329612	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
103	NC_020992	AATTT	2	10	330103	330112	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
104	NC_020992	AAATT	2	10	333857	333866	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
105	NC_020992	TTATA	2	10	336042	336051	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
106	NC_020992	ATATT	2	10	337515	337524	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
107	NC_020992	TTATC	2	10	337542	337551	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
108	NC_020992	ATTTA	2	10	339317	339326	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
109	NC_020992	ATTTT	2	10	339642	339651	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NC_020992	GTTAT	2	10	341609	341618	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
111	NC_020992	GATTT	2	10	341822	341831	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
112	NC_020992	TATTG	2	10	341855	341864	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
113	NC_020992	TTTAG	2	10	341920	341929	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
114	NC_020992	TAGTA	2	10	342255	342264	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
115	NC_020992	AATAT	2	10	345882	345891	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
116	NC_020992	TATAC	2	10	353717	353726	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
117	NC_020992	ATTCT	2	10	354111	354120	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
118	NC_020992	ATTAT	2	10	354925	354934	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
119	NC_020992	TTTGT	2	10	362111	362120	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
120	NC_020992	TCGCG	2	10	365143	365152	0 %	20 %	40 %	40 %	Non-Coding
121	NC_020992	TTTAC	2	10	366728	366737	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
122	NC_020992	AATTT	2	10	366834	366843	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
123	NC_020992	TAATA	2	10	371941	371950	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
124	NC_020992	TAAAA	2	10	374687	374696	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
125	NC_020992	CTTAA	2	10	381253	381262	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
126	NC_020992	AATCA	2	10	383094	383103	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
127	NC_020992	TGATA	2	10	383132	383141	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
128	NC_020992	TTTCT	2	10	385161	385170	0 %	80 %	0 %	20 %	Non-Coding
129	NC_020992	CTATC	2	10	389895	389904	20 %	40 %	0 %	40 %	Non-Coding
130	NC_020992	TAAAT	2	10	390047	390056	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
131	NC_020992	AAAAG	2	10	390551	390560	80 %	0 %	20 %	0 %	Non-Coding
132	NC_020992	ATTTT	2	10	396091	396100	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
133	NC_020992	ATTCT	2	10	396464	396473	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
134	NC_020992	AAGTT	2	10	399247	399256	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
135	NC_020992	TATCT	2	10	402271	402280	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
136	NC_020992	ATCAA	2	10	402521	402530	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
137	NC_020992	CGTAT	2	10	405227	405236	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
138	NC_020992	AAATA	2	10	409053	409062	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
139	NC_020992	TGCAA	2	10	414719	414728	40 %	20 %	20 %	20 %	Non-Coding
140	NC_020992	ATGTA	2	10	415581	415590	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
141	NC_020992	GTTAT	2	10	415899	415908	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
142	NC_020992	ATTTT	2	10	416111	416120	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
143	NC_020992	TTTTG	2	10	425601	425610	0 %	80 %	20 %	0 %	Non-Coding
144	NC_020992	ATTCT	2	10	425760	425769	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
145	NC_020992	TATAA	2	10	434597	434606	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
146	NC_020992	TATTT	2	10	441522	441531	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
147	NC_020992	TTTAT	2	10	443934	443943	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
148	NC_020992	TAAAG	2	10	444177	444186	60 %	20 %	20 %	0 %	Non-Coding
149	NC_020992	TTATC	2	10	447545	447554	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
150	NC_020992	TTTTA	2	10	447690	447699	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
151	NC_020992	TATAT	2	10	452053	452062	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
152	NC_020992	TGGTG	2	10	453981	453990	0 %	40 %	60 %	0 %	Non-Coding
153	NC_020992	AAATT	2	10	455328	455337	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
154	NC_020992	TCAAT	2	10	455518	455527	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
155	NC_020992	TCTAA	2	10	455612	455621	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
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157	NC_020992	TAATA	2	10	462188	462197	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
158	NC_020992	TTATA	2	10	462956	462965	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
159	NC_020992	TATAA	2	10	463712	463721	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
160	NC_020992	AGAGA	2	10	464237	464246	60 %	0 %	40 %	0 %	Non-Coding
161	NC_020992	TAAGG	2	10	464780	464789	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
162	NC_020992	ATTTG	2	10	469060	469069	20 %	60 %	20 %	0 %	Non-Coding
163	NC_020992	TCTAA	2	10	470907	470916	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
164	NC_020992	TAAAT	2	10	473452	473461	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
165	NC_020992	TACAT	2	10	476224	476233	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
166	NC_020992	AATTA	2	10	476271	476280	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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169	NC_020992	TTATT	2	10	492899	492908	20 %	80 %	0 %	0 %	Non-Coding
170	NC_020992	ATTAG	2	10	495390	495399	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
171	NC_020992	TAAAA	2	10	501566	501575	80 %	20 %	0 %	0 %	Non-Coding
172	NC_020992	TAACT	2	10	505027	505036	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
173	NC_020992	ATTAT	3	15	509193	509207	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
174	NC_020992	TAATA	2	10	516839	516848	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
175	NC_020992	ACTAA	2	10	516881	516890	60 %	20 %	0 %	20 %	Non-Coding
176	NC_020992	TTAAA	2	10	517075	517084	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
177	NC_020992	TTATC	2	10	520778	520787	20 %	60 %	0 %	20 %	Non-Coding
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186	NC_020992	TTTAA	2	10	546074	546083	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
187	NC_020992	TTAAT	2	10	548101	548110	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
188	NC_020992	AGCTT	2	10	548204	548213	20 %	40 %	20 %	20 %	Non-Coding
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209	NC_020992	TGTAA	2	10	584573	584582	40 %	40 %	20 %	0 %	Non-Coding
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280	NC_020992	ATTAA	2	10	787714	787723	60 %	40 %	0 %	0 %	Non-Coding
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286	NC_020992	TTACA	2	10	788790	788799	40 %	40 %	0 %	20 %	Non-Coding
287	NC_020992	TAGGA	2	10	789342	789351	40 %	20 %	40 %	0 %	Non-Coding
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291	NC_020992	TATAT	2	10	792082	792091	40 %	60 %	0 %	0 %	Non-Coding
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.