MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Tri-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis D/SotonD1 plasmid pSotonD1

Total Repeats: 86

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020986	GTT	2	6	396	401	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472956
2	NC_020986	AAC	2	6	851	856	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472956
3	NC_020986	TCT	2	6	1147	1152	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472957
4	NC_020986	TCT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472957
5	NC_020986	ATC	2	6	1194	1199	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472957
6	NC_020986	CCA	2	6	1363	1368	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478472957
7	NC_020986	TAA	2	6	1456	1461	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472957
8	NC_020986	TTG	2	6	1511	1516	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472957
9	NC_020986	CCT	2	6	1566	1571	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472957
10	NC_020986	TGC	2	6	1784	1789	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472957
11	NC_020986	AAG	2	6	1816	1821	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472957
12	NC_020986	ATA	2	6	1989	1994	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472957
13	NC_020986	TGC	2	6	2097	2102	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472957
14	NC_020986	GTT	2	6	2274	2279	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472958
15	NC_020986	TCA	2	6	2355	2360	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472958
16	NC_020986	GCG	2	6	2442	2447	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478472958
17	NC_020986	ATG	2	6	2492	2497	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472958
18	NC_020986	GAT	2	6	2545	2550	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472958
19	NC_020986	GAA	2	6	2569	2574	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
20	NC_020986	TGA	2	6	2847	2852	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472958
21	NC_020986	AGC	2	6	2892	2897	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472958
22	NC_020986	TTG	2	6	3008	3013	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472958
23	NC_020986	ATT	2	6	3019	3024	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472958
24	NC_020986	AGA	2	6	3078	3083	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
25	NC_020986	ATT	2	6	3084	3089	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472958
26	NC_020986	AGA	2	6	3096	3101	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
27	NC_020986	AGA	2	6	3198	3203	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472958
28	NC_020986	TCT	2	6	3466	3471	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472958
29	NC_020986	TCA	2	6	3598	3603	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472959
30	NC_020986	GAA	2	6	3637	3642	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
31	NC_020986	AGC	2	6	3740	3745	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472959
32	NC_020986	GTT	2	6	3795	3800	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472959
33	NC_020986	AAG	2	6	3934	3939	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
34	NC_020986	TAG	2	6	4030	4035	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472959
35	NC_020986	GAA	2	6	4098	4103	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
36	NC_020986	CAC	2	6	4135	4140	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	478472959
37	NC_020986	CAG	2	6	4303	4308	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472959
38	NC_020986	TTA	2	6	4362	4367	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472959
39	NC_020986	AGA	2	6	4497	4502	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
40	NC_020986	TTC	2	6	4523	4528	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472959
41	NC_020986	GAA	2	6	4575	4580	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472959
42	NC_020986	ATA	2	6	4742	4747	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
43	NC_020986	AAT	2	6	4788	4793	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
44	NC_020986	ACA	2	6	4801	4806	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472960
45	NC_020986	AAT	2	6	4864	4869	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
46	NC_020986	TCA	2	6	4870	4875	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472960
47	NC_020986	TTG	2	6	4976	4981	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472960
48	NC_020986	TTG	2	6	5035	5040	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472960
49	NC_020986	AAC	2	6	5050	5055	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472960
50	NC_020986	TAA	2	6	5067	5072	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472960
51	NC_020986	AGG	2	6	5121	5126	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472960
52	NC_020986	CAG	2	6	5186	5191	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478472960
53	NC_020986	ATT	2	6	5194	5199	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472960
54	NC_020986	GGC	2	6	5215	5220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	478472960
55	NC_020986	GTT	2	6	5221	5226	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472960
56	NC_020986	TCA	2	6	5281	5286	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472960
57	NC_020986	TTA	2	6	5585	5590	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472961
58	NC_020986	CAA	2	6	5725	5730	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472961
59	NC_020986	ATT	2	6	5748	5753	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472961
60	NC_020986	GGA	2	6	5920	5925	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	478472962
61	NC_020986	ACA	2	6	5935	5940	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472962
62	NC_020986	TCT	2	6	6025	6030	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472962
63	NC_020986	CAT	2	6	6149	6154	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472962
64	NC_020986	AAC	2	6	6202	6207	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472962
65	NC_020986	ATA	2	6	6256	6261	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478472962
66	NC_020986	AAG	2	6	6293	6298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
67	NC_020986	TTG	2	6	6302	6307	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	478472962
68	NC_020986	GAA	3	9	6403	6411	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
69	NC_020986	GAT	2	6	6442	6447	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478472962
70	NC_020986	CAA	2	6	6512	6517	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472962
71	NC_020986	TCG	2	6	6522	6527	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	478472962
72	NC_020986	TCT	2	6	6549	6554	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472962
73	NC_020986	AGA	2	6	6558	6563	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
74	NC_020986	AGA	2	6	6600	6605	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472962
75	NC_020986	AAG	2	6	6750	6755	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472963
76	NC_020986	ATT	2	6	6821	6826	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478472963
77	NC_020986	GAA	2	6	6855	6860	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472963
78	NC_020986	AAG	2	6	6868	6873	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472963
79	NC_020986	CTT	2	6	6933	6938	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472963
80	NC_020986	CAA	2	6	6994	6999	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472963
81	NC_020986	TCT	2	6	7038	7043	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472963
82	NC_020986	AGA	2	6	7297	7302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478472963
83	NC_020986	CAT	2	6	7340	7345	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478472963
84	NC_020986	TCC	2	6	7365	7370	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	478472963
85	NC_020986	TCT	2	6	7382	7387	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478472963
86	NC_020986	ACA	2	6	7388	7393	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478472963

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.