MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

Hexa-nucleotide Coding Repeats of Chlamydia trachomatis L2b/Ams4 high quality draft genome sequence

Total Repeats: 281

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_020978	GAAGGA	2	12	1357	1368	50 %	0 %	50 %	0 %	478467561
2	NC_020978	AAAGCT	2	12	5538	5549	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467565
3	NC_020978	TAGCAA	2	12	11428	11439	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467571
4	NC_020978	AAAGCT	2	12	11559	11570	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467571
5	NC_020978	TAGTGA	2	12	12705	12716	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467572
6	NC_020978	ATATAC	2	12	16572	16583	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478467575
7	NC_020978	GTTCCT	2	12	19990	20001	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478467578
8	NC_020978	CTTTTT	2	12	22144	22155	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478467580
9	NC_020978	GTGAGG	2	12	26074	26085	16.67 %	16.67 %	66.67 %	0 %	478467581
10	NC_020978	GGATTT	2	12	36551	36562	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467593
11	NC_020978	AATTAG	2	12	37971	37982	50 %	33.33 %	16.67 %	0 %	478467594
12	NC_020978	TTCCTG	2	12	38270	38281	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478467594
13	NC_020978	TTTTGA	2	12	45507	45518	16.67 %	66.67 %	16.67 %	0 %	478467600
14	NC_020978	TGAACG	2	12	52917	52928	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467607
15	NC_020978	GTGATT	2	12	52936	52947	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467607
16	NC_020978	GGTTCA	2	12	55706	55717	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478467609
17	NC_020978	GAAAAG	2	12	56962	56973	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478467610
18	NC_020978	AGTTGT	2	12	58167	58178	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467611
19	NC_020978	AGTTGT	2	12	58311	58322	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467611
20	NC_020978	TCTTGT	2	12	59220	59231	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478467611
21	NC_020978	TCCTAA	2	12	60033	60044	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478467612
22	NC_020978	GTTCTT	2	12	63947	63958	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478467614
23	NC_020978	CTATTT	2	12	72257	72268	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478467621
24	NC_020978	ACTCTT	2	12	73386	73397	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478467622
25	NC_020978	TTTCTG	2	12	73936	73947	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478467623
26	NC_020978	GATCAT	2	12	74066	74077	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478467623
27	NC_020978	TAGTAC	2	12	77060	77071	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478467624
28	NC_020978	GGTTTA	2	12	80713	80724	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467627
29	NC_020978	GTCTGT	2	12	83757	83768	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478467630
30	NC_020978	TTCTGA	2	12	89371	89382	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478467634
31	NC_020978	AAAAGA	2	12	94435	94446	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478467639
32	NC_020978	AGCTGT	2	12	96528	96539	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478467640
33	NC_020978	TCTTTT	2	12	97193	97204	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478467642
34	NC_020978	GGGGCT	2	12	98141	98152	0 %	16.67 %	66.67 %	16.67 %	478467642
35	NC_020978	TTTGAG	2	12	100341	100352	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467644
36	NC_020978	TCAGAA	2	12	106982	106993	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467649
37	NC_020978	CATAAC	2	12	110026	110037	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478467652
38	NC_020978	TGTTCT	2	12	112793	112804	0 %	66.67 %	16.67 %	16.67 %	478467654
39	NC_020978	ACTTCG	2	12	116086	116097	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478467656
40	NC_020978	TTGCCA	2	12	119627	119638	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478467661
41	NC_020978	TTGGTA	2	12	121241	121252	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467663
42	NC_020978	AGGATC	2	12	121620	121631	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467663
43	NC_020978	AAGGGT	2	12	123427	123438	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478467664
44	NC_020978	GGGTTT	2	12	124390	124401	0 %	50 %	50 %	0 %	478467665
45	NC_020978	TTGCAT	2	12	124672	124683	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478467665
46	NC_020978	AAGAGA	2	12	125041	125052	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	478467665
47	NC_020978	TTAAAA	2	12	133976	133987	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	478467672
48	NC_020978	AGGTTG	2	12	135218	135229	16.67 %	33.33 %	50 %	0 %	478467673
49	NC_020978	GAGTTA	2	12	140266	140277	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467682
50	NC_020978	TGGAAA	2	12	142819	142830	50 %	16.67 %	33.33 %	0 %	478467685
51	NC_020978	TGGAAT	2	12	143694	143705	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467686
52	NC_020978	ATGGTT	2	12	143938	143949	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467686
53	NC_020978	TGCTCT	2	12	146130	146141	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478467689
54	NC_020978	GAAAGG	2	12	149868	149879	50 %	0 %	50 %	0 %	478467691
55	NC_020978	GCTTTG	2	12	150111	150122	0 %	50 %	33.33 %	16.67 %	478467691
56	NC_020978	TGTGCG	2	12	154234	154245	0 %	33.33 %	50 %	16.67 %	478467695
57	NC_020978	CCTCAT	2	12	155532	155543	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478467696
58	NC_020978	TGGAGA	2	12	156990	157001	33.33 %	16.67 %	50 %	0 %	478467698
59	NC_020978	CTCCAT	2	12	158359	158370	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478467699
60	NC_020978	TCCTTG	2	12	158955	158966	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478467700
61	NC_020978	AACAGC	2	12	161592	161603	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478467703
62	NC_020978	TAAAAA	2	12	174021	174032	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478467709
63	NC_020978	AAAAAG	2	12	174188	174199	83.33 %	0 %	16.67 %	0 %	478467710
64	NC_020978	ATTTGC	2	12	189310	189321	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478467724
65	NC_020978	AAACAT	2	12	190404	190415	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478467726
66	NC_020978	AGCAAC	2	12	190739	190750	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478467726
67	NC_020978	TCTGGA	2	12	196010	196021	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478467732
68	NC_020978	CTGGAT	2	12	211601	211612	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478467745
69	NC_020978	GAAATA	2	12	211924	211935	66.67 %	16.67 %	16.67 %	0 %	478467745
70	NC_020978	GATGCA	2	12	218817	218828	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467752
71	NC_020978	ACTCCA	2	12	219707	219718	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478467753
72	NC_020978	CTGCTT	2	12	219939	219950	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	478467753
73	NC_020978	ATTGCT	2	12	223248	223259	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478467756
74	NC_020978	TCCTAG	2	12	223538	223549	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478467756
75	NC_020978	GCAACG	2	12	224026	224037	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478467757
76	NC_020978	CTTAGC	2	12	226658	226669	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478467759
77	NC_020978	TTCCTT	2	12	233490	233501	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	478467764
78	NC_020978	TCTCCT	2	12	236371	236382	0 %	50 %	0 %	50 %	478467765
79	NC_020978	CCTGCA	2	12	252346	252357	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478467784
80	NC_020978	ACCTTT	2	12	257541	257552	16.67 %	50 %	0 %	33.33 %	478467789
81	NC_020978	TCATAA	2	12	265387	265398	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478467796
82	NC_020978	AAGTGT	2	12	266113	266124	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467796
83	NC_020978	ATCTAA	2	12	269389	269400	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478467799
84	NC_020978	TGGAAT	2	12	271587	271598	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	478467801
85	NC_020978	GGAACA	2	12	275474	275485	50 %	0 %	33.33 %	16.67 %	478467803
86	NC_020978	CACGCG	2	12	277847	277858	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	478467805
87	NC_020978	TTTCTT	2	12	278026	278037	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478467805
88	NC_020978	CTCCTA	2	12	282188	282199	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478467808
89	NC_020978	GCAATG	2	12	288307	288318	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467814
90	NC_020978	CGACAT	2	12	288980	288991	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	478467815
91	NC_020978	CCCTTA	2	12	290434	290445	16.67 %	33.33 %	0 %	50 %	478467817
92	NC_020978	AAAATA	2	12	292532	292543	83.33 %	16.67 %	0 %	0 %	478467819
93	NC_020978	ACCACT	2	12	294887	294898	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478467821
94	NC_020978	CATTGC	2	12	298133	298144	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478467824
95	NC_020978	CCAAAA	2	12	299312	299323	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	478467825
96	NC_020978	TCTTTT	2	12	301197	301208	0 %	83.33 %	0 %	16.67 %	478467827
97	NC_020978	CAAGAC	2	12	302288	302299	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	478467828
98	NC_020978	AGCTTA	2	12	303568	303579	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478467830
99	NC_020978	CAAAGA	2	12	308953	308964	66.67 %	0 %	16.67 %	16.67 %	478467835
100	NC_020978	ATGGCT	2	12	309569	309580	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	478467836
101	NC_020978	TACAAA	2	12	313759	313770	66.67 %	16.67 %	0 %	16.67 %	478467839
102	NC_020978	TTAATT	2	12	315438	315449	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	478467841
103	NC_020978	AAAACA	2	12	318923	318934	83.33 %	0 %	0 %	16.67 %	478467843
104	NC_020978	CAGGAC	2	12	340898	340909	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478467862
105	NC_020978	ATTCAA	2	12	345875	345886	50 %	33.33 %	0 %	16.67 %	478467867
106	NC_020978	AGACCG	2	12	345949	345960	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	478467867
107	NC_020978	TTCTTA	2	12	357852	357863	16.67 %	66.67 %	0 %	16.67 %	478467875
108	NC_020978	CAGCCT	2	12	369929	369940	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478467888
109	NC_020978	ATGCTA	2	12	373846	373857	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	478467890
110	NC_020978	CAATAG	2	12	380452	380463	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467893
111	NC_020978	ACTGAA	2	12	380593	380604	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467893
112	NC_020978	CTGCAC	2	12	380786	380797	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	478467893
113	NC_020978	TCCATA	2	12	391145	391156	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	478467902
114	NC_020978	TTAGGT	2	12	392496	392507	16.67 %	50 %	33.33 %	0 %	478467904
115	NC_020978	AGGGAA	2	12	393822	393833	50 %	0 %	50 %	0 %	478467905
116	NC_020978	CTGAAG	2	12	394657	394668	33.33 %	16.67 %	33.33 %	16.67 %	478467906
117	NC_020978	TAATCT	2	12	400077	400088	33.33 %	50 %	0 %	16.67 %	478467909
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119	NC_020978	CTAAAG	2	12	400962	400973	50 %	16.67 %	16.67 %	16.67 %	478467911
120	NC_020978	CCTTTC	2	12	402126	402137	0 %	50 %	0 %	50 %	478467912
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228	NC_020978	CACCTA	2	12	818522	818533	33.33 %	16.67 %	0 %	50 %	478468279
229	NC_020978	AAGAGG	2	12	824402	824413	50 %	0 %	50 %	0 %	478468283
230	NC_020978	GAAAGG	2	12	829279	829290	50 %	0 %	50 %	0 %	478468288
231	NC_020978	AGCTTC	2	12	830733	830744	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	478468289
232	NC_020978	ATCACA	2	12	834837	834848	50 %	16.67 %	0 %	33.33 %	478468294
233	NC_020978	GATCCG	2	12	839446	839457	16.67 %	16.67 %	33.33 %	33.33 %	478468298
234	NC_020978	TTATGC	2	12	846396	846407	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	478468304
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©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.