MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Repeats of Chlamydia trachomatis F/SotonF3 plasmid pSotonF3

Total Repeats: 94

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020988	TGG	2	6	12	17	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
2	NC_020988	TGG	2	6	34	39	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_020988	TGG	2	6	56	61	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NC_020988	TGG	2	6	78	83	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
5	NC_020988	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474761
6	NC_020988	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474761
7	NC_020988	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474762
8	NC_020988	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474762
9	NC_020988	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474762
10	NC_020988	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478474762
11	NC_020988	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474762
12	NC_020988	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474762
13	NC_020988	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474762
14	NC_020988	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474762
15	NC_020988	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474762
16	NC_020988	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474762
17	NC_020988	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474762
18	NC_020988	AAT	2	6	2173	2178	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
19	NC_020988	GTT	2	6	2182	2187	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
20	NC_020988	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474763
21	NC_020988	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474763
22	NC_020988	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474763
23	NC_020988	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
24	NC_020988	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
25	NC_020988	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
26	NC_020988	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474763
27	NC_020988	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474763
28	NC_020988	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474763
29	NC_020988	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474763
30	NC_020988	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
31	NC_020988	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474763
32	NC_020988	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
33	NC_020988	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474763
34	NC_020988	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474763
35	NC_020988	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474764
36	NC_020988	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
37	NC_020988	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474764
38	NC_020988	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474764
39	NC_020988	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
40	NC_020988	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474764
41	NC_020988	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
42	NC_020988	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478474764
43	NC_020988	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474764
44	NC_020988	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474764
45	NC_020988	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
46	NC_020988	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474764
47	NC_020988	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474764
48	NC_020988	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
49	NC_020988	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
50	NC_020988	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474765
51	NC_020988	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
52	NC_020988	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474765
53	NC_020988	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
54	NC_020988	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
55	NC_020988	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474765
56	NC_020988	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474765
57	NC_020988	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474765
58	NC_020988	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478474765
59	NC_020988	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474765
60	NC_020988	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478474765
61	NC_020988	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474765
62	NC_020988	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474765
63	NC_020988	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474766
64	NC_020988	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474766
65	NC_020988	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474766
66	NC_020988	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478474767
67	NC_020988	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
68	NC_020988	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474767
69	NC_020988	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474767
70	NC_020988	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
71	NC_020988	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478474767
72	NC_020988	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
73	NC_020988	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478474767
74	NC_020988	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
75	NC_020988	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478474767
76	NC_020988	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474767
77	NC_020988	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478474767
78	NC_020988	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474767
79	NC_020988	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
80	NC_020988	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474767
81	NC_020988	AAG	2	6	6750	6755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
82	NC_020988	ATT	2	6	6821	6826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478474768
83	NC_020988	GAA	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
84	NC_020988	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
85	NC_020988	CTT	2	6	6933	6938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
86	NC_020988	CAA	2	6	6994	6999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474768
87	NC_020988	TCT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
88	NC_020988	AGA	2	6	7297	7302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478474768
89	NC_020988	CAT	2	6	7340	7345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478474768
90	NC_020988	TCC	2	6	7365	7370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478474768
91	NC_020988	TCT	2	6	7382	7387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478474768
92	NC_020988	ACA	2	6	7388	7393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478474768
93	NC_020988	TCC	2	6	7425	7430	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
94	NC_020988	TAT	2	6	7452	7457	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.