MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis E/SotonE4 plasmid pSotonE4

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020987	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473859
2	NC_020987	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473859
3	NC_020987	CTT	2	6	1148	1153	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473860
4	NC_020987	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473860
5	NC_020987	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473860
6	NC_020987	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478473860
7	NC_020987	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473860
8	NC_020987	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473860
9	NC_020987	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473860
10	NC_020987	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473860
11	NC_020987	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473860
12	NC_020987	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473860
13	NC_020987	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473860
14	NC_020987	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473861
15	NC_020987	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473861
16	NC_020987	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478473861
17	NC_020987	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473861
18	NC_020987	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473861
19	NC_020987	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473861
20	NC_020987	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473861
21	NC_020987	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473861
22	NC_020987	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473861
23	NC_020987	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473861
24	NC_020987	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473861
25	NC_020987	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473861
26	NC_020987	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473861
27	NC_020987	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473861
28	NC_020987	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473861
29	NC_020987	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473862
30	NC_020987	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473862
31	NC_020987	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473862
32	NC_020987	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473862
33	NC_020987	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473862
34	NC_020987	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473862
35	NC_020987	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473862
36	NC_020987	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478473862
37	NC_020987	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473862
38	NC_020987	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473862
39	NC_020987	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473862
40	NC_020987	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473862
41	NC_020987	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473862
42	NC_020987	ATA	2	6	4751	4756	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473863
43	NC_020987	AAT	2	6	4797	4802	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473863
44	NC_020987	ACA	2	6	4810	4815	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473863
45	NC_020987	AAT	2	6	4873	4878	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473863
46	NC_020987	TCA	2	6	4879	4884	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473863
47	NC_020987	TTG	2	6	4985	4990	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473863
48	NC_020987	TTG	2	6	5044	5049	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473863
49	NC_020987	AAC	2	6	5059	5064	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473863
50	NC_020987	TAA	2	6	5076	5081	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473863
51	NC_020987	AGG	2	6	5130	5135	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473863
52	NC_020987	CAG	2	6	5195	5200	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478473863
53	NC_020987	ATT	2	6	5203	5208	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473863
54	NC_020987	GGC	2	6	5224	5229	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478473863
55	NC_020987	GTT	2	6	5230	5235	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473863
56	NC_020987	TCA	2	6	5290	5295	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473863
57	NC_020987	TTA	2	6	5594	5599	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473864
58	NC_020987	CAA	2	6	5734	5739	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473864
59	NC_020987	ATT	2	6	5757	5762	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473864
60	NC_020987	GGA	2	6	5929	5934	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478473865
61	NC_020987	ACA	2	6	5944	5949	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473865
62	NC_020987	TCT	2	6	6034	6039	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473865
63	NC_020987	CAT	2	6	6158	6163	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473865
64	NC_020987	AAC	2	6	6211	6216	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473865
65	NC_020987	ATA	2	6	6265	6270	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478473865
66	NC_020987	AAG	2	6	6302	6307	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473865
67	NC_020987	TTG	2	6	6311	6316	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478473865
68	NC_020987	GAA	3	9	6412	6420	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473865
69	NC_020987	GAT	2	6	6451	6456	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478473865
70	NC_020987	CAA	2	6	6521	6526	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473865
71	NC_020987	TCG	2	6	6531	6536	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478473865
72	NC_020987	TCT	2	6	6558	6563	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473865
73	NC_020987	AGA	2	6	6567	6572	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473865
74	NC_020987	AGA	2	6	6609	6614	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473865
75	NC_020987	AAG	2	6	6759	6764	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473866
76	NC_020987	ATT	2	6	6830	6835	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478473866
77	NC_020987	GAA	2	6	6864	6869	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473866
78	NC_020987	AAG	2	6	6877	6882	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473866
79	NC_020987	CTT	2	6	6942	6947	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473866
80	NC_020987	CAA	2	6	7003	7008	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473866
81	NC_020987	TCT	2	6	7047	7052	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473866
82	NC_020987	AGA	2	6	7306	7311	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478473866
83	NC_020987	CAT	2	6	7349	7354	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478473866
84	NC_020987	TCC	2	6	7374	7379	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478473866
85	NC_020987	TCT	2	6	7391	7396	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478473866
86	NC_020987	ACA	2	6	7397	7402	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478473866

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.